임대용역의 시가산정방식이 적법하다고 할 수 없으므로 이를 근거로 한 부과처분은 위법함

사 건 2011구합23900 법인세등부과처분취소 원 고 AA통상 주식회사 피 고 삼성세무서장 변 론 종 결

2011. 11. 1. 판 결 선 고

2011. 12. 8.

1. 피고가 2011. 2. 1. 원고에 대하여 한,

• 가. 2005 사업연도 법인세 10,029,420원, 2006 사업연도 법인세 10,054,290원, 2007 사업연도 법인세 10,406,450원의 각 부과처분,
• 나. 2005년 져11271분 부가가치세 1,915,930원, 2006년 제1기분 부가가치세 1,923,600 원, 2006년 제2기분 부가가치세 2,007,610원, 2007년 제1기분 부가가치세 2,442,320원, 2007년 제2기분 부가가치세 1,913,300원, 2008년 제1기분 부가가 치세 1,241,890원, 2008년 제2기분 부가가치세 700,050원, 2009년 제1기분 부가 가치세 834,410원, 2009년 제2기분 부가가치세 1,056,840원의 각 부과처분,
• 다. 2008 사업연도 법인세 65,788,220원의 부과처분 중 61,195,873원을 초과하는 부분 및 2009 사업연도 법인세 44,526,640원의 부과처분 중 40,561,260원을 초과하는부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 주문 제1의 가, 나항 기재 각 부과처분 및 피고가 2011. 2. 1. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 65,788,220원, 2009 사업연도 법인세 44,526,640원의 각 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 1971. 1. 19. 설립된 부동산임대업 및 건물관리업 을 영위하는 법인인데, 원고의 명예회장이자 지배주주인 윤DD에게 2008년에 144,342,360원, 2009년에 50,766,090원 등 합계 195,108,150원(이하 ’쟁점금액’이라 한다)을 급여 명목으로 지급한 후 위 각 급여액을 해당 사업연도에 손금으로 각 산입하여 법인세를 신고납부하였고, 2005년 제2기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 원고 소유의 서울 강남구 OO동 000에 있는 건물(이하 ’이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 특수관계자인 EE증권 주식회사(이하 ’EE증권’이라 한다) 영동지점과 임대차계약을 체결한 후 해 당 사업연도 및 과세기간의 임대료 수입에 대하여 법인세 및 부가가치세를 신고납부하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 2010. 10. 19.부터 2010. 11. 17.까지 원고에 대한 세무조사 를 실시하였고, 피고는 위 세무조사결과를 토대로 원고가 윤DD에게 지급한 쟁점금액 을 업무무관 경비로 보아 손금불산입하고, 원고가 EE증권 영동지점에 이 사건 건물을 저가 임대한 것으로 보아 구 법인세법(2010.12.30.법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 그 차액에 해당하는 124,426,000원을 익금산입하여, 2011. 2. 1. 원고에게 청구취지 기재의 각 법인세 및 부가가치세를 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 4. 19 국세청장에게 심사청구를 하였으 나, 국세청장은 2011. 6. 30. 원고의 심사청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 8호증, 을 1, 2, 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 윤DD은 원고의 설립자이자 명예회장으로서 원고의 사무실에 매월 3-4회 출근하여 자금계획과 지시사항을 시달하며 중요한 서류에 직접 결재하는 등 원고의 업무에 직접 관여하였으므로, 피고가 윤DD에게 급여로 지급된 쟁점금액을 업무무관 비용으로 손금불산입한 것은 위법하다. 또한, 피고는 원고와 EE증권 사이의 약정 및 임대거래 관행 등과 같은 현실적인 상황을 무시하고 근거 없이 부가가치세법 시행령상 간주임대료 계산시 적용되는 정기예금이자율을 적용하여 임대료 단가를 산정·비교하는 방법으로 원고가 EE증권 영동지점에 이 사건 건물을 저가 임대하였다고 판단하여 부당행위계 산부인 규정을 적용한 위법이 있다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다 다.판단

