의약품 도소매업 관련 사실과 다른 세금계산서를 수취하였는지 여부

원고 주식회사 ○○팜 피고 강서세무서장

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009.9.10.원고에 대하여 한 2006년 2기분 부가가치세 173,328,470원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 2006.9.12.의약품 도매업 등을 주목적으로 하여 설립된 회사로서, 주식회 사 ◇◇코리아(이하‘◇◇코리아’라고 한다)로부터 2006년 2기에 공급가액 1,182,133,237원 및 세액 118,213,323원 상당의 매입세금계산서 3장을 교부받았고(이하‘이 사건 각 세금계산서’라 한다), 피고에게 위 기간의 부가가치세를 신고할 때 매출세액에서 이 사건 각 세금계산서상의 세액을 매입세액으로 공제하여 신고하였다.
• 나. 피고는, 이 사건 각 세금계산서는 원고가 ◇◇코리아로부터 실제 거래 없이 교부받은 허위의 세금계산서에 해당한다는 이유로, 2006년 2기의 위 매입세액을 위 기간의 매출세액에서 불공제하는 것으로 하여 원고의 부가가치세액을 경정한 다음, 2009.9.10.원고에 대하여 2006년 2기분 부가가치세 173,328,470원(가산세 포함)을 부과․고지하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거]갑 제1,2,3호증의 각 기재 2.주장 및 판단
• 가. 원고의 주장 원고는 실제로 ◇◇코리아로부터 물품을 제공받고 그에 따라 이 사건 각 세금계산서를 교부받았으므로, 위 각 세금계산서는 허위가 아니다. 따라서, 이 사건 각 세금계산서가 허위라는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 (1)앞서 든 증거, 을 제2 내지 8호증의 각 기재, 갑 제6호증의 일부 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이하의 사실들을 인정할 수 있고, 위 증거들에 비추어 갑 제8호증의 기재 및 갑 제6호증의 일부 기재는 각 믿기 어렵다. (가)원고는 2006년 2기에 박AA에게 의약품을 주문하고 박AA으로부터 의약품을 공급받으면서 ‘◇◇코리아’를 공급자로 한 이 사건 각 세금계산서를 교부받았는데, 당시 박AA은 ◇◇코리아 직원이 아니었고, 그러한 사실을 원고의 대표이사인 이BB도 알고 있었다. (나)◇◇코리아는 거래처에 물품을 공급한 다음 담당직원이 영업부서 및 창고에서 일일거래명세표를 작성하고 그 내역을 전산에 입력하면 월말에 경리부서에서 매출내역을 종합하여 세금계산서를 발행하고 이를 각 거래처에 우편으로 발송하여 왔다. (다)그런데, ◇◇코리아의 전산코드에 원고가 입력되어 있지 않을 뿐 아니라 원고에 대한 거래내역이 영업부서 또는 창고에서 작성한 일일거래명세표나 전산입력된 자료로 남아 있지 않고, 부가가치세 신고 전에 누군가의 지시에 의하여 경리부서에서 이 사건 세금계산서가 발행되었으며, 이 사건 각 세금계산서는 ◇◇코리아에서 원고에게 우편으로 발송된 것이 아니라 ‘△△칼’이라는 업체에서 팩스로 원고에게 전달되었다. (라)원고는 ☐☐약품 주식회사 등 정상적인 거래업체로부터의 의약품 매입대금을 전부법인통장으로 이체하는 방법으로 지급하였으나, 이 사건 각 세금계산서상의 매입대금을 ◇◇코리아에게 법인통장으로 이체하여 지급하지 않았다. (마)◇◇코리아에는 2007년 외국 자본을 통한 증자 및 대표이사 교체를 하면서 2005년과 2006년의 상품매출액 중 현금으로 거래된 것으로 계상한 매출액 약 104억 원이 분식회계 처리된 것이라는 이유로 위 매출을 취소․정정하고 위 기간 부가가치세 및 법인세 경정청구를 하였고, 위 취소 신고된 매출에는 이 사건 각 세금계산서상의 매출도 포함되어 있다. (바)원고는 2007년 1기에도 ◇◇코리아로부터 공급가액 230,345,000원 상당의 매입세금계산서를 교부받아 매출세액에서 위 공급가액에 상응하는 매입세액을 공제하여 위 기간 부가가치세를 신고하였으나, 그 후 과세관청으로부터 위 매출이 실지거래로 인한 것인지 여부에 대한 소명요구를 받고서 위 기간 매출세액에서 위 세금계산서상 매입세액을 불공제하는 것으로 부가가치세 수정신고를 한 바 있다. (2)위 인정사실에 의하면, 이 사건 각 세금계산서가 ◇◇코리아로부터 실제 의약품을 공급받지도 않고서 공급받은 것처럼 허위로 작성되었다는 점에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 입증하였다고 할 것이므로, 원고는 이 사건 각 세금계산서가 허위가 아니라고 하기 위하여는 관련된 증빙과 자료에 의하여 ◇◇코리아와 사이에 이 사건 각 세금계산서상 공급가액 해당 금액 상당의 실제 거래가 있었음을 구체적으로 입증하여야 할 것인데(대법원 1997.9.26.선고 96누8192 판결 등 참조), 갑 제5,7,9호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하다. 따라서, 이 사건 각 세금계산서가 실제 거래 없이 가공으로 작성된 것임을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다. 3.결 론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각한다.