1. 처분의 경위
다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1, 2, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.
- 가. 원고는 유류도소매업, 운송보관업을 영위할 목적으로 2002. 5. 3. 설립된 법인이다.
- 나. 서울지방국세청장은 원고의 거래처인 주식회사 XX(이하 ‘XX’이라 한다)에 대하여 세무조사를 실시하였고, 위 조사결과 원고가 2008 사업연도 중 XX의 거래처인 OO주유소 등에 513,003,000원 상당의 유류 440,000리터를 공급하고도 동액 상당의 수입금액 신고를 누락한 것으로 판단하였다. 또, 중부지방국세청장은 원고의 거래처인 주식회사 ◇◇정유(이하 ‘◇◇정유’라 한다)에 대하여 세무조사를 실시하였고, 위 조사결과 원고가 2008 사업연도 중 ◇◇정유의 거래처인 주식회사 □□석유(이하 ‘□□석유’라 한다) 등에 금 153,626,000원 상당의 유류 104,000리터를 공급하고도 동액 상당의 수입금액 신고를 누락한 것으로 판단하였다.
- 다. 위 각 조사결과를 통보받은 피고는 위 수입금액 합계액 666,629,000원(= 513,003,000원 + 153,626,000원, 이하 ‘이 사건 쟁점금액’이라 한다)을 원고의 2008 사업 연도의 익금에 산입하여 2010. 8. 2. 원고에게 2008년 귀속 법인세 215,120,150원을 경 정·고지(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)하였다.
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
- 가. 원고의 주장 원고는 ▽▽ 주식회사(이하 ‘▽▽’이라 한다), 주식회사 △△에너비스 (이하 ‘△△에너비스’라 한다)로부터 농업용 면세유류를 공급받아 실수요자인 농민들에게 공급하고 있는데, 농업용으로 사용되지 않고 남은 일부 유류에 대하여 농민들이 원고에게 그 판매를 위탁하였고, 원고는 이를 유류판매를 전담하는 이른바 ‘전문딜러’를 통해 OO주유소, □□석유 등에 과세유류로 매도한 다음 그 대금을 농민들에게 전달하였다. 즉, 원고는 2008. 1. 1.부터 같은 해 6. 30.까지 ▽▽, △△에너비스로부터 1,531,342리터의 면세유류를 매입하여 그 중 987,342리터를 농민들에게 공급하고, 나머지 544,000리터를 위탁판매하는 한편, 부가가치세 신고 당시 1,531,342리터의 면세유류의 판매에 따른 매출액을 면세사업 수입금액 1,222,881,180원(2008. 1. 1.부터 같은 해 3. 31.까지 면세사업 수입 금액 1,042,966,090원 + 2008. 4. 1.부터 같은 해 6. 30.까지 면세사업 수입금액 179,915,090원)으로 신고하였다. 결국 이 사건 쟁점금액은 위 면세 사업 수입금액 1,222,881,180원에 포함되어 있다고 할 것임에도, 이와 달리 이 사건 쟁점금액이 원고의 2008 사업연도 수입금액 신고에서 누락되었다고 본 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.
- 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
- 다. 판단 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제24조에서 면세유류를 공급하는 사업자는 자기의 사업장에서 과세로 공급하는 석유류와 면세로 공급하는 석유류를 각각 구분하여 장부에 기록·비치하여야 한다고 규정하고 있는 이상, OO주유소, □□석유 등에 과세유류로 제공된 544,000리터의 유류가 농업용 면세유류의 일부라는 점은 원고가 이를 입증하여야 하나, 원고가 제출한 각 증거들만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없는 반면, 오히려 을 제4 내지 제6호증, 을 제7호증의 1 내지 3, 을 제8 내지 제14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 위 544,000리터의 유류는 원고가 ▽▽, △△에너비스로부터 농업용 면세유류로 공급받은 유류의 일부가 아닌 것으로 보이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1. 면세유류를 공급받은 경우에는 그에 따른 매입세액을 공제받을 수 없는데, 원고는 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 중 ▽▽, △△에너비스로부터 면세유류 1,531,342리터를 공급받았다는 (면세)계산서를 교부받는 한편, 이와 별도로 544,000리터의 유류를 공급받았다는 세금계산서를 교부받아 그에 따른 매입세액을 공제받았다.
2. 위 544,000리터의 유류의 판매 및 인수 확인서상의 도착지는 원고임에도, 실제로는 원고를 거치지 아니하고 ▽▽ 등의 정유사로부터 OO주유소, □□석유 등에 직접 운송·판매되었으므로 위 유류가 원고들에 의하여 농민들에게 공급되었을 여지는 없는 것으로 보이는바, 이와 같은 유류의 운송 ‧ 판매과정은 면세유류를 할당받은 농민 중 일부가 사용하고 남은 연료나 필요 없게 된 면세유류의 판매를 원고에게 위탁하였다는 원고의 주장과 상반된다.
3. 원고가 2008. 1. 1.부터 같은 해 6.30.까지 ▽▽, △△에너비스로부터 매입한 1,531,342리터의 면세유류 중 농민들에게 실제 공급된 유류와 과세로 공급된 유류를 구별할 수 있는 아무런 증빙지료가 제출되어 있지 아니하다.
4. 원고는 농민들로부터 면세유류의 판매를 위탁받았다고 주장하나, 원고가 농민들에게 면세유류 판대대금을 지급하였다는 점을 엿볼 수 있는 자료가 전혀 없다.