지원받은 유가보조금 중 기사부담분 유가보조금은 회사의 수익으로 볼 수 없음

사 건 2011구합13873 법인세부과처분취소 원 고 AA기업 주식회사 피 고 서대문세무서장 변 론 종 결

2011. 11. 16. 판 결 선 고

2011. 12. 21.

1. 피고가 원고에 대하여 한, 2010. 2. 2.자 2005 사업연도(2004.7.1.-2005.6.30) 귀속 법인세 62，220，290원의 부과처분 중 27，868，764원을 초과하는 부분, 2010. 2. 2 자 2006 사업연도(2005.7.1.-2006.6.30) 귀속 법인세 128，201，336원의 부과처 분 중 22，569，179원을 초과하는 부분, 2010. 2. 9.자 2007 사업 연도(2006.7.1. -2007.6.30，) 귀속 법인세 100，931，955원의 부과처분 중 73，075，892원을 초과하는 부분, 2010. 2. 9.자 2008 사업 연도(2007.7.1.-2008.6.30')귀 속 법인세 95，753，720원의 부과처분 중 70，969，351원을 초과하는 부분, 2010. 2. 2.자 2009 사 업연도(2008.7.1.-2009.6.30')귀속 법인세 86，344，840원의 부과처분 중 61，051，491원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 각 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지 1/2은 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 한, 2010. 2. 2.자 2005 사엽연도(2004.7.1.-2005.6.30) 귀속 법인세 62，220，290원의 부과처분, 2010. 2. 2.자 2006 사업연도(2005.7.1.-2006.6.30')귀속 법인세 128，201，336의 부과처분, 2010. 2. 9.자 2007 사업연도(2006.7.1. -2007.6.30，) 귀속 법인세 100，931，955원의 부과처분, 2010. 2. 9 자 2008 사업연도 (2007.7.1.-2008.6.30，) 귀속 법인세 95，753，720원의 부과처분, 2010. 2. 2.자 2009 사업연도(2008.7.1.-2009.6.30，) 귀속 법인세 86，344，840~원의 부과처분을 각 취소한다.1)

• 가. 피고는 2009. 10. 26.부터 2009. 11. 13.까지 택시운송업을 영위하는 원고 법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2004. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지 소속 택시기사들이 정액사납금을 초과하는 수입획득을 위해 추가로 직접 부담한 유류비 1，431，349，000원(이하 ’기사부담분 유류비’라 한다)을 원고 회사의 비용으로 처리하여 법인세를 신고·납부하고 관련 매입세액을 공제받은 사실 등을 발견하고, 원고에게 아 래 표에서 보는 바와 같이 법인세 및 부가가치세를 각 경정·고지하였다(이 중 5개 사 업연도 귀속 각 법인세 부과처분을 합쳐 ’이 사건 각 처분’이라 하고, 5개사업연도를 합쳐 ’이 사건 각 사업 연도’라고 한다).
• 나. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2010. 4. 27. 국세청장에게 심사청구를 제기 하였으나, 국세청장은 2011. 1. 28. 기각결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제2 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 이 사건 각 처분은 아래와 같은 내용이 전혀 반영되지 않았으므로 위볍하여 취소되어야한다.

1. 유가보조금 부분 원고 회사가 이 사건 각 사업연도 기간 동안 비용으로 계상한 유류비 중 원고 회사 소속 택시기사들이 부담한 기사부담분 유류비를 원고 회사의 비용으로 볼 수 없어 손금에 산입할 수 없다고 한다면, 원고 회사가 이 사건 각 사업연도 기간 동안 수익으로 계상한 유가보조금 중 기사부담분 유류비에 지원된 유가보조금(이하 ’기사부담분 유 가보조금’이라 한다) 400，604，288원 역시 원고 회사가 소속 택시기사들에게 이를 실제 지급하였는지 여부를 불문하고 수익·비용 대응원칙에 따라 익금에 산입되어서는 아니 되고, 가사 원고 회사가 소속 택시기사들에게 기사부담분 유가보조금을 실제 지급한 경우에 한하여 익금에 산입할 수 없다고 본다고 하더라도 원고 회사 소속 택시기사들 이 작성한 확인서 등에 의하면 원고 회사가 소속 택시기사들에게 기사부담분 유가보조 금을 실제 지급하였음이 명백하므로, 결국 원고 회사가 전액 수익으로 계상한 유가보조금 중 기사부담분 유가보조금은 어느 모로 보나 익금에 산입되어서는 아니 된다

