매출원가 차이의 원인을 조사하지 않고 매출누락으로 보아 추계결정함은 위법함

사 건 2011구합13606 부가가치세등부과처분취소 원 고 박XX 피 고 송파세무서장 변 론 종 결

2011. 9. 7. 판 결 선 고

2011. 9. 28.

1. 이 사건 소 중 피고가 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 지방소득세 1,947,540원 부과처분에 대한 부분을 각하한다.

2. 피고가 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 부가가치세 9,113,830원 부과처분, 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원 부과처분을 각 취소한다.

3. 소송비용은 20분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 주문 제2항 및 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 지방소득세 1,947,540원 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2000. 8.경부터 서울 송파구 풍납동 000-16에서 XX약국(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)이라는 상호로 소매업을 영위하고 있는 자이다.
• 나. 피고는 2010. 4. 5.경부터 같은 해 4. 21.경까지 이 사건 사업장에 대하여 2007년 귀속 소득세 통합조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시하여 전체 매출원가 5,545,502,510원 중 조제의약품 매출원가 5,469,942,840원을 차감한 75,559,670원 (82,020원이 과다 산정되었다)을 일반의약품의 매출원가로 보고 위 금액에 매매총이익 율(부가율 17.42%)을 적용하여 산정한 매출액 91,498,752원과 원고의 일반의약품 매출 신고액 36,510,000원과의 차액 54,988,752원을 매출누락분으로 계산하여 2010. 6. 1. 원고에 대하여 2007년 제2기 부가가치세 9,113,830원, 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원(이하 위 부가가치세 및 종합소득세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다), 2007년 귀속 지방소득세 1,947,540원을 각 부과하였다.
• 다. 원고는 2010. 8. 7. 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 3. 2. 기각결정을 받았다. [인정근거: 다툼이 없거나, 갑 제5 내지 8호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 2007년 귀속 지방소득세 부과처분에 대한 소의 적법 여부 직권으로 이 사건 소 중 2007년 귀속 지방소득세 1,947,540원 부과처분에 대한 부분의 적법 여부에 관하여 보면, 지방세법(2008. 2. 29. 법률 제8864호로 개정되기 전의 것) 제177조의4 제1항, 제2항, 제5항에 의하면, 소득세할 주민세(현행 지방세법상 소득세분 지방소득세에 해당)는 소득세의 납세지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 납부하여야 하는 지방세이고, 세무서장이 국세기본법 또는 소득세법에 의한 경정ㆍ결정 등에 따라 부과고지방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우 그 소득세분 주민세를 함께 부과 고지하더라도 이는 해당 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 부과고지 한 것으로 보므로, 그 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 피고는 소득세 납세지를 관할하는 해당 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 되어야 한다(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 참조). 따라서 이 사건 소 중 2007년 귀속 지방소득세(실제로는 소득세할 주민세이다) 1,947,540원 부과처분에 대한 부분은 피고적격이 없는 자를 상대로 한 것이어서 부적법하다.

• 가. 원고의 주장 원고가 피고에게 신고한 총매출이익이 이 사건 사업장의 전산시스템상 총매출이익보다 적은 것은 신고한 총매출원가의 산정과 관련하여 조제의약품의 기말재고가 과소 계상되어 결과적으로 조제의약품의 매출원가가 과대 산정된 결과이지 일반의약품 매출을 누락하였기 때문이 아님에도 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 이 사건 사업장의 매출은 처방전에 기초한 조제의약품 매출과 처방전 없이 판매하는 일반의약품 매출로 구성되어 있고, 매출총이익은 급여조제료, 비급여조제료, 일반의약품 판매이익으로 구성되어 있으며, 조제의약품 매출이 신고된 총매출의 약 99.5%를 차지하고, 조제의약품 매출은 이 사건 사업장 내 전산시스템에 의하여 관리되고 있는데, 조제의약품 매출은 전산시스템에서 관리되고 있어 일자별, 월별 조제의약품 매출내역을 확인할 수 있었다.

2. 이 사건 사업장의 2007년 조제의약품 매출액, 매출원가, 매출이익은 다음과 같다. [다음 표 생략]

3. 원고는 일반의약품 매출 및 매입 내역을 조제 의약품과 구분하여 별도로 관리 하고 있지 않았고, 이 사건 조사 당시 일반의약품 매출내역을 포함한 일자별 판매장부가 없다는 이유로 이를 제시하지 않았으며, 일반의약품 매출액은 당기 매입분을 전부 판매한 것으로 보고 산정하였다고 진술하였다.

