중소기업 유예 중에 있는 기업이 중소기업을 합병한 경우 유예가 실효되지 아니함

사 건 2011구단23132 양도소득세부과처분취소 원 고 신AA 외1G 피 고 강남세무서장 외1G 변 론 종 결

2012. 1. 20. 판 결 선 고

2012. 2. 3.

1. 피고 강남세무서장이 2011. 1. 17. 원고 신AA에 대하여 한 2007년 귀속 양도소득 세 163,862,920원의 부과처분을 취소한다.

2. 피고 반포세무서장이 2011. 2. 10. 원고 최BB에 대하여 한 2007년 귀속 양도소득세 279,880,910원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 주식회사 CCCC(이하 ’이 사건 법인’이라 한다)는 중소기업으로 있다가 2004년 부터 중소기업 기준을 초과하여 3년간(2005.1. 1.부터 2007. 12. 31.까지) 중소기업기 본법 제2조 제3항 소정의 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이었다.
• 나. 원고들은 이 사건 법인의 주주들이었는데, 원고 신AA는 2007. 6. 5. CCCC 발행주식 40,100주를 705,588,800원에, 2007. 12. 31. 9,065주를 581,395,800원에, 원고 최BB은 2007. 6. 19. 40,000주를 1,143,000,000원에, 2007. 8. 30. 32,727주를 1,038,016,450원에 각 양도한 후 이 사건 법인을 중소기업으로 보아 소득세법 제104조 제1항 제4호 나목의 세율(10%)을 적용하여 2007년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 다. 그러나 피고 강남세무서장은 ”이 사건 법인이 2007. 12. 31.까지 중소기업 유예기간 중에 있었으나 2006. 12. 27.자로 다른 중소기업인 주식회사 F소프트(이하 ’F소프트’라 한다)를 흡수합병 함으로써 그때부터 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다”는 이유로, 소득세법 제104조 제1항 제4호 다목의 세율(20%)을 적용하여 2011. 1. 17. 원 고 신AA에게 2007년 귀속 양도소득세 163,862,920원을 추가 납부하도록 경정·고지하였고, 피고 반포세무서장도 같은 이유로 2011. 2. 10. 원고 최BB에게 2007년 양도소득세 279,880,910원을 추가 납부하도록 경정·고지하였다(이하 추가 납부하도록 경정·고 지한 것을 통틀어 ’이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기 재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 중소기업기본법(2008.2.29.법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제3항 단서, 중소기업기본법 시행령(2009.3.25.대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1호의 중소기업 유예 제외 규정은 중소기업이 주체가 되어 중소기업 유예기간 중에 있는 기업(이하 ’유예기업’이라고 한다)과 합병하는 경우에 적용되는 것이지 이 사건과 같이 유예기업이 주체가 되어 중소기업을 합병하는 경우에는 적용되지 않는다. 따라서 유예기업이 주체가 되어 중소기업을 합병하는 경우에 위 중소기업 유예 제외 규정에 의하여 유예가 실효되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관련 법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단 이 사건 법인과 같은 유예기업이 F소프트와 같은 중소기업을 합병함으로써 중소기업 유예가 실효되는지 여부에 관하여 살펴본다. 일반적으로 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조). 구 소득세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21195호로 개정되기 전의 것) 제167조의8(중소기업의 범위)은 ” 소득세법 제104조 제1항 제4호 가목에서 ’대통령령이 정하는 중소기업’이라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말한다”고 규정하고 있고, 중소기업기본법 제2조 제3항 은 ”중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있으며, 중소기업기본법 시행령 제9조 제1호 는 그 중소기업 유예 제외의 사유로 ”법(중소기업기본법) 제2조 제3항에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우”를 규정하고 있다. 