면세포기신고 없이 농산물 수출시 영세율에 대한 매입세액 공제를 받을 수 없음

1.원고의 청구를 모두 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009.10.16.원고에 대하여 한 2004년 제2기분 5,454,180원, 2005년 제1기분 5,265,680원, 2005년 제2기분 6,759,910원, 2006년 제1기분 5,164,280원, 2006년 제2기분 5,382,640원, 2007년 제1기분 4,157,790원, 2007년 제2기분 3,508,480원, 2008년 제1기분 3,381,050원, 2008년 제2기분 2,666,900원, 2009년 제1기분 3,661,320원의 각 부과처분을 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 2002.7.2.사업의 종목 및 종류를 도매/무역업을 정하여 사업자등록을 한 사업자로서, 피고에게 2009년 제1기 부가가치세 확정신고를 하면서 파프리카 등 면세물품의 수출분을 영세율 적용대상으로 하여 부가가치세 11,033,000원의 환급신청 하였다.
• 나. 이에 피고는 2009.8.10.부터 2009.8.14.까지 현지확인조사를 실시한 후, 원고가 부가가치세법 제47조 에 의한 면세포기신고를 하지 않은 채 매입세액 공제를 받았다는 사유로 2009.10.16.원고에 대하여 부과제척기간 내인 2004년 제2기부터 2009년 제1기까지의 과세기간 매입세액을 공제하여 환급받은 세액에 해당하는 2004년 제2기분 5,454,180원, 2005년 제1기분 5,265,680원, 2005년 제2기분 6,759,910원, 2006년 제1기분 5,164,280원, 2006년 제2기분 5,382,640원, 2007년 제1기분 4,157,790원, 2007년 제2기분 3,508,480원, 2008년 제1기분 3,381,050원, 2008년 제2기분 2,666,900원, 2009년 제1기분 3,661,320원의 각 부과처분(이하‘이 사건 각 부과처분’)을 하였다. [인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2.이 사건 각 처분의 적법 여부
• 가. 원고의 주장 1)원고는 해외에 농산물인 파프리카를 수출하면서 농산물 수출과 관련하여 부가가치세 면세포기신고를 하였으나, 국세기본법 제85조의3 제2항, 부가가치세법 제31조 제3항 의 규정에 따라 문서보존기간의 경과로 관련 서류를 분실․폐기된 것인바, 사실과 다른 전제의 이 사건 각 처분은 위법하다. 2)피고는 원고의 2002년부터 2008년까지 부가가치세 환급 검토 업무를 수행하면서 아무런 이의 제기 없이 매입세액을 공제하였는바, 이는 면세포기를 전제로 매입세액공제를 인정한다는 과세관청의 묵시적인 공적 견해 표명이 있었으므로, 국세기본법 제18조 제3항 의 면세포기에 따른 과세관행이 성립된 것으로 보아야 한다. 또한, 이 사건 각 처분은 국세기본법 제15조 에서 규정한 신의성실의 원칙에 위배된다. 3)피고는 면세포기 미제출 확인서(을 제1호증)의 작성과 관련하여 세무조사시 조세전문가의 조력을 받을 권리를 부당히 침해하였는바, 위 확인서를 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 1)첫 번째 주장에 대하여 원고가 면세포기신고를 하였다는 점에 관하여 보건대, 이를 인정할 아무런 증거가 없다. 오히려 을 제1 내지 6호증(가지번포 포함)의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 피고가 관리하는 전산자료인 국세통합시스템상의 납세자별 민원처리 현황에서 원고의 사업자등록 당시인 2002.7.1.부터 이 사건 각 처분 직전인 2009.8.31.까지 면세포기신고를 한 시실이 확인되지 않는 점, 원고가 2002.7.3.양천세무서장에게 제출한 법인설립신고 및 사업자등록신청서에 면세포기신고서가 첨부되지 아니한 점, 원고는 2002.7.2.개업 이후 면세포기신고서를 제출한 바가 없다는 내용의 확인서를 제출한 점, 면세포기신고서는 매분기 부가가치세 신고시마다 부가가치세 면제를 적용받지 아니하는데 필요한 서류이므로, 국세기본법 제85조의3 제2항 에 의하더라도 증거서류로서 부가가치세의 각 법정신고기한이 지난날부터 5년간 보존하여야 할 의무가 있는 점 등에 비추어 보면, 원고는 면세포기 신고를 하지 않았다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 2)두 번째 주장에 대하여 가)먼저 국세행정의 관행이 성립되었는지에 관하여 본다. 국세기본법 제18조 제3항 이 규정하고 있는 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그와 같은 비과세 관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하므로, 위와 같은 공적 견해의 표시는 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우에 그것이 그 사항에 대하여 과세의 대상으로 삼지 아니하는 뜻의 과세관청의 묵시적인 의향의 표시로 볼 수 있는 경우 등에도 이를 인정할 수 있다(대법원 2009.12.24.선고 2008두15350 판결 참조). 이 사건에 돌아와 보건대, 위 인정사실에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 도매/무역 업종으로 수출업을 하는 사업자의 경우 영세율의 적용으로 매입세액을 환급하는 경우가 일반적인 점, 원고의 부가가치세 환급세액이 비교적 소액에 해당하는 점, 원고는 부가가치세 신고기한 경과 후 15일 내에 환급세액을 환급해 주어야 하는 조기환급 대상자인 점 등에 비추어 보면, 피고가 원고의 면세포기 불신고 사실을 알고 있었다고 보기 어렵고, 나아가 원고가 면세포기신고가 없었음에도 어떤 특별한 사정 때문에 매입세액 공제를 인정하였다는 국세행정의 관행이 형성되었다고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 나)다음으로 신의성실 원칙 위반 주장에 관하여 본다. 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009.10.29.선고 2007두7741 판결 참조). 이 사건에 관하여 돌아와 보건대, 피고가 원고에 대하여 2002년부터 2008년까지 아무런 이의 제기 없이 매입세액을 공제하였다는 사정만으로 원고에게 면세포기 신고가 있었다는 등의 공적인 견해표명이 있었다고 보기 어렵고, 원고가 피고에게 면세포기 신고를 하지 않은 이상 원고에게 귀책사유가 없다고도 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 3)세 번째 주장에 대하여 피고가 실지조사시 조세전문가의 조력을 받을 권리를 침해하였다는 주장에 관하여 보건대, 이를 인정할 아무런 증거가 없다. 오히려 을 제8호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 원고에 대한 조사착수시 원고의 대표이사 문AA에게 조세전문가의 조력을 받을 권리가 있다는 사실이 기재된 납세자권리헌장을 교부한 사실을 인정할 수 있을 뿐이다. 따라서 조세전문가의 조력을 받을 권리를 침해하였음을 전제로 한 원고의 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다. 3.결 론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 한다.