대법원 판례 법인세

대손금, 부당행위계산부인, 업무무관가지급, 중복조사에 해당되지 않음

사건번호 서울행정법원-2010-구합-11429 선고일 2011.06.23

구상금채권 중 대손금 상당액이 주채무자의 사업폐지 등으로 인하여 회수불능 사실이 객관적으로 확정되었다고 보기 어려우므로 대손금에 해당되지 않으며, 보증채무를 대위변제한 행위가 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위로서 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 보기 어렵고, 업무무관가지급금 및 중복조사 아님

사 건 2010구합11429 법인세부과처분취소 원 고 XX건설 주식회사 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2011. 5. 31. 판 결 선 고

2011. 6. 23.

주 문

1. 피고가 2008. 1. 1. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 귀속 법인세 121,042,627원, 2004 사업연도 귀속 법인세 113,361,873원, 2005 사업연도 귀속 법인세 207,187,860원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 주문 제1항 및 피고가 2008. 1. 1. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 귀속 법인세 9,441,203,068원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위
  • 가. 원고는 호텔개발사업에 진출할 목적으로 필리핀국 현지에 설립한 XXXX프라퍼티 (XX Property, 이하 ’XX’라 한다)이 원고의 보증 하에 금융기관으로부터 차입한 대출금채무 27,405,996,301원을 2002년경 대위변제한 후, 피고에게 2002 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 신고함에 있어, 위 보증채무 이행에 따른 XX에 대한 구상금채권 27,405,996,301원(이하 ’이 사건 구상금채권’이라 한다) 중 예상 회수가능금액을 8,204,743,000원으로 산정하여 이를 공제 한 19,201,261,301원(= 27,405,996,301원 - 8,204,743,000원, 이하 ’이 사건 대손금’이라 한다)을 대손금으로 계상하여 손금에 산입 하였다.
  • 나. 서울지방국세청 은 2006. 11. 15.부터 2007. 4. 23.까지 원고의 2002 - 2005 사업 연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 후, 2007. 5. 8. 피고에게 ① 원고의 해외현지법인 XX에 대한 이 사건 구상금채권 중 2002 사업연도의 대손금으로 손금산입한 이 사건 대손금 19,201,261,301원은 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 법인세법’이라 한다) 제34조 제2항에서 규정하고 있는 대 손금 손금산입의 요건을 충족하지 못하였다고 보아 이를 손금불산업하는 한편, ② 이 사건 대손금 부분은 특수관계자인 XX에 대하여 위 금액 상당액을 무상대여한 것과 실질적으로 동일한 것으로서 업무무관 가지급금으로 보아 구 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2003 - 2005 사업연도까지의 인정이자 합계1,153,035,801원(=2003 사업 연도 278,226,291원 + 2004 사업 연도 279,570,379원 + 2005 사업연도 595,239,131원)을 각 사업연도에 익금산입하며, ③ 그 외 다른 손금산입 부분을 손금불산입하는 등의 내용의 세무조사결과를 피고에게 통보하였다.
  • 다. 피고는 위 세무조사결과를 기초로 2008. 1. 1. 원고에 대하여 아래 표의 ’당초고지세액’란 기재와 같이 2002 - 2005 사업연도 법인세를 각 부과하였다.
  • 라. 원고는 이에 불복하여 2008. 1. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원 은 2009. 12. 10. 위 각 법인세 부과처분 중 위 나.의 ①, ②항 부분을 제외한 나머지 부분 관련 법인세 부분에 대하여 원고의 청구를 받아들여 이를 감액경정하고, 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다.
  • 마. 이에 따라 피고는 2009. 12. 28. 아래 표 ’감액경정세액’란 기재와 같이 감액경정 처분을 하였는바, 이와 같이 감액경정되고 남은 세액은 각 아래 표의 ’이 사건 부과세액’(과소신고 및 미납부가산세 포함)란 기재와 같다(이하 위 각 당초처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ’이 사건 처분’이라 한다) (아래 표 생략) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1 내지 4, 갑 2호증의 1, 2, 갑 8호증, 을 1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 대손금의 손금부인 부분 관련(2002 사업연도 법인세 부분)

  • 가. 원고의 주장 피고가 이 사건 대손금의 손금산업을 부인한 것은 다음과 같은 이유로 위법하다.

