시공사의 공사대금채권은 채무승인일로부터 3년의 단기소멸시효를 적용함

사 건 2010구합47893 부가가치세부과처분취소 원 고

○○건업 주식회사 외 1명 피 고 서초세무서장 변 론 종 결

2011. 4. 22. 판 결 선 고

2011. 5. 20.

1. 피고가 2009. 10. 13. 원고 OO건업 주식회사에 대하여 한 2008년 제1기 귀속 부가가치세 193,338,690원의 부과처분과 2009. 10. 13. 원고 주식회사 ☆☆이앤씨에 대하여 한 2008년 제1기 귀속 부가가치세 124,834,870원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

다음의 각 사실은 당사자 사이 에 다툼이 없거 나 갑 제 1, 5, 10, 11, 12, 15, 22호증, 갑 제23, 24호증의 각 1, 2, 갑 제25, 26호증, 을 제1, 2호증의 각 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

• 가. 원고 OO건업 주식회사에 대한 부과처분의 경위

(1) 원고 OO건업 주식회사(이하 ‘원고 OO건업’이라 한다)는 2004년부터 2005년 까지 김포시 북변동 111-11, 111-12, 111-13, 111-14 지상에 근린생활시설 2개동을 신축하여 분양한 사업시행자이다.

(2) 원고 OO건업은 주식회사 △△종합건설(이하 ‘△△종건’이라 한다)과 사이에 2004. 3. 8. 북변동 111-11, 111-12, 111-13 지상 연면적 684㎡의 근린생활시설(이하 이를 ‘OO1동 건물’이라 한다)의 신축공사를 계약금액 637,282,800원으로 정하여 도급하는 내용의 건설공사 도급계약(이하 ‘이 사건 제1 도급계약’이라 한다)을, 2004. 3. 15. 북변동 111-14 지상 연면적 820.8㎡의 근린생활시설(이하 이를 ‘OO2동 건물’이라 한다)의 신축공사를 계약금액 670,000,000원으로 정하여 도급하는 내용의 건설공사 도급 계약(이하 ‘이 사건 제2 도급계약’이라 한다)을 각 체결하였다가, 그 이후 공사기간, 연면적 등이 변경됨에 따라 △△종건과 사이에 이 사건 제1도급계약의 계약금액을 2,789,600,000원으로, 이 사건 제2도급계약의 계약금액을 1,784,200,000원으로 각 변경하는 내용의 계약을 각 체결하였다.

(3) 원고 OO건업은 2004. 3. 31.부터 2005. 3. 29.까지 △△종건으로부터 별지 제1 목록 세금계산서 발행내역 순번 제1 내지 제10 기재와 같이 이 사건 제1, 2 각 도급 계약의 계약금액 합계액 4,573,800,000원(부가가치세 포함)에 상당하는 세금계산서 10 매(이하 별지 제1 목록 세금계산서 발행내역 순번 제1 내지 제10 기재 각 세금계산서 에 따른 원고 OO건업의 △△종건에 대한 공사대금채무를 순차로 ‘이 사건 제1 내지 제10 공사대금채무’라 한다)를 교부받고 그에 따른 대한 세액 합계액 415,800,000원을 매입세액으로 공제하였다.

(4) 원고 OO건업은 2005. 2. 16.까지 △△종건에게 이 사건 제1 내지 제8 각 공사대금채무 합계액 1,086,680,000원을 모두 지급하였다. 그러나, 이 사건 제9, 10 각 공사대금채무 합계액이 3,487,120,000원에 달함에도 불구하고, 원고 OO건업이 2005. 4. 25.부터 2007. 6. 7.까지 △△종건에게 별지 제2 목록 OO건업 변제내역 순번 제1내지 제14 기재와 같이 합계 711,754,643원만을 지급한 결과, 나머지 2,775,366,357원 상당의 공사대금채무는 미지급된 상태이다.

