재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법함

사 건 2010구합32891 종합부동산세부과처분등취소 원 고 00조합 외 피 고 00세무서장 외 변 론 종 결

2011. 4. 28. 판 결 선 고

2011. 6. 2.

1. 피고들이 별지 1 처분목록의 순번 1 내지 26 기재 각 처분일에 해당 원고들에 대하여 한 2009년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분 중 별지 2 정당세액 목록 순번 1 내지 26의 정당세액란 기재 종합부동산세, 농어촌특별세를 초과하는 부분을 취소하고, 피고 중부세무서장이 2010. 2. 23. 원고 주식회사 △△에 대하여 한 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다(소장 청구취지의 별지 1 처분목록 기재 처분일 중 순번 3의 ‘2009. 11. 26.’, 순번 6의 ‘2009. 11. 20.’, 순번 13의 ‘2009. 11. 23.’, 순번 15의 ‘2009. 11. 25.’, 순번 16, 21의 각 ‘2009. 11. 23.’, 순번 26의 ‘2009. 11. 20.’은 모두 ‘2009. 11. 16.’의 오기로 보인다).

• 가. 피고들은 별지 1 처분목록의 순번 1 내지 26 기재 각 처분일에 해당 원고들에게 2009년도 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과하였고, 원고 주식회사 △△는 2009. 12.경 피고 중부세무서장에게 종합부동산세 13,864,378,380원, 농어촌특별세 2,772,875,670원을 신고납부한 후 2010. 2. 12. 위 피고에게 세액을 과납하였다는 이유로 경정청구를 하였으나 위 피고는 2010. 2. 23. 위 원고에게 경정할 사유가 없음을 통지하였다(같은 목록 순번 27).
• 나. 피고들은 구 종합부동산세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에 따라 종합부동산세액 계산시 재산세액을 공제함에 있어서 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항 소정의 ‘주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’을 ‘과세기준금액 초과분 공시지가 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’의 방법 { 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것, 이하 같다) 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령 참조} 으로 계산하여 공제되는 재산세액을 산정하였다. 그 세액 산출내역은 별지 3 산출내역 중 각 처분내용란 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1 내지 26, 갑 2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고들의 주장 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 중복하여 부과하면 이중과세로서 위법하다. 그래서 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항 및 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항은, 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하고 있다. 그런데 피고들은 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 (종합부동산세) 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았다. 따라서 이 사건 각 처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 4 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 살피건대, ① 종합부동산세는 종합부동산세법상의 과세기준일인 매년 6월 1일 현재 일정한 가액을 초과하는 주택과 토지를 보유하는 자에 대하여 그 부동산 가액을 과세표준으로 삼아 과세하는 세금으로서{구 종합부동산세법 제3조, 제7조, 제8조, 제12조, 제13조, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제190조 참조} 일정한 부동산의 보유 자체에 담세력을 인정하여 부과하는 재산보유세에 해당하는바, 그 과세대상, 과세목적, 과세성격 등이 재산세와 동일한 것이어서 이미 재산세가 부과된 부동산에 대하여 종합부동산세를 다시 부과하는 것은 동일한 담세력을 가진 하나의 과세대상에 대하여 두 가지 조세를 과세하는 셈이 되어 당해 부동산을 소유한 납세자의 재산권을 본질적으로 침해하거나 헌법상의 조세법률주의에서 파생된 실질과세원칙에 위배될 가능성이 높은 점, ② 따라서 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항은 종합부동산세 과세대상 부동산의 과세표준 금액에 대하여 ‘해당 과세대상 부동산’(종합부동산세 과세대상 부동산의 ‘과세표준’이 아니라 그 과세표준에 해당하는 ‘과세대상’이라고 규정하고 있다)의 재산세로 부과된 세액은 그 부동산의 종합부동산세액에서 이를 공제한다고 규정하여 종합부동산세를 산정함에 있어 같은 과세대상 부분에 대하여 부과된 재산세액을 공제하는 방식으로 즉, 재산세가 부과되어 그만큼 담세력(재산)의 감소가 생긴 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 부과하지 않도록 하는 방식으로 이중과세를 방지하여 위헌의 소지를 줄이고 있는 점, ③ 또한 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항에 의하면 ‘종합부동산세 과세대상인 부동산분 재산세로 부과된 세액의 합계액에 종합부동산세 과세대상인 부동산분 과세표준에 대하여 (해당) 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액을 곱한 후 다시 종합부동산세 과세대상인 