① 2002년경 주채무자인 XX의 청산을 위한 실사결과 당시 XX의 청산가치는 8,204,734,000원으로 파악되었으므로, 이 사건 구상금채권 27,405,996,301원 중 이 사건 대손금 19,201,261,301원(= 27,405,996,301원 - 8,204,734,000원)은 이미 회 수가 불가능한 상태에서 원고가 채권금융기관협의회와의 기업구조조정개선약정 및 위 협의회 결의에 따라 대위변제의 형식으로 부담하게 된 ’비용’에 해당한다고 할 것이어 서, 이는 2002 사업연도의 손금으로 당연히 산입되어야 한다.

② 그렇지 않다 하더라도, XX는 2002년 말경 비록 폐업신고는 하지 않았으나 사실상 호텔운영사업을 중단하고 청산절차를 진행 중인 상황이었고, 앞서 본 실사가치를 초과하는 부분에 대하여는 집행할 재산이 없는 등 자력이 전혀 없었던바, 원고의 XX에 대한 이 사건 구상금채권 중 이 사건 대손금 상당액은 2002. 12. 31. 현재 객관적으로 회수불능상태에 이르렀으므로 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 법인세법 시행령’이라 한다) 제62조 제1항 제8호가 정한 대손금 사유인 ’사업의 폐지로 인하여 회수할 수 없는 채권’에 해당한다. 따라서 이 사건 대손금은 그 회수가 불가능하다고 확정된 날이 속하는 2002 사업연도의 손금으로 산입되어야 한다.

  • 나. 첫 번째 주장에 관한 판단 살피건대, 위 보증채무를 이행한 원고로서는 주채무자인 XX에 대하여 변제 금액에 상당한 이 사건 구상금채권을 취득하게 되므로 그 보증채무의 이행으로 곧바로 그 면제금액에 상당한 원고의 자산을 감소시키는 손비가 발생하였다고 볼 수는 없다. 한편, 원고가 2002년경 XX의 청산을 위한 실사를 시행한 결과 2002. 12. 31. 현재 XX의 청산을 통한 원고의 회수가능금액이 8,204,734,000원으로 평가됨에 따라 이 사건 구상금채권 27,405,996,301원 중 위 회수가능금액을 제외한 이 사건 대손금 19,201,261,301원을 2002 사업연도의 대손금으로 계상한 사실은 아래에서 보는 바와 같으나, 이는 자산성의 유무에 대하여 회수불능이라는 회계적 인식을 한 경우에 불과하므로 이것이 법인세법령에 따른 대손의 범위에 속하는지 여부를 가려 그 대손이 확정된 사업연도의 손금으로 산입할 수 있을 뿐이다(대법원 2001두489 판결 등 참조) 따라서 원고의 위 주장사실만으로는 이 사건 대손금이 당초 원고가 대위변제의 형식으로 부담하게 된 비용으로서 구 법인세법 제34조 제2항 소정의 대손금으로 손금산입 할 수 있는지 여부와 관계없이 당연히 2002 사업연도의 손금으로 산입되어야 한다고 볼 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.
  • 다. 두 번째 주장에 관한 판단

1. 구 법인세법 제34조 제2항, 구 법인세법 시행령 제62조 제1항 제8호 는 법인의 각 사업연도 소득을 계산함에 있어 손금에 산입하는 대손금의 하나로 “채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종, 행방불명으로 인하여 회수할 수 없는 채권”을 규정하고 있는 바, 여기서 ’채무자의 사업의 폐지로 인하여 회수할 수 없는 채 권’이라 함은 손금에 산입하는 사업연도에 채무자의 사업폐지로 인하여 그 채권 전부의 회수불능 사실이 객관적으로 확정된 채권을 의미한다(대법원 2008, 7. 10 선고 2006두1098 판결 등 참조). 이 사건의 경우, 원고의 XX에 대한 이 사건 구상금채권 중 이 사건 대손금 상당액(이하 ’이 사건 채권’이라 한다)이 2002. 12. 31. 현재 원고 주장과 같이 주채무자인 XX의 사업폐지 등으로 인하여 회수불능 사실이 객관적으로 확정되었는지 여부에 관하여 본다.