(5) 이에 △△종건은 2008년 제1기 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액을 신고함에 있어 위 2,775,366,357원 상당의 공사대금채권이 소멸시효(3년)가 완성된 채권이라는 이유로 위 공사대금채권에 따른 대손세액을 매출세액에서 공제하였고, 이에 따라 피고는 위 공사대금채권에 따른 대손세액 상당액을 원고 OO건업의 매입세액에서 차감하여 2009. 10. 13. 위 원고의 2008년 제1기 부가가치세액을 252,305,970원으로 경정하였다.

(6) 원고는 2010. 1. 14. 위 경정결정에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2010. 9. 29. 이 사건 제9 공사대금채무는 그 최종 변제일인 2007. 6. 7.부터 3년이 경과한 2010. 6. 7. 소멸시효가 완성되었고, 이 사건 제10 공사대금채무는 그 채무발생일인 2005. 3. 29.부터 3년이 경과한 2008. 3. 29. 소멸시효가 완성되었다는 이유로, 피고가 2009. 10. 13. 원고에게 한 2008년 제1기 부가가치세 252,305,970원의 부과처분은 2005. 2. 21.자 세금계산서(이 사건 제9 공사대금채무)에 대한 대손확정일을 2010. 6. 7.로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 원고의 나머지 청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다.

(7) 피고는 위 결정에 따라 2010. 12.경 원고의 2008년 제1기 부가가치세액을 193.338.690원으로 감액경정하는 처분(이하 ‘이 사건 제1 부과처분’이라 한다)을 하였다.

• 나. 원고 주식회사 ☆☆이앤씨에 대한 부과처분의 경위

(1) 원고 주식회사 ☆☆이앤씨(이하 ‘원고 ☆☆이앤씨’라 한다)는 2004년부터 2005년까지 김포시 북변동 112-15, 112-16 지상에 근린생활시설 2개동을 신축하여 분양한 사업시행자이다.

(2) 원고 ☆☆이앤씨는 2004. 3. 8. △△종건과 사이에 북변동 112-15 지상 연면적 2,023.2㎡의 근린생활시설(이하 이를 ‘☆☆1동 건물’이라 한다)의 신축공사를 계약금액 1,628,805,200원으로 정하여 도급하는 내용의 건설공사 도급계약(이하 ‘이 사건 제3 도급계약’이라 한다)을, 2004. 3. 15. 북변동 112-16 지상 연면적 684㎡의 근린생활시설(이하 이를 ‘☆☆2동 건물’이라 한다)의 신축공사를 계약금액 558,657,000원으로 정하여 도급하는 내용의 건설공사 도급계약(이하 ‘이 사건 제4 도급계약’이라 한다)을 각 체결하였다가, 그 이후 공사기간, 연면적 등이 변경됨에 따라 △△종건과 사이에 이 사건 제3 도급계약의 계약금액을 1,793,000,000원으로, 이 사건 제4 도급계약의 계약금액을 2,475,000,000원으로 각 변경하였다.

(3) 원고 ☆☆이앤씨는 2004. 3. 31.부터 2005. 3. 29.까지 △△종건으로부터 별지 제3 목록 세금계산서 발행내역 순번 제1 내지 제10 기재와 같이 이 사건 제3, 4 각 도급계약에 따른 계약금액 합계액 4,268,000,000원(부가가치세 포함) 상당의 세금계산서 10매(이하 별지 제3 목록 세금계산서 발행내역 순번 제1 내지 제10 기재 각 세금계산서에 따른 원고 ☆☆이앤씨의 △△종건에 대한 공사대금채무를 순차로 ‘이 사건 제11 내지 제20 공사대금채무’라 한다)를 교부받고 그에 따른 세액 합계액 388,000,000원을 매입세액으로 공제하였다.

