재건축아파트 양도소득을 신축전과 신축후로 배분함에 있어 조특법 시행령상 기준시가 상승률에 비례하여 배분하는 방법을 적용한 것은 위법함

사 건 2011구단23767 양도소득세부과처분취소 원 고 함XX 피 고 송파세무서장 변 론 종 결

2012. 9. 19. 판 결 선 고

2012. 10. 17.

1. 피고가 2011. 1. 3. 원고에게 한 2009년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1996. 12. 1. 서울 법률구 XX동 0000번지 XX아파트 00동 000호 (16평형 아파트, 이하 ’이 사건 구주택’)를 000원에 취득했다(이 사건 구주택의 취득당시 기준시가는 000원임).
• 나. 기존주택에 관해 1999. 6. 3. 재건축 허가가 되어 재건축 공사가 시작됐고 그 후 사용승인됐는데 그 과정에서 조합원에게 공급하고 남은 잔여 아파트는 일반분양됐다.
• 다. 원고는 위 재건축의 조합원 지위를 취득한 후 서울 XX구 XX동 OO아파트 000동 0000호(44평형 아파트, 이하 ’이 사건 신축주택’)를 분양받아 2003. 5. 10. 소유권보존등기를 마쳤다(이 사건 신축주택의 취득당시 기준시가는 000원임).
• 라. 이 사건 신축주택의 총 분양대금은 000원으로 결정됐고 원고 소유의 이 사건 구주택은 000원으로 평가돼 이에 따라 원고는 총 분양대금에서 평가액을 공제한 나머지 000원을 추가분담금으로 납부했다.
• 마. 원고는 2009. 12. 1. 이 사건 신축주택을 000원에 양도했는데(이 사건 신축주택의 양도당시 기준시가는 000원), 양도소득금액을 000원으로 계산하고[계산내역: 양도가액(이 사건 신축주택의 실거래가액 000원)에서 취득가액(이 사건 구주택 평가액 000원 + 추가분담금 000원) 및 필요경비 000원을 공제한 후 장기보유특별공제금액 000원을 공제한 금액] 여기서 양도소득기본공제(000원)를 한 과세표준금액 000원에 세율 35%를 적용해 산출한 양도소득세액인 000원에 관한 양도소득예정신고를 하면서 구 조세특례제한법(2009. 6. 9. 법률 제9763호로 개정되기 전의 것, 이하 ’조특법’) 제99조의3에 따라 전체 양도차익에 대하여 100% 감면을 신청했다.
• 바. 그런데 피고는 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 신축주택 취득자의 양도소득세 감면은 신축 전 양도차익에 대하여는 적용되지 않은 것으로 보아 조특법 시행령 (2009. 12. 14. 대통령령 제21882호로 개정되기 전의 것, 이하 ’조특법 시행령’) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 의해 감면세액을 산정해 2011. 1. 10. 양도소득세 000원 중 000원만을 감면세액으로 인정하고 원고에게 2009년 귀속 양도소득세 000원을 부과하는 이 사건 처분을 했다.
• 사. 원고는 감면세액을 계산하는 피고의 산정방식이 부당하면서 조세심판청구를 제기했으나 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1, 2호증, 변론 전체의 취지

