금지금 매입관련 실물거래없는 명목상의 거래에 해당하는지 여부

1. 피고가 2009. 3. 31. 원고에 대하여 한 2004년 종합소득세 추가 자진신고납부에 대 한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. AA세무서장은 2008. 9. 1. 주식회사 BBBBB(이하 ‘BBBBB’라고만 한다) 가 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 CCCC 주식회사(이하 ‘CCCC’이라고 한다)로부터 수취한 공급가액 132,852,000원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산 서’라고 한다)를 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 BBBBB에 대하여 2004년 제2기분 부가가치세 23,367,000원을 경정고지하고, 대표이사인 원고에게 146,137,000 원을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
• 나. 이에 원고는 2008. 11. 30. 2004년 귀속 종합소득세 37,890,870원을 수정신고 및 자진납부한 후, 2009. 1. 21. 피고에게 이 사건 세금계산서상의 거래가 실제의 거래임 을 주장하며 위와 같이 자진납부한 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2009. 3. 31. 이를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다. I인정근거l 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 BBBBB는 2004년 제2기의 부가가치세 과세기간 동안 실제로 CCCC으로부터 132,852,000원 상당의 금지금을 매입하였다. 그러므로 이 사건 세금계산서가 실물거래 없는 가공의 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17 조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

(2) 위와 같은 법리와 갑제2, 3호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, BBBBB와 거래한 CCCC 등이 자료상 혐의로 수사기관에 고발되어 기소유예 처분을 받았다는 사정만으로는 원고와 CCCC 사이의 이 사건 세금계산서상 거래가 명목상 거래에 불과하다고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 증거도 없다. (가) 원고와 CCCC 사이에서 이 사건 세금계산서에 대한 대금에 관한 결제가 모두 이루어졌을 뿐만 아니라, 원고가 CCCC으로부터 매입 및 매출한 금지금에 관하여 원고와 제3의 거래처와의 사이에서 매출 및 매입이 정상적으로 이루어진 것으로 보인다. (나) 원고가 CCCC과 조세를 포탈할 목적으로 실제거래로 위장한 명목상 거래를 적극적으로 공모하였는지에 관하여는 이를 인정할 충분한 증거가 없다. (다) BBBBB는 AA세무서장을 상대로 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서임을 전제로 한 부가가치세부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여 제1심(서울행정 법원 2009구합20106)과 항소심(서울고등법원 2009누39775)에서 승소하였다.

(3) 따라서, 이 사건 세금계산서가 실질거래 없는 가공의 세금계산서임임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.