2. 인정사실 (가) 원고는 1995년경 필리핀 호텔개발사업에 진출할 목적으로 필리핀국 현지 외국법인인 OO(OO, 이하 ’OO’라 한다)와 각 50%씩 출자하여 XX를 설립하였다. (나) XX는 원고의 보증 하에 국내 은행을 통하여 미화 1,950만 달러를 대출받는 방법으로 투자자금을 조달한 후 호텔 건설공사에 착수하였으나 동남아시아 외환위기에 따른 부동산 가격폭락으로 인하여 1997년경 공사가 중단되기에 이르렀다. (다) 원고 역시 동남아시아 외환위기에 따른 부동산 경기침체 및 분양부진 등으로 인하여 부도위기에 처하게 되었고, 이에 1998. 12. 23. 채권금융기관협의회(이하 ’채권단’이라 한다)와 사이에 기업개선작업약정(소위 워크아웃약정)을 체결하였는데, 그 내 용은 당시 원고가 XX를 포함한 해외현지법인에 제공한 보증채무에 대한 이행청구권의 행사시기를 2002. 12. 31.까지 유예하면서 XX는 호텔완공 후 매각·청산하고 나머지 해외 현지법인들은 곧바로 매각 ․ 청산하기로 하는 등의 약정을 포함하고 있다. (라) XX는 원고의 보증 하에 추가로 △△ 마닐라 뱅크(△△ Manila Bank로부터 미화 850만 달러를 대출받아 호텔 건설공사를 재개하여 2000. 12.경 ▽▽(Stamford) 호텔(이하 ’이 사건 호텔’이라 한다)을 완공하였다. (마) XX는 2001. 9.경 싱가폴 호텔 체인회사인 □□(□□, 이하 ’□□’라 한다)와 사이에 이 사건 호텔에 대한 지분 40.81%를 미화 600만 달러에 양 도하고 호텔경영을 위탁하는 내용의 계약을 체결하였고, 위 양수금으로 위 대출금 850 만 달러 중 600만 달러를 상환하였다. (바) 이후 XX와 □□는 2002. 6.경 이 사건 호텔을 현물출자하는 방법으로 ◇◇ 타워 콘도미니엄 코퍼레이션(◇◇ Tower Condominium Corporation, 이하 ’◇◇’라 한다)을 설립하였고, XX는 ◇◇에 대한 지분 59.19%을, □□는 지분 40.81%를 각 취득하였다. (사) 한편 채권단은 2002. 1.경 원고의 해외 현지자회사에 대한 실사를 하였는데, 당시 실사기관인 ☆☆회계법인은 XX의 이 사건 호텔에 대한 지분 59.19%의 매각을 통한 청산가치를 미화 6,835,347달러(약 82억 1,900만 원)로 평가하였다. 이에 채권단은 2002. 7. 31. 원고가 해외자회사의 채무를 변제 또는 출자전환 등의 방법으로 대지급한 후 해외자회사를 청산하도록 하면서, XX의 금융기관에 대한 대출금채무를 그 보증인인 원고가 대위지급하되 그 중 XX 청산가치 상당액에 대하여는 변제 후 XX를 청산하여 회수하고 나머지 대출금채무는 원고가 인수한 다음 출자 전환 또는 분할상환하기로 결의하였다. (아) 위 결정에 따라 원고는 2002년말경까지 XX의 금융기관에 대한 대출금채무 27,405,996,301원을 즉시 변제, 출자전환 및 채무인수 등의 방법으로 대위변제 하였고, 위 금액 상당액을 XX에 대한 구상금채권으로 계상하였다. (자) 그 무렵 원고는 XX의 청산을 위한 실사를 하였는데, 실사기관인 Ernst & Young은 원고의 XX에 대한 이 사건 구상금채권 중 XX의 청산을 통한 원고의 회수가능금액을 8,204,734,000원으로 평가하였다. (차) 이에 원고는 XX에 대한 이 사건 구상금채권 27,405,996,301원에서 위 예상 회수가능금액 8,204,743,000원을 공제한 19,201,261,301원(이 사건 대손금)을 대손금으로 손금산입하여 2002 사업연도 법인세를 신고하였다. (카) XX와 □□는 2005. 1. 1. ◇◇에 대한 이 사건 호텔의 현물출자를 취소한 후 위 호텔을 다국적 호텔체인인 ●● 살세도(●● Salcedo, Inc. 이하 ’●●’라 한다)에 임대하였다. (타) 원고의 2004년 1월 및 10월 각 해외현지법인 현황보고서에 의하면, 이 사건 호텔은 당시 정상영업 중인 것으로 보이고, 원고의 2005. 1. 11.자 해외현지법인 현황보고서에 의햐면, 당시 이 사건 호텔의 운영상황은 객실점유율이 평균 82%이고, 상업공간은 모두 임대 중인 것으로 보인다. 또한 원고의 2006년 12월 해외현지법인 현황 보고서에는 ’이 사건 호텔의 2004년 평균 객실점유율은 75%로 양호한 수준이나 영업 실적에 비해 낮은 배당 문제를 해결하기 위해 2005년부터는 XX와 □□이 이 사건 호텔을 ●●에 임대하여 임대수익을 발생시키는 것으로 전환하였다’라고 기재되어 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2호증의 1, 2, 갑 3, 4, 14호증, 을 2, 5, 6호증, 을 3호 증의 1, 2, 을 4호증의 1, 2, 3의 각 기재, 증인 정AA의 증언, 변론 전체의 취지

