양도 당시 토지등소유자가 사업시행인가를 받은 경우에만 과세특례규정 적용됨

사 건 2010구단4448 양도소득세부과처분취소 원 고 고AA 피 고 서대문세무서장 변 론 종 결

2011. 9. 21. 판 결 선 고

2011. 10. 12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 10. 13. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 703，830，150원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 처분의 경위

(1) 원고는 1998. 12. 10.경 서울 마포구 OO동 000-00 대지 및 그 지상 건물(이하 위 토지 및 건물을 합하여 ’이 사건 부동산’이라 한다)을 취득하였다가, 2006. 3. 31.경 소외 주식회사 BBBBBBBBB(이하 ’소외 회사’라 한다)에게 양도하였다.

(2) 원고는 2006. 5. 31. 피고에게 이 사건 부동산의 양도에 따른 2006년도 귀속 양 또소득세 예정신고 및 납부를 하면서, 이 사건 부동산이 구 조세특례제한법(2006.12.30.법률 제8146호로 개정되어 삭제되기 전의 것) 제85조의 규정(이하 ’이 사건 과세특 례규정’이라 한다)에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이라는 이유로, 위 규정에 따 라 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 하여 산정한 양도소득세 19，319，785원을 신고하고 자진납부하였다.

(3) 이에 대하여 피고는 2008. 10. 13. 이 사건 부동산의 양도 당시까지 양수인인 소외 회사가 공익사업시행자로 지정되지 아니하여 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라는 이유로 이 사건 부동산의 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 산 정한 2006년 귀속 양도소득세 751，864，100원을 부과하는 처분을 하였다.

(4) 원고가 위 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원에 서는 2009. 12. 29. 이 사건 부동산 중 건물에 대한 수선비용의 자본적 지출액 해당여 부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라고 결정하였으며, 피고 는 이에 따라 2010. 2. 9. 필요경비에 128，590，000원을 추가하여 2006년 귀속 양도소득 세 중 48，033，950원을 감액경정하는 처분을 하였다(이하, 위 2008. 10. 13.자 2006년 귀속 양도소득세부과처분 중 2010. 2. 9. 감액되고 남은 703，830，150원의 부과처분을 ’이 사건 처분’이라 한다).

• 나. 도시환경정비구역의 지정 및 사업시행인가 등

(1) 이 사건 부동산이 속한 서울 마포구는 2005. 6. 30.자로 주택외 투기지역으로 규정되었고, 한편 이 사건 부동산이 위치한 마포구 ○○l구역은 2003. 11. 18. 서울특별시 고시 2003-374호로 균형발전촉진지구로 지정되었으며, 2006. 3. 13. 서울특별시 고시 제2006-87호 도시환경정비구역으로 지정, 고시되었다.

(2) 소외 회사는 이 사건 부동산의 양수일 이후인 2006. 12. 22. 마포구청장에게 ○○1구역 도시환경정비구역 사업시행인가신청을 하였고, 이에 마포구청장은 2007. 5. 5 소외 회사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인가 통지 및 고시를 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 10호증(가지번호 포함)의 깎 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 과세특례규정상의 사업시행자를 사업시행인가를 받은 사업시행자로만 한정 헬 근거가 없고, 소외 회사는 이 사건 부동산의 양도 당시에도 도시환경정비구역 내에 서 실제 사업시행을 해왔으므로 소외 회사를 사업시행자로 보더라도 이 사건 과세특례 규정의 입법취지에 어긋나지 않는다 할 것이고, 그와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다 나.관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 구 도시 및 주거환경정비법(2007.12.21법률 제08785호로 개정되기 전의 것, 이 하 ’도시정비법’이라 한다)상 사업시행자에게는 부동산에 대한 수용 권한 등을 인정하고 있어 양도인이 부동산을 사업시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한이 제한될 수밖에 없으므로 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 템으로써 양도소득세 부담을 완화함과 동시에 정비사업의 원활한 시행을 도모하는 데 이 사건 과세특례규정의 입법취지가 있는 점, 도시정비법 제28조 의 규정에 의한 사업 시행인가를 받지 아니하고는 정비사업을 시행할 수 없는 것이 원칙인 점, 토지등소유 자가 사업시행자가 되고자 하는 경우 도시정비법 제8조 제4항 에 의하여 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 사업시행자를 토지등소유자로 하는 사업시행인 가를 받은 때에 비로소 구체적으로 사업시행자로 확정되는 것이므로 사업시행인가 전 까지는 사업시행자를 특정하기 어려울 뿐만 아니라 사업시행인가가 예정되어 있다고 첼 수도 없고 사업시행자에게 부여되는 수용 권한 등이 인정된다고 보기도 어려운 점, 사업시행인가를 받기 전의 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우에도 이 사건 과세 특례규정을 적용하게 되면 그 기준시점이 불분명하여 이 사건 과세특례규정의 감면요건 자체가 불명확해질 수 있는 점, 도시정비법상 조합이 설립인가를 받아 사업시행자 가 되거나 시장·군수의 지정을 받은 사업시행자 등이 있을 수 있고, 사업시행을 계속 하려면 사업시행인가를 받도록 규정하려는 데 그 입법목적이 있다는 점을 염두에둔다 면, 도시정비법 제28조 는 그 전후 문맥상 위와 같은 경우 등을 포함하여 일반적으로 사업시행인가를 신청하는 절차를 규정하고 있는 것으로 해석될 뿐이고, 토지등소유자 가 사업시행을 하는 경우에까지도 반드시 사업시행인가를 받기 전의 사업시행의 개념 을 인정하고 있는 것으로 단정하기는 어려운 점 등을 고려하면, 토지등소유자가 시행 하는 도시환경정비사업에 있어서는 사전에 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 사업시행인가를 받은 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우에만 이 사건 과세특례규정이 적용될 수 있고, 그 양도 당시 토지등소유자가 사업시행인가를 받지 아니한 경우라면 사후에 사업시행인가를 받았다고 하더라도 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 될 수 없다고 해석함이 상당하다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2009두14088 판결). 따라서, 이 사건 부동산의 양도 당시 소외 회사가 사업시행인가를 받지 아니하였다는 이유로 이 사건 과세특례규정의 적용을 배제하고, 이 사건 부동산의 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.