다운계약서 작성 등 부정한 적극적인 행위는 부과제척기간 10년이며, 과소신고로 인해 인정상여처분을 받을 것 까지 예상하였다고는 볼 수 없음

사 건 2010구합45552 법인세부과처분등취소 원 고 XX해운 주식회사 피 고 용산세무서장 변 론 종 결

2011. 5. 13. 판 결 선 고

2011. 6. 15.

1. 피고가 원고에 대하여 한, 2009. 4. 1.자 1999년 귀속 대표자 상여처분금액 576,437,730원의 소득금액변동통지처분, 2009. 7. 2.자 2001년 귀속 대표자 상여처분금액 439,648,592원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 주문 제1항 및 피고가 원고에 대하여 한, 2009. 4. 1.자 1999년 사업연도 법인세 451,019,780원의 부과처분, 2009. 4. 1.자 1999년 1기 부가가치세 22,967,598원의 부과 처분, 2009. 7. 2.자 2001년 사업연도 법인세 303,851,756원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 화물운송업 등을 영위하는 법인으로 서울 용산구 XX동 000-00 및 같은 동 000-00 지상에 빌라 10세대를 신축한 후 1999.경에 빌라 2세대 2001.경에 빌라 3세대(이하 위 빌라 5세대를 ’이 사건 각 주택’이라 한다)를 각 분양한 후 분양수입금액 으로 2,232,000,000원(부가가치세 제외)을 장부에 계상하여 그에 따른 법인세 및 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 나. 피고는 2009. 2.경 원고에 대하여 세무조사를 실시하였는데, 원고가 이 사건 각 주택을 분양하면서 원계약서와는 별도의 다운계약서를 작성하고 이를 근거로 장부상에는 분양수입금액을 실제 분양수입금액보다 1,068,000,000원(부가가치세 제외) 과소 계상하여 법인세 및 부가가치세를 신고·납부한 사실을 적발하였다.
• 다. 이에 따라 피고는 과소 계상한 위 분양수입금액을 법인세 소득금액 계산시 익금에 산입하고 부가가치세 과세표준에 산입한 다음, 2009. 4. 8. 원고에게 1999년 사업연도 법인세 477,722,150원, 2001년 사업연도 법인세 320,600,050원, 1999년 1기 부가가치세 22,967,598원, 2001년 271 부가가치세 84,357,420원을 경정·고지함과 아울러 과소 계상한 분양수입금액(1999년 귀속분 663,300,000원, 2001년 귀속분 511,500,000원)을 원고 회사의 대표이사인 정AA에 대한 인정상여로 보아 각 귀속 사업연도별로 소득금액변동통지를 하였다.
• 라. 그 후 위 각 처분은 원고의 시정요구나 이의신청, 피고의 직권경정 등을 통하여 아래 표에서 보는 바와 같이 수차례 경정되었다(위와 같이 경정됨에 따라 최종적으로 남은 2009. 4. 1.자 1999년 사업연도 법인세 451,019,780원의 부과처분, 2009. 7. 2.자 2001년 사업연도 법인세 303,851,756원 2009. 4. 1.자 1999년 1기 부가가치세 22,967,598원의 부과처분을 합쳐 ’이 사건 부과처분’이라 하고, 2009. 4. 1.자 1999년 귀속 576,437,730원의 소득금액변동통지, 2009. 7. 2.자 2001년 귀속 439,648,592원의 소득금액변동통지를 합쳐 ’이 사건 소득금액변동통지처분’이라 하며, 이 사건 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지처분을 합쳐 ’이 사건 각 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2009. 4. 30. 이의신청을 거쳐 2009. 9. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2010. 9. 7. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

1. 주위적 주장 원고는 미분양을 막기 위하여 당시 거래관행에 따라 분양금액을 실제분양금액보다 적게 기재한 등기용계약서를 작성한 후 이를 근거로 법인세 및 부가가치세 과세표준을 신고하였을 뿐 위 등기용계약서를 세무서에 제출하는 등으로 조세의 부과·징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 행위를 한 바 없어 위와 같은 원고의 행위를 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호 소정의 ’납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 보기는 어려우므로, 이 사건의 경우 국세부과의 제척기간은 원칙으로 돌아가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에서 정한 5년이라고 할 것인바, 결국 이 사건 각 처분은 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과한 이후에 이루어진 것이므로 위법하다.

