근로소득만 있는 근로자의 연말정산시 일부 근로소득이 누락되었다고 하더라도 이는 종합소득을 과소신고한 경우로 봄이 상당함

사 건 2011구합30113 종합소득세부과처분취소 원 고 임AA 피 고 반포세무서장 변 론 종 결

2011. 11. 25. 판 결 선 고

2011. 12. 14.

1. 피고가 2011. 3. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 183，567，020원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2002.부터 2005.까지 BBBB 주식회사(이후 2007. 11. 20. BBBB유한회사로 변경되었는데, 이하 ’BBBB’라 한다)에 근무하였는데, 2004. 재직 당시 받은 갑종·을종근로소득에 대하여 연말정산을 통해 2004년 귀속 종합소득세로 32，079，710원을 납부하였다.
• 나. 그런데 서울지방국세청장이 외국계 기업 임직원의 주식매수선택권 행사이익의 이행실태를 점검한 결과 원고가 아래 표에서 보는 바와 같이 2004. BBBB 미국 본사로부터 부여받은 주식매수선택권 행사에 따른 차익(이하 ’이 사건 주식매수선택권 행사이익’이라 한다)을 을종근로소득으로 신고 누락한 사실을 확인하고 그 과세자료를 피고에게 통보하였고, 피고는 위와 같은 과세자료를 기초로 2011. 3. 1. 원고에게 가산세를 포함하여 2004년 귀속 종합소득세로 183，567，020원을 경정·고지(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)하였으나, 조세심판원은 2011. 6. 17. 기각결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 2004년 귀속 근로소득에 대한 연말정산을 통하여 갑종근로소득 및 일부 을종근로소득에 대한 소득세를 신고·납부한 이상, 연말정산 과정에서 일부 을종근로소득 에 대한 신고가 누락되었다 하더라도 이는 근로소득을 과소신고한 것에 불과할 뿐 구 국세기본법(2010.3.31. 법률 제10219호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국세기본법’이 라 한다) 제26조의2 제l항 제2호 소정의 ’납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서 를 제출하지 아니한 경우’, 즉 무신고한 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 구 국세기 본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따라 5년의 제척기간이 적용되어야 하는바, 이에 따르면 이 사건 처분은 이미 제척기간이 도과된 이후에 부과된 것으로서 위법하므로 취소 되어야 한다. 나.관계법령 별지 관계법령 기재와 같다. 다.판단

1. 구 소득세법(2004.12.31법률 제7319호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 소득세법’이라 한다) 제70조 제l항은 ”당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합 소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다"고 하여 종합소득금액이 있는 거주자에게 종합소득과세표준 확정신고의무를 부과하면서, 다만 구 소득세법 제73조 제1항 에는 거주자의 과세표준확정신고의무가 면제되는 예외사유를 열거하고 있는데 그 중 제1호로 ”근로소득만이 있는 자”를 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 ”일용근로자 외 의 자로서 2인 이상으로부터 받는 근로소득이 있는 자(갑종근로소득과 을종근로소득을 동시에 받는 경우를 포함한다)에 대하여는 제l항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제137조·제138조 또는 제144조의2의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 대하여는 그러하지 아니하다"고 규정하고 있다. 또한 구 소득세법 제137조 제1항 은 주된 근무지의 원천징수의무자의 근로소득세액의 연말정산의무를 규정하면서 제5항 은 ”일용근로자 외의 자로서 갑종에 속하는 근로소득 및 제150조 제3항의 규정에 의하여 납세조합에 의하여 소득세가 징수된 을종에 속하는 근로소득이 있는 자에 대하여는 갑종에 속하는 근로소득의 주된 근무지의 원천징수의무자가 갑종에 속하는 근로소득과 을종에 속하는 근로소득을 합한 금액에 대하여 연말정산을 할 수 있다"고 규정하고있다. 한편 구 소득세법 제149조 제1호, 제150조 제1항, 제3항, 구 소득세법 시행령 (2008.2.22.대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것, 이하 1구 소득세법 시행령’이라 한다) 제204조 제1항에 따르면, 을종에 속하는 근로소득이 있는 거주자는 대통령령이 정하는 일정 요건을 충족하는 경우 납세조합을 조직할 수 있고, 이에 따라 납세조합이 조직된 경우 납세조합이 그 조합원의 을종에 속하는 근로소득에 대한 소득세를 매월 징수하도록 납세조합에게 원천징수의무를 부과하고 있다.