2. 직원식대 부분 원고 회사는 이 사건 각 사업연도 기간 동안 직원들의 복리후생 목적으로 직원들 이 구내식당을 이용함으로써 발생한 직원식대 200，816，500원(이하 ’이 사건 직원식대’ 라 한다)을 원고 회사가 대납하였으나 비용으로 계상하는 것을 누락하였으므로, 이 사 건 직원식대는 추가로 손금에 산입되어야 한다.

3. 노조활동비 부분 원고는 이 사건 각 사업연도 기간 동안 원고 회사의 노조위원장인 채CC에게 노조활동비 216，000，000원(이하 ’이 사건 노조활동비’라 한다)을 지급하였으나 이를 비용으로 계상하는 것을 누락하였으므로, 이 사건 노조활동비 역시 추가로 손금에 산입되어야한다.

4. 과대계상 매출액 부분 원고는 2006 사업연도 법인세 신고를 위하여 회계자료를 가결산한 결과 당기순손실이 발생하여 이를 감추기 위하여 부득이 2006. 4. 내지 6. 3개월간 매월 6，000만 원 씩 실제 발생하지도 않은 매출액을 장부상 과대계상하여 법인세 신고를 하였으므로, 이 부분 과대매출액 1억 8，000만 원은 익금에 산입되어서는 아니된다. 나.인정사실

1. 원고 회사의 수입 및 비용 구조

• 가) 원고 회사는 노사 합의로 소속 택시기사들에게 택시 1대당 1일 25리터의 LPG를 무상으로 제공하고 정 액사납금을 입금받는 대신에 소속 택시기사들이 정액사납금을 초과하는 수입획득을 위해 LPG를 초과 구입함으로써 발생한 유류비는 택시기사 들이 직접 부담하기로 하는 내용의 정액사납금제를 실시하고 있다.
• 나) 원고 회사는 소속 택시기사들로부터 매일 정액사납금을 입금받은 후 그 총 액을 계산하여 이를 일일운송수업으로 계상하고 있고, 정부로부터 지원받은 유가보조 금에 대해서는 지원받은 즉시 이를 전액 잡수익으로 계상하고 있다. 한편 원고 회사는 이 사건 각 사업연도 기간 동안 원고 회사가 부담한 LPG 구업대금 뿐만 아니라 소속 택시기사들이 별도로 부담한 LPG 구입대금을 모두 합쳐 원고 회사의 비용으로 계상하 였다.

2. 유가보조금 수령내역 원고 회사는 이 사건 각 사업연도 기간 동안 정부로부터 유가보조금을 수령하였는데, 그 중 기사부담분 유가보조금 수령내역을 이 사건 각 사업연도별로 구분하여 살펴보면 다음과 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 12, 15 내지 21호증, 을 제4호증(가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지 다.판단

