특수관계자와의 거래로 인한 부당행위계산부인

1. 원고의 청구를 각 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 6. 11. 원고에 대하여 한 별지 1 부과처분내역 기재 각 법인세 부과처분 중 ④항 기재 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

• 가. 당사자들의 지위

1. 원고는 1988. 4. 4. 국제화물 운송(항공 및 선박) 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이다. 한편, 1999.경부터 2003.경까지는 벨기에 법에 의하여 설립된 ABX Logistics Worldwide SA가, 2004.경부터 2006. 4.경까지는 싱가포르 법에 의하여 설립된 ABX Logistics Singapore Pte. Ltd.(이하, ‘모회사’라고 한다)가 각 원고 발행의 주식 85%를 소유하고 있었고, 2006. 4. 30. 김AA 등이 다시 그 주식을 인수하였다(변경전 상호: RRRRR해영코리아 주식회사).

2. QQQQQQ로지스틱 주식회사(이하, ‘소외 회사’라고 한다)는 원고의 대표이사인 김AA이 2003. 9. 16. 설립한 법인으로서 원고와 마찬가지로 국제화물 운송(항공 및 선박), 창고업 등을 목적사업으로 하고 있다.

• 나. 원고와 소외 회사 사이의 이 사건 임대차계약의 체결 등 원고는 2003. 말경 소외 회사와 사이에 용인시 기흥읍 SS리 459-3 지상의 물류창고 및 사무실(이하, ‘CC창고’라고 한다) 5,170㎡ 중 창고 3,537㎡, 사무실 231㎡에 관하여 임대차기간 2004. 1. 1.부터 2006. 12. 31.까지(다만, 계약만료 2개월 전까지 서 면에 의하여 계약만료 의사를 통지하지 아니하면 1년 연장된 것으로 한다), 임대차보 증금 2억 원, 임대료 월 64,400,000원, 관리비 월 6,000,000원(다만, 2005. 6.부터는 3,600,000원으로 한다)인 임대차계약(이하, ‘이 사건 임대차계약’이라고 한다)을 체결하였고, 그에 따라 소외 회사에게 2004 사업연도 826,800,000원, 2005 사업연도 658,849,000원, 2006 사업연도 624,568,800원 합계 2,110,217,800원(=826,800,000원 + 658,849,000원 + 624,568,800원)의 임대료(관리비 포함, 이하 ‘이 사건 임대료’라고 한다)를 지급하였다.
• 다. 원고와 Agfa Korea Ltd. 등 사이의 이 사건 계약의 체결 등

1. 원고는 Agfa Korea Ltd., Agfa Industries Korea Ltd.(이하, 이들을 통틀어 ‘DDD’라고 한다)와 사이에 DDD가 독일 등으로부터 수입하여 국내에 판매하는 필름 등의 보관 등에 관한 계약을 체결하고, 1997. 10. 8. 주식회사 장릉산업으로부터 임차한 이천시 마장면 **리 157-5 소재 창고 650평, 사무실 15평(이하, ‘HH창고’라고 한다)을 DDD의 물품 보관을 위 한 전용공간으로 사용하여 왔다.

2. 그 후 원고는 2003. 12. 1. DDD와 사이에 NN창고의 사용 등에 관하여 별지 2 기재와 같은 내용의 계약(이하, ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였고, 그에 따라 DDD에게 보관료 등 명목으로 2004 사업연도 852,053,130원, 2005 사업연도 694,516,520원, 2006 사업 연도 594,319,050원 합계 2,140,888,700원(=852,053,130원 + 694,516,520원 + 594,319,050원)을 청구하였다.