2. 위와 같은 관계법령의 규정내용에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합 하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고는 2004년 귀속 근로소득에 대한 원천징수 및 연말정산을 통하여 갑종근로소득 및 일부 을종근로소득에 대한 소득세를 납부한 이상, 그 과정에서 을종근로소득의 일부인 이 사건 주식매수선택권 행사 이익에 대한 원천징수 및 연말정산이 누락되었다 하더라도 이는 근로소득을 과소신고 한 것에 불과할 뿐 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 소정의 1납세자가 법정신고 기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’, 즉 무신고한 경우에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 주식매수선택권 행사이익에 대한 종합소득세 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따라 5년이 된다고 봄이 상당하다. 결국 구 국세기본법 처1126조의2 제5항, 구 국세기본법 시행령(2007.2.28.대통령령 제19893 호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에 의하면 종합소득세와 같이 과세표준 과세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한의 다음날이 국세를 부과할 수 있는 날이고, 구 소득세법 제70조 제1항 에 의하면 종합소득세에 대한 신고기한은 그 과세기간의 다음 연도 5월 31일까지이므로, 원고에 대한 2004년 귀속 종합소득세에 관한 5년의 부과제척기간은 2005. 6. 1.부터 진행한다고 할 것이고 그로부터 5년이 지난 2010. 6. 1. 그 부과제척기간이 모두 도과되었다. 따라서 이 사건 처분은 위 5년의 제척기간이 도과된 이후인 2011. 3. 1. 부과되었음이 명백하여 위법하므로, 원고의 주장은 이유 있다.

