자문용역수수료를 면세사업(투자) 관련 및 사업과 관련 없는 매입세액으로 보고 매입세액 불공제한 처분은 위법함

사 건 2010구합38967 부가가치세부과처분취소 원 고

○○주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2011.3.4. 판 결 선 고 2011.4.8.

1. 피고가 2009. 12. 24. 원고에 대하여 한 2008년 제1기분 부가가치세 208,336,800원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

• 가. 생명공학을 이용한 의약품연구 및 개발 등을 사업목적으로 하는 원고는 2008. 4. 23. 주식회사 ○○탈과 사이에 자문수수료를 1,680,000,000원으로 정하여 기업경쟁력 향상을 위한 전략적 투자자의 물색, 전략적 투자자로부터의 투자유치 및 전략적 투자조건의 협상자문 등을 내용으로 한 자문용역계약(이하 ‘이 사건 용역계약’이라 한다)을 체결한 후, 같은 해 5. 14. 주식회사 ○○탈로부터 공급가액 1,680,000,000원 상당의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하여 그에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2008년 제1기분 부가가치세를 신고하였고, 그 신고에 따라 피고는 2008. 8. 20. 원고에게 200,847,540원을 환급하였다.
• 나. 피고는 그 후 서울지방국세청장으로부터 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액은 매입세액 불공제 대상이라는 통보를 받았고 이에 따라 2009. 12. 1. 원고에게 ‘이 사건 세금계산서에 따른 매입세액은 주식(신주)과 사채를 발행하여 주식대금을 납입 받고 자본금을 확충하기 위해 자문용역을 제공받은 것으로 투자(면세사업)와 관련된 매입세액에 해당하며, 또한 주주 등의 주식취득과 관련된 비용으로서 사업과 직접 관련이 없는 매입세액에 해당된다’는 이유로 2008년 제1기분 부가가치세 208,336,800원을 경 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

(1) 원고는 2008. 4. 23. 주식회사 ○○탈과 사이에 이 사건 용역계약을 체결 하였는데, 그 주된 내용은 다음과 같다. O 원고는 세계적인 R&D 기업으로 안정적인 성장을 하기 위하여 주식회사 ○○탈을 기업가치 증진을 위한 자문사로 선정하여, 한마약품 주식회사 또는 주식회사 ○○탈이 소개하는 전략적 투자자를 대상으로 투자자금 유치 등을 추진함에 있어 프로젝트와 관련한 유일한 자문용역 제공자로 지정하면서 다음과 같이 합의한다. O 제2조 자문의 내용 주식회사 ○○탈은 프로젝트의 추진에 따르는 기업경쟁력 향상을 위한 전략적 투자자의 물색, 전략적 투자자로부터의 투자유치, 전략적 투자조건의 협상 자문 등 제반 프로젝트 관련 용역 및 조언을 관련법과 규정이 허용하는 범위 안에서 최선을 다하여 원고에게 제공한다. O 제4조 자문료

① 원고는 프로젝트의 수행에 따른 전략적 투자자와 원고와의 전략적 투자에 관한 본 계약이 체결된 경우 주식회사 ○○탈에게 1,680,000,000원을 자문용역수수료로 지불한다.

② 주식회사 ○○탈은 원고의 자문용역 제공자로서 자문에 따른 실행계획을 추진하는데 있어 필요하다고 판단되는 경우 원고와의 사전협의를 전제로 외부전문가(회계법인, 변호사 등)에 전문용역을 의뢰할 수 있으며, 이 경우 외부의 전문용역으로부터 발생되는 비용은 원고가 부담한다.

(2) 원고는 한마약품 주식회사에게 2008. 5. 6. 신주인수권부사채 30장(1장당 정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

• 가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장 원고는 의약품 연구·개발에 필요한 자금을 효율적으로 조달하기 위하여 주식회사 ○○탈과 사이에 이 사건 용역계약을 체결하였고, 조달된 자금 또한 연구·개발 사업에 사용되었으므로, 원고가 주식회사 ○○탈에 지급한 자문용역수수료는 사업과 직접 관련된 지출에 해당한다.

