1. 처분의 경위
- 가. 원고들은 말레이시아 라부안 소재 △△ Korea Holding Ltd(이하 ’△△’라 한다)가 각 100% 출자한 외국인 투자법인이고, △△는 일본국 법인인 □□ Corporation(이하 ’□□’라 한다)이 100% 출자한 외국법인이다.
- 나. 이 사건 처분의 경위
1. 원고 XXOO병합발전 유한회사(이하 ’원고 XXOO’이라 한다) (가) 원고 XXOO은 주주인 △△에 2006. 11. 30. 배당금 210억 원(이하 ’XXOO 배당소득 1’이라 한다)을, 2009. 3. 19. 배당금 142억 원(이하 ’XXOO 배당 소득 2’라 한다)을 각 지급하였고, 2006. 12. 11. XXOO 배당소득 1에 대하여 구 법인세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제98조의5 제1항, 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제98조 제1항 제3호에 따라 원천징수세율 25%를 적용한 52억 5,000만 원을 2006 사업연도 법인세로 원천징수하여 피고 OO세무서장에게 납부하였다. (나) 그 후 △△는 2007. 8. 16. 피고 OO세무서장에게 한·말레이시아 조세조약 제10조 제2항 가목의 제한세율 9.09%(주민세 포함 10%)를 적용받고자 구 법인세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제98조의5 제2항에 따른 원천징수특례 적용을 위한 경정청구를 하였는데, 피고 OO세무서장은 2008. 1. 14. △△가 XXOO 배당소득 1의 실질적 귀속자가 아니라는 이유로 위 경정청구를 거부하였다. (다) 이에 △△의 주주인 □□는 2008. 6. 19. 피고 OO세무서장에게 XXOO 배당소득 1에 대하여 ’대한민국과 일본국 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약’(이하 ’한·일 조세조약’이라 한다) 제10조 제2항 가목2)의 제한 세율 4.54%(주민세 포함 5%, 이하 ’제한세율 5%’라 한다)를 적용받고자 원천징수특례 적용을 위한 경정청구를 하였고 이에 피고 OO세무서장은 2009. 3. 19. 기납부 세액 52억 5,000만 원에서 제한세율 5%를 적용한 세액 954,545,460원을 차감한 4,295,454,540원에 환급가산금 458,247,680원을 가산하여 원고 XXOO에 환급하였다. (라) 또한, □□는 XXOO 배당소득 2에 대하여도 한·일 조세조약 제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용받고자 2009. 1. 7. 중부지방국세청장에게 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제98조의5 제1항에 따른 원천 징수특례 사전승인 신청을 하였고, 중부지방국세청장은 2009. 3. 5. 위 배당소득의 실질적 귀속자를 □□로 보아 위 신청을 승인하였으며, 이에 원고 XXOO은 중부지방국세청장의 위 사전승인을 근거로 2009. 4. 10. 위 배당소득에 대하여 제한세율 5%를 적용한 645,454,540원을 2009 사업연도 법인세로 원천징수하여 피고 OO세무서장에게 납부하였다. (마) 그 후 중부지방국세청장은 XXOO 배당소득 1, 2와 관련하여 □□가 원고 XXOO의 주식을 직접 소유하지 않고 △△를 통하여 간접 소유하고 있음을 이유로, 2009. 12. 30. 원고 XXOO에 한·일 조세조약 제10조 제2항 나목에 따라 제한세율 13.63%(주민세 포함 15%, 이하 ’제한세율 15%’라 한다)를 적용하여 수정신고 할 것을 안내한 후, 2010. 3. 22. 배당소득에 대한 제한세율 적용 오류에 대한 경정을 이유로 원고 XXOO에 2006 사업연도 및 2009 사업연도 원천징수 법인세 합계 3,532,809,040원을 과세할 예정임을 통지하였고, 피고 OO세무서장은 위 과세예고통지를 근거로 XXOO 배당소득 1, 2에 대하여 제한세율 15%를 적용하여 2006 사업연도 및 2009 사업연도 원천징수 법인세를 재계산한 다음, 2010. 7. 19. 원고 XXOO에 2006 사업연도 원천징수 법인세 2,112,809,040원, 2009 사업연도 원천징수 법인세 1,420,000,000원(원천징수불이행 가산세 129,090,910원 포함)을 추가로 징수하는 처분을 하였다.
