지출사실이 확인되고 자본적 지출액에 해당하므로 필요경비로 인정되어야 함

사 건 2011구단31157 농어촌특별세부과처분취소 원 고 민AA 피 고 서초세무서장 변 론 종 결

2012. 9. 12. 판 결 선 고

2012. 10. 17.

1. 피고가 2011. 1. 3. 원고에게 부과한 농어촌특별세 000원 부과처분은 000원을 초과하는 한도 내에서 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/3은 원고， 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 201l. l. 3. 원고에게 부과한 농어촌특별세 000원 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1996. 7. 26. 안산시 상록구 OO동 0000 다세대주택 00세대(이하 ’이 사건 주택’)를 취득해 주택임대사업을 경영하다 2009. 11. 11 한국토지주택공사에 양도 하고 2009. 12. 30. 양도가액 000원，취득가액 000원， 필요경비 000원으로 하여 장기임대주택에 대한 양도소득세 100% 감면을 적용하여 양도소득세 예정신고(농어촌특별세는 무신고 했음)를 한 후， 2010. 9. 16. 000원을 이 사건 주택의 필요경비로 산입하여 달라는 경정청구와 함께 농어촌특별세 000원(납부불성실가산세 000원 포함)을 기한 후 신고 납부했다.
• 나. 피고는 이 사건 주택의 임대소득에 대한 종합소득세 신고시 필요경비로 기계상 한 감가상각비 000원을 취득가액에서 제외하고， 경정청구한 000원의 필요경비를 부인하여 2011. 1. 3. 원고에게 2009년 귀속 양도소득세 감면에 대한 농어촌 특별세 000원(가산세 000원 포함)을 결정·고지하는 이 사건 처분을 했다.
• 다. 원고는 전심절차를 거쳤다. [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1호증， 을 제1호증의 1， 2， 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장 요지 아래 표와 같은 시기 및 명목으로 이 사건 주택의 공사비 및 자본적 지출액 합계 000원을 지출했으므로 위 금액은 필요경비로 인정돼야 하고 가산세 중 신고불성실가산세 000원의 부과는 부당하다.
• 나. 관련 법령: 별지 기재와 같다
• 다. 필요경비 주장에 대한 판단

(1) 도시가스인입비，2차 보일러교체비，구조변경 부분(위 순번 1， 3， 5번) (가) 인정사실 이 사건 주택의 명칭은 ’CC주택 가동’으로 원고 전 소유자는 구PP로 인접한 주택인 1CC주택 나동’의 소유자인 구DD과 서로 CC간이었는데， CC주택 가동 및 나동은 1993.경 통일한 시기에 착공되어 1994.경 사용승인 후 임대주택으로 사용됐다. 원고는 1996. 7. 26. 구PP로부터 이 사건 주택을 매수해 주택임대사업을 했다. 이 사건 주택의 신축 당시 주택 난방연료가 LPG가스였다가 그 후 도시가스로 변경됨에 따라 원고는 2000.경 도시가스 인업을 위한 도관공사 및 배관공사비로 000원을 지출했고(2000. 11.경 이 사건 주택에 TTT도시가스가 최초로 공급됐다)， 그 무렵 각 세대별 보일러를 교체했으며 2001. 1.경 보일러 교체비용으로 000원을 지출했다. 원고는 2004.경 이 사건 주택 중 000호의 구조를 방 2실에서 방 3실로，000호는 방2실에서 방 1실로 각 변경하고， 0000호의 면적을 축소하는 내용의 구조변경공사를 공사업자 이BB에게 맡겨 총 000원의 비용을 들여 시행했다(원고가 이 사건 주택 양도계약시 양수언의 요구로 원고는 2009.경 등록세를 납부하고 등기부등본상의 건물표시를 사후 정정했다). [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제2 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재， 갑 제7， 8， 9호증의 각 일부 기재， 증인 이영상의 일부 증언， 변론 전체의 취지 (나) 위 인정사실에 의하면， 원고가 도시가스인입비 000원， 2차 보일러 교체 비 000원， 구조변경비용 000원 합계 000원의 비용을 지출했고 위 각 비용은 이 사건 주택의 개량 또는 이용편의를 위해 지출된 자본적 지출액에 해당하므로 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 있다.

(2) 1차 보일러 교체비， 알루미늄샤시 설치비， 결로 및 방수작업， 물탱크 교체비용 부분(위 순번 2， 4， 6， 7번) 원고가 주장하는 위 각 비용은 이 사건 주택을 개량하기 위한 자본적 지출비용인데 위 금액이 지출됐다는 사실은 양도소득세 산정에 있어 원고에게 유리한 것이고 또 그 기초적 사실관계는 원고의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청인 피고로서는 조사하기 어려운 반면 원고로서는 입증하기 용이한 것이므로， 위와 같은 필요경비는 원고가 입증할 필요가 있는 것으로 해석하는 것이 공형의 원칙에 부합된다. 그런데 제7， 8， 9호증의 각 일부 기재， 증인 이FF의 일부 증언은， 원고가 위 각 부분 비용 지출시기 및 금액에 관해 위 경정청구시부터 이 사건 소송에 이르기까지 일 관되지 않은 점， 원고는 이FF에게 위 각 공사를 일임했다는데 그들 사이에 작성된 도급계약서나 세금계산서 등 거래증빙이 없는 점，이 부분은 앞서 인정한 도시가스인 입비용이나 구조변경비용과 달리 추가 자료를 통해서도 확인되지 않는 점 등에 비춰， 그것만으로는 원고의 위 주장사실을 인정하기에 부족하고 달리 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 소결론 원고가 주장하는 필요경비 000원 중 앞서 인정한 000원을 필요경비로 산입해 정당한 농어촌특별세를 산출할 경우 별지 계산표와 같은바，이 사건 처분 중 가산세를 포함해 000원을 초과하는 농어촌특별세는 위법하다.

• 라. 가산세 관련 주장에 대한 판단 원고가 2009. 12. 30 양도소득세 예정신고를 하면서 농어촌특별세는 신고하지 않았 다가 그 이후인 2010. 9. 16. 농어촌특별세 기한 후 신고를 한 것은 앞서 본 바와 같은 바， 이는 국세기본법 제48조 에 규정된 가산세의 갑면요건에 해당되지 않는다. 또한 국세기본법 저1147조의2에서 납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우 세법에 따른 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있으므로， 피고가 감면 받은 세액 전체를 대상으로 하여 선고불성실가산세를 산정해 과세한 것은 적법하다(다만， 앞서 본 바와 같이 필요경비로 000원이 추가로 인정됨에 따라 양도소득세 산출세액이 감소되면서 양도소득세 산출세액에 대한 감면세액도 감소되고， 감면세액이 감소되면서 농어촌특별세도 감소되고 이에 따라 농어촌특별세에 대한 가산세가 기존 000원에서 000원으로 감소됐다). 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

이 사건 처분은 3，265，530원을 초과하는 한도 내에서 취소할 것인바，원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.