(4) 원고 ☆☆이앤씨는 2005. 2. 16.까지 △△종건에게 이 사건 제11 내지 제18 각 공사대금채무 합계액 999,564,000원을 모두 지급하였다. 그러나, 이 사건 제19, 20 각 공사대금채무 합계액이 3,268,436,000원에 달함에도 불구하고, 원고 ☆☆이앤씨가 2005. 4. 24.부터 2007. 6. 7.까지 별지 제4 목록 순번 제l 내지 제12 기재와 같이 합 계 567,798,118원만을 지급한 결과, 나머지 2,700,637,882원 상당의 공사대금채무는 미지급된 상태이다.

(5) 이에 △△종건은 2008년 제1기 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액을 신고함에 있어 위 2,700,637,882원 상당의 공사대금채권이 소멸시효(3년)가 완성된 채권이라는 이유로 위 공사대금채권에 따른 대손세액을 매출세액에서 공제하였고, 이에 따라 피고는 위 공사대금채무에 따른 대손세액 상당액을 원고 ☆☆이앤씨의 매입세액에서 차감하여 2009. 10. 13. 위 원고의 2008년 제1기 부가가치세액을 245,512,570원으로 경정·고지하였다.

(6) 원고 ☆☆이앤씨는 2010. 1. 14. 위 경정결정에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2010. 9. 29. 이 사건 제19 공사대금채무는 그 최종 변제일인 2007. 6. 7.부터 3년이 경과한 2010. 6. 7. 소멸시효가 완성되고, 이 사건 제20공사대금채무는 그 채무발생일인 2005. 3. 29.부터 3년이 경과한 2008. 3. 29. 소멸시효가 완성된다는 이유로, 피고가 2009. 10. 13. 원고 ☆☆이앤씨에게 한 2008년 제1기 부가가치세 245,512,570원의 부과처분은 2005. 2. 21.자 세금계산서(이 사건 제19공사 대금채무)에 대한 대손확정일을 2010. 6. 7.로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 원고의 나머지 청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다.

(7) 피고는 위 결정에 따라 2010. 12.경 원고의 2008년 제1기 부가가치세액을 124,834,870원으로 감액경정하는 처분(이하 ‘이 사건 제2 부과처분’이라 한다)을 하였

• 다. 2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부
• 가. 당사자들의 주장

(1) 원고 OO건업의 주장 이 사건 제9 공사대금채무는 이 사건 제2 도급공사계약에 의하여 발생한 것이고, 이 사건 제10 공사대금채무는 이 사건 제1 도급공사계약에 의하여 발생한 것인바, 원고 OO건업은 2005. 12. 8. △△종건에게 원고 OO건업의 전AA에 대한 OO1동 건물 106호에 관한 분양대금채권 중 156,000,000원을 양도하여 이를 이 사건 제2공사 대금채무의 변제에 충당하였다. 또한 2007. 6. 7. 지급된 52,800,000원은 이 사건 제1, 2 공사대금채무의 변제에 각 그 채무액에 비례하여 충당되었다 할 것이므로, 이 사건 제2 공사대금채무는 2007. 6. 7.부터 단기소멸시효 3년이 경과한 2010. 6. 7. 소멸하였다. 따라서, 이 사건 제2 공사대금채권은 2010. 6. 7. 그 대손이 확정되었음에도 불구하고, 이와 달리 위 공사대금채권의 대손이 2008. 3. 29. 확정되었음을 전제로 한 피고의 이 사건 제1 처분은 취소되어야 한다.

(2) 원고 ☆☆이앤씨의 주장 이 사건 제19 공사대금채무는 이 사건 제4 도급공사계약에 의하여 발생한 것이고, 이 사건 제20 공사대금채무는 이 사건 제3 도급공사계약에 의하여 발생한 것인 바, 원고 ☆☆이앤씨는 2005. 7. 25. △△종건에게 원고 ☆☆이앤씨의 김BB에 대한 ☆☆1동 건물 106호에 관한 분양대금채권 중 27,283,146원을 양도하여 이를 이 사건 제20 공사대금채무의 변제에 충당하였다. 또한 2007. 6. 7. 지급된 48,105,000원은 이 사건 제19, 20 각 공사대금채무의 변제에 각 그 채무액에 비례하여 충당되었다 할 것 이므로, 이 사건 제20 공사대금채무는 2007. 6. 7.부터 단기소멸시효 3년이 경과한 2010. 6. 7. 소멸하였다. 따라서, 이 사건 제20 공사대금채권은 2010. 6. 7. 그 대손이 확정되었음에도 불구하고, 이와 달리 위 공사대금채권의 대손이 2008. 3. 29. 확정되었음을 전제로 한 피고의 이 사건 제2 처분은 취소되어야 한다.