3. 판단 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 XX는 2002. 6.경부터 이 사건 호텔을 현물출자하여 ◇◇를 설립한 후 지분투자자로서 배당금수익을 얻고 있다가, ●●에 이 사건 호텔을 임대한 2005. 1. 이후부터 현재까지는 임대수익을 얻고 있는 점, 즉 XX는 원고가 이 사건 채권을 대손처리한 2002. 12. 31. 이후에도 계속 이 사건 호텔운영과 관련한 사업수익을 올리고 있는 것으로 보이고, XX가 2002. 6.경부터 지분투자자로 변경되었다거나 그 배당금수입 및 임대수입이 채무변제나 비용지출에도 모자란다는 등의 사정만으로 원고의 주장과 같이 XX가 2002. 12 말경 이 사건 호텔사업을 완전히 중단하였다고 볼 수는 없는 점, XX는 현재까지도 사업폐지 신고를 하지 않았을 뿐만 아니라, 원고와 합작투자자인 OO와 사이에 지분매각 및 청산에 관한 협의가 이루어지지 아니하여 청산절차 또한 진행되지 않고 있고, XX의 이 사건 호텔에 대한 59.19% 지분에 대하여도 매각이 이루어지지 않고 있는 점 등에 비추어 보면, 주채무자인 XX가 2002. 12. 31. 현재 이 사건 호텔 운영사업을 폐지하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 비록 회계법인의 실사결과 이 사건 구상금채권 중 XX의 지분매각을 통한 원고의 회수가능금액이 2002. 12. 31. 현재 8,204,734,000원으로 파악됨에 따라 이를 제한 나머지 이 사건 대손금 상당액(이 사건 채권)을 2002 사업연도의 대손금으로 계상하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 채권이 2002. 12. 31. 당시 주채무자인 XX의 사업폐지로 인하여 그 회수가 객관적으로 불가능한 것으로 확정되었다고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 채권이 2002 사업연도의 대손금에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

  • 라. 소결 그렇다면 피고가 원고의 이 사건 채권의 대손처리를 부인하고 이를 손금불산입하여 한 2002 사업연도 법인세 부과처분은 적법하다 할 것이다.