1. 기사부담분 유가보조금을 익금불산입하여야 한다는 주장에 대하여 살피건대, 앞서 인정한 사실관계에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 유가보조금은 운수사업자에게 지원되는 보조금이기는 하나 유가보조금제도가 유류세 인상 등으로 인한 유류비 부담을 완화하는 데 그 목적이 있다는 점을 감안하면, 운수사업자들 사이에서 뿐만 아니라 이 사건과 같이 택시회사인 운수사업자와 그 소속 택시기사들 사이에서도 유가보조금 귀속에 대한 별도 약정을 하였다는 등의 특별한 사정이 없는 이상 유가보조금은 실질적으로 유류비를 부담한 자에게 종국적으로 귀속되어야 한다고 봄이 상당한 점(대법원 2010. 3. 25. 선 고 2009다10614 판결 참조), ② 원고 회사의 경우 노사 합의에 따라 원고 회사가 소속 택시기사들에게 택시 1대당 1일 25리터의 LPG를 무상으로 제공하고 정액사납금을 입 금 받는 대신에 소속 택시기사들이 추가 수업을 위해 무상 제공된 LPG 외에 추가로 구입하는 LPG 유류대금에 대해서는 본인들이 직접 부담하기로 약정하였고, 달리 원고 회사와 소속 택시기사들 사이에 기사부담분 유가보조금 귀속에 대한 별도의 약정은 없었던 것으로 보이는바, 이에 따르면 기사부담분 유가보조금은 원고 회사 속 택시기 사들에게 귀속되는 금원임이 명백한 점，③ 그럼에도 원고는 이 사건 각 사업연도 기간 동안에 기사부담분 유가보조금 399，593，783원을 포함하여 정부로부터 지원받은 유가보조금 전 액을 장부상 원고 회사의 수익으로 계상하였는바[원고는 유류비로 실제 지 출한 기간을 기준으로 하여 이 사건 각 사업연도 기간 동안 수령한 기사부담분 유가보조금이 400，604，288원이라고 주장하는 것으로 보이나(갑 제5호증), 원고 회사는 유가보조금을 지원받은 시점에 이를 잡수익으로 계상하였기 때문에 입금일 기준으로 산정하는 것이 타당하다], 기사부담분 유가보조금이 원고 회사 소속 택시기사들에게 귀속된다 고 보는 이상 원고 회사가 소속 택시기사들에게 이를 실제 지급하였는지 여부를 불문 하고 기사부담분 유가보조금을 원고 회사의 수익으로 볼 수는 없는 점(원고가 소속 택시기사들에게 기사부담분 유가보조금을 실제 지급하지 아니하였다면 부당이득반환 문 제만이 남을 뿐이다), ④ 또한 원고 회사가 이 사건 각 사업연도 기간 동안 비용으로 계상한 유류비 중 기사부담분 유류비는 원고 회사 비용이 아니라는 이유로 손금에 산입되지 아니하였음에도 불구하고, 이 사건 각 사업연도 기간 동안 수익으로 계상한 유가보조금 중 기사부담분 유가보조금을 익금에 산입하는 것은 수익·비용 대응원칙에도 반한다고 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고 회사가 이 사건 각 사업연도 기간 동안 지원받은 유가보조금 중 기사부담분 유가보조금은 원고 회사가 이를 원고 회사 소속 택시기사들에게 실제 지급하였는지 여부를 불문하고 원고 회사의 수익으로 볼 수 없다 고 봄이 상당하므로, 결국 원고 회사가 이 사건 각 사업연도에 수령한 기사부담분 유가보조금 399，593，783원은 익금에 산입되어서는 아니 된다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

2. 이 사건 직원식대를 추가로‘손금산입하여야 한다는 주장에 대하여 살피건대, 갑 제4, 8, 26호증, 을 제4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 채CC 의 일부 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고 회사 지하 1층에서 직원식당을 운영해 왔다는 오DD은 이 사건 각 사업연도 기간 동안 직원식당을 운영하면서 원고 회사로부터 이 사건 직원식대 200，816，500원 (2005 사엽 연도 35，887，500원, 2006 사업 연도 39，154，500원, 2007 사업 연도 43，302，500 원, 2008 사업연도 43，700，000원, 2009 사업연도 41，772，000원)을 현금으로 지급받았다 는 취지의 확인서(갑 제8호증의1)를 작성하였고, 원고 회사 직원이자 노조위원장인 채 CC도 이 법정에 증인으로 출석하여 ’원고 회사 직원들이 직원식당에서 이용하여 발생된 식대는 월 단위로 계산하여 원고 회사가 대신 납부하였다’는 취지로 증언하였으나, 위 관련자들의 진술 이외에는 이 사건 직원식대를 원고 회사가 대납하였음을 입증할만한 객관적인 자료는 전혀 없는 점(원고는 식사인원이 기재된 오DD 작성의 수가 장부도 함께 증빙으로 제출하였으나, 위 수기장부는 그 인원에 해당하는 식대가 발생하였음을 입증하는 자료로 볼 수 있는 것은 별론으로 하고, 이 사건 식대를 원고가 대납하였음을 입증하는 자료로 볼 수는 없다), ② 원고가 직원식대를 대납하여 왔다면 이 는 명백히 비용으로 처리할 수 있는 항목임에도 5년 동안 매년 3，000-4，000만 원에 이르는 직원식대를 장부상 비용으로 계상하는 것을 누락해 왔다는 것은 도저히 납득하기 어려운 점，③ 더욱이 원고 회사가 위와 같이 매월 정기적으로 수백만 원씩 직원식대 로 지급하여 왔다면 그 지급 시기나 금액을 명확히 하기 위해서라도 법인 계좌를 통해 서 지급하였을 것으로 보임에도 원고 회사가 이 사건 각 사업연도 기간 동안 오DD과 재화거래를 한 내역은 전혀 확인되지 않고, 부득이 직원식대를 현금으로 지급하였다고 하더라도 적어도 그 지급내역을 확인할 수 있는 장부 등은 작성·보관하고 있었을 것으로 보임에도 원고가 이와 관련된 자료를 전혀 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 각 사업연도 기간 통안 200，816，500원에 달하는 이 사건 직원식대를 직원들을 위하여 대납하여 왔다고 보기는 어려우므로, 원고의 이 부분 주장 은 이유 없다.