(2) 피고의 주장 (가) 이 사건 용역계약에 따른 자문용역수수료는 원고가 신주 내지 신주인수권 부사채를 발행하여 주식대금 내지 투자자금을 조달하는 등의 주권(妹췄). 사채권(社價卷)의 발행업무와 직접 관련된 금액으로, 이와 같은 지출은 의약품 연구·개발 등 원고의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당되어 매출세액에서 공제될 수 없다. (나) 부가가치세법 제1조 제2항 은 과세대상인 재화를 ‘재산 가치가 있는 모든 유체물과 무체물’이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제1조 제2항은 유체물을 ‘상품 ․ 제품 ․ 원료·기계·건물과 기타 모든 유형적 물건’이라고 규정하고 있는바, 유가증권인 주식은 부가가치세 과세대상인 채화에 해당하지 아니한다고 할 것이므로, 유상증자를 통하여 주식을 발행하면서 투자자유치와 관련된 자문 내지 중개용역 등을 제공받고 지출한 금액은 부가가치세가 과세되는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당한다.

• 나. 인정사실 다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2호증, 갑 제6호증의 1, 500,000,000원)을 15,000,000,000원에 발행하고, 같은 달 15. 신주 1,400,000주를 16,800,000,000원에 발행함으로써 한마약품 주식회사로부터 합계 31,800,000,000원 상당의 투자를 받았다.

(3) 이에 따라 원고는 2008. 5. 14. 주식회사 ○○탈에게 이 사건 용역계약에 따른 자문용역수수료 1,680,000,000원을 지급하였다.

(4) 한편, 원고는 위 31,800,000,000원 중 관리비 ․ 개발비 및 경상연구개발비 명목으로 2008년도에 11,216,918,889원(관리비 2,330,446,229원 + 개발비 5,730,142,001원 + 경상연구개발비 3,156,330,659원)을, 2009년도에 10,994,911,756원(관리비 5,330,105,235원 + 개발비 2,426,864,404원 + 경상연구개발비 3,237,942,117원)을 각 사용하였다.

• 다. 판단 부가가치세법과 부가가치세법 시행령의 관계 규정에 의하면, 부가가치세의 매입세액공제 대상이 되는 용역의 공급이라 함은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공받거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하는 것을 의미하고, 사업자가 사업과 관련하여 계속적으로 반복하여 용역을 공급받는 것이 아니라 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 용역을 공급받는 경우에도 그 용역에 대한 세액은 매입세액으로서 공제된다고 할 것이다. 또한, 공급받은 용역이 비과세대상 재화의 취득 내지 비과세대상 재화에 관하여 사용되는 경우라고 하더라도 그 비과세대상 재화가 과세사업을 위하여 사용되는 경우에는 공급된 용역은 사업자의 과세대상 사업과 관련이 있다고 보아야 한다. 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 드러나는 다음과 같은 사정들, 즉, 원고는 생명공학을 이용한 의약품 연구·개발 등을 사업목적으로 하여 2000. 7. 7. 설립된 법인으로서 위 사업의 내용 및 성격상 상당한 금액의 연구·개발비가 필요한 것으로 보이는 점, 이 사건 용역계약은 이와 같은 의약품 연구 ․ 개발 등의 사업목적 달성에 필요한 자금을 조달하기 위하여 체결되었고, 이에 따라 원고는 주식회사 ○○탈로부터 전략적 투자자의 물색, 전략적 투자자로부터의 투자유치, 전략적 투자 조건의 협상 자문 등의 용역을 제공받은 것으로 보이는 점, 원고는 이 사건 용역계약을 통해 한마약품 주식회사로부터 31,800,000,000원의 투자를 받았고, 이와 같이 투자받은 금원의 대부분이 실제로 원고의 과세대상 사업인 의약품 연구 ․ 개발을 위한 개발비 및 경상연구개발비 등으로 사용된 점, 원고가 ◇◇약품 주식회사에게 주권 및 사채권을 발행한 것은 주주 내지 채권자의 지위에 있는 자에게 그 법적 지위를 표창하는 유가증권을 발행한 것에 불과한 것으로서 자금조달에 필연적으로 수반하는 행위일 뿐, 주권 내지 사채권을 발행하는 업무 자체가 사업자의 과세대상 사업과 관련이 없거나 과세대상 사업과는 독립된 별개의 업무가 될 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 용역계약에 따라 원고가 주식회사 ○○탈에게 지급한 자문용역수수료 1,680,000,000원은 원고의 과세대상 사업인 의약품 연구·개발과 직접 관련이 있는 지출에 해당한다고 봄이 상당하고, 달리 위 자문용역수수료가 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 일부개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 일부개정되기 전의 것) 제60조 제3항에서 열거하고 있는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위에 해당하지도 않는 이상, 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.