4. 이 사건 각 인정이자 부분 관련(2003, 2004, 2005 사업연도 법인세 부분)

  • 가. 당사자의 주장

1. 원고의 주장

① 원고가 2002년경 XX의 대출금채무를 변제한 것은 보증채무자로서 채권단의 결의에 따라 보증채무를 이행한 것에 불과하므로, 이 사건 구상금채권 중 이 사건 대손금 부분이 XX에 대한 무상대여 내지 업무무관 가지급금에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 원고의 위 변제행위가 조세부담을 부당히 감소시킨 것으로서 경제적 합리성이 결여된 부당행위에 해당한다는 전제하에 이루어진 피고의 이 사건 각 인정이자 익금산입과 관련한 부분(이하 ’이 사건 각 인정이자 부분’이라 한다)은 위법하다. ② 또한, 원고는 이 사건 구상금채권 중 이 사건 대손금 상당액(이 사건 채권)을 2002 사업연도의 대손금으로 계상함으로써 이를 포기하였으므로, 이 부분에 대한 구상 금채권의 존재를 전제로 한 이 사건 처분 중 이 사건 각 인정이자에 대한 부분은 위법 하다.

2. 피고의 주장 이에 대하여 피고는, 원고가 2002년경 XX의 대출금채무를 대위변제한 것은 영업활동이나 업무와 관계없이 특수관계자의 채무를 대위변제함으로써 XX에게 자금을 무상으로 대여한 것으로 볼 수 있을 뿐만 아니라, 원고는 2002. 12. 31. 이 사건 채권을 대손처리함으로써 그 회수를 포기하였으므로, 이는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경제적 합리성이 결여된 부당행위에 해당한다. 따라서 원고가 이 사건 채권을 대손처리한 2002. 12. 31. 이후의 이 사건 채권에 대한 이자 상당액은 법인세법 제52조 제1항 의 부당행위계산 부인 규정에 의하여 인정이자로서 익금산입되어야 한다.

  • 나. 판단 1) 법인세법 제52조 제1항, 제2항, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호, 제89조 제3항은 법인이 특수관계자에게 금전을 무상 또는 낮은 이율로 대여함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 실제로 이자소득이 발생하였는지 여부와 관계없이 이를 부당행위계산으로 보아 그에 관한 인정이자를 계산하여 법인의 각 사업연도의 소득금액에 계산하도록 하고 있고, 이는 대여금이 든 외상매출금이든 그 명칭 여하에 불구하고 그 실질내용에 따라 특수관계자에 대한 금전의 무상대여로 볼 수 있으면(구상금채권과 같이 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함), 그 이자 상당액을 법인의 익금에 계상하지 아니하면서 그 대여받은 자에게 이익을 분여하는 방법으로 조세부담을 회피하였다고 인정되는 경우에는 그 행위계산을 부인하고 그 인정이자 상당액을 익금에 산입하여야 한다. 한편 어떤 행위가 법인세법상의 부당행위계산에 해당되느냐의 여부는 거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 것인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 법인의 행위계산이 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태에 일응 해당한다고 하더라도, 경제인의 입장에서 부자연하고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되지 아니하면 부당행위계산에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 1990. 5. 11. 선고 89누8095 판결 등 참조)

