민법상 소멸시효가 완성되었으므로 대손세액 공제함이 타당함

사 건 2011구합28615 부가가치세부과처분취소 원 고 김XX 피 고 영등포세무서장 변 론 종 결

2011. 11. 11. 판 결 선 고

2011. 11. 30.

1. 피고가 2010. 6. 8. 원고에 대하여 한 2006년 1기분 부가가치세 5,276,950원, 2006년 2기분 부가가치세 6,314,960원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다

• 가. 원고는 2001. 7. 1.부터 ‘XX기계’라는 상호로 토목자재 및 부속품 도ㆍ소매업 등을 영위하고 있는 개인사업자이다.
• 나. 원고는 2010. 1. 28. 주식회사 ○○상사로부터 2006 수취한 매입세금계산서가 사실과 다른 매입세금계산서라는 이유로 관련 매입세액 14,660,000원(2006년 1기분 매입세액 10,620,000원, 2006년 2기분 매입세액 4,040,000원)을 불공제하고, 여기에 원고가 2003. ☆☆개발 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)에게 토목공사용 자재를 납품하면서 발생한 매출채권 중 미회수 매출채권 88,930,000원(2003년 1기분 38,180,000원, 2003년 2기분 50,750,000원, 이하 ‘이 사건 매출채권’이라 한다)이 2006. 3년의 소멸시효가 완성됨으로써 부가가치세법 제17조의2 소정의 대손세액 공제 요건을 충족하였다면서 관련 매출세액 8,080,000원을 대손세액으로 공제한 후, 2006년 1기분 및 2기분 부가가치세를 수정신고하고 다음날인 2010. 1. 29. 2006년 1기분 부가가치세로 1,315,880원을, 2006년 2기분 부가가치세로 25,770원을 각 추가로 납부하였다.
• 다. 그런데 피고는 이 사건 매출채권이 부가가치세법상 대손세액 공제 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 이에 대한 대손세액 공제를 부인하고 2010. 6. 8. 원고에게 2006년 1기분 부가가치세 5,276,950원, 2006년 2기분 부가가치세 6,314,960원을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 9. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2011. 6. 30. 기각결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 12호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 매출채권은 2003. 소외 회사가 하도급받아 시공했던 지하철 9호선 토목공사 현장에 토목자재를 납품하면서 발생한 미회수채권으로서 2006. 3년의 소멸시효가 완성되어 부가가치세법상 대손세액공제 요건을 충족하였으므로 이와 관련하여 이미 신고ㆍ납부한 매출세액은 대손세액으로 공제해 주어야 함에도, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소하여야 한다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 소외 회사의 공사 진행내역 및 폐업경위 등

• 가) 소외 회사는 △△건설 주식회사(이하 ‘△△건설’이라 한다)가 도급받아 시행하는 서울지하철 9호선 공사 중 903공구, 914공구 토목공사를 △△건설로부터 하도급 받아 진행하면서 필요한 자재 등을 여러 중소업체로부터 납품받았는데, 원고로부터는 2003. 2.경부터 2004. 4.경까지 토목자재를 납품받았다.
• 나) 그런데 소외 회사가 위 공사를 진행하던 중 자금 사정이 악화되어 납품대금을 지급하지 못하는 상황에 이르자, 원고 등 납품업체들은 2003. 4.경 소외 회사에 자재 등의 납품을 중단하고 납품대금 결제를 요구하였다.
• 다) 이에 소외 회사는 2003. 4. 말경 원고 등 납품업체들에게 원청사인 △△건설에 청구하여 미지급 납품대금을 지급해 주겠다면서 납품대금 대부분이 지급되지 않은 903공구 공사에 대해서 거래처별 마지급금명세서(갑 제10호증, 이하 ‘이 사건 미지급금 명세서’라 한다)를 작성하여 배부하고 미지급금 잔액 확인을 위한 서명을 요청하였는데, 원고 등 일부 납품업체들이 이 사건 미지급금 명세서상에 서명을 하지 않았다. 한편, 이 사건 미지급금 명세서에는 903공구 공사에서 2003부터 2004. 4까지 발생한 업체별 미지급 납품대금 내역이 기재되어 있는데, 총 미지급 납품대금은 1,135,050,994원이고 그 중 원고 회사에 대한 미지급 납품대금은 2003년 79,099,658원, 2004년 20,962,250원(=1월분 9,569,560원 + 2월분 7,567,890원 + 3월분 2,824,800원 + 4월분 1,000,000원)으로 확인된다.
• 라) 그런데 소외 회사는 2004. 4. 30 폐업신고를 하여 도산하였고, 이후 별도의 청산 및 해산 절차를 거치지 않아 2009. 12. 1. 상법 제520조의2 제1항 에 따라 해산간주되었다. 한편 소외 회사는 폐업 당시 부가가치세 등 체납국세도 수억 원에 이르렀다.