• 가) 구 소득세법은 종합소득금액이 있는 거주자에 대해서 종합소득과세표준 확정신고의무를 부과하면서도 근로소득만이 있는 거주자의 경우에는 예외적으로 그 의무를 변제하여 주도록 규정하고 있는데 그 취지가 근로소득만이 있는 거주자는 정부가 원천징수의무자로 하여금 해당 근로소득세를 원천징수하여 이를 납부하게 한 후 연말 정산을 하는 방법으로 그 세액을 확정․징수하고 있어 당해 소득의 귀속자가 별도로 신고를 하여야 할 실질적인 필요가 없으므로 이와 같은 경우에는 종합소득과세표준 확정신고절차를 변제하여 줌으로써 납세의무자의 편의를 도모하려는 데에 있고, 실제 원천징수의무자가 구 소득세법 등 관계법령에서 정한 원천징수 및 연말정산 절차를 모두 마친 경우 근로소득만이 있는 거주자의 경우에는 원천징수 및 연말정산이 제대로 이루어졌다고 보아 종합소득과세표준 확정신고를 별도로 하지 않은 경우가 대부분인 점 등에 비추어 보면, 원천징수의무자가 구 소득세법 등 관계법령에 정한 절차에 따라 당해 근로자의 근로소득세를 원천징수하고 나아가 연말정산까지 마쳐 소득세가 납부되었다면 이는 적어도 절차적으로는 당해 근로자가 종합소득과세표준 확정신고절차를 이행한 것과 동일한 효과가 있다고 봄이 상당하다.
• 나) 그렇다면, 원천징수의무자가 구 소득세법 등 관계법령에 정한 원천징수 및 연말정산 절차를 모두 이행하였으나 원천징수 또는 연말정산 과정에서 원천징수대상이 되는 근로소득의 일부를 누락하였거나 과소 파악함으로써 실제로 징수한 세액이 당해 근로자가 납부하여야 할 세액보다 적은 것으로 밝혀진 경우는, 종합소득금액이 있는 거주자가 종합소득과세표준 확정신고를 하면서 일부 종합소득을 누락하거나 과소 파악함으로써 종합소득을 과소신고한 경우에 준하는 것으로 볼 것이지 누락하였거나 과소 파악한 근로소득만을 별도의 소득으로 분리하여 이를 무신고 하였다고 해석할 수는 없다.
• 다) 다만, 구 소득세법은 원고와 같이 갑종근로소득 외에 을종근로소득이 있는 거주자인 경우에는 납세조합을 조직하여 납세조합이 을종근로소득에 대한 소득세를 원천징수한 후 갑종근로소득의 주된 근무지의 원천징수의무자가 을종근로소득을 갑종근로소득과 함께 연말정산을 한 경우에 한하여 과세표준확정신고의무를 면제하여 주도록 함으로써 그 요건을 강화하고 있으나, 이 사건의 경우 원고는 별도로 CC을근납세조합을 조직한 후 CC을근납세조합으로 하여금 BBBB 미국본사로부터 받은 ESPP 로 인한 을종근로소득에 대한 근로소득세를 원천징수하도록 하고 원고가 근무하던 BBBB가 ESPP로 인한 을종근로소득을 갑종근로소득과 함께 연말정산하는 방법으로 원고의 2004년 귀속 종합소득세를 납부한 이상 관계법령에 따른 원천징수 및 연말정산 절차를 모두 이행하였다고 할 것이고, 사정이 이와 같다면 설사 CC을근납세조합이 원고의 을종근로소득을 원천징수하면서 을종근로소득의 일부인 이 사건 주식매수선택권 행사이익을 누락하였다고 하더라도 누락된 일부 을종근로소득을 별도로 분리하여 그 부분만을 무신고 하였다고 볼 수는 없다(한편, 피고는 대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두8423 판결을 제시하면서 원천징수 및 연말정산시 을종근로소득이 누락된 경우 에는 그 부분을 분리하여 무신고한 경우로 볼 수 있다는 취지로 주장하나, 위 판례 사 안은 을종근로소득 전부에 대해서 원천징수 및 연말정산 절차를 누락하였을 뿐 아니라 납세의무자가 별도의 납세조합을 조직하지도 아니하여 을종근로소득에 대해서 구 소득세법 제137조 에 따른 원천징수의무를 이행할 수조차 없는 경우로서 구 소득세법 제73조 제2항 본문에 따라 납세의무자에게 종합소득과세표준 확정신고의무가 부과되는 사안으로 보일 뿐이므로, 이 사건에 그대로 적용할 사안은 아니다).
• 라) 또한 원천징수의무자가 원천징수 및 연말정산 과정에서 일부 근로소득을 누락하거나 과소 파악한 것을 당해 근로자가 발견하기는 곤란할 것으로 보이는데다가 특히 을종근로소득의 경우에는 납세의무자가 별도로 납세조합을 조직하여 납세조합을 통하여 원천징수를 하고 있음에 비추어 보면, 원천징수의무자가 구 소득세법 등 관계법령에 따라 원천징수 및 연말정산을 마친 경우 그 과정에서 일부 소득이 누락되었다고 하더라도 이는 신고 자체를 하지 않은 경우와는 명백히 다르고, 이를 무신고한 경우로 보아 제재하는 것은 종합소득금액이 있는 거주자가 종합소득과세표준 확정신고를 하면 서 일부 종합소득을 누락하거나 과소 파악함으로써 종합소득을 과소신고한 경우 과소 신고한 경우로 보아 제재하는 것과 비교해 형평성에 반할 소지가 있다.
• 마) 더욱이 과세관청은 갑종근로소득 외에 을종근로소득이 있는 거주자인 경우에 원천징수의무자가 원천징수 및 연말정산 과정에서 을종근로소득의 일부를 과소 파악함으로써 실제로 징수한 세액이 당해 근로자가 납부하여야 할 세액보다 적은 것으로 밝혀진 경우에는 그 부분을 과소신고한 경우에 준하여 과세하고 있는데, 원천징수 및 연말정산대상이 되는 을종근로소득에 대한 소득세가 과소 징수된다는 점에서는 을종근로소득을 일부 누락한 이 사건의 경우와 별반 차이가 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하고 주문과 같이 판 결한다.