2. 위와 같은 법리에 따라 원고가 XX에 대한 위 보증채무를 대위변제한 행위 또는 위 보증채무 이행에 따른 이 사건 구상금채권 중 이 사건 대손금 부분(이 사건 채권)을 대손처리한 것이 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위로서 부당행위계산부인 대상에 해당하는지에 관하여 본다. 앞서 인정된 사실 및 갑 3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 동남아시아 외환위기에 따른 부동산 경기침체 및 분양부진 등으로 부도위기에 처한 상태에 서 1998. 12. 23. 채권금융기관협의회(채권단)와 사이에 기업개선약정을 체결하였고, 위 약정에 의하면 원고가 채권단과의 협의사항을 이행하지 아니할 경우 채권단은 원고에 대한 여신지원의 중단, 기취급여신의 회수, 상임이사의 일부 또는 전원의 퇴임요구, 경영진의 교체, 채권금융기관이 추가로 손실을 부담할 경우 이에 대한 책임이 있다고 볼 수 있는 상당한 사유가 인정되는 경우 경제적인 배상의 청구 및 기업개선작업 중단 치 및 채권의 상환유예, 이자면제 또는 이자감면, 보증채무 면제 또는 감액 등 기업개선작업추진으로 원고가 받는 혜택의 효력상실 등의 조치를 취할 수 있도록 되어 있고 (위 약정서 제10조), 당시 원고가 XX를 포함한 해외현지법인에 제공한 보증채무에 대한 이행청구권의 행사시기를 2002. 12. 31.까지로 유예하면서, XX는 호텔완공 후 매각·청산하고 나머지 해외 현지법인들은 곧바로 매각·청산하기로 되어 있는 사실, 그 후 채권단이 2002. 1.경 원고의 해외현지법인에 대한 실지조사를 시행한 결과, 실사기관인 ☆☆회계법인은 당시 XX의 청산가치를 미화 6,835,347달러(한화 약 82억 1,900만 원)로 평가하였고, 이에 채권단은 2002. 7. 31. 제3호 안건으로 원고가 해외현지법인의 채무를 변제 또는 출자전환 등의 방법으로 대지급하고 해외현지법인을 청산하도록 하면서, XX의 국내금융기관에 대한 대출금채무를 그 보증인인 원고가 대위지급하되, 그 중 XX 청산가치 상당액에 대하여는 원고가 즉시 변제 한 다음 XX를 청산하여 회수하고 나머지 대출금채무는 원고가 인수한 다음 출자 전환 또는 분할상환하기로 결의한 사실, 이에 따라 원고는 2002년 말경까지 XX의 금융기관채무 27,405,996,301원을 즉시 변제, 출자전환 및 채무인수 등의 방법으로 대위변제한 후 위 변제금액 상당액을 XX에 대한 구상금채권으로 계상하는 한편, 그 중 XX의 지분매각을 통해 회수가능한 것으로 파악한 8,204,734,000원(2002. 12. 31. 기준)을 제한 이 사건 채권을 2002 사업연도의 대손금으로 계상하여 손금처리 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 원고가 XX에 대한 보증금채무를 위와 같은 방법으로 변제하게 된 것은 채권단과의 기업개선작업약정에 따른 것으로 보이고, 만일 원고가 위 약정에 따른 이행을 거부할 경우에는 여신지원의 중단 등 기업개선작업 중단조치 등의 불이익을 받게 되어 도산할 수도 있는 상황이었으므로 위 채권단의 결의에 따리 XX에 대한 보증채무를 이행하게 된 것은 이러한 경영상의 어려움을 피하기 위한 불가피한 조치로 볼 수 있는 점, XX에 대한 자산실사 및 보증채무에 대한 이행청구권의 행사시기 및 방법 등도 채권단의 결정에 따른 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 비록 XX가 원고와 특수관계에 있는 자이고 보증채무 이행 당시 XX의 청산가치가 그에 훨씬 못 미치는 상태였다고 하더라도, 위와 같이 원고가 XX에 대한 보증채무를 이행하게 된 경위나 그 과정, 그로 인하여 원고가 얻게 된 경제적 이익 등을 종합하여 살펴보면, 원고가 XX에 대한 위 보증채무를 대위변제한 행위가 경제적으로 합리성이 결여된 비정상적인 행위로서 부당행위계산 부인 대상에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