(3) 피고의 주장 원고들과 △△종건 사이에 작성된 각 도급계약서, 사업약정서 등에는 공사대금을 지정하여 변제한다는 약정이 없으므로, 민법 제477조 에서 정한 법정변제충당의 방법에 따라 원고 OO건업이 △△종건에게 2005. 12. 8. 지급한 156,000,000원 및 2007. 6. 7. 지급한 52,800,000원은 모두 변제기일이 먼저 도래한 이 사건 제9 공사대금채무의 변제에, 원고 ☆☆이앤씨가 △△종건에게 2005. 7. 22. 지급한 27,283,146원 및 2007. 6. 7. 지급한 48,105,000원은 모두 변제기일이 먼저 도래한 이 사건 제19 공사대금채무의 변제에 각 충당되었다. 따라서, 이 사건 제10, 20 각 공사대금채무는 변제된 바 없어 그 발생일인 2005. 3. 29.부터 각 3년이 경과한 2008. 3. 29. 소멸시효가 완성되어 대손이 확정되었다 할 것이므로, 이를 전제로 한 피고의 이 사건 각 부과처분은 적법하다.

• 나. 관련 법령 별지 관련 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 이 사건 제1 부과처분의 적법 여부에 관한 판단 (가) 갑 제2, 5, 6호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10 내지 제12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있다.

1. 원고 OO건업은 △△종건과 사이에 2004. 3. 8. 이 사건 제1 도급공사계약을, 2004. 3. 15. 이 사건 제2 도급공사계약을 각 체결하면서, 특약사항으로 공사비는 분양수입금에서 아래 표 기재 분배비율에 따라 지급하기로 각 약정하였다. <계 약 금 입금분> OO건업 60% △△종건 40% <1차중도금 입금분> OO건업 50% △△종건 50% <2차중도금 입금분> OO건업 50% △△종건 50% <잔 금 입금분> OO건업 40% △△종건 60%

2. 원고 OO건업은 2005. 2. 21. 김포시장으로부터 OO2동 건물에 대한 사용 승인을 받고, 같은 날 △△종건으로부터 별지 제1 목록 세금계산서 발행내역 순번 9 기재 공급가액 1,360,394,800원 상당의 세금계산서를 교부받았다. 원고 OO건업은 또, 2005. 3. 29. 김포시장으로부터 OO1동 건물에 대한 사용승인을 받고, 같은 날 △△종건으로부터 별지 제1 목록 세금계산서 발행내역 순번 10 기재 공급가액 2,126,725,200원 상당의 세금계산서를 교부받았다.