• 라. 원고와 모회사 사이의 이 사건 용역공급계약의 체결 등 원고는 2002. 12. 13. 모회사와 사이에 재무관리분야,IT분야 등에 대한 서비스(이하, ‘이 사건 용역’이라고 한다)를 제공하기로 하는 별지 3 기재와 같은 용역공급계약(이하, ‘이 사건 용역공급계약’이라고 한다)을 체결하였고, 그에 따라 모회사에게 2002. 사업연도 209,964,000원, 2003 사업연도 206,661,695원, 2004 사업연도 461,247,738원, 2005 사업연도 344,331,672원, 2006 사업연도 104,747,829원 합계 1,326,952,934원 (=209,964,000원 + 206,661,695원 + 461,247,738원 + 344,331,672원 + 104,747,829원)의 수수료(이하, ‘이 사건 수수료’라고 한다)를 지급하였다.
• 마. 피고의 법인세 부과처분 피고는 원고가 소외 회사에 지급한 이 사건 임대료에 관하여 소외 회사가 2004. 9.경부터 NN창고의 나머지 부분을 타에 임대한 사례에 비추어 볼 때 특수관계자를 위하여 부당하게 고가로 지출된 임대료라는 이유로 법인세법 제52조 제1항, 같은 법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호에 따라 부당행위계산부인을 하고, 2004 사업연도부터 2006 사업연도까지의 법인세와 관련하여 합계 788,590,027원의 임대료를 손금불산입하였고, 원고가 모회사 에 지급한 이 사건 수수료에 관하여 원고가 모회사로부터 회계, 인사노무관리, 대외광고ㆍ홍보 관련 용역(이하, ‘쟁점 용역’이라고 한다)을 제공받지 아니하였음에도 수수료를 지급하였다는 이유로 2002 사업연도부터 2006 사업연도까지의 법인세와 관련하여 합계 720,921,428원의 수수료(이하, ‘쟁점 수수료’라고 한다)를 가공경비로 보아 손금불산입하여, 2007. 6. 11. 원고에 대하여 별지 1 부과처분내역 ②항 기재와 같은 법인세 부과처분을 하였다.
• 바. 조세심판원의 감액결정 등

1. 원고는 이의신청을 거쳐 2008. 3. 26. 조세심판원에 위 마.항 기재 각 법인세부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2010. 1. 15. 이 사건 계약 별첨 A2 내지 6 기재 지게차 등은 소외 회사의 보유자산이므로, 이 사건 임대료에는 위 지게차 등의 사용료 합계 9,452,000원(=5,577,500원 + 1,500,000원 + 1,000,000 원 + 500,000원 + 874,500원)이 포함되어 있다고 봄이 상당하고 따라서 이를 조정하여 부당행위계산부인액을 산정하는 것이 타당하나 원고의 나머지 주장은 이유 없다고 판단하였다.

2. 이에 피고는 위 마.항 기재와 같이 부당행위계산부인하여 익금산입한 금액에서 2004 사업연도 146,681,516원, 2005 사업 연도 113,147,280원, 2006 사업연도 113,754,959원을 각 차감하여 과세표준 및 세액을 감액경정하였고, 그에 따라 남은 세액은 별지 1 부과처분내역 ③항 기재와 같다(이하, 이와 같은 감액경정되고 남은 법인세부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 5, 제3호증의 1, 2, 제6호증의 1, 2, 제7호증의 1 내지 3, 제9호증의 3, 제10호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 제2호증의 1 내지 5, 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

• 가. 원고의 청구원인의 요지

1. 이 사건 임대료의 경제적 실질은 소외 회사가 원고를 대신하여 DDD에 제공한 물류서비스의 대가이므로 NN창고 중 나머지 부분의 임차인들에 대한 임대료를 기준으로 부당행위계산부인의 대상으로 볼 것이 아니다.

2. 이 사건 수수료는 전체가 모회사로부터 제공받은 포괄적 경영자문에 대한 대가 일뿐 항목별로 구별할 수 있는 성질이 아님에도 그 중 일부인 쟁점 용역에 대한 쟁점 수수료만을 가공경비로 본 것은 부당하다.

