주식 취득시 순자산을 초과하여 지급한 금액은 합병시 취득한 영업권의 대가라고 볼 수 없음

사 건 2011구합1740 법인세경정거부처분취소 원 고 주식회사 AAAAA은행 피 고 송파세무서장 변 론 종 결

2012. 9. 27. 판 결 선 고

2012. 11. 8.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 5. 6. 원고에 대하여 한 2006-2008 사업연도 귀속 법인세 합계 000원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1968. 6. 22. BBBB상역 주식회사로 설립되어， 1972. 12. 29. 주식회사 CCCC신용금고로 GGG를 변경하였으며， 할부상환방법에 의한 소액신용대출만을 취급하여 오던 중 1973. 1.경 GGG신용금고 업무인가를 받아 GGG신용금고업무를 개시하였다. 그 후 원고는 2002. 3. 1. 주식회사 DDDD저축은행으로 GGG를 변경하였다가， 2010. 9. 24. 현재의 GGG(주식회사 AAAAA은행)로 변경하였다.
• 나. 원고는 1997. 1. 17. 주식회사 EEE파이낸스(이하 ’EEE파이낸스’라고 한다)와 함께 안양시 동안구 OO동 0000에 소재한 주식회사 FFF신용금고(1997. 2. 24. 주식회사 DDDD신용금고로 GGG가 변경되었다， 이하 ’DDDD신용금고’라고 한다)로 부터 그 회사 발행주식 전체인 110，000주를 000원에 매수하기로 하는 주식매매계약 (이하 ’이 사건 주식매매계약’이라고 한다)을 GGG 체결하였고， 그 주요내용은 다음과 같다. (주요내용 생략) O DDDD신용금고는 1997. 1. 31. 현재 금고의 총주식 및 금고 소유의 재산， 영업권일체를 양도한다. 단， 원고와 EEE파이낸스는 동일지분으로 각 50%씩 양수키로 한 다(이하 원고가 양수한 주식 55，000주를 ’이 사건 주식’이라고 한다). O 이 사건 주식매매계약의 매매가액은 자기자본금 000원(납입자본금 000원 + 법 정 적립금 000원 + 기업 합리화 적립금 000원 + 임의적립금 000원) 및 경영권 프리미엄 000원 합계 000원 으로 산출하였다.
• 다. 그 후 원고와 EEE파이낸스는 회수불능 및 회수의문 채권에 대한 실사과정을 거쳐 최종 확정된 이 사건 주식매매계약의 매매대금 51억 원을 지급하고 DDDD신용 금고의 발행주식을 취득하였다.
• 라. 또한 원고는 1997. 4. 2. DDDD신용금고의 유상증자 과정에서 000주를 인수하여 DDDD신용금고 주식의 00%를 소유하게 되었고， 2000. 8. 7. EEE파이낸 스로부터 DDDD신용금고의 주식 55，000주를 취득하여 DDDD신용금고의 주식 100%를 소유하게 되자， 2000. 9. 27. DDDD신용금고를 합병비율 1:0으로 흡수합병하였다(이하 ’이 사건 합병’이라고 한다).
• 마. 원고는 이 사건 합병시 취득한 영업권의 가액을 000원(= 주식취득원가 000원 - 순자산 가액 000원)으로 계상하여 20년에 걸쳐 각 사업연도에 000원을 균등상각하였다. 원고는 위와 같이 합병에 의해 취득한 영업권에 대하여 감가상각을 하였으나 2000 사업연도부터의 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 영업권에 대한 상각액을 전액 손금불산입하였다가 2010. 3. 26. 피고에 게 법령의 부지를 이유로 경정청구가 가능한 2006-2008 사업연도의 감가상각비를 손금에 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여 줄 것을 청구하였으나，피고는 2010. 5. 6. 이를 거부하였다(이하 ’이 사건 거부처분‘이라고 한다).
• 바. 이에 원고는 2010. 7. 7. 조세심판원에 이 사건 거부처분에 대하여 심판청구를 하 였으나， 이는 2010. 10. 15. 기각되었다. 【인정근거】 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 7호증， 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 합병 절차의 일환으로 이 사건 주식매매계약을 통해 이 사건 주식을 취득하였는데， 매수당시 원고는 DDDD신용금고의 사업상 가치를 인정하여 CCCC신용금고의 장부상 순자산가액보다 000원{= (이 사건 주식의 취득가액 000원 - DDDD신용금고의 순자산가액 000원) x 50%(주식취득비율)}을 추가로 지급하였다. 