3. 이 사건 노조활동비를 추가로 손금산입하여야 한다는 주장에 대하여 살피건대, 갑 제4, 10, 11호증, 을 제4, 6, 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 채CC의 일부 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고 회사의 노조위원장인 채CC은 원고 회사로부터 노조활동비 명목으로 2004.부터 2005.까지는 매월 300만 원, 2006.부터 2009.까지는 매월 400만 원을 각 지급받았다는 취지의 확인서(갑 제9호증의1)를 작성하였고, 이 법정에 증인으로 출석하여 서도 같은 취지의 증언을 하였으나, 위 채CC의 진술 이외에는 채CC이 원고 회사로 부터 이 사건 노조활동비를 지급받았음을 뒷받침할 만한 객관적인 자료가 전혀 없는 점[다만, 채CC 명의 기업은행 계좌내역을 보면 2004.경부터 2008. 4.경까지는 매월 적게는 100여만 원 많게는 200여만 원, 2008. 5.경 이후에는 매월 300여만 원 상당의 금원이 현금으로 입금된 내역이 확인되나, 그 입금액이 채CC이 매월 지급받았다고 진술한 노조활동비 금액과 일치하지 않는데다가(특히 채CC은 이 법정에서 월급으로 매월 110만 원 정도를 받는다고 증언하였는데, 위 기엽은행 계좌에는 그와 유사한 금액이 입금된 내역도 확인되는데, 이 부분은 월급으로 받은 것이 아닌가 하는 의심이 들기도 한다), 입금 직후 대부분의 금액이 바로 현금으로 인출되는 등 자금흐름도 너무나 비정상적이어서 채CC 명의 기엽은행 계좌로 입금된 금원이 채CC이 원고 회사로 부터 노조활동비 명목으로 지급받은 금원이라고 추단하기는 어렵다], ② 반면에 원고 회사가 노조와 합의하에 작성한 임금협정서나 노사합의서 어디에도 노조위원장에게 노조활동비를 지급한다는 규정을 찾아볼 수 없고, 채CC은 조합원들로부터 별도로 직무 수당으로 매월 50만 원씩 교부받고 있는데 원고 회사가 별도로 채CC에게 그의 월급 (110만 원)보다도 훨씬 많은 금원을 노조활동비로 지급할 합리적 이유도 찾아볼 수 없는 점，③ 더욱이 원고 회사가 채CC에게 지급하였다는 노조활동비는 매년 3，600만 원 내지 4，800만 원 정도로서 적지 않은 금액으로 보임에도 원고는 노조활동비 지급내역에 관한 자료를 전혀 제출하지 못하고 있고, 채CC 또한 노조활동비 사용내역에 대 해서 구체적으로 밝히지 못하고 있는 점，① 원고가 채CC에게 매월 노조활동비를 지급하여 왔다면 이는 명백히 비용으로 처리할 수 있는 항목임에도 5년 동안 매년 3，600 만 원 내지 4，800만 원에 이르는 노조활동비를 장부상 비용으로 계상하는 것을 누락해 왔다는 것도 도저히 납득하기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 원고가 채CC에게 이 사건 각 사업연도 기간 동안 216，000，000원에 달하는 이 사건 노조활동비를 지급하였 다고 보기는 어려우므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