3. 한편, 원고 OO건업은 2005. 11. 16. 전AA와 사이에 공급금액을 311,019,106원으로 정하여 OO1동 건물 중 106호를 분양하는 내용의 공급계약을 체결 한 후, 2005. 12. 8. △△종건에게 공사대금채무의 변제에 갈음하여 전AA에 대한 위 분양대금채권 중 156,000,000원을 양도하였다. (나) 위 인정사실에 의하면, 원고 OO건업은 △△종건과 이 사건 제1, 2 각 도급공사계약 체결 당시 원고 OO건업의 △△종건에 대한 OO1, 2동 각 건물의 각 신축공사와 관련된 각 공사대금채무를 각 해당 건물의 분양수입금으로 변제하기로 하는 변제충당의 합의를 하였다고 봄이 상당하다. 또한, 위 인정사실에 의하여 드러나는 다음과 같은 사정, 즉, 이 사건 제9 공사대금채무와 관련된 2005. 2. 21.자 세금계산서는 OO2동 건물에 대한 사용승인을 받은 날, 이 사건 제10 공사대금채무와 관련된 2005. 3. 29.자 세금계산서는 OO1동 건물에 대한 사용승인을 받은 날 각 교부된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제9 공사대금채무는 이 사건 제2 도급공사계약에 따른 채무이고, 이 사건 제10 공사대금채무는 이 사건 제1 도급공사계약에 따른 채무라고 할 것이다. 따라서, 2005. 12. 8. △△종건에게 양도된 OO1동 건물 106호에 관한 분양대금채권은 위와 같은 변제충당의 합의에 따라 이 사건 제10 공사대금채무의 변제에 충당되었다고 할 것이고, 이로써 원고 OO건업이 이 사건 제10 공사대금채무를 승인한 이상 위 채 권은 적어도 채무승인일인 2005. 12. 8.부터 단기소멸시효기간 3년이 경과한 2008. 12. 8.이 되어야 소멸하는 것인바, 그러한 경우 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간은 2008년 제2기 부가가치세 과세기간이라고 할 것임에도, 이와 달리 그 대손의 확정된 날이 속하는 과세기간이 2008년 제1기 부가가치세 과세기간임을 전제로 한 이 사건 제1 부과처분은 위법하다(원고 OO건업은 더 나아가, 2007. 6. 7. △△종건에게 지급된 52,680,000원은 이 사건 제9, 10 각 공사대금채무의 변제에 각 그 채무액에 비례하여 충당된 결과, 이 사건 제10 공사대금채권의 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간은 2010년 제1기 부가가치세 과세기간이라고 주장하나, 위 52,680,000원의 일부가 이 사건 제10 공사대금채무에 변제충당 되었다고 볼 증거가 없고, 오히려 갑 제25호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, 원고 OO건업이 서초세무서장을 상대로 조세심판원 2010서0306호로 제기한 부가가치세부과처분취소 사건의 심판결정문에 위 원고가 이 사건 제10 공사대금채무의 최종지급일은 2005. 12. 8.로서 그에 따른 대손세액은 2005. 12. 8.부터 3년이 경과한 날이 속하는 2008년 제2기 부가가치세 과세기간의 매입세액에서 공제되어야 한다고 주장하는 것으로 기재된 점, 법정변제충당의 순서는 이행기가 먼저 도래한 이 사건 제9 공사대금채무가 앞서는 점 등에 비추어 보면, 원고 OO건업의 위 주장은 받아들일 수 없다).

(2) 이 사건 제2 부과처분의 적법 여부에 관한 판단 (가) 갑 제2, 15, 16호증, 갑 제19호증의 1, 2, 갑 제20, 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있다.

1. 원고 ☆☆이앤씨는 2004. 3. 8. △△종건과 사이에 이 사건 제3 도급공사계약을, 2004. 3. 15. 이 사건 제4 도급공사계약을 각 체결하면서, 특약사항으로 공사비는 분양수입금에서 아래 표 기재 분배비울에 따라 지급하기로 약정하였다. <계 약 금 입금분> ☆☆이앤씨 60% △△종건 40% <1차중도금 입금분> ☆☆이앤씨 50% △△종건 50% <2차중도금 입금분> ☆☆이앤씨 50% △△종건 50% <잔 금 입금분> ☆☆이앤씨 40% △△종건 60%

2. 원고 ☆☆이앤씨는 2005. 2. 21. 김토시장으로부터 ☆☆2동 건물에 대한 사용승인을 받고, 같은 날 △△종건으로부터 별지 제3 목록 세금계산서 발행내역 순번 9 기재 공급가액 1,895,252,879원 상당의 세금계산서를 교부받았다. 원고 ☆☆이앤씨는 또 2005. 3. 29. 김포시장으로부터 ☆☆1동 건물에 대한 사용승인을 받고, 같은 날 ◇◇종건으로부터 별지 제3 목록 세금계산서 발행내역 순번 10 기재 공급가액 2,126,725,200원 상당의 세금계산서를 교부받았다.