4. 이 사건 처분 당시 이 사건 사업장의 2007년 매출원가 5,545,502,510원 중 조제의약품에 대한 매출원가는 5,470,024,860원(급여약가 4,920,743,899원 + 비급여약가 549,280,961원)인데, 피고는 원고가 제출한 결산서, 재고명세, 전산자료, 원고의 보험청구내역 등에 근거하여 매출누락 및 가공원가 계상 등을 조사하여 신고된 총매출원가 5,545,502,510원(조제의약품 매출원가 5,517,734,331원 + 일반의약품 매출원가 27,768,179원)에서 이 사건 사업장 전산시스템상 총매출원가 5,470,024,860원을 공제한 금액 75,559,670원(실제로는 82,020원이 과다 계상되었다)을 일반의약품 매출원가로 산정한 다음 이를 기초로 일반의약품 매출액을 91,498,752원으로 산정하였다.

5. 한편, 원고가 피고에게 신고한 연도별 총매출액 중 일반의약품 매출액은 다음과 같다. [다음 표 생략] [인정근거: 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2 내지 6호 증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

• 라. 판단

1. 과세요건이 있었는지 여부나 과세표준액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이므로, 단지 과세관청에 신고된 매출원가가 납세의무자가 관리하는 장부상의 매출원가보다 많다고 하여 그 입증책임이 납세의무자에게 전환된다고 할 수 없고 (대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결 등 참조), 수입금액의 추계가 정당한 것으로 시인되기 위해서는 수입금액을 추계할 수 있는 요건을 갖추었다는 것만으로 부족하고 그 추계의 내용과 방법이 구체적인 사안에 있어서 가장 진실에 가까운 수입금액의 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 것이어야 하며 이러한 추계방법의 적법 여부가 다투어지는 경우에 그 합리성과 타당성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두7687 판결 등 참조).

2. 이 사건에 돌아와 보건대, 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 이 사건 사업장의 총매출이익은 총매출액에서 총매출원가를 공제한 금액이므로 원고가 피고에게 신고한 위 사업장의 2007년 총매출이익보다 전산시스템상 총매출이익이 많은 것은 신고한 총매출이 실제보다 적은 것이 원인일 수도 있지만 선고한 총매출 원가가 실제보다 많은 것이 원인일 수도 있는 점, ② 따라서 원고가 신고한 이 사건 사업장의 2007년 총매출원가가 이 사건 사업장의 전산시스템상 총매출원가보다 많은 것이 확인되더라도 그 원인이 총매출액의 과소 신고로 언한 것인지 아니면 총매출원가의 과대 신고인지 여부 및 총매출원가의 과대 신고라면 조제의약품 매출원가의 과대 신고인지 아니면 일반의약품 매출원가의 과대 신고인지 여부를 조사해 보아야 하는데, 피고는 이 사건 조사 당시 신고한 2007년 총매출원가가 전산시스템상 총매출원가보다 47,791,491원(5,517,734,331원 - 5,469,942,840원) 많은 것은 신고한 2007년 조제 의약품 매출원가가 전산상의 조제의약품 매출원가보다 47,791,491원 많기 때문인 것을 확인하였음에도 위와 같은 총매출원가의 차액이 전적으로 누락된 일반의약품 매출액에 관련된 것으로 판단한 점, ③ 그러나 이 사건 사업장이 조제의약품 매출을 전산시스템으로 관리하고 있다고 하더라도 위와 같은 조제의약품 매출원가의 차액은 전산시스템 상 조제의약품 매출이 실제 보다 많은 것으로 입력된 반면 전산시스템상 조제의약품 매출원가는 사실대로 입력되어 결과적으로 신고된 조제의약품 매출 및 매출원가가과 대 계상된 결과일 가능성을 배제할 수 없는 점, ④ 피고가 산정한 이 사건 사업장의 2007년 일반의약품 매출액 91,498,752원은 위 사업장의 2003년 내지 2006년 일반의약품 매출액보다 2-4배 많은 금액인 점 등에 비추어 보면, 원고가 신고한 이 사건 사업장의 2007년 조제의약품 매출원가가 전산시스템에 입력된 조제의약품 매출원가보다 많은 것이 2007년 일반의약품의 매출이 누락되었기 때문이라고 단정할 수 없어, 위 일반의약품 매출누락액을 기준으로 추계하여 부과한 이 사건 처분은 그 추계방법의 합리성과 타당성을 갖추었다고 할 수 없으므로 위법하다 할 것이다. 따라서, 원고의 위 주장은 결국 이유 있다.

그렇다면, 원고의 이 사건 소 중 2007년 귀속 지방소득세 1,947,540원 부과처분에 대한 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 나머지 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.