4. 과다신고한 매출액을 익금불산입하여야 한다는 주장에 대하여 살피건대, 앞서 인정한 사실관계에 갑 제4, 12, 24호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고 회사는 노사 합의로 정액사납금을 책정하고 그에 따라 원고 회사 소속 택시기사들로부터 매일 정액 사납금을 입금받아 그 총액을 일일운송수입으로 계상하고 있는데, 원고 회사가 작성한 운송수업 계정별원장에 따르면 이 사건 각 사업연도 기간 동안 위와 같은 계산 방식에 따라 산정된 일일운송수입금액은 매일 적게는 600여만 원 많게는 1，100여만 원 정도로 일정하게 유지되고 있는 점，② 특히 2006 사업연도에는 일일운송수입금액으로 매일 적게는 600여만 원 많게는 800여만 원 정도로 일정하게 유지되었는데, 유독 2006 사 업연도 중 마지막 3달에 해당하는 2006. 4. 내지 6. 각 말일자에 일일운송수입금액으로 계상된 금액과는 별도로 무려 6.000만 원씩 일일운송수입금액으로 추가 계상됨에 따라 다른 분기와 비교하여 볼 때 분기별 매입액은 별다른 차이를 보이지 않는 반면에 분기 별 매출액은 무려 2억 원 정도 높게 나타나 비정상적인 차이를 보이고 있는 점，③ 택시운송사업을 하는 원고 회사의 사업 특성상 1일 6，000만 원의 수입을 올릴 수 있는 운송수입형태를 상정하기는 어려운데다가 원고 회사는 소속 택시기사들로부터 매일 정 해진 사납금을 입금받는 외에 다른 형태의 운송수업을 장부에 계상한 적도 없어 위 추 가 계상금액과 일일운송수입과의 연관성을 설명하기도 매우 곤란한 점，④ 한편 원고 회사의 손익계산서에 따르면 원고 회사는 매 사엽연도 수천만 원 상당의 당기순이익 (2004 사엽 연도 17，679，438원, 2005 사업 연도 15，113，995원, 2006 사업 연도 67，547，113 원, 2007 사업연도 71，195，507원, 2008 사업연도 74，922，496원)이 발생한 것으로 계상 되어 있으나, 여기서 2006. 4. 내지 6. 각 말일자에 계상된 일일운송수입금액 1억 8，000만 원을 제외하면 2006 사업연도에는 무려 1억 원이 넘는 당기순손실이 발생하게 되는데, 이러한 사정을 감안하여 보면 원고가 2006 사업연도 결산시 매출을 과대계상 함으로써 당기순손실이 발생한 점을 감추려는 유인이 있었을 것으로 보이는 점，⑤ 원고가 장부상에 위 l억 8，000만 원 상당의 매출을 허위로 계상하면서 그에 따른 증빙자료를 조작하지 않았다면, 사실상 과대매출 사실을 입증할 만한 객관적 증거자료는 존재할 수가 없는 점(특히, 원고 회사의 경우 세금계산서 발행 업종이 아니기 때문에 더 욱 그러하다) 등을 종합하여 보면, 원고는 2006 사업연도 법인세 신고시 당기순손실 발생을 감추기 위하여 2006. 4. 내지 6. 3개월간 매출액을 매월 6，000만 원씩 장부에 과대계상하여 법인세 신고를 하였다고 봄이 상당하므로, 이 부분 과대매출액 1억 8，000만 원은 익금에 산입되어서는 아니 된다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

5. 취소의 범위 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 각 사업연도 기간 동안 수익으로 계상한 기사 부담분 유가보조금 합계 399，593，783원 및 2006 사업연도에 수익으로 계상한 과대매출 액 1억 8，000만 원은 익금에 산입되어서는 아니 됨에도 피고는 이를 익금에 산업한 채 이 사건 각 처분을 한 위법이 있다고 할 것이고, 이를 모두 반영하여 정당한 세액을 산출하면 별지 기재와 같음은 계산상 명백하다. 따라서 이 사건 각 처분은 별지 기재 정당한 세액란의 각 금원을 초과하는 범위 내에서 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하기로 하고 각 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.