3. 원고 ☆☆이앤씨는 2004. 5. 27. 김BB과 사이에 ☆☆1동 건물 중 106호를 공급금액을 454,504,504원으로 정하여 분양하는 내용의 공급계약을 체결한 후, 2005. 7. 22. △△종건에게 공사대금채무의 변제에 갈음하여 김BB에 대한 위 분양대금채권 중 27,283,146원을 양도하였다. (나) 위 인정사실에 의하면, 원고 ☆☆이앤씨와 △△종건은 이 사건 제3, 4 각 도급공사계약 체결 당시 원고 ☆☆이앤씨의 △△종건에 대한 ☆☆ 1, 2동 각 건물의 신축공사와 관련된 각 공사대금채무를 각 해당 건물의 분양수입금으로 변제하기로 하는 변제충당의 합의를 하였다고 봄이 상당하다. 또한, 위 인정사실에 의하여 드러나는 다음과 같은 사정, 즉, 이 사건 제19 공사대금채무와 관련된 2005. 2. 21.자 세금계산서는 ☆☆2동 건물에 대한 사용승인을 받은 날, 이 사건 제20 공사대금채무와 관련된 2005. 3. 29.자 세금계산서는 ☆☆1동 건물에 대한 사용승인을 받은 날 각 교부된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제19 공사대금채무는 이 사건 제4 도급공사계약에 따른 채무이고, 이 사건 제20 공사대금채무는 이 사건 제3 도급공사계약에 따른 채무라고 할 것이다. 따라서, 2005. 7. 22. △△종건에게 양도된 ☆☆1동 건물 106호에 관한 분양대금채권은 위와 같은 변제충당의 합의에 따라 이 사건 제20 공사대금채무의 변제에 충당되었다고 할 것이고, 이로써 원고 ☆☆이앤씨가 이 사건 제20 공사대금채무를 승인 한 이상 위 채권은 적어도 채무승인일인 2005. 7. 22.부터 단기소멸시효기간 3년이 경과한 2008. 7. 22.이 되어야 소멸하는 것인바, 그러한 경우 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간은 2008년 제2기 부가가치세 과세기간이라고 할 것임에도, 이와 달리 그 대손의 확정된 날이 속하는 과세기간이 2008년 제1기 부가가치세 과세기간임을 전제로 한 이 사건 제2 부과처분은 위법하다(원고 ☆☆이앤씨는 더 나아가, 2007. 6. 7. ◇◇종건에게 지급된 48,105,000원은 이 사건 제19, 20 각 공사대금채무의 변제에 각 그 채무액에 비례하여 충당된 결과, 이 사건 제20 공사대금채권의 대손확정시기는 2010년 제1기 부가가치세 과세기간이라고 주장하나, 위 48,105,000원의 일부가 이 사건 제20 공사대금채무에 변제충당 되었다고 볼 증거가 없고, 오히려 갑 제26호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, 원고 ☆☆이앤씨가 서초세무서장을 상대로 조세심판원 2010서0305호로 제기한 부가가치세부과처분취소 사건의 심판결정문에 위 원고가 이 사건 제20 공사대금채무의 최종지급일은 2005. 7. 25.로서 그에 따른 대손세액은 2005. 7. 25.부터 3년이 경과한 날이 속하는 2008년 제2기 부가가치세 과세기간의 매입세액에서 공제되어야 한다고 주장하는 것으로 기재된 점, 법정 변제충당의 순서는 이행기가 먼저 도래한 이 사건 제19 공사대금채무가 앞서는 점 등에 비추어 보면, 원고 ☆☆이앤씨의 위 주장은 받아들일 수 없다).

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.