1. 첫 번째 주장에 대한 판단

• 가) 구 법인세법 제26조 는 다음 각 호의 손비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산업하지 아니한다고 규정하면서 제1호에서 인건비를 들고 있고, 법인세법 시행령 제43조 제3항 은 법인이 지배주주 등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이 하 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산업하지 아니한다고 규정하고 있다.
• 나) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 2, 4, 8호증, 을 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 윤DD(1922. 5. 31.생)은 원고의 지배주주로서 원고의 법인등기부등본 상 2002. 11. 8.부터 2009. 3. 17.까지 이사로 등재되어 있었으며 비상근하였는데, 원고로부터 급여를 지급받아 오지 않다가 2008. 1. 1.부터 2009. 3. 31.까지 사이에 합계 195,108,150원(2008년에 144,342,360원, 2009년에 50,766,090원)의 쟁점금액을 급여로 지급받은 사실, 한편, 원고의 지배주주가 아닌 김FF은 원고의 법인등기부등본상 2007. 4. 25.부터 2009. 3. 17.까지 이사로 등재되어 있었으며 비상근하였는데 위 기간 동안 원고로부터 급여를 지급받지는 않은 사실이 인정되는바, 위 인정사실을 위 규정들에 비추어 보면, 원고가 윤DD과 동일직위(비상근이사)에 있는 지배주주가 아닌 김 FF에게 보수를 지급하지 않은 것과 달리 지배주주인 윤DD에게는 쟁점금액을 보수 로 지급하였으므로, 그에 대한 정당한 사유가 없는 한 쟁점금액은 손금에 산입될 수 없다고 할 것이다.
• 다) 이에 대하여 원고는 원고의 설립자이자 명예회장으로서 윤DD은 계속하여 원고의 업무에 관여해 왔기 때문에 급여를 지급하여야 하는데, 국제통화기금(IMF) 구제금융 당시 원고가 유통자금 부족으로 소유하고 있던 건물을 헐값에 처분한 경험이 있어 원고의 유보자금이 많이 적립된 후에 윤DD에게 급여를 지급하기로 함에 따라 원고의 현금유동성이 개선된 2008년경에 이르러서야 비로소 윤DD에게 쟁점금액을 지급하게 된 것이므로 김FF과 달리 윤DD에게 쟁점금액을 보수로 지급한 데에는 정당한 사유가 있다는 취지로 주장하나, 이 사건 변론에 나타난 아래의 사정들에 비추어 볼 때, 증인 이QQ의 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 갑 7호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면, 원고가 윤DD에게 쟁점금액을 지급한 2008년경 원고의 부채총액 대비 현금유동성이 국제통화기금(IMF) 구제금융 당시 인 1998년경보다 월등하게 개선된 사실은 인정되나, 원고가 국제통화기금(JMF) 구제금 융 이전에 윤DD에게 보수를 지급해 왔다는 사정은 나타나지 않고, 원고 내부적으로 명예회장에 대한 보수를 책정해 놓고 있었다는 것을 확인할 수 있는 보수지급규정 등 도 제출되지 않았다

② 원고는 비상근이사이기는 하였으나 원고의 명예회장으로서 원고의 업무에 직접적으로 관여한 윤DD을 다른 비상근이사인 김FF과 동일시할 수 없다는 취지로 주장하나, 김FF이 비상근이사로서 원고의 업무에 전혀 관여하지 않았음을 인정할 증거가 없을 뿐더러, 원고가 2008년경 재무구조가 개선되었음에도 윤DD과 달리 김FF에게는 아무런 보수를 지급하지 않았다는 점이 선돗 납득이 되지 않는다.

③ 또한, 갑 2호증, 을 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 서울지방국세청장의 원고에 대한 세무조사(2010.10.19.부터 2010. 11. 17.까지 실시) 당시 서울지방국세청 소속 조사공무원들은 윤DD이 원고의 사무실에 출근한 것을 본 적이 없고, 원고의 직원들은 윤DD은 원고의 사무실에 출근 하지 않으며 단지 매 월말 윤DD이 명예회장으로 있고 윤DD의 사무실이 별도로 있는 GG실업 주식회사로 방문하여 윤DD에게 원고의 재정상황을 중심으로 월말 보고를 한다고 진술하였으며, 원고의 대표이사 김HH(윤DD의 사위)도 ”윤DD이 당사(원고)에서 실제 근무하지 않았다"는 내용의 확인서(을 3호증, 원고는 서울지방국세청 소 속 조사공무원의 회유에 의하여 김HH가 그 의사에 반하여 위 확인서를 작성하였다고 주장하나, 이를 인정할 만한 증거가 없다)를 작성하여 조사공무원에게 제출한 점, 원고 의 사무실에는 윤DD의 사무실이 별도로 없고 윤DD은 1922년생의 고령이며 원고의 임원으로 ’명예회장’인 윤DD 외에 ’회장’ 윤II(윤DD의 동생)이 있는 점, 원고는 윤DD이 이사로서 원고의 경영에 참여하였음을 알 수 있는 이사회 회의록, 주주총회 회의록 등을 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 원고가 제출한 증거들만으로는 윤DD이 원고의 업무에 종사하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 쟁점금액이 업무 종사에 대한 대가인 보수라고 보기도 어렵다.