2. 원고 제출 자료내역

• 가) 원고는 2003년 l기분 및 2기분 부가가치세를 그 신고기한 내에 신고ㆍ납부 하였는데, 당시 제출한 매출처별세금계산서합계표(을)에는 원고가 소외 회사에 대하여 다음과 같은 내용으로 세금계산서를 발행ㆍ교부한 것으로 나타나 있다. [다음 표 생략]
• 나) 원고는 소외 회사에게 토목자재를 납품하면서 수기로 원시거래처원장(갑 제7호증의1 내지 21호증)에 거래내역을 상세하게 기록하여 보관하였고, 위 원시 거래처원장상의 세부내역에 근거하여 소외 회사에 대한 상품매출 거래처원장(이하 ‘이 사건 상품매출 거래처원장’이라 한다) 및 외상매출금 거래처원장(이하 ‘이 사건 외상매출금 거래처원장’이라 한다)을 재작성하였는데, 위 각 거래처원장에 나타난 원고의 소외 회사에 대한 매출 현황은 다음과 같다. [다음 표 생략]
• 다) 또한 이 사건 상품매출 거래처원장에는 수기로 각 거래를 외상매출금 회수거래(외상매출 후 대금을 회수한 거래로 보인다), 안정용품거래(현금매출한 거래로 보인다), 대손공제신청거래(외상매출 후 대금을 회수하지 못한 거래로 보인다) 3가지로 분류하여 기재되어 있는데, 그 중 외상매출금회수거래와 안전용품거래 내역을 살펴보면 다음과 같다.

(1) 외상매출금 회수거래 [표 생략]

(2) 안전용품 거래 [표 생략] [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 11호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전 체의 취지

• 라. 판단 살피건대, 앞서 인정한 사실관계에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 매출채권은 2003. 원고가 소외 회사에 대한 납품과정에서 발생한 미회수채권으로서 2006. 3년의 소멸시효가 완성됨으로써 부가가치세법상의 대손요건을 충족하였으므로 이와 관련하여 이미 신고ㆍ납부한 2006. 1기분 및 2기분 부가가치세 매출세액은 대손세액으로 공제해야 함이 상당하므로, 원고의 위 주장은 이유 있다.

1. 우선 원고는 2003. 소외 회사에게 토목자재를 납품하면서 부가가치세를 포함한 공급대가 합계 121,167,398원 상당의 세금계산서를 발행하여 2003년 1기분 및 2기분 부가가치세 신고를 하였는데, 위 공급대가 금액은 원고가 작성한 이 사건 상품매출 거래처원장 상의 2003년 총 매출액 110,152,180원과 이에 대한 부가가치세 매출세액 11,015,218원의 합계와 정확히 일치할 뿐 아니라, 원고가 작성한 이 사건 외상매출금 거래처원장상의 2003년 총 외상매출액 114,376,218원(부가가치세 포함)과 이 사건 상품매출 거래처원장상의 2003년 총 안전용품거래금액(2003년 총 현금매출액으로 보인다) 6,791,180원(부가가치세 포함)의 합계와도 정확히 일치한다. 여기에 이 사건 상품매출 및 외상매출금 거래처원장이 원고가 소외 회사에게 토목자재를 납품하면서 수기로 상세하게 기록한 원시거래처원장의 세부내역에 근거하여 작성된 것임을 덧붙어 고려해 보면, 이 사건 상품매출 및 외상매출금 거래처원장상의 매출 관련 금액은 상당히 신빙성이 있는 금액으로 판단되는바, 이에 따르면 원고는 2003. 소외 회사에 공급대가 합계 121,167,398원 상당의 자재를 납품하였음은 명백해 보인다.