3. 나아가 피고가 대손금으로 손금처리된 이 사건 채권을 XX에 대한 업무무관 가지급금으로 보아 그 인정이자를 익금산입한 것의 당부에 관하여 본다. 앞서 본 바와 같이 보증채무 이행에 따른 구상금채권을 특수관계자에 대한 무상대여 에 준하는 것으로서 업무무관 가지급금으로 보아 인정이자 익금산업을 하기 위해서는 당해 법인이 구상금채권을 보유하고 있음이 전제가 되어야 하므로, 만약 그 법인이 특수관계자에 대한 구상금채권을 포기하였다면 그 포기행위가 부당행위계산부인의 대상 이 되고 특수관계자에게는 증여세 등이 부과될 수 있음은 별론으로 하고, 그 후에는 더 이상 그 구상금채권의 보유를 전제로 한 인정이자 익금산입을 할 수는 없다고 보아 야 할 것인바(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두16561 판결 참조), 앞서 인정된 사실관계에 의하면, 원고는 이 사건 구상금채권 중 이 사건 대손금 상당액(19,201,261,301원)을 대손처리함으로써 그 회수를 포기하였다고 봄이 상당하므로(피고 역시 원고가 이 사건 대손금 부분을 대손처리함으로써 그 회수를 포기한 것으로 보고 있다), 피고가 이 사건 채권(이 사건 대손금 부분)이 존재한다는 전제하에 이를 업무무관 가지급금으로 보아 2003 - 2005 사업연도에 이 사건 채권에 대한 각 인정이자를 익금산입한 것은 위법하다고 할 것이다.

4. 따라서 피고가 이 사건 채권을 XX에 대한 엽무무관 가지급금으로 보아 각 그 인정이자를 익금산입하여 한 2003 - 2005 사업연도 각 법인세 부과처분은 어느 모로 보나 위법하므로 취소되어야 한다.

5. 중복 세무조사금지 원칙의 위배 여부

  • 가. 원고의 주장 서울지방국세청은 2003. 10.경부터 12.경까지 사이에 원고의 1998 - 2002 사업연도에 대한 법인세 관련세목 통합조사를 하고 그에 대한 세무조사결과통지 및 납부고지 를 하였음에도 다시 2006. 11. 15.부터 2007. 4. 23.까지 사이 에 원고의 2002 - 2005 사업연도에 대한 법인세제 통합세무조사를 실시한 후 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 2002 사업연도에 대한 중복 세무조사를 바탕으로 한 것으로서 위법하다.
  • 나. 인정사실

1. 서울지방국세청은 2003. 10. 21.부터 2003. 12. 15.까지 원고의 2000, 2001 사업연도에 대한 정기 일반법인제세 세무조사(이하 ’제1차 세무조사’라 한다)를 실시하여 아래와 같은 내용 등의 사실을 밝혀내고 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.

2. 위 제1차 세무조사에 따라 밝혀진 주요 내용은, ① 원고가 해외 현지자회사인 ▲▲헝가리(▲▲ - Hungary, 이하 ’▲▲-Hungary라 한다’), ▲▲아메리카 (▲▲ - America, 이하 ’▲▲ - America’라 한다)에 대한 대여금(보증채무 대위변제로 인한 구상금채권 포함) 및 관계회사에 대한 공사미수금의 회수를 지연시켰음을 이유로 각 해당 금액을 업무무관 가지급금으로 보아 1998 - 2002 사업연도에 각 해당 금액에 대한 인정이자 합계 17,536,659,490원을 익금산입하고, 1998 - 2000 사업연도 및 2002 사업연도의 각 차입금 지급이자 합계 1,368,950,415원을 손금불산입하며, ② 과·면세 신축공사 관련 2000년 1기분 - 2002년 2기분까지 각 부가가치세 산정에 있어 공통매입세액 공제의 안분계산에 착오가 있다고 보아 이를 재산정하여 부가가치세법상 매입세액을 불공제하고 법인세법상 불공제된 매입세액을 손금으로 추인하라는 등이다.

3. 피고는 제1차 세무조사결과를 기초로 원고에 대하여 1998 - 2002 사업연도 각 법인세와 2000년 1기분 - 2002년 2기분까지 각 부과가치세, 2000, 2001 사업연도 각 원천징수분 근로소득세를 각 경정결정하였다.