• 나. 관련법령 별지 4 관련법령 기재와 같다.
• 다. 원고의 위 가.의 1)항 기재 주장에 대하여

1. 인정사실

• 가) 원고의 대표이사인 김AA은 2003. 9. 16. 소외 회사를 설립하였고, 소외 회사는 2003. 11. 15. 주식회사 BB씨엠 외 3인으로부터 CC창고 부지를 임차한 후 총 면적 5,170㎡의 NN창고를 신축하였으며, NN창고 중 원고에게 임대한 부분을 제외한 나머지 부분에 대한 임대차내역은 아래와 같다.
• 나) 피고는 이 사건 임대차계약에 따른 임대료와 관리비 및 임대차보증금에 대한 간주임대료에서 월 150만 원의 지게차 사용료를 차감한 금액을 원고가 소외 회사에 지급하는 임대료로 보고, EE모더스 유한회사 등 다른 임차인들(이하, 이들을 통틀어 ‘제3자들’이라고 한다)의 임대료2)를 산술평균하여 아래와 같이 부당행위계산부인액을 산정하였다.
• 다) 조세심판원은 이 사건 계약 별첨 A 2 내지 6 기재 지게차 등은 소외 회사의 보유자산이므로 이 사건 임대료에는 위 지게차 등의 사용료 합계 9,452,000원 (=5,577,500원 + 1,500,000원 + 1,000,000원 + 500,000원 + 874,500원)이 포함되어 있다고 봄이 상당하다고 판단한 후(다만, 원고가 소외 회사에 지급한 임대료가 감액된 비율로 위 지게차 등의 사용료도 감액하고, 랙 관련 비용은 임대면적이 축소되는 비율로 감액하였다) 아래와 같이 부당행위계산부인액을 산정하였고, 피고는 이에 따라 과세표준 및 세액을 감액경정하였다.
• 라) 원고의 항공해상수입부 담당과장인 김FF은 이 사건 처분 전인 2007. 4. 9. 피고 조사관과의 문답에서 ’원고가 DDD에게 제공한 용역은 창고와 지게차를 임대한 것이고 이는 HH창고를 임대할 때나 NN창고를 임대할 때나 마찬가지였다’라고 진술한 바 있고, 원고의 관리이사이자 소외 회사의 대표이사인 신GG는 2007. 5. 4. '원고가 2004 내지 2006 사업연도 기간 동안 소외 회사에 지급한 이 사건 임대료 중 788,590,027원은 제3자들이 지급한 임대료보다 높은 금액임을 인정한다’는 내용의 확 인서를 작성ㆍ제출하였다.
• 마) 한편, 소외 회사가 관할 세무서에 제출한 원천세 선고내역 및 인건비 지급내역에 의하면, 소외 회사는 2004 사업연도 2명(정KK, 성LL), 2005 사업연도 2명(정KK, 성미랑), 2006 사업연도 3명(정KK, 성LL, 성MM)의 직원에 대하여 근로소득세 원천징수를 하였는데, 이 중 성MM(당시 57세 남짓), 성LL(당시 37세 남짓, 여성)은 원고의 대표이사인 김AA의 사돈으로서 위 각 사업연도 당시 광명시 광명동 158-1165에서 별도의 사업을 운영하고 있었다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제3호증의 1, 2, 제11호증의 1 내지 9, 을 제1호증의 1, 2, 제5 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 판단

