매매계약의 목적물은 토지이므로 건물의 취득가액을 양도소득에서 공제할 수 없음

사 건 2011구단18253 양도소득세경정처분취소 원 고 최XX 피 고 강남세무서장 변 론 종 결

2011. 11. 2. 판 결 선 고

2011. 11. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 1. 8. 원고에 대하여 한 양도소득세 152,069,620원의 경정처분을 취소한다.

• 가. 원고는 대구 달서구 XX동 000, 000, 000-0 각 토지(이하 ’이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 ’이 사건 건물’이라 한다)을 보유하다가, 2005. 10. 7. 소외 주식회사 XX주택(이하 ’소외 회사’라고 한다)에게 이 사건 건물을 철거하는 조건으로 이 사건 토지를 19,550,000,000원에 매도하기로 하는 내용의 계약을 체결하고, 2005. 10. 25. 위 계약에 따라 이 사건 토지를 양도하였다.
• 나. 원고는 2005. 12. 7. 이 사건 토지의 기준시가에 의하여 양도가액을 5,604,159,000원, 취득가액을 946,651,346원으로 하여 양도소득과세표준 예정신고를 하고 양도소득세 1,096,238,440원을 납부하였으며, 2006. 5. 29. 양도소득과세표준 확정신고를 하면서 이 사건 건물을 철거하였다는 이유로 이 사건 건물의 취득가액 및 필요경비 404,235,602원을 이 사건 토지의 양도소득금액에서 공제하여 신고하였다.
• 다. 원고는 피고에게 확정신고시의 양도소득과세표준을 기준으로 하여 원고가 자진 납부할 세액은 994,371,076원이므로, 예정신고시 초과 납부한 1,096,238,440원에서 확정신고시의 산출세액을 공제한 차액을 반환하여 줄 것을 요구하였고, 피고는 원고의 위와 같은 요구를 경정청구로 보아 이를 거부하는 통보를 하였다.
• 라. 그러자, 원고는 양도소득과세표준에 관한 예정신고를 하였다 하더라도 이 사건 토지의 양도소득과세표준과 납부할 세액은 확정신고에 의하여 비로소 확정되는 것이므로, 원고의 예정신고에 따른 납부액이 위와 같이 확정된 세액을 초과하는 이상, 그 초과액은 부당이득에 해당한다고 주장하면서 대한민국을 상대로 그 초과액의 지급을 구하는 소송을 제기하였고, 서울고등법원 2008나120042호 사건에서 대한민국에게 부당 이득의 반환으로서 그 초과액인 101,867,364원 및 그에 대한 지연손해금을 원고에게 지급할 것을 명하는 판결이 선고되어 확정되었다.
• 마. 피고는 원고에게 위 판결에 따라 초과액을 환급한 후 원고가 양도소득과세표준 확정신고시에 양도소득금액에서 추가로 공제한 이 사건 건물의 취득가액 등은 이 사건 토지의 양도소득금액에서 공제할 금액이 아니라는 이유로, 2010. 1. 8. 원고에게 2005년 귀속 양도소득세 152,069,620원(신고불성실가산세 10,076,708원, 납부불성실가산세 40,125,554원 포함)을 경정, 고지하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 소외 회사는 이 사건 토지 등에 아파트 건설사업을 추진하기 위하여 원고로부터 이 사건 토지 및 건물을 19,550,000,000원에 매수하였는데, 특약으로 이 사건 토지 위에 존재하는 건물 또는 지상물에 대하여는 원고의 책임하에 2006. 3. 30.경까지 철거 하고, 2억 원은 위 건물 또는 지상물의 철거를 완료하는 즉시 원고에게 지급하기로 약정하였다. 그렇다면, 이 사건 토지의 양도가액은 19,550,000,000원이고, 이 사건 건물의 양도가액은 0원이라 할 것이며, 이 사건 건물의 양도차손 404,235,602원은 2005년 양도소득과세표준에서 공제되어야 한다.

(2) 원고는 양도소득과세표준 확정신고 당시 추가납부세액이 없으므로, 신고불성실 가산세 및 납부불성실가산세의 적용대상이 아니고, 따라서 피고의 가산세부과처분은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 먼저, 이 사건 건물의 양도가액이 0원이므로, 그 양도차손을 이 사건 토지의 양도소득금액에서 공제해야 한다는 주장에 대하여 살펴본다. 갑 제2호증의 2의 기재에 의하면, 이 사건 토지의 매매 당시 작성된 부동산매매계약서에 매매목적물로는 이 사건 토지 3필지만 기재되어 있고, 잔금 지급일은 2005. 10. 25.이며, 원고가 이 사건 토지 위에 존재하는 건물 또는 지상물에 대하여 원고의 책임 하에 2006. 3. 30.까지 철거하기로 하고, 원고가 그 철거를 완료하는 즉시 소외 회사가 원고에게 2억 원을 지급하기로 하는 내용의 기재가 있다. 이에 의할 때 위 매매계약의 목적물은 이 사건 토지 뿐이고, 이 사건 건물은 양도의 대상이 아니라 할 것이므로, 이 사건 건물의 양도차손이 발생할 여지가 없고, 달리 이 사건 건물의 취득가액 등을 이 사건 토지의 양도소득금액에서 공제할 법적인 근거가 없다. 따라서, 이 사건 건물이 양도가액 0원으로 소외 회사에게 양도되었음을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 다음으로, ‘양도소득과세표준 확정신고 당시 추가납부세액이 없으므로, 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 것이 위법하다는 주장에 대하여 살펴본다. 납세자가 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸하게 되므로(대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두1609 판결 참조), 피고로서는 원고의 예정신고에 따른 납부액 중 확정신고에 의하여 확정된 세액을 초과하는 부분을 반환해야 하고, 실제로도 법원 판결에 따른 지연손해금까지 가산하여 반환한 점을 고려할 때, 앞서 본 바와 같이 원고가 확정신고 당시 양도소득금액에서 공제하지 않았어야 할 이 사건 건물의 취득가액 등을 공제함으로써 신고하여야 할 양도소득금액에 미달하게 신고한 이상, 원고의 예정신고에 따른 신고액 및 납부액과 관계 없이 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세의 부과요건이 충족된다 할 것이고, 원 고의 위 주장 역시 이유 없다.

(3) 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주장들은 모두 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.