2. 다만, 원고가 소외 회사에 납품한 위 자재대금 중 미회수금액을 파악할 수 있는 자료로는 원고가 작성한 이 사건 외상매출금 거래처원장과 거래상대방인 소외 회사가 작성한 이 사건 미지급금 명세서만이 존재하는데, 이 사건 외상매출금 거래처원장에는 2003. 소외 회사에 대한 외상매출금 잔액이 88,937,398원으로 기재되어 있는 반면에 소외 회사가 작성한 이 사건 미지급금 명세서상에는 2003. 원고에 대한 미지급 납품대금 잔액이 79,099,658원으로 기재되어 있는 등 일부 차이가 나 위 자료만으로 원고가 소외 회사로부터 회수하지 못한 자재대금이 정확히 얼마인지를 파악하기 어렵다고 보일 수도 있으나, 이 사건 외상매출금 거래처원장상의 2004. 소외 회사에 대한 외상매출금 잔액과 이 사건 미지급금 명세서상의 2004. 원고에 대한 미지급 납품대금 잔액(4월분 제외)은 19,962,500원으로 정확히 일치하고 있음(월별로도 정확히 일치한 다)에 비추어 보면, 오히려 2003.에 발생한 위 차이는 원고 또는 소외 회사가 정산 과정에서 단순한 계산상 착오에 기인하여 일어났을 가능성이 높아 보인다. 그런데 이 사건 미지급금 명세서는 소외 회사가 폐업 직전에 납품업체들의 요구로 서둘러 작성된 것이고 소외 회사가 이 사건 미지급금 명세서를 작성하여 원고 등 납품업체들에게 미지급 납품대금 잔액 확인을 위한 서명을 요청하였음에도 원고를 포함한 일부 납품업체 들이 서명을 하지 않았던 점에 비추어 보면, 이 사건 미지급금 명세서상의 미지급 납품대금 잔액이 정확한 금액이라고 보기는 어려운 측면이 있다(특히 이 사건 미지급금 명세서상 2003. 원고에 대한 미지급 납품대금 잔액으로 기재된 금액인 79,099,658원은 이 사건 외상매출금 거래처원장상 2003. 10. 20. 기준 소외 회사에 대한 외상매출금 잔액 79,599,678원과 매우 유사한 금액임에 비추어 보면, 위 미지급 납품대금 잔액은 2003. 10. 20. 기준으로 작성된 것이 아닌가 하는 강한 의심이 든다). 반면에 원고가 작성한 이 사건 상품매출 거래처원장에는 수기로 기재되어 있기는 하지만 각 거래별로 외상매출금 회수거래, 안정용품거래(현금매출거래), 대손공제신청거래(외상매출금 미회수거래)로 명확히 구분하여 구체적으로 표시되어 있고, 이 사건 각 거래처원장이 앞서 본 바와 같이 원고가 수기로 작성된 원시거래처원장상의 세부내역에 근거하여 작성된 것이어서 신뢰성이 있는데다가, 실제 부가가치세 신고금액과도 정확히 일치하고 있음에 비추어 보면, 원고가 2003. 말 현재 소외 회사에 납품한 자재대금 121,167,398원 중 미회수금액은 이 사건 외상매출금 거래처원장상의 2003. 소외 회사에 대한 외상매출금 잔액인 88,937,398원(이 사건 매출채권)으로 보는 것이 경험칙에 부합한다.

3. 또한 소외 회사는 자금사정의 악화로 수십여 개에 이르는 납품업체들에게 납품 대금을 지급하지 못하다가 2004. 4. 30. 갑자기 폐업하였고 폐업 당시 이미 납품업체들에게 미지급한 납품대금이 10억 원을 상회하고 체납국세도 수억 원에 이르렀으며 폐업 이후 별도의 청산 및 해산 절차도 거치지 않아 해산간주 되었음에 비추어 보면, 소외 회사와 특별한 친분관계가 있지 않는 원고가 폐업 이후 소외 회사로부터 이 사건 매출 채권을 회수하지 못했을 것임은 어렵지 않게 추단할 수 있고, 그렇다면 이 사건 매출 채권은 민법 제163조 제3호 소정의 ‘도급받은 자의 공사에 관한 채권’으로서 3년의 시효가 적용되어 결국 2006. 모두 소멸시효가 완성되었다고 봄이 상당하다.

4. 반면에 원고는 소외 회사가 폐업한 이후 소외 회사에 대하여 이 사건 매출채권을 회수하기 위한 별다른 법적 조치를 취하지는 않았으나, 소외 회사가 위와 같이 극심한 채무초과상태에서 폐업한 이상 원고가 당시에 법적 조치를 취할 실익은 거의 없었다고 보이므로, 위와 같은 사정만으로 원고가 소외 회사로부터 이 사건 매출채권을 회수할 수 있었다고 보기는 어렵다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.