• 라) 따라서 원고가 윤DD에게 지급한 쟁점금액이 손금으로 인정되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

2. 두 번째 주장에 대한 판단

• 가) 관련 법령의 내용 및 해석

① 구 법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관척이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제 도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인 지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2007. 12. 13 선고 2005두14257 판결 등 참조) 법인세법 시행령 제88조 제l항 제6호 본문은 구 법인세법 제52조 제1항 의 ’조세 의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’의 하나로 ’금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 • 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’를 들고 있고, 구 법인세법 제52조 제2항, 제4항, 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 의하면, 법인이 특수관계에 있는 자에게 시가보다 낮은 대가를 지급받고 용역을 제공한 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 용역의 ’시가’는 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고(법인세법 시행령 제89 조 제1항). 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제2항 에 의한 감정가액 등에 의할 수 있으며, 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 보충적으로 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제 공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금 이자율을 곱하여 산출한 금액에 의하도록 하고 있다(법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호). 한편, 부당행위계산부인의 적용 기준이 되는 ’시가’에 관한 입증책임은 부당행위 계산부인을 주장하는 과세관청에게 있다고 할 것이다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두 15287 판결 등 참조, 이는 아래에서 보는 구 부가가치세법상 부당하게 낮은 대가를 받고 용역을 공급한 경우에서 그 기준이 되는 ’시가’에 관하여서도 마찬가지로 적용된다 할 것이다).

② 구 부가가치세법(2010.1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제3의2호는 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가를 부가가치세의 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 부가 가치세법 시행령2) 제50조 제1항, 제52조 제1항에 의하면, 구 부가가치세법 제13조 제1 항 제3의2호의 ’부당하게 낮은 대가’는 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 낮은 대가이며(제52조 제1항), 특수관계에 있는 자에게 시가보다 낮은 대가를 지급받고 용역을 제공한 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 용역의 ’시가’ 는 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 사업자가 특수관계자외의 불특정다수인과 계속 적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의 하고(제50조 제l항 제1호), 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격에 의하도록 규정하고 있다(제50조 제1항 제2호)

③ 따라서 앞서 본 관련 법령 및 법리에 비추어 피고가 원고의 EE증권에 대한 부동산임대용역(이하 ’이 사건 임대용역’이라 한다)의 시가(= 임대료)를 산정함에 있어서 적용한 방법이 적정한지 여부가 쟁점이므로, 먼저 이에 관하여 살펴본다.

• 나) 갑 2호증, 을 1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 피고는 부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례 규정인 부가가치세법 시행령 제49조의2 제1항 에 따라 임대보증금에 대하여 정기예금이자율을 적용하여 간주임대료를 산정하고, 간주임대료에 월차임을 합한 금액을 임대료로 하여 이를 임대면적으로 나누어 임대단가를 산정하는 방식(이하 ’이 사건 시가산정방식’이라 한다)으로 2005년 제271부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 EE증권 영동지점과 같은 층에 위치한 삼JJJJJ와 KKK푸드가 각 원고로부터 임차한 임차목적물의 임대단가를 산정한 후 이를 산술평균한 펑균단가(이하 ’이 사건 시가’라 한다)를 같은 방식으로 산정한 EE증권 영동지점의 임대단가와 비교하여 원고가 그와 특수관계에 있는 EE증권에 이 사건 시가보다 낮은 가격으로 부동산임대용역을 공급하였다고 보고, 이 사건 시가와 EE증권 영동지점의 임대단가의 차액에 EE증권 영동지점의 임대면적을 곱한 금액을 원고의 익금으로 산업하고, 그에 따라 원고의 법인세 및 부가가치세를 경정하였다. 한편, 피고는 이 사건 임대용역에 대하여 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어 이 사건 시가산정방식이 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항 중 어느 조항에 해당하는지를 명확히 밝히고 있지 않으나, 이 사건 임대용역이 부가가치 세법 제13조 제1항 제3의2호에 정한 부당하게 낮은 대가를 받은 경우에 해당한다고 주장하면서 이 사건 시가산정방식이 부가가치세법 시행령 제50조 제1항 제1호 (법인세 법 시행령 제89조 제1항 과 같은 내용이다)의 규정에 따른 것으로서 합리적이고 적법하다고 주장하므로, 결국 이 사건 시가산정방식은 법인세법 시행령 제89조 제l항 및 부가가치세법 시행령 제50조 제1항 제1호 에 근거하고 있다 할 것이다.
• 다) 그러나 이 사건 변론에 나타난 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고의 이 사건 시가산정방식은 적법하다 할 수 없으므로, 이 사건 처분 중 이와 다른 전제에 서 이루어진 법인세 및 부가가치세 부과처분은 위법하다.

