가공매출이 가공매입보다 많은 경우 세금포탈이 없어 사기 기타 부정한 행위로 볼 수 없음

원고 주식회사 ○○스 피고 남대문세무서장

1.피고가 2008.2.1.원고에 대하여 한 2002년 제2기분 부가가치세 32,564,000원의 부과처분을 취소한다. 2.소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 전산시스템 용역의 제공 및 판매 등을 주된 영업으로 하는 법인으로서 2002.12.31.주식회사 □□션(그 후 회사명이 주식회사 ◁◁어로 변경되었고, 이하‘□□션’이라고 한다)으로부터 컴팩 노트북 컴퓨터 500대의 거래와 관련하여 공급가액 859,000,000원의 매입세금계산서(이하‘이 사건 매입세금계산서’라고 한다)를 수취하고, 같은 날 위 거래와 관련하여 주식회사 ◇◇기술(이하‘◇◇기술’이라고 한다)에 공급가액 881,450,000원의 매출세금계산서(이하‘이 사건 매출세금계산서’라고 한다)를 교부하여 이에 따른 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 피고는 2009.6.1.원고에 대하여 원고가 □□션으로부터 컴팩 노트북 컴퓨터 500대를 공급받거나 ◇◇기술에 이를 공급한 사실이 없음에도 매출처 및 매입처별 세금계산서 합계표의 기재사항을 사실과 다르게 기재하여 2002년 제2기분 부가가치세를 신고하였다는 이유로 구 부가가치세법(2003.12.30.법률 제7007호로 개정되기 전의 것, 이하‘부가가치세법’이라고 한다)제22조 제3항, 제4항에 의하여 부가가치세 가산세 32,564,000원(이하‘이 사건 부가가치세 가산세’라고 한다)의 부과처분을 하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2,7호증, 을 1 내지 3,5호증(각 가지번호 포함), 을 4호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지 2.이 사건 처분의 적법 여부
• 가. 원고의 주장 (1)원고는 실제로 □□션으로부터 컴팩 노트북 컴퓨터 500대를 공급받아 이를 ◇◇기술에 공급하였으므로, 가공의 거래가 아니다. (2)이 사건 처분은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의한 5년의 부과제척기간이 경과한 후에 이루어졌다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 규정형식, 입법취지 및 엄격해석의 원칙상 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 하였고 하더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급․공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 되고, 이는 당해 납세자가 다른 납세자의 조세포탈 등에 가담하였더라도 자신의 포탈세액 등이 없는 이상 달리 볼 것은 아니다. 또한, 신고납세방식의 국세에 있어서 당해 국세의 포탈이나 부정 환급․공제가 있었는지 여부는 가산세를 제외한 본세액을 기준으로 판단하여야 하며, 재화나 용역을 공급하는 사업자가 가공의 매출세금계산서와 함께 가공의 매입세금계산서를 기초로 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 신고한 경우에는 그 가공의 매출세금계산서상 공급가액에 대하여는 부가가치세의 과세대상인 재화나 용역의 공급이 없는 부분으로서 이에 대한 추상적인 납세의무가 성립하였다고 볼 수 없으므로, 비록 공제되는 매입세액이 가공이라고 하더라도 이러한 경우에는 가공의 매출세액을 초과하는 부분에 한하여 그 가공거래와 관련된 부가가치세의 포탈이나 부정 환급․공제가 있었다고 보아야 한다(대법원 2009.12.24.선고 2007두16974 판결 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 설령 원고가 □□션 및 ◇◇기술과 사이에 컴팩 노트북 컴퓨터의 실물 거래 없이 이 사건 매입 및 매출세금계산서상의 공급가액을 매출처 및 매입처별 세금계산서 합계표에 기재하여 부가가치세를 신고하였다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 이 사건 매입세금계산서상의 공급가액(859,000,000원)이 이 사건 매출세금계산서상의 공급가액(881,450,000원)을 초과하지 아니하는 이상, 실질적으로 그 가공의 거래와 관련하여 원고 자신의 부가가치세의 포탈이나 부정환급 내지 부정공제는 없었다고 봄이 상당하고, 원고가 다른 납세자, 즉 ◇◇기술의 조세포탈 등에 가담한 사정이 인정된다고 하더라도 달리 볼 바 아니다. 따라서 이 사건 부가가치세 가산세에 대한 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 의한 10년이 아니라 같은 항 제3호에 의한 5년이라고 할 것인데, 이 사건 처분은 2002년 제2기분 부가가치세를 부과할 수 있는 날인 2003.1.26.(위 부가가치세 신고기한인 2003.1.25.의 다음날)로부터 부과제척기간 5년이 경과한 후에 이루어진 것으로 무효라고 할 것이다(한편, 이와 같이 원고의 둘째 주장을 받아들이는 이상 첫째 주장에 대하여는 따로 판단하지 아니한다). 3.결 론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.