2. 처분의 적법 여부
- 가. 원고의 주장 이 사건 부동산은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 강제수용으로 양도되었는바, 같은 법상의 수용재결에서 정한 수용개시일까지 손실보상금 을 공탁하거나 지급하게 되면 그 소유권자가 실질적으로 변경되므로 그 후 이의재결이 나 행정소송에 의하여 그 손실보상금이 일부 증액되었다고 하더라도 그 소유권의 실질 적 이전과는 무관하고, 최초로 공탁된 손실보상금이 전체 손실보상금의 93% 정도나 되므로 이 사건 부동산의 양도대금 청산일이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에 해당한다고 할 수 없고, 같은 법에 의해 수용된 이 사건 부동산의 양도소득 산정의 기준이 되는 양도시기는 손실보상금이 최초로 공탁된 2006. 12. 20.이라 할 것이어서, 이 사건 부동산은 소득세법 제96조 제2항 소정의 ‘2006년 12월 31일까지 양도하는 경우’에 해당한다. 따라서 이 사건 부동산의 양도소득을 기준시가에 의하여 산정하여야 함에도, 피고가 이 사건 부동산의 양도시기를 이와 달리 보고 실지거래가액으로 그 양도소득을 산정하여 한 이 사건 처분은 위법하다.
- 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
- 다. 판단 (1) 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 소득세법 시행령 제162조 제1항 은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하면서 각 호에서 당해 자산의 대금을 청산한 날로 보지 아니한 경우를 별도로 규정하고 있다. 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라 할 것이므로, 법률행위에 의한 소유권이전이거나 법률의 규정에 의한 소유권이전이거나를 불문하고 위 각 규정의 문언에 의하여 자산의 양도 및 취득시기를 정하여야 할 것이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 참조). 그런데 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 는 대금청산일을 양도시기로 보는 원칙의 예외의 하나로 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 양도시기로 규정하고 있다. 한편, 소득세법 제96조 는 제1항, 제2항에 의하면, 부동산과 부동산에 관한 권리의 양도가액은 같은 조 제2항 각 호를 제외하고는 해당 자산을 2006. 12. 31.까지 양도하는 경우에는 기준시가에 의하고, 2007. 1. 1. 이후에 양도하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.
(2) 그러므로 보건대, 이 사건과 같이 도시개발사업에 편입된 토지에 관하여 사업시행자 앞으로 소유권이전등기가 이루어진 후 토지소유자의 이의신청 등에 따른 증액된 손실보상금액을 사업시행자가 추가로 변제공탁한 경우 양도소득 산정의 기준이 되는 토지의 양도시기는 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호의 규정에 의하여 등기부상의 등기접수일이라고 할 수 있으므로, 이 사건 부동산의 양도시기는 등기부상의 등기접수일인 2007. 2. 23.이다. 따라서 이 사건 부동산은 2007. 1. 1. 이후에 양도되었다 할 것이므로, 이 사건 부동산의 양도소득은 소득세법 제96조 제1항, 제97조 제1항에 의하여 실지거래가액을 적용하여 산정하여야 한다. 결국, 피고가 이 사건 부동산의 양도시기를 2007. 2. 23.로 보아 실지거래가액으로 그 양도소득을 산정하여 한 이 사건 처분은 적법하다.