• 가) 살피건대, 법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결 등 참조).
• 나) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 위에서 인정한 사실 및 을 제10호증, 제11호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 이 사건 임대차계약상 소외 회사가 원고에게나 DDD에게 NN창고의 임대 이외에 다른 용역을 제공한다는 내용이 없고, 임대료 산정에 있어 그와 같은 사정이 반영되었다는 증거도 없는 점, ② 원고는 DDD에게, HH창고에서는 단순히 창고, 지게차의 임대 용역만 제공하였으나 NN창고로 이전한 후부터는 운송, 보관 등을 포함한 소위 물류서비스를 제공하였다고 주장하나, DDD에 대한 원고의 계약서상 의무는 HH창고에서나 NN창고에서나 상품의 수입과 내륙운송, 창고에의 보관 등으로 거의 동일하고, 원고 소속 직원 김FF은 HH창고에 있을 때나 NN창고에 있을 때나 DDD에게 제공한 용역은 창고와 지게차의 임대밖에 없다고 진술한 점, ③ 2004 내지 2006 사업연도 기간 동안 소외 회사의 상근직원은 사실상 정KK 1인에 불과한데 그 나마도 원고의 인천공항물류창고 상하차 작업에 파견되는 등 NN창고에 상주하였다고 볼 수 없는 반면, DDD는 2006 사업연도 기준 재고 물품이 71억 원 상당에 달하는 바, 이와 같은 대규모 물품에 대한 물류서비스를 소외 회사의 인력으로 감당할 수 있었다고 보기 어려운 점, ④ 원고는 소외 회사가 용역을 주어 DDD의 내륙운송을 담당하였다고 주장하나, 이를 입증할 수 있는 용역 내지 용차계약서를 전혀 제출하고 있지 못한 점, ⑤ 오히려 이 사건 계약에 의하면 비용 내역 중 별첨 A 부분은 NN창고의 임대료 및 물품의 적재ㆍ보관에 관한 것이고 별첨 B 부분은 컨테이너 비용, 부두사용료 등이어서, 원고나 소외 회사가 DDD의 내륙운송을 담당했다고 볼만한 내역은 존재하지 아니하는 점, ⑥ 이 사건 계약상 원고가 DDD에게 NN창고에서의 상하차 용역을 제공하여야 하고 그 상하차에 필요한 지게차 등을 소외 회사가 보유하면서 특별히 타용역에 제공한 바 없다면, 원고가 소외 회사에 지급한 임대료에는 지게차 사용료 등이 일부 포함되어 있을 수 있다고 할 것이나 이 부분은 이마 조세심판원의 심판 단계에서 감액되었고, 그 이외에 소외 회사가 DDD에 대한 원고의 문서/취급 등 의무를 대행하였다고 볼만한 증거는 없는 점, ⑦ 원고는 원고가 DDD로부터 지급받은 보관료 등(61,244,000원)보다 더 많은 금액(70,400,000원)을 소와 회사에 임대료 명목으로 지급한 이유를 설명하지 못하고 있는 점, ⑧ 원고의 관리이사이자 소외 회사의 대표이사인 신GG는 위와 같은 내용을 모두 확인하고 인정하는 취지의 자인서를 작성하였는바, 이와 같은 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수 없는 점, ⑨ 원고의 주장과 같이 원고가 이 사건 계약에 따라 DDD로부터 지급받은 금액의 범위 내에서 소외 회사에 이 사건 임대료를 지급하였다고 하더라도, 적어도 위 범위 내에서는 여전히 원고와 소외 회사가 임대료 결정권을 가진다고 보이고, 그에 따라 결정된 임대료가 경제적 합리성을 결한 것이라면 부당행위계산부인의 대상이 된다고 보이는 점, ⑩ 소외 회사가 원고 이외의 제3자들로부터 받은 임대료가 궁박한 상태에서 정해진 것으로서 시가보다 낮은 금액이라고 볼만한 특별한 사정이 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 임대료의 지급은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것으로서 부당행위계산부인의 대상이 된다고 봄이 상당하다.
• 다) 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
• 라. 원고의 위 가.의 2)항 기재 주장에 대하여 살피건대, 법인세법 제19조 제2항 은 원칙적으로 “손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”고 규정하고 있는바, 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적’인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조). 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 모회사로부터 이 사건 용역을 제공받는 대가로 모회사가 원가에 기초하여 산정한 수수료를 지급하기로 약정한 사실은 위에서 본 바와 같으나, 나아가 원고가 모회사로부터 재무관리분야 등에 관한 구체적이고 지속적인 용역을 제공받았는지에 관하여는 갑 제12호증의 1 내지 21의 각 기재와 증인 신GG의 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달라 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 위에서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 모회사는 전 세계에 흩어져 있는 자회사들과 사이에 이 사건 용역공급계약과 같은 내용의 용역공급계약을 체결하고, 그 용역에 대한 수수료는 각 자회사들에게 제공한 용역에 상응한 비율이 아니라 각 자회사들의 연간총매출액, 매출총이익, 인력 등을 기준으로 배분하였으므로, 이 사건 수수료가 원고가 제공받은 용역의 대가라고 단정하기 어려운 점, ② 원고가 모회사로부터 제공받았다고 주장하는 ABX 회계표준 준수 지시, 회계보고서 작성 매뉴얼 배포, 인사 노무관리 지침서 배포, ABX의 광고 팜플릿에 자회사인 원고의 연락처를 게재하는 것 등은 자회사에 대한 모회사의 일반적인 관리ㆍ지원의 범위를 벗어나는 용역의 제공이라고 보기 어려운 점, ③ 오히려 모회사는 사업개발/영업분야에 해당하는 홍보활동의 일환인 국제물류박람회 참가비용 등을 이 사건 수수료와는 별도로 원고에게 청구하기도 한 점, ④ 이 사건 용역공급계약에 의하면, 원고는 모회사에게 구체적인 수수료의 산정내역에 대한 자료를 요청할 수 있고 위와 같은 요청을 받은 경우 모회사는 수수료의 계산방법을 통지하도록 되어 있음에도 원고는 단 한 차례도 모회사에게 이와 같은 요청을 한 바 없이 모회사에서 일방적으로 정한 액수의 이 사건 수수료를 지급한 점, ⑤ 원고의 관리이사인 신GG는 모회사로부터 쟁점 용역을 제공받은 바 없음에도 모회사에게 쟁점 수수료를 지급하였다는 내용을 확인하고 인정하는 취지의 자인서를 작성하였는바, 이와 같은 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고와 같은 종류의 사업을 영위하는 사업자에게 있어 이 사건 수수료와 같은 비용의 지출은 이례적인 것으로서 위 수수료는 이 사건 용역에 대한 대가로 지급된 것이라고 볼 수 없고, 달리 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용이라고 볼 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면, 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.