① 이 사건 산정방식에 의하면, EE증권 영동지점과 같은 층에 위치한 JJJJJJ와 KKK푸드의 임대보증금에 부가가치세법 시행령 제49조의2 제1항 의 규정에 의한 정기예금이자율을 곱하여 산정되는 간주임대료에 기반하여 이 사건 임대용역의 시가가 산정되는바, 이는 원고가 특수관계에 있는 자 외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이라고 할 수 없어 법인세법 시행령 제89조 제1항 및 부가가치세법 시행령 제150조 제1항 제1호 에 의한 시가라 할 수 없다.

② 피고로서는 이 사건 임대용역의 시가를 산정함에 있어 법인세법 시행령 제89조 제1항 및 부가가치세법 시행령 제50조 제1항 제1호 에 정한 거래의 실례를 발견할 수 없는 경우, 법인세법 시행령 제89조 제2항 에 의한 감정가액 등에 의하거나, 그러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 에 따라 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련 하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 에 의하여 시가를 산정할 수 있음에도 그와 같은 방법으로 시가를 산정하지 아니한 채 별다른 근거없이 앞서 본 바와 같은 방법으로 시가를 산정하였다. 그러나 그와 같이 임대단가 산정에 있어 부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례 규정인 부가가치세 법 시행령 제49조의2 제1항 의 규정을 적용하여 시가를 산정하여야만 할 합리적인 근 거를 제시하지도 못하고 있다.

③ 나아가 보더라도 갑 2, 9, 10호증, 을 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 특수관계인인 EE증권을 포함하여 원고 소유 건물의 임차인들과 임대차계약을 체결함에 있어 임대면적에 따라 전체 임대료를 책정한 후 위 임대료에서 실제로 임차인들로부터 수령한 임대보증금을 공제한 금액에 1.5%를 곱하여 산출된 금액을 윌 차임으로 책정한 것으로 보이고, 단지 EE증권에 대해서는 다른 임차인들의 임대보증금 비율이 약 30%, 윌 차임 비율이 약 70%인 것과 달리 임대보증금 비율을 60%에서 100%로 책정하였는바, 특수관계인인 EE증권과 특수관계인이 아닌 다른 임차인들을 차별하여 월 차임을 산정하는 이율을 달리 적용함으로써 EE증권으로부터 이 사건 임대용역의 대가를 부당하게 낮게 받았다고 볼 수 없는 이상, 단순히 다른 임차인들과 달리 EE증권에 대하여 임대보증금 비율을 높이 책정하였다 는 것만으로 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결 한 비상적인 것이라고 볼 수는 없다. 이는 부통산임대업에 있어서 임대료를 일부는 임대보증금으로, 일부는 월 차임으로 받기로 한 경우, 임대보증금과 월 차임은 상호 대체 관계에 있어 임대보증금이 많을수록 월 차임은 적어지고 임대보증금이 적을수록 월 차 임은 많아지는 것이며, 이때 월 차임과 임대보증금 상호간의 환산비율 문제는 당사자 사이의 약정에 달려 있는 것이라는 점에서도 그러하다. 라)소결론 이 사건 처분 중 쟁점금액의 익금산입에 따른 2008, 2009 사업연도 법인세 부과 처분 부분은 적법하고, 피고가 이 사건 건물을 저가 임대하였다고 보아 법인세 및 부가가치세를 경정한 부분은 위법하다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분 중 각 부가가치세 부과처분 및 2005 사업연도 내지 2007 사업연도의 각 법인세 부과처분은 모두 위법하고, 2008 사업연도 및 2009 사업연도의 각 법인세 부과처분은 쟁점금액의 익금산입에 따른 각 법인세 부과처분을 제외한 나머지 부분에 한하여 위법하게 되는바, 피고의 과세자료를 토대로 이를 계산하면, 2008 사업연도 법인세 65,788,220원의 부과처분 중 61,195,873원을 초과하는 부분 및 2009 사업연도 법인세 44,526,640원의 부과처분 중 40,561,260원을 초과하는 부분은 각 위법하다.

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.