그런데 원고는，① GGG신용금고의 경우 영업지역에 대한 엄격한 규제가 있어 주된 영업소를 제외한 지점·출장소 등을 설치할 수 없어 경기도에 위치한 DDDD신용금고를 합병함으로써 경기도 지역에 영업망을 확대할 수 있었던 점，② GGG신용금고의 경우 인가를 받아 지점을 설립하는 경우에도 자본금 등의 제한이 있었으나，DDDD신용금고의 경우 위 제한이 적용되지 않아 지점 등의 설치에 대한 인가 의 혜택이 주어졌고， 실제로 이 사건 합병을 통하여 분당 지점을 설립한 점，③ DDDD신용금고가 원고와 달리 ’소액다구좌’ 중심으로 고객층이 형성되어 있어 원고의 고객 구성을 다양화하여 안정적으로 수신자금을 조달할 수 있었던 점 등을 고려하여，이 사건 주식 매수시 DDDD신용금고에게 이에 대한 대가로 추가금액을 지급한 것이다. 따라서 위 추가지급금액 000원은 감가상각 자산인 법인세법 시행령 제24조 제4항이 규정하는 영업권 취득에 대한 대가에 해당하므로， 이와 다른 전제에 선 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지기재
• 다. 판단 1) 법인세법 시행령(2008년도 귀속분에 관하여는 2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것， 2006， 2007년도 귀속분에 관하여는 2008. 2. 29. 대통령령 제20720 호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항 제2호 가목， 제4항에 따르면 기업합병에 있어서 법인세법상 영업권으로 인정되는 것은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 GGG·거래관계 기타 영엽상의 비밀 등으로 사엽상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한정되고 그러한 자산성 있는 영엽권에 한하여 이를 감가상각자산으로 보고 있다. 따라서 법인세법상 영업권이 되기 위한 필요충분조건은 첫째，영업권이 사업상 가치가 있어야 하고， 둘째， 유상으로 취득한 것이어야 할 것이다. 또한 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제80조 제2항은 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식(이하 ’포합주식’이라고 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식에 대하여 합병 법인의 주식 등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식의 취득 가액을 가산한 금액으로 한다고 규정하고， 재정경제부 예규(재경부 법인 46012-107， 2002. 5. 30.)는 합병법인이 포합주식을 취득하면서 사업상의 가치 등을 평가하여 순자 산가치보다 높은 대가를 지급한 후 합병시 포합주식에 대하여 자기주식을 교부하지 않고 소각한 경우에도 포합주식 취득 이후 합병이 2년 이내에 이루어져 포합주식의 취득 가액이 합병대가에 포함되어 청산소득으로 법인세가 과세되었다면 포합주식 취득시 지급된 금액도 법인세법 시행령 제24조 제4항 의 규정을 적용함에 있어 영업권 취득을 위하여 지급된 대가로 인정될 수 있다고 규정한다. 위와 같은 법리를 바탕으로 이 사건에 관하여 살피건대， 앞서 인정한 사실을 종합하면 알 수 있는 다음과 같은 사정， 즉 ① 원고는 1997. 1. 17.부터 2000. 8. 7.까지 순차적으로 DDDD신용금고의 주식을 취득하여 100% 주주가 되자， 2000. 9. 27. GGG신용금고를 1:0의 합병비율로 합병하였는바， 합병법인인 원고가 피합병법인인 GG신용금고에게 합병 당시 영업권 취득 명목으로 어떠한 대가를 지급한 것은 아니므로， 설령 원고가 합병 이전에 DDDD신용금고로부터 사업상 가치가 있는 영업권을 취득하였다고 하더라도 이를 두고 원고가 합병시 DDDD금고의 영업권을 유상으로 취득한 것이라고 보기 어려운 점，② 원고가 1997. 1. 17. DDDD신용금고와 체결한 이 사건 주식매매계약은 주식을 취득하기 위한 매매계약에 불과할 뿐이므로， 원고 주장과 같이 이 사건 합병 절차의 일환으로 보아 이 사건 주식 취득가액을 합병대가에 포함시킬 아무런 근거가 없는 점，③ 이 사건 주식의 취득가액이 예외적으로 이 사건 합병의 대가에 포함되기 위해서는 위 법인세법 제80조 제2항 에 따라 원고가 이 사건 주식을 합병등기일로부터 2년 이내 취득한 것이어야 한다는 요건을 갖추어야 할 것임 에도 원고는 이 사건 합병등기일인 2000. 9. 27.로부터 2년이 경과하였음이 역수상 명백한 1997. 1. 31. 이 사건 주식을 취득하였는바， 이 사건 주식의 취득가액을 이 사건 합병의 대가에 포함시킬 수 없는 점 등을 종합하면， 원고가 이 사건 주식 취득시 GGG신용금고에게 순자산을 초과하여 지급한 금액은 이 사건 합병시 취득한 영업권의 대가라고 볼 수 없으므로， 이와 다른 전제에선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여， 주문과 같이 판결한다.