2. 예비적 주장 가사 원고의 위와 같은 행위가 원고의 소득을 은닉함으로써 그에 대한 법인세 및 부가가치세를 포탈하는 행위로 인정되어 이 사건 법인세 및 부가가치세에 대한 부과제척기간이 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 10년으로 연장된다고 하더라도, 원고 회사의 대표이사인 정AA이 장차 위와 같이 은닉된 원고의 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 원고의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 적어도 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제l항 제3호에서 정한 5년이 된다고 보아야 할 것인바, 결국 인정상여처분으로 인한 소득세를 부과하기 위한 이 사건 소득금액변동통지처분은 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과한 이후에 이루어진 것이므로 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 주위적 주장에 대하여

• 가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 ’사기 기타 부정한 행위’라 함은 구 조세범처벌법(2006. 12. 30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1항의 ’사기 기타 부정한 행위’의 의미와 같이 볼 수 있는데, 구 조세범처벌법 제9조 제1항 에서 말하는 ’사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것으로서 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 아니하지만(대법원 2003. 2. 14. 선고 2001도3797 판결 등 참조), 과세대상의 미신고나 과소 신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 여러 개의 차명계좌를 반복적으로 이용하는 행위, 부가가치세를 포탈할 의도로 세금계산서를 교부하지 아니하였다가 부가가치세 확정신고시에 고의로 그 매출액을 신고에서 누락시키는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 인정할 수 있다(대법원 2007. 8. 23. 선고 2006도5041 판결, 대법원 1999. 4. 9. 선고 98도667 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 채택한 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 기간과세를 하는 법인세나 부가가치세의 경우에 납세의무자는 장부상에 계상된 가액을 기준으로 과세표준과 세액을 산정하여 신고·납부할 뿐 별도로 계약서 등 원천 증빙서류까지 과세관청에 제출할 의무는 없으므로, 이러한 경우에는 장부상 허위기장 행위나 세금계산서 허위 발행 행위 등이 조세의 부과와 정수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위의 유력한 정표로 볼 수 있을 것인데, 원고도 이 사건 각 주택을 분양하면서 원계약서와는 별도의 다운계약서를 작성한 것에 나아가 장부상에도 실제 분양수입금액이 아닌 다운계약서에 과소 기재된 분양수입금액을 계상한 후 이를 기초 로 법인세 및 부가가치세를 과소 신고·납부한 점, ② 또한 원고는 이 사건 각 주택을 분양한 후 수분양자 중 1명인 소외 한BB가 분양받은 주택을 양도할 때도 위와 같이 법인세 및 부가가치세를 과소 신고한 사실을 숨기기 위하여 원고의 분양수익 신고금액을 정정하지 않는 조건으로 실제 분양수입금액과 다운계약서에 과소 기재된 분양수입 금액과의 차액에 상당하는 한BB의 양도소득세 부담분을 대납해 준 점, ③ 위 한BB 역시 세무조사 과정에서 ’당시 원고로부터 주택을 분양받으면서 원고의 요구에 응하여 절세를 하기 위해 이중계약서를 작성하게 되었고, 그 후 주택을 양도하면서 원고가 양도소득세 차액분을 대납해 주었다’는 취지로 진술한 점(을 제3호증의6), ④ 조사과정에서 제출된 이 사건 각 주택 분양과 관련된 증빙서류인 다운계약서, 실계약서, 입금표, 법인장부 일부, 세금계산서, 법인 대납 납세고지서 등은 모두 진실인 것으로 확인되었고, 원고 회사의 경리부장도 원고가 분양수입금액 10억 원을 장부에 누락하여 법인세 및 부가가치세를 탈루하였다고 진술한 점(을 제3호증의2) 등을 종합해 보면, 원고는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 함으로써 이 사건 각 주택 분양수입금액에 대한 법인세 및 부가가치세를 포탈하였다고 봄이 상당하므로, 이 부분 법인세 및 부가가치세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 10년이라고 할 것이고, 그렇다면 이 사건 부과처분은 10년의 부과제척기간이 도과하기 전에 이루어진 것이 명백하여 부과 제척기간이 도과한 위법이 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 주위적 주장은 이유 없다(다 만, 소득세 부과와 관련된 이 사건 소득금액변동통지처분은 아래 예비적 주장 부분에 서 보는 바와 같이 5년의 부과제척기간이 적용된다).

2. 예비적 주장에 대하여

• 가) 법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천 징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다고 할 것이고(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결 등 참조), 한편 법인의 대표자가 허위의 장부상 수입액을 과소계상하여 소득을 은닉한 경우 그 대표자가 장차 은닉된 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 그 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 ’납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 볼 수는 없고, 해당연도 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 5년이 된다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 각 주택을 분양하면서 다운계약서를 작성한 후 이를 기초로 장부상 분양수입금액을 과소계상한 행위는 그 경위에 비추어 원고의 소득을 은닉함으로써 그에 대한 법인세 및 부가가치세를 포탈하기 위한 행위로 볼 수 있을지언정, 당시 원고의 대표이사인 정AA이 장차 위와 같이 은닉된 원고의 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 원고의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정 상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 ’납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 볼 수는 없고, 그렇다면 정AA의 1999년, 2001년 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의하여 5년이 된다고 보아야 하므로 늦어도 2007. 6. 1. 그 부과제척기간이 모두 도과되었다고 봄이 상당하고, 결국 정AA의 1999년, 2001년 귀속연도 소득세 납세의무는 그 부과제척기간의 도과로 인하여 소멸하였다고 할 것이며, 이에 따라 원고의 원천징수의무도 성립할 수 없어 그 후에 이루어진 이 사건 소득금액변동통지처분은 위법하므로 원고의 예비적 주장은 이유 있다.

그렇다면, 원고의 이 사건 부과처분은 적법하고 이 사건 소득금액변동통지처분은 위법하므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.