• 가. 사안의 쟁점 구주택을 취득해 보유하다가 주택재건축사업에 따라 선축주택을 취득한 후 5년 이내에 신축주택을 양도한 경우 조특법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 ’신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’에 한정되는 것으로 보아야 하고 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없다. 원고도 신축 전 양도차익이 감면대상이 아니라는 점은 인정하고 있는바, 이 사건의 쟁점은 재건축아파트의 경우 양도소득 내지 과세표준을 신축 전과 신축 후로 배분하는 방식에 관한 것으로 조특법 제99조의3 제1항의 규정에 의해 이 사건 신축주택의 양도로 인한 양도소득금액 감면금액을 정할 때 피고 주장과 같이 조특법 시행령 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항의 공식에 따라 계산하는 것이 타당한지 여부이다. 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 감면되는 양도소득금액은 양도소득금액 X (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)으로 되어 있는데, 피고는 위 공식을 적용함에 있어 양도소득 금액은 앞서 본 바와 같이 이 사건 신축주택의 양도가액에서 이 사건 신축주택의 취득 가액인 이 사건 구주택의 평가액과 추가분담금을 합한 금액 및 필요경비를 공제해서 산정한 양도소득금액 000원을 대입하고, 분자상의 ’취득당시의 기준시가’는 ’이 사건 신축주택 취득당시 기준시가 000원’을, 분모상의 ’취득당시의 기준시가’는 ’이 사건 구주택 취득당시 기준시가 000원’을 각 대입해 그 비율인 21.1%을 감면되는 양도소득금액으로 계산했다.
• 나. 판단 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 ’신축주택의 취득일로부터 5년이 경과했을 경우 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산은 제40조 제1항의 규정을 준용’하도록 규정하고 있고, 조특법 시행령 제40조 제1항은 신축주택 취득일로부터 5년 이내 부분과 신축주택 취득일로부터 5년 이후 부분으로 배분하는 배분기준을 정한 것으로, 이는 구조조정대상 부동산의 취득자에 대한 양도소득세 감면조항으로 배분기준을 기준시가 상승률로 삼아 그에 비례하여 배분하는 취지이다. 그런데 이 사건 신축 주택은 재건축을 통해 취득된 아파트로 신축주택 취득일 이후 5년 이상 보유했을 경우 위 시행령 제40조 제1항이 적용되는 것은 명백한데, 나아가 신축주택 취득일 이전과 신축주택 취득일 이후로 배분하는 기준으로 피고가 위 규정을 적용 내지 준용하는 것에는 아래와 같은 잘못들이 있다. 우선 위 시행령 제40조 제1항 산식의 분자와 분모에 명문으로 ”취득 당시의 기준시가”가 규정돼 있는데, 피고가 위 규정을 적용함에 있어 분자에 있는 ”취득당시의 기준시가”를 ’이 사건 신축주택의 취득당시 기준시가(2003년 기준시가)’로, 분모에 있는 ”취득당시의 기준시가”를 ’이 사건 구주택의 취득당시 기준 시가(1996년 기준시가)’로 각 대입하는 것은 자의적인 해석으로 보인다. 피고는 재건축 아파트의 경우 위 규정을 준용함에 따른 정당한 해석이라 주장하나, 피고와 같이 계산할 경우 원고가 보유했던 이 사건 구주택과 재건축 후 취득한 이 사건 신축주택을 마치 동일한 부동산인 것처럼 같은 선상에 놓고 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범할 뿐 아니라 위 방식에 따른 과세표준의 배분방식은 적어도 분모에 원고가 이 사건 신축주택 취득을 위해 납부한 추가분담금(내지 추가분담금을 기준시가로 환산한 금액)이 포함되지 않으므로 분모금액이 과대 산정됐고 그 결과 감면되는 양도소득 금액이 과소 산정된 위법은 피할 수 없다. 또한 과세표준 배분방식에 반드시 위 규정을 준용해야만 하는 것으로 볼 수도 없다. 재건축아파트의 양도차익 산정방법은 소득세법 시행령(2009. 12. 14. 대통령령 제21881호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조에 명문으로 규정돼 있고 같은 조 제7항에는 각 기간에 발생하는 기준시가에 의한 양도차익 산정 방식을 규정하고 있어 양도소득금액을 각 기간으로 배분하는 기준으로 기준시가 상승액을 삼는 경우 위 규정에 따른 계산방식을 적용기준으로 삼을 수도 있다. 그런데 이 사건 구주택인 16평형 아파트의 기준시가 변화를 볼 때 원고가 취득한 1996. 12.경에는 000원이었다가 재건축을 위해 철거한 1999. 6.경에는 000원으로 기준시가가 000원 하락했는데 당시는 구제금융시기로 부동산 가격이 하락했고 기준시가도 감소한 시기인 반면, 원고가 이 사건 신축주택인 44평형 아파트를 취득할 2003년부터 양도시인 2009년까지 부동산이 폭등했고 대형평형 아파트 가격 상승률이 더 높았던 시기였는데, 피고가 산출한 방식에 의하면 신축 전 기간에 총 과세표준의 78.9%가 배분되고 신축 후 기간에 총 과세표준의 21.1%가 배분돼 감면되는 부분이 21.1%에 불과해 부동산가격변동과도 부합하지 않는다. 피고는 원고가 재건축을 통해 추가분담금을 납부하고 신주택을 양도해 큰 시세차익을 얻었고 그 시세 차익은 기존주택의 취득과 재건축을 통한 일련의 과정으로 발생했기 때문에 배분기준도 기존주택의 시가에서 출발해야 한다고 주장하나, 원고는 이 사건 구주택 평가액에 추가분담금을 지급하고 이 사건 신축주택을 취득했고 그 분양대금도 일반분양아파트 취득가액과 동일하므로 이 사건 신축주택 취득 후에는 일반분양받은 경우와 달리 취급 하는 것은 부당하므로 피고의 위 주장도 이유 없다. 따라서 이러한 점들을 살펴볼 때 조특법 제99조의3 제1항의 규정에 의해 이 사건 신축주택의 양도로 인한 양도소득금액 감면금액을 정할 경우 같은 법 시행령 제99조의 3 제2항 및 제40조 제1항을 적용하여 계산한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

이 사건 처분은 취소돼야 하므로 원고의 청구는 이유 있어 인용한다.