국민연금공단이 국민연금기금 운용에 따라 주식을 양도하는 경우 증권거래세 과세대상임

사 건 2011구합10775 증권거래세등경정거부처분취소 원 고 한국XX결제원 원고보조참가인 국민연금공단 피 고 영등포세무서장 변 론 종 결

2011. 9. 9. 판 결 선 고

2011. 10. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용 중 보조참가로 인한 부분은 원고보조참가인이 부담하고, 나머지 부분은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 6. 3 원고에 대하여 한 증권거래세 6,854,089,980원 및 농어촌특별세 5,805,351,970원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1-3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하변 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 원고보조참가인이 2010. 1 부터 2010. 2 까지 양도한 주권에 대한 증권거래세 6,854,089,980원(2010. 1.분 4,137,937,590원, 2010. 2.분 2,716,152,390원) 및 농어촌특별세 5,805,351,970원(2010. 1.분 3,477,403,960원, 2010. 2.분 2,327,948,010원)을 거래징수하여 납부하였다.
• 나. 원고보조참가인은 위 주권양도가 구 증권거래세법(2010. 12. 27 법률 제10401호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 증권거래세법’이라 한다) 제6조 제1호에서 정한 비과세 양도에 해당한다는 이유로 원고에게 위 징수세액의 반환을 요청하였고, 이에 원고는 2010. 5. 12. 피고에게 위 증권거래세 6,854,089,980원 및 농어촌특별세 5,805,351,970 원에 대한 경정청구를 하였다.
• 다. 피고는 2010. 6. 3. 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분‘이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 8. 25 심판청구를 제기하였으나, 그 청구가 2010. 12. 31. 기각되었다.

• 가. 원고 및 원고보조참가인의 주장 국민연금기금의 관리ㆍ운용주체가 국가기관인 보건복지부장관이고 원고보조참가인은 단지 위 엽무를 위탁받은 것에 불과한 점, 기금이 매입한 주권양도에 대해 증권거래세를 면제하던 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제117조 제1항 제18호의 규정은 확인적 규정에 불과하거나 민간관리기금 등이 매입한 주권양도에 대한 증권거래세 면제에 주안점이 있는 규정인 점, 신탁재산에 귀속되는 소득의 귀속주체 또는 위탁거래의 귀속주체에 대한 법인세법 제5조 제1항, 소득세법 제2조의2 제6항, 부가가치세법 제6조 제5항 등의 규정이나 실질과세의 원칙 등에 비추어 볼 때, 증권거래세의 경우에도 위탁거래의 양도주체를 경제적 이익의 귀속 주체인 위탁자로 보아야 할 것인 점, 2010. 12. 27 개정된 증권거래세법 제6조 제1항 단서 및 부칙 제1, 2항의 문언 및 형식 등에 비추어 볼 때, 원고보조참가인 명의로 된 주권양도의 주체는 국가이므로 위 주권양도는 구 증권거래세법 제6조 제1호 의 비과세 양도에 해당한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실 다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3, 4, 5호증, 을 제1호증의 2, 을 제2, 3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

1. 재무부장관은 1993. 5. 31. 보건사회부 장관에게 ‘국민연금관리공단이 국민연금 법에 의하여 설치된 국민연금기금을 보건사회부로부터 위탁받아 관리ㆍ운용하는 경우 동 기금명의로 취득한 주권등을 양도하는 것은 증권거래세법 제6조 제1호 에서 규정하는 비과세양도에 해당한다’고 유권해석(재소비 46450-74) 회신을 하였다 과세관청은 위 회신에 따라 국가관리 공공기금에서 매입한 주권의 양도에 대해 증권거래세를 과세 하지 아니하였다.

2. 한편, 조세특례제한법이 2001. 5. 24. 법률 제6480호로 개정되면서, 연기금이 매입한 주권을 증권시장 또는 전자증권중개거래를 통하여 양도하는 경우 증권거래세를 면제한다는 내용의 제117조 제1항 제18호가 신설되었고, 2003. 12. 31 까지 한시적으로 적용하는 것으로 규정되었다. 재정경제부는 개정 세법 해설에서 위 조문에 대하여 ‘종전에 국가관리 공공기금은 비과세하고 민간관리기금 및 기타기금은 과세하였는데, 2003년까지 민간관리기금 및 기타기금도 비과세하는 것으로 개정된 것’이라는 취지로 기술하였다. 3) 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 는 일몰시한이 계속 연장되다가 2009. 12. 31. 일몰기한이 도래하여 2010. 1. 1. 이후부터는 적용되지 않게 되었다.

4. 한편, 기획재정부장관은 기존의 유권해석이 타당하지 않다고 판단하여 2009. 12. 29. 원고에게 ‘ 국가재정법 [별표2]에 규정된 법률에 따라 설치된 기금이 2010. 1. 1. 이후 주권을 양도하는 것은 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 가 삭제되는 내용의 개정안이 공포ㆍ시행되는 경우 증권거래세 과세대상에 해당한다’는 유권해석(환경에너지세제과-612) 회신을 하였다.

