임차인이 건물을 신축하였음에도 임대인의 명의로 수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서임

사 건 2011구합19390 부가가치세부과처분취소 원 고 정XX 피 고 양천세무서장 변 론 종 결

2011. 8. 26. 판 결 선 고

2011. 9. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 3. 5. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 귀속 부가가치세 163,062,750원의 부과처분을 취소한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하변 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 2007. 7. 2.부터 서울 양천구 신정동 0000-2에서 부동산 임대업을 영위해 온 개인사업자이다.
• 나. 원고는 이AA으로부터 공급가액 합계 30,000,000원의 매입세금계산서 2장을, 주식회사 OO건설로부터 공급가액 합계 920,000,000원의 매입세금계산서 4장(이하 위 매입세금계산서 6장을 통틀어 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)을 각 교부받아 2007년 제2기 부가가치세 신고를 하면서 이 사건 각 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.
• 다. 서울지방국세청장은 2009. 10.경 원고에 대한 개인통합조사를 실시하였고, 그 결과 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 판단하여 피고에게 이를 통보하였다.
• 라. 이에 따라 피고는 이 사건 각 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여, 2010. 3. 5. 원고에게 2007년 제2기 부가가치세 163,062,750원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 이 사건 각 세금계산서에 따른 공급가액은 서울 양천구 신정동 000-2 지상 2층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 신축과 관련된 비용인데, 피고는 이 사건 건물의 신축비용 전부를 원고가 오BB로부터 지급받은 선급임대료로 보아 원고에게 부가가치세 및 종합소득세를 부과하였다. 따라서 이 사건 건물의 신축비용은 원고가 부담하였다고 보는 것이 합리적임에도 불구하고, 피고는 오BB가 그 비용을 부담하였다고 보아 이 사건 각 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하였으므로, 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 을 제2 내지 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 서울 양천구 신정동 0000-2 대지 1,991㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 소유자인 원고는 2007. 4. 7. 오BB와 사이에 임대차보증금 200,000,000원, 차임 월 11,000,000원, 임대차기간 60개월로 각 정하여 이 사건 토지를 임대하는 임대차계약을 체결하면서, 오BB가 위 토지 지상에 주차장 및 점포를 건축한 다음 이를 사용하되, 건축허가시부터 건축완공시까지 소요되는 제반비용 일체를 오BB가 부담하고, 건축물 및 시설물 일체를 계약 만료 후 원고에게 무상으로 인도하기로 약정한 사실, 오BB가 위 약정에 따라 자신의 비용으로 이 사건 건물을 신축하면서, 원고 명의로 2009. 1. 9. 건축허가 및 소유권보존등기를 경료한 사실, 한편 오BB로부터 차임을 지급받지 못한 원고는 2009. 4. 17. 오BB를 상대로 서울남부지방법원 2009가합8131호 부동산인도등 청구소송을 제기하였는데, 위 청구소송에서 원고는 오BB가 이 사건 토지 위에 이 사건 건물을 신축한 후 현재까지 이를 점유ㆍ사용하고 있다고 주장하면서 이 사건 건물의 철거와 이 사건 토지의 인도를 구한 사실, 위 청구소송이 진행 중인 2009. 6. 23. 원고는 오BB와 사이에 오BB가 원고에게 연체된 임대료를 일시불로 완납하고, 구축물매수청구권을 행사하지 아니한다는 내용으로 합의한 사설을 인정할 수 있는바, 위 인정사실과 을 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 드러나는 다음과 같은 사정들, 즉, 건축완공시까지 소요되는 모든 비용을 오BB가 부담하였을 뿐만 아니라, 이 사건 건물의 소유권보존등기가 원고 앞으로 경료된 이후에도 원고는 그 소유권이 오BB에게 있음을 전제로 이 사건 건물의 철거를 구한 점, 구축물매수청구권을 행사하지 않는다는 2009. 6. 23.자 합의 역시 이 사건 건물이 오BB의 소유임을 전제로 한 약정인 점, 원고는 2009. 10. 28 세무공무원에게 오BB가 수취해야 할 건물신축 관련 이 사건 각 세금계산서를 원고 명의로 수취하여 부당하게 환급받았다는 내용의 확인서를 작성하여 교부한 점 등에 비추어 보면, 위 각 세금계산서에 따른 재화 내지 용역을 공급받은 자는 원고가 아닌 오BB이고, 그에 따른 공급가액 또한 오BB가 실제 지급하였다고 봄이 상당하다. 결국 이 사건 각 세금계산서에 따른 거래의 상대방은 오BB라고 할 것임에도, ‘공급받은 자’의 등록번호 란에 오BB의 등록번호가 아닌 원고의 등록번호가 기재되어 있는 이상, 이는 부가가치세법 제16조 제1항 제2호 가 정한 세금계산서의 필요적 기재 사항인 ‘공급받은 자의 등록번호’가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다. 따라서 이 사건 각 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하지 아니한 피고의 이 사건 부과 처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.