부동산을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액으로 나누어 계산된 금액’을 공제하도록 되어 있는데, 조례에 의한 세율의 가감이나 세부담 상한 등의 적용이 없는 경우에 종합부동산세 과세대상인 부동산분 재산세로 부과된 세액의 합계액과 종합부동산세 과세대상인 부동산을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액은 동일하므로 결국 원칙적으로 ‘종합부동산세 과세대상인 부동산분 과세표준에 대하여 (해당) 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이 공제대상이 되는 점, ④ 따라서 위 시행령 규정상 종합부동산세 과세대상 부동산 과세표준에 대하여 ‘부동산분’ 재산세 표준세율로 계산한다는 의미는 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항의 규정에 비추어 종합부동산세 과세표준에 해당하는 ‘부동산분(과세대상)’에 대한 재산세액으로 해석함이 상당하여 결국 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과되어 공제의 대상이 되는 재산세액이라 함은 ‘과세기준 초과분 공시지가에 재산세에 적용되는 공정시장가액비율을 곱한 금액(과세표준)에 재산세 표준세율을 적용’하여 산출된 금액으로 보이는 점{구 종합부동산세법(2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정되기 전의 것) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항은 공제되는 재산세액에 대하여 ‘부동산분 종합부동산세 과세기준을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 부동산의 부동산분 재산세로 부과된 세액’을 종합부동산세에서 공제하도록 규정되어 있어 이 사건에 적용되는 종합부동산세법의 규정과 문언상 다소 차이가 있기는 하나, 이는 재산세의 과세표준을 시가표준액으로 정하고 있던 구 지방세법(2009. 2. 6. 법률 제9422호로 개정되기 전의 것) 제187조가 시가표준액에 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액을 재산세의 과세표준으로 하도록 개정됨으로써 종합부동산세법에서도 단순히 이를 반영한 것으로 보일 뿐 공제되는 재산세액을 축소하기 위하여 법령이 개정된 것으로 보이지 아니한다.), ⑤ 그런데 피고들이 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 계산방식으로 삼은 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식에 따르면 ‘과세기준 초과분 공시지가에 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율을 곱한 금액에 다시 재산세에 적용되는 공정시장가액비율을 곱한 후 여기에 재산세 표준세율을 적용’하도록 되어 있는바, 위 계산방식에 의하면 종합부동산세 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액 중 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만 공제되고 나머지 부분{재산세액 × (1 - 공정시장가액비율)}은 공제되지 않게 되는바, 이 부분은 동일한 과세대상에 대한 재산세와 종합부동산세의 이중과세에 해당하는 점, ⑥ 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식{과세기준금액 초과분 공시지가 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율, 구 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 별지 제3호 서식 부표 (2) 중 작성요령 참조}이 개정된 이유가, 과세관청으로서는 종합부동산세의 과세표준이 되는 금액이 과세기준 초과분 공시지가에 공정시장가액비율을 곱한 금액(구 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항, 제2항)이어서 과세기준 초과분 공시지가 전부에 대하여 부과된 재산세액을 종합부동산세액에서 전액 공제하는 경우에는 종합부동산세를 과세하지 않은 부분의 재산세액까지도 공제되는 결과 오히려 과다공제의 효과가 발생한다고 판단한 것으로 보이나, 과세대상과 과세표준은 서로 구별되는 개념인바 종합부동산세의 과세표준을 위와 같이 산정한다고 하더라도 거기에 세율을 적용하여 산출․부과되는 종합부동산세액은 위 과세기준 초과분 전부를 과세대상으로 하여 부과된 세금으로 보아야 하고, 종합부동산세의 과세대상 자체가 위 과세표준에 해당하는 금액에 비례하여 축소되었다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 위 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식은 종합부동산세법 및 같은 법 시행령에서 정하고 있는 것보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의에 위반되고, 이에 근거한 피고들의 이 사건 각 처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다. 따라서 원고들의 주장은 이유 있다.

(2) 종합부동산세 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액 전체를 공제하여 원고들이 부담하여야 할 종합부동산세, 농어촌특별세를 계산하면 별지 2 정당세액 목록 기재와 같다(별지 3 산출내역 목록의 각 정당세액란 기재 참조). 따라서 피고들이 별지 1 처분목록의 순번 1 내지 26 기재 각 처분일에 해당 원고들에 대하여 한 2009년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분 중 별지 2 정당세액 목록 순번 1 내지 26의 정당세액란 기재 종합부동산세, 농어촌특별세를 초과하는 부분 및 피고 중부세무서장이 2010. 2. 23. 원고 주식회사 △△에 대하여 한 경정거부처분은 위법하다.

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.