그런데 ① 중소기업기본법 제2조 제3항 의 중소기업 유예제도는 중소기업이었던 기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 그 사유가 발생 한 연도로부터 일정한 기간 중소기업으로 보는 제도로서, 중소기업이었던 기업에 대하여 기존의 지원이 일시에 중단됨으로써 받는 충격을 완화시켜 주기 위함에 그 목적이 있는 것으로 보이는 점, ② 다만, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서, 중소기업기본법 시행령 제9조 제1호 의 규정에 의하면 중소기업이 중소기업 외의 기업(대기업을 말한 다)과 합병하는 경우, 중소기업이 유예기업과 합병하는 경우에는 중소기업 유예제도에 의한 유예기간을 허용하지 않고 있는바, 이는 대기업 또는 대기업의 규모를 가진 유예 기업을 흡수합병한 중소기업에 대해서까지 조세감면 등의 특례가 적용될 경우 초래될 수 있는 기존 대기업 또는 유예기업의 조세회피 등을 방지하고자 함에 있는 것으로 보이는 점, ③ 중소기업 유예 제외 규정인 중소기업기본법 제2조 제3항 단서, 중소기업 기본법 시행령 제9조 에 유예기업이 합병의 주체가 되어 중소기업을 흡수합병한 경우에 중소기업 유예가 그때로부터 실효된다는 내용의 G문의 규정은 없는 점, ④ 중소기업 기본법 제2조 제3항 단서를 같은 항 본문과의 관계에서 해석하면, 중소기업 유예 제외 요건은 1) 중소기업이 중소기업 외의 기업과 합병하거나(이때는 당연히 중소기업에 해당하지 아니하게 된다) 2) 중소기업이 그 밖에 대통령령이 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 될 것인데, 유예기업은 대통령령이 정하는 사유가 발생하기 전에 이미 상시 근로자수, 자산규모 매출액의 증가 등 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업이므로 위 3)의 요건을 만족할 수 없는 점, ⑤ 중소기업기본법 제2조 제3항 본문과 단서는 모두 중소기업이 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우들을 상정하고 있고 이러한 경우들은 중소기업의 존속을 전제로 하는 것인데, 이 사건과 같이 중소기업이 유예기업에 흡수합병될 경우 중소기업은 존속하지 않고 소멸 하는 것이므로 이러한 경우를 중소기업기본법 제2조 제3항 단서가 예정하고 있지는 않는 것으로 보이는 점 ⑥ 설령 유예기업이 중소기업기본법 제2조 제3항 본문에 의하여 중소기업으로 간주된다는 이유로 같은 항 단서의 주체인 ’중소기업’이 될 수 있다고 하더라도, 대기업이나 유예기업이 아닌 중소기업(이 사건의 경우 G소프트)을 흡수합병하는 것은 ”중소기업이 중소기업 외의 기업과 합병하는 것과 유사한 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 유예를 배제”하고자 하는 중소기업기본법 제2조 제3항 단서의 취지에 비추어 볼 때 유예를 배제하거나 실효시킬 경우는 아닌 것으로 보이는 점, ⑦ 피고들의 주장처럼 중소기업기본법 시행령 제9조 제1호 의 규정을, 유예기업과 중소기업이 합병하는 경우로서 유예기업이 중소기업을 흡수합병하든, 중소기업이 유예 기업을 흡수합병하든 관계없이 존속기업은 중소기업 유예에서 제외되고 존속기업이 유예기업일 경우 유예가 실효된다고 해석하는 것은 앞서 본 바와 같은 중소기업기본법 제2조 제3항 본문과 단서의 규정 내용, 형식, 취지와 어긋나는 것으로서 합병결과의 규모에만 중점을 두어 조세평등의 원칙을 내세우는 것에 불과한 점, ⑧ 피고들은 중소기업기본법 시행령 제9조 제1호 가 2000. 12. 27. 개정되면서 ”중소기업이 법 제2조 제3항 본문의 규정에 의하여 중소기업으로 보는 기업과 합병하는 경우”에서 ”법 제2조 제3항 본문(또는 부칙 제2항)의 규정에 의하여 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우”로 변경되었음을 근거로 중소기업이 유예기업을 흡수합병하는 경우만 유예 제외를 하던 것에서 유예기업이 중소기업을 흡수합병하는 경우도 유예 제외를 하는 것으로 변경되었다고 주장하나, 개정 전후의 규정은 뚜렷한 차이가 없을 뿐만 아니라 모법의 규정에는 변함이 없었으므로 그와 같이 해석할 만한 근거가 부족한 점 등을 종합하면, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서, 중소기업기본법 시행령 제9조 제1호 의 중소기업 유예 제외 규정은 중소기업이 주체가 되어 유예기업을 흡수합 병하는 경우에 적용되는 것이지 이 사건과 같이 유예기업이 주체가 되어 중소기업을 흡수합병하는 경우에는 적용되지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 법인과 같은 유예기업이 주체가 되어 H소프트와 같은 중소기업을 합병하는 경우 중소기업 유예는 실효되지 않는다. 라.소결 원고들의 주장은 이유 있고, 피고들의 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고들의 이 사건 각 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.