4. 서울지방국세청장이 실시한 제1차 세무조사는 그 조사 대상기간에 들어있지 않은 1998, 1999, 2002 사업연도까지 포함되었으나, 이는 당초 대상기간인 2000, 2001 사업연도에 대하여 세무조사를 한 결과 원고가 1998 - 2001 사업연도에 걸쳐 해외 현 지자회사인 ▲▲- Hungary, ▲▲ - America에 대한 각 보증채무를 대위변제했음에도 각 그 구상금채권의 회수를 지연하고 있음을 발견하고 이를 업무무관 가지급금으로 보아 1999 - 2001 사업연도에 각 그 해당 금액에 대한 인정이자를 익금산입하고 각 그 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입하도록 하였다.

5. 더불어 제1차 세무조사 대상기간 이후인 2002 사업연도에도 원고의 위 각 구상 금채권에 대한 회수가 지연되고 있는지 여부를 확인하여 2002 사업연도에 대한 인정 이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 여부를 결정하기 위하여 그와 관련된 2002년 도분 관련자료, 즉 ▲▲ - Hungary, ▲▲ - America의 폐업·청산관련 자료 및 원고의 2002 사업연도 세무조정계산서 및 결산서 등의 제출을 요구하는 등 조사대상 기간을 확대한 것으로 보인다.

6. 당시 XX를 비롯한 원고의 다른 해외 현지자회사의 관련자료도 함께 제출 되었으나, 2002 사업연도에 대한 조사목적이 ▲▲ - Hungary, ▲▲ - America에 대한 구상금채권의 미회수로 인한 인정이자 익금산입 및 차입금 지급이자 손금불산입 해당 여부에 있었던 점에 비추어 2002 사업연도의 XX를 비롯한 모든 해외 현지 자회사와 관련하여 전면적인 세무조사가 이루어지지는 않은 것으로 보이고, 서울지방 국세 청 은 제출된 자료를 조사하여 ▲▲ - Hungary, ▲▲ - America가 2002년경 청산절차를 완료한 것으로 보아 그 때까지의 인정이자 및 지급이자를 산정하여 2002 사업연도 인정이자 1,207,047,000원을 익금산업하고 지급이자 709,390,000원을 손금불산입하도록 하는 결정을 하였다.

7. 이후 서울지방국세청은 앞서 본 바와 같이 2006. 11. 15.부터 2007. 4. 23.까지 원고의 2002 - 2005 사업연도에 대하여 법인제세 통합조사(이하 ’제2차 세무조사’라 한다)를 실시하여 앞서 본 바와 같은 내용의 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 8, 10, 12, 21 내지 40호증, 을 7 내지 11호증의 각 기 재, 변론 전체의 취지

  • 다. 판단 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제81조의3 제2항 은 ”세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대 방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세 기간에 대하여 재경정·재조사를 할 수 없다"라고 규정하고 있다. 위 인정사실에 의하면, 제1차 세무조사 당시 당초 조사대상기간이 아닌 원고의 1998, 1999, 2002 사업연도에 대한 조사까지 이루어지게 된 것은 원고의 ▲▲- Hungary, ▲▲ - America에 대한 각 구상금채권의 장기간 회수지연을 이유로 한 각 해당 금액에 대한 인정이자 익금산입 및 차입금 지급이자 손금불산입의 세무조정 문제가 세무조사 대상기간인 2000, 2001 사업연도에만 관련된 것이 아니라 그 이전인 1998, 1999 사업연도와 그 이후인 2002 사업연도(만약 ▲▲ - Hungary, ▲▲- America의 청산절차가 2002년에 이루어지지 않았다면 그 이후의 사업연도도 조사대상 기간에 포함되었을 것으로 보인다)에도 관련됨에 따른 것이라 할 것이고, 이는 구 국세기본법 제81조의3 제2항 에서 중복조사의 예외적 허용사유로 규정하고 있는 ’2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 2002 사업연도에 대한 제1차 세무조사가 중복조사의 예외적 허용사유에 해당하는 이상, 2002 사업연도에 대한 제2차 세무조사가 중복조사에 해당하여 위 법하다고 볼 수는 없으므로, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.
6. 결론

그렇다면 피고가 원고에 대하여 한 2002 사업연도 귀속 법인세 부과처분은 적법하고, 2003, 2004, 2005 사업연도 귀속 각 법인세 부과처분은 위법하므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

판결 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)