부가가치세 조사와 개인제세통합조사는 중복조사가 아님

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009.7.3.원고에 대하여 한 2003년 귀속 종합소득세 15,773,570원(가산세 포함, 이하 같다), 2004년 귀속 종합소득세 30,706,170원, 2005년 귀속 종합소득세 30,648,330원, 2006년 귀속 종합소득세 29,059,230원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 585-1 지상 건물 12호, ☐☐ ☐☐구 ☐☐동 505 지상건물 등을 사업장으로 하여 부동산임대업 등을 영위하고 있는 개인사업자이다.
• 나. 피고는 2009.6.경 원고의 소득세, 부가가치세 등 신고의 적정성을 검증하기 위하여 조사대상기간을 2007.1.1.부터 2008.12.31.까지로 하여 개인사업자 통합세무조사(이하‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 원고가 2003년 내지 2006년 귀속 종합소득세를 신고하면서 2003년도에 25,200,000원, 2004년도에 52,200,000원, 2005년도에 57,600,000원, 2006년도에 60,000,000원의 인건비를 각 가공으로 계상하였음을 적발하였다.
• 다. 피고는 2009.7.3.위 2003년도 내지 2006년도에 계상한 가공인건비 금액만큼 원고의 각 해당연도 종합소득금액을 증액하여, 원고에게 2003년 귀속 종합소득세 15,773,570원, 2004년 귀속 종합소득세 30,706,170원, 2005년 귀속 종합소득세 30,648,330원, 2006년 귀속 종합소득세 29,059,230원을 각 증액경정․고지하였다(이하‘이 사건 각 처분’이라 한다). [인정근거]갑 제1,3호증, 을 제1,4,5,6호증의 각 기재 2.주장 및 판단
• 가. 원고의 주장 원고는 2007.9.경 세무조사를 받고 2003년 내지 2006년 귀속 종합소득세액 탈루액을 납부한 바 있는데, 피고가 원고의 같은 기간 귀속분 종합소득세에 관하여 이 사건 세무조사를 실시한 것은 그 조사세목과 과세기간이 중복될 뿐만 아니라 세무조사권의 남용에 해당하고, 이 사건 세무조사의 조사대상기간에서 제외된 2003년 내지 2006년 귀속분 종합소득세를 추가로 부과한 것은 국세기본법 제18조 제3항 이 정한 신뢰보호원칙에 위반된다. 따라서, 이 사건 각 처분은 위법하므로 전부 취소되어야 한다.
• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실 (1)☐☐세무서장은 2007.9.경 조사대상기간을 2003년 1기부터 2007년 1기까지, 조사대상사업장을 ☐☐ ☐☐구 ☐☐동 505 지상 건물로 정하여 원고의 위 기간 부가가치세 신고내역의 적정성을 검증하는 세목별 세무조사를 실시하였고, 세무조사결과 원고가 위 각 부가가치세 과세기간에 위 건물을 임대하여 얻은 임대소득을 매출금액에서 누락하고 그에 상응하는 매출세액을 누락하여 부가가치세를 신고하였음을 적발하였다. (2)☐☐세무서장은 위 각 과세기간 원고가 신고한 매출세액을 그 누락금액만큼 증액하여 원고에게 부가가치세를 경정․고지하는 한편, 그에 대응하여 2003년부터 2006년까지 사이에 원고의 임대소득에 관한 종합소득세 신고가 누락되었다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 원고의 2003년 내지2006년 귀속 소득금액을 누락신고한 임대소득금액만큼 증액한 후 2007.11.14.원고에게 2003년부터 2006년까지의 종합소득세를 경정․고지하였다. [인정근거]앞서 든 증거, 갑 제2,5호증, 을 제2,3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
• 라. 판단 (1) 국세기본법 제81조 의 4 제1항, 제2항에 의하면, 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하고, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니 되며, 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등에 해당하니 아니하면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다. 그러나 위 인정사실에 의하면, ☐☐세무서장이 한 세무조사는 부가가치세와 관련된 세무조사로서 원고가 수입금액을 누락하여 신고하였음을 적발한 것인 반면, 이 사건 세무조사는 종합소득세 등 개인제세 전반에 관련된 세무조사로서 필요경비를 허위 계상하여 신고하였음을 적발한 것이므로, 이 사건 세무조사가 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 중복조사에 해당하는 것으로 볼 수 없을 뿐 아니라 중복조사에 해당한다 하더라도 원고가 2003년 내지 2006년 귀속 종합소득세에 대한 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 중복조사가 허용되는 경우라고 할 것이다. (2) 국세기본법 제18조 제3항 에 의하면, 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 규정상 ‘국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진’것이라고 함은 특정한 납세자가 아닌 불특정의 일반납세자에게 그와 같은 해석 또는 관행이 이의 없이 받아들여지고, 납세자가 그 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다고 할 것이고(대법원 1993.5.25.선고 91누9893 판결 참조), 특히 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요한다(대법원1993.7.27.선고 90누10384 판결 참조). 위 인정사실에 의하면, 과세관청이 원고의 2003년 내지 2006년 귀속 종합소득세에 관하여 추가로 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 더 이상 과세하지 않겠다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시됨으로써 비과세의 관행이 성립되었다고 할 수 없으므로, 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 반한다고 할 수도 없다. (3)따라서, 원고의 주장은 모두 이유 없다. 3.결 론 그렇다면, 이 사건 각 처분이 위법함을 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 기각한다.