2. 원고 XX유류 유한회사(이하 ’원고 XX유류’라 한다) (가) 원고 XX유류는 주주인 △△에 2007. 4. 27. 배당금 17억 4,100만 원(이하 ’XX유류 배당소득 1’이라 한다)을, 2008. 9. 24. 배당금 9억 3,700만 원(이하 ’XX유류 배당소득 2’라 한다)을, 2009. 5. 8. 배당금 2억 5,000만 원(이하 ’XX유류 배당소득 3’이라 한다)을 각 지급하였고, 2007. 5. 9. XX유류 배당소득 1에 대하여 구 법인세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제98조의5 제1항, 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제98조 제1항 제3호에 따라 원천징수세율 25%를 적용한 435,250,000원을 2007 사업연도 법인세로 원천징수하여 피고 평택세무서장에게 납부하였다. (나) 이에 대하여 △△의 주주인 □□는 2008. 6. 18. 피고 평택세무서장에게 XX유류 배당소득 1에 대하여 구 법인세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제98조의5 제2항에 따른 원천징수특례 적용을 위한 경정청구를 하였고, 이에 피고 평택세무서장은 2009. 3. 24. 기납부 세액 435,250,000원에서 제한세율 5%를 적용한 세액 79,136,370원을 차감한 356,113,630원에 환급가산금 32,132,840원을 가산하여 원고 XX유류에 환급하였다. (다) 또한, □□는 XX유류 배당소득 2에 대하여도 한·일 조세조약 제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용받고자 2008. 6. 11. 중부지방국세청장에게 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제98조의5 제1항에 따른 원천징수특례 사전승인 신청을 하였고, 중부지방국세청장은 2008. 8. 20. 위 배당소득의 실질적 귀속자를 □□로 보아 위 신청을 승인하였으며, 이에 원고 XX유류는 중부지방국세청장의 위 사전승인을 근거로 제한세율 5%를 적용하여 2008. 10. 10. XX유류 배당소득 2에 대하여 42,590,000원을 2008 사업연도 법인세로, 2009. 6. 10. XX유류 배당소득 3에 대하여 11,363,640원을 2009 사업연도 법인세로 각 원천징수 하여 피고 평택세무서장에게 납부하였다. (라) 그 후 중부지방국세청장은 XX유류 배당소득 1 내지 3과 관련하여 □□가 원고 XXOO의 주식을 직접 소유하지 않고 △△를 통하여 간접 소유하고 있음을 이유로, 2009. 12. 30. 원고 XX유류에 한·일 조세조약 제10조 제2항 나목에 따라 제한세율 15%를 적용하여 수정신고할 것을 안내한 후, 2010. 3. 22. 배당소득에 대한 제한세율 적용 오류에 대한 경정을 이유로 원고 XX유류에 2007 사업연도 내지 2009 사업연도 원천징수 법인세 합계 290,522,160원을 과세할 예정임을 통지하였고, 피고 평택세무서장은 위 과세예고통지를 근거로 XX유류 배당소득 1 내지 3에 대하여 제한세율 15%를 적용하여 2007 사업연도 내지 2009 사업연도 원천징수 법인세를 재계산한 다음, 2010. 7. 19. 원고 XX유류에 2007 사업연도 원천징수 법인세 172,553,980원, 2008 사업연도 원천징수 법인세 93,700,010원(원천징수불이행 가산세 8,518,180원 포함), 2009 사업연도 원천징수 법인세 24,268,170원(원천징수불이행 가산세 1,540,900원 포함)을 추가로 징수하는 처분을 하였다.
3. 원고 XX개발 유한회사(이하 ’원고 XX개발’이라 한다) (가) 원고 XX개발은 주주인 △△에 2008. 9. 24. 배당금 3,900만 원(이하 ’XX 개발 배당소득’이라 한다)을 지급하였고, △△의 주주인 □□는 XX개발 배당소득에 대하여 한·일 조세조약 제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용받고자 2008. 4. 30. 서울지방국세청장에게 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제98조의5 제1항에 따른 원천징수특례 사전승인 신청을 하였고, 서울지방국세청장은 2008. 7. 25. XX개발 배당소득의 실질적 귀속자를 □□로 보아 위 신청을 승인하였으며, 이에 원고 XX개발은 위 사전승인을 근거로 2009. 1. 12. 사이스개발 배당소득에 대하여 제한세율 5%를 적용한 1,772,720원을 2008 사업연도 법인세로 원천징수하여 피고 종로세무서장에게 납부하였다. (나) 그 후 서울지방국세청장은 XX개발 배당소득과 관련하여 □□가 원고 XX개발의 주식을 직접 소유하지 않고 △△를 통하여 간접 소유하고 있음을 이유 로, 2010. 3. 31. 원고 XX개발에 2008 사업연도 원천징수 법인세 3,900,000원을 과세할 예정임을 통지하였고, 피고 종로세무서장은 위 과세예고통지를 근거로 XX개발 배당소득에 대하여 제한세율 15%를 적용하여 2008 사업연도 원천징수 법인세를 재계산한 다음, 2010. 7. 12. 원고 XX개발에 2008 사업연도 원천징수 법인세 3,900,000원(원천징수불이행 가산세 354,540원 포함)을 추가로 징수하는 처분을 하였다.
