주택신축판매업자가 개별공시지가 고시전에 토지를 취득한 경우 토지의 취득가액

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 9. 10. 원고에 대하여 한 2006년 귀속분 종합소득세 614,233,280원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1985. 6. 21. ○○ ○○구 ○○동1가 190 대 251㎡(이하, ’이 사건 토지’ 라 한다) 및 그 지상 건물(이하, ’기존건물’이라 한다)을 취득하여 부동산임대업을 영위 하다가, 2006. 4.경 기존건물을 철거하고 다세대주택 8채(이하, ’이 사건 주택’이라 한 다)를 신축하여 분양하였다.
• 나. 원고는 이 사건 주택 신축분양과 관련하여 2006년 귀속 종합소득세를 신고하면서 분양수입액인 2,290,900,000원에 단순경비율(83.9%)을 적용한 368,834,900원을 그 소득금액으로 신고하였다.
• 다. 피고는 위 주택신축판매업과 관련한 필요경비 중 토지매입비용은 소득세법 제39 조 제2항, 같은 법 시행령 제55조 제1항, 제89조 제1항 제1, 3호, 제164조에 의하여 기준시가를 기초로 산정한 11,306,290원이고, 이를 포함한 필요비용이 413,031,295원임을 전제로 2008. 9. 10. 원고에게 2006년 귀속분 종합소득세 705,817,080원(부당과소신고 가산세 103,501,329원 포함)을 경정 ․ 고지하였고(이하 ’당초처분’이라 한다), 이에 대한 원고의 조세심판청구 제기와 조세심판원의 결정에 따라 피고는 2009. 12. 1. 위 세액의 가산세 부분을 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여 91,583,802 원을 감액 ․ 경정하여 원고에게 고지한 결과, 당초 고지된 종합소득세액은 614,233,280 원으로 경정되었다(이하 당초처분 중 이 부분을 ’이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1호증(가지번호 포함, 이하 같다), 제2호증, 을 제1 호증, 제2호증, 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 위법사유가 있으므로 취소되어야 한다.

(1) 이 사건 토지는 당초부터 사업용으로 사용되다가 이 사건 주택의 신축에 제공되었으므로, 그에 상응하는 필요경비로서의 이 사건 토지의 가액은 소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 전단에 의하여 "양도당시의 장부가액"을 기준으로 삼아야 하고, 이 사건 토지에 대한 매매계약서 등 증빙서류가 없어 장부가액이 불분명하여 그 소득금액은 추계해야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 후단, 제89조 제1항 제3호, 상속세 및 증여세법 제61조 를 적용하여 소득세법 시행령 제164조 제4항 규정의 개별공시지가를 상속세 및 증여세법 제61조 에 규정한 펑가액으로 보았으므로, 이는 위법하고, 또한 이와 같이 판단할 경우 주택신축판매업에서 가장 중요한 토지의 취득가액이 매출액의 4.4%에 불과하여 이는 실질과세원칙에도 위배된다.

(2) 원고는 자신의 아들에게 이 사건 주택 중 201호를 증여하였으므로, 이에 해당하는 380,000,000원 상당은 수입금액에서 공제되어야 한다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령의 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단 (가) 소득세법 제27조 제1항, 제39조 제2항, 소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 후단, 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행규칙 제48조, 법인세법 시행령 제89조, 상속세 및 증여세법 제61조, 소득세법 시행령 제164조 의 규정에 의하면, 주택신축판매업의 각 과세연도 총수입금액에 대응하는 필요경비를 산정함에 있어서 납세의무자가 매입에 의하여 취득한 토지의 취득가액은 당해 토지의 양도당시의 장부가액에 의하되, 토지를 사업용 이외의 목적으로 취득하였다가 사업용으로 사용하게 된 경우에는 "당초에 취득한 때의 소득세법 시행령 제89조 의 규정을 준용하여 계산한 취득가액"을 기준으로 계산하게 되고, 이때 "취득가액이 불분명할 때에는 당해 자산의 취득 당시의 재정경제부령이 정하는 시가에 취득세 ․ 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액을 취득가액"으로 보게 되며, 재정경제부령이 정하는 시가라 함은 " 법인세법 시행령 제89조 를 준용하여 계산한 금액"으로서 "① 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간의 일반적인 거래가격,② 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가격,③ 상속세 및 증여세법 제61조 등의 규정에 의한 개별공시지가" 순으로 산정한 금액으로 정하게 되며, 한편 1990. 8. 30. 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 소득세법 시행령 제164조 에서 따라 기준시가에 의하게 된다. 앞서 인정한 사실 및 을 제5호증의 기재에 의하면,① 원고는 이 사건 토지와 기존건물을 1985. 6. 21. 취득한 사실,② 원고는 위 기존건물을 소유하고 있던 도중인 1991. 1. 1.부터 비로소 부동산임대업을 영위하다가 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지상에 이 사건 건물을 신축 ․ 분양한 사실을 인정할 수 있으므로, 원고는 이 사건 토지 및 기존건물을 취득할 당시에는 이 사건 토지를 사업용 이외의 목적으로 취득하였다가 사업용으로 사용하게 된 것임이 분명하고, 따라서 피고가 소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 후단, 제89조 등을 적용하여 원고가 당초에 이 사건 토지를 취득한 때의 기준시가를 기준으로 필요경비를 산정한 것은 적법하다. 결국 원고의 2006년도의 사업소득을 추계에 의하여 산정하여야 하는 것은 아닐 뿐만 아니라, 위와 같이 소득세법령에 따른 소득세 과세표준과 세액을 산정한 이 사건 처분이 실질과세 원칙에 위배된다고 할 수도 없으므로 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 증여주택금액의 공제주장에 관한 판단 소득세법 제25조 제2항 에 의하면, 거주자가 재고자산을 타인에게 지급한 경우에도 이를 지급한 때의 가액에 상당하는 금액을 총수입금액에 산입하도록 규정하고 있으므로, 원고가 자신의 아들에게 이 사건 주택 중 201호를 증여하였다고 하더라도 위 가액에 상당하는 금액을 수입금액에서 공제할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 역시 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.