5. 기획재정부장관은 2010. 8. 25. 기획재정부 공고 제2010-179호로 증권거래세법 개정 법률안을 입법예고하면서, 세법 해석의 명확화를 위해 ‘중앙행정기관의장이 기금 관리주체인 기금이 주권을 양도하는 것이 국가 등의 주권양도에 해당하지 않아 증권거래세가 과세되는 것임을 명확히 하는 것이 증권거래세법 제6조 제1호 개정의 주요내용이라고 공고하였다.

6. 기획재정부의 위 세제개편안 발표 이후 연기금의 과세가 직ㆍ간접 투자 모두에 해당되는 것인지, 연기금에 정부기관의 운용자금도 속하는지 등에 대해 증권업계 관계자들 사이에 의견이 분분하였고, 기획재정부 공무원은 2010. 8. 30. 이에 대해 ‘연기금의 투자형식에 관계없이 증권거래세가 과세되고, 연기금에는 지식경제부 산하 우정사업본부나 노동부 등의 운용자금도 포함된다’는 취지로 이야기하였다.

7. 국회 기획재정위원회 전문위원이 작성한 증권거래세법 일부 개정 법률안 검토 보고서에서는, 개정안이 ‘과세 중인 국가관리기금의 주권 등 거래를 증권거래세 과세 대상으로 명확히 하려는 것’이라고 설명하고 있다.

8. 국민연금기금의 투자종목 선정, 주식의 매수ㆍ매도시기 등 투자에 대한 구체적인 의사결정은 원고보조참가인에 의하여 이루어지고 있다.

• 라. 판단 위 인정사실 및 이 사건 변론에 나타나는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고보조참가인의 주권양도는 구 증권거래세법 제6조 제1호 에서 정한 국가가 주권을 양도한 경우에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다. 따라서 원고 및 원고보조참가인의 주장은 이유 없다. O 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한 다. 구 증권거래세법 제6조 제1호 의 문언상 “국가 또는 지방자치단체가 주권을 양도하는 경우”를 비과세대상으로 정하고 있을 뿐이다. 원고보조참가인이 취득한 주권을 양도 하는 경우를 증권거래세의 비과세대상으로 정하는 명문의 규정이 없다. O 조세특례제한법은 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하기 위한 법률로서, 조세특례에 관하여 다른 세법의 규정에 대한 특별법으로서의 성격을 가진다. 원고 및 원고보조참가인의 주장에 의하면, 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 는 비과세대상인 국가관리 공공기금이 취득한 주권의 양도에 대하여 증권거래세를 면제한다는 규정이 된다. 그러나 비과세대상에 대해 굳이 면제 규정을 다시 둘 필요가 없을 뿐만 아니라, 원고 및 원고보조참가인의 주장은 국가관리 공공기금이 취득한 주권의 양도에 대하여 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 의 독자적인 의미를 부정하는 것이어서 앞서 본 조세특례제한법의 목적이나 법적 성격상 받아들이기 어렵다. 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 가 신설되기 전에 국가관리 공공기금이 취득한 주권의 양도에 증권거래세가 과세되지 않은 것은 원고 및 원고보조참가인의 주장과 달리 법적 근거 없는 잘못된 유권해석에 따른 것이라고 보인다. O 법인세법 제5조 제1항, 소득세법 제2조의2 제6항, 부가가치세법 제6조 제5항 등에서 신탁재산에 귀속되는 소득의 귀속주체 또는 위탁거래의 귀속주체에 대한 명문의 규정을 두고 있는 것과 달리, 구 증권거래세법에서는 그러한 내용의 규정을 두고 있지 않다. 그리고 원고보조참가인이 국가와 구분되는 별개의 법적 주체인 점(국민연금법 제26조), 원고보조참가인이 독자적으로 국민연금기금의 투자종목 선정, 주식의 매수ㆍ매도시기 등 투자에 대한 구체적인 의사결정을 내리는 점, 원고보조참가인이 독자적인 사법상 계약주체로서 그 명의로 주권양도를 하는 점 등에 비추어 볼 때, 실질과세의 원칙을 들어 곧바로 원고보조참가인의 주권양도행위를 국가의 주권양도행위로 보기 어렵다. O 앞서 본 입법경위에 비추어 볼 때, 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 의 삭제에도 불구하고 기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권을 양도하는 경우 증권거래세 과세대상인지에 대하여 논란이 불거지자, 입법자가 2010. 12. 27. 위 와 같은 경우 증권거래세 과세대상이라는 점을 명확히 확인하겠다는 의사에서 ‘ 국가재정법 [별표2]에서 규정하는 법률에 따라 설치된 기금으로서 기금관리주체가 중앙행정기관의 장인 기금에서 취득한 주권등을 양도하는 경우는 증권거래세 비과세대상에서 제외한다’는 내용을 증권거래세법 제6조 제1호 단서에 신설하였다고 보인다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.