4. 원고 XXOO병합발전 유한회사(이하 ’원고 XXOO’라 한다) (가) 원고 XXOO는 주주인 △△에 2006. 4. 28. 배당금 28억 원(이하 ’XXOO 배당소득 1’이라 한다)을, 2008. 9. 24. 배당금 15억 4,100만 원(이하 ’XXOO 배당소득 2’라 한다)을, 2009. 5. 8. 배당금 15억 2,000만 원(이하 ’XXOO 배당소득 3’이라 한다)을 각 지급하였고, 2006. 5. 9. XXOO 배당소득 1에 대하여 한·말레이시아 조세조약 제10조 제2항 가목의 제한세율 9.09%(주민세 포함 10%)를 적용한 254,545,450원을 2006 사업연도 법인세로 원천징수하여 피고 OO세무서장에게 납부하였다(외국법인에 대한 원천징수절차의 특례 규정은 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 법인세법 제98조의5 에 신설되었으나, 위 법률 부칙 제19조에 따라 2006. 7. 1. 이후 최초로 원천징수하는 분부터 적용되었기 때문에 XXOO 배당소득 1에 대하여는 적용되지 않았다). (나) 그 후 △△의 주주인 □□는 XXOO 배당소득 2에 대하여 한·일 조세 조약 제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용받고자 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제98조의5 제1항에 따른 원천징수특례 사전승인 신청을 하였고, 광주지방국세청장은 2008. 8. 7. XXOO 배당소득 2의 실질적 귀속자를 □□로 보아 위 신청을 승인하였으며, 이에 원고 XXOO는 위 사전승인을 근거로 제한세율 5%를 적용하여 2008. 10. 10. XXOO 배당소득 2에 대하여 70,045,450원을 2008 사업연도 법인세로, 2009. 6. 10. XXOO 배당소득 3에 대하여 69,090,910원을 2009 사업연도 법인세로 각 원천징수하여 피고 OO세무서장에게 납부하였다. (다) 그 후 광주지방국세청장은 XXOO 배당소득 1 내지 3과 관련하여 □□가 원고 XXOO의 주식을 직접 소유하지 않고 △△를 통하여 간접 소유하고 있음을 이유로, 2010. 4. 1. 원고 XXOO에 2006 사업연도, 2008 사업연도, 2009 사업 연도 원천징수 법인세 합계 445,713,100원을 과세할 예정임을 통지하였고, 피고 OO 세무서장은 위 과세예고통지를 근거로 XXOO 배당소득 1 내지 3에 대하여 제한세율 15%를 적용하여 2006 사업연도, 2008 사업연도, 2009 사업연도 원천징수 법인세를 재계산한 다음, 2010. 7. 14. 원고 XXOO에 2006 사업연도 원천징수 법인세 140,000,000원, 2008 사업연도 원천징수 법인세 154,100,000원(원천징수불이행 가산세 14,009,090원 포함), 2009 사업연도 원천징수 법인세 151,999,990원(원천징수불이행 가산세 13,818,180원 포함)을 추가로 징수하는 처분을 하였다.
1. 원고들은 위 각 징수처분에 불복하여 2010. 10. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2011. 5. 12. 원고들에게 원천징수불이행의 귀책사유가 있다고 볼 수 없다는 이유로 원고들에 대한 위 각 징수처분 중 원천징수불이행 가산세 부분을 감액하고, 나머지 심판청구를 각 기각하는 결정을 하였다.
2. 당초 위 각 징수처분의 내역 및 위 조세심판원의 심판결정에 따라 감액된 후의 내역을 요약한 표는 아래와 같다(이하 위 각 징수처분 중 각 원천징수불이행 가산세 부분이 감액된 나머지 부분을 통틀어 ’이 사건 처분’이라 하고, 아래 표 기재의 각 배당소득을 통틀어 ’이 사건 배당소득’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 25호증, 을 1 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지