구 주식을 100% 무상감자하고 신주식을 유상증자에 따라 취득하여 양도한 경우

1.피고가 2008. 9. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 88,446,453원의 부과 처분 중 68,227,692원을 초과하는 부분을 취소한다. 2.원고의 나머지 청구를 기각한다. 3.소송비용 중 4분의 3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 9. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 88,446,453원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 당초 소외 주식회사 ◇◇은행(이후 ’주식회사 □□은행’ 으로 상호 변경. 이하 ’이 사건 △△은행’이라 한다)의 총 발행주식 1,056,400주(액면가 5,000원) 중 42.61%에 해당하는 450,151주(총 액면가 2,250,755,000원 상당, 이하 ’이 사건 소각 전 주식’이라 한다)를 보유한 대주주이자 대표이사였고, 곽AA은 이 사건 △△은행의 주식 39,923주(총 액면가 199,615,000원 상당)를 소유하고 있는 주주였다.
• 나. 그런데 위 △△은행은 금융감독위원회로부터 부실금융기관으로 지정되어 경영개선명령을 받았고, 이에 따라 2002. 2. 20.부터 2002. 5. 3.까지 영업이 정지되었으며, 2002. 4. 17. 임시주주총회를 열어 기 발행주식 100%에 대하여 무상감자를 결의하고, 같은 날 이사회를 열어 액면가 5,000원의 주식 60만 주, 금 30억 원을 새로이 유상 증자하기로 결의하였다.
• 다. 위 각 결의에 따라 2002. 4. 29. 이 사건 △△은행의 기존 주식이 100% 소각되었고, 30억 원의 유상증자가 실시되었는데, 위 유상증자 당시 나머지 주주들은 모두 신주인수를 포기하였고, 다만 곽AA이 25억 원을 투자하여 50만 주를, 원고가 5억 원을 추가 투자하여 10만 주를 각 인수하였다(이하 원고가 인수한 10만 주를 ’이 사건 주식’이라 한다).
• 라. 곽AA과 원고는 2004. 1. 28. 소외 삼성금은 주식회사와의 사이에 위 △△은행 주식 전부와 경영권을 금 50억 원에 양도하는 계약을 체결하였으며, 다음과 같은 내용으로 세금 선고를 하였다.
• 마. 그런데, ○○세무서장은 2005. 8. 18. 원고가 신고한 위 양도가액 및 취득가액을 모두 부인한 뒤 양도가액은 전체 주식의 양도가액 50억 원에 원고의 주식 보유지분을 곱하여 산정한 833,333,333원(= 5,000,000,000원 x 10만 주/60만 주)으로 보고, 취 득 가액은 5억 원(= 액면가인 주당 5,000원 x 10만 주)으로 보아 양도차익을 계산하여 원고에게 2004년 귀속 양도소득세 36,687,930원을 부과하였고, 원고가 곽AA을 통하여 교부 받았다는 20억 원 중 위와 같이 계산한 양도가액 833,333,333원을 제외한 나머지 1,166,666,667원은 곽AA이 원고에게 무상으로 교부한 것으로 보아 원고에게 2004년도 귀속 증여세 395,213,590원을 부과하였다.
• 바. 이에 원고는 국세심판원에 위 과세처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였는데, 국세심판원은 2006. 6. 30. 양도소득세에 관하여는 양도가액은 처분청의 입장과 같이 전체 양도가액에 대하여 원고의 주식보유지분을 곱하여 계산하되, 다만 취득가액에 이 사건 소각 전 주식의 인수가액 중 176,066주(= 무상감자 전 주식총수 1,056,400주 X 양도 당시 원고의 지분율 1/6)의 취득에 소요된 금액을 포함하여 다시 산정하도록 하고, 증여세에 대한 청구는 기각하는 결정을 하였다.
• 사. 한편, 원고는 위 증여세 부분에 대하여 서울행정법원에 취소소송을 제기하였는데, 그 소송에서 법원은 원고의 이 사건 주식의 양도가액은 이 사건 △△은행 전체 주식의 양도가액 50억 원에 원고의 주식 보유지분을 곱하여 산정한 833,333,333원이 아니라 20억 원이라는 이유로 증여세부과를 취소하는 판결(서울행정법원 2006구합34012)을 하였고, ○○세무서장의 항소가 기각된 후 위 판결은 확정되었다.
• 아. 그 후 피고는 2008. 9. 1. 원고에게 이 사건 주식의 양도가액은 20억 원, 취득가액은 1,380,330,000원(= 이 사건 주식의 액면가액 500,000,000원 + 원고가 무상감자당 한 주식 중 국세심판원에서 취득가액 산입을 명한 176,066주의 인수가액 880,330,000 원), 필요경비는 4,166,667원으로 보아 양도차익을 계산한 후, 신고불성실 가산세 및 납부불성실 가산세를 가산하여 2004년 귀속 양도소득세로 89,296,196원을 부과, 고지하는 이 사건 처분을 하였다가, 2010. 5. 3. 필요경비를 10,000,000원으로 정정하여 2004년 귀속 양도소득세를 88,446,453원으로 경정하는 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 주식이 일부 감자된 경우에는 감자된 주식의 취득가액 전부를 양도주식의 취득 가액에 산입해 주는데도, 주식이 전부 감자되어 소각되었다는 이유로 이 사건 소각 전 주식의 취득가액 중 일부만 이 사건 주식의 취득가액에 산입한 것은 위법하다.

(2) 원고는 이 사건 저축은행의 주식 450,151주를 보유하던 중 2002. 4. 30. 신주 10만 주를 취득하여 합계 550,151주를 보유하고 있다가, 그 중 450,151주가 소각됨으로써 10만 주를 보유하게 되었으므로, 이 사건 소각 전 주식의 취득가액 전액을 이 사 건 주식의 취득가액에 산입해야 하는데도 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 피고가 2005. 8. 18. 양도소득세를 잘못 부과하였다가 증여세부과가 취소되고서 야 다시 양도소득세를 부과한 것이므로 납부불성실가산세는 2005. 6. 1.부터 2005. 8. 18.까지의 기간에 대하여만 부과되어야 한다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 먼저, 원고가 이 사건 주식 10만 주를 취득한 것이 이 사건 소각 전 주식 450,151주의 소각보다 먼저이므로, 이 사건 소각 전 주식의 취득가액을 이 사건 주식의 취득가액에 포함시켜야 한다는 주장에 대하여 살피건대, 갑 제11, 12, 17호증의 각 기재에 의하면, 금융감독원장이 2002. 4. 16. 이 사건 △△은행의 관리인에게 완전 감자를 촉구하는 문서를 발송했고, 이에 따라 2002. 4. 17. 이 사건 △△은행의 주주총회에서 현재의 납입자본금을 100% 감자하고, 신규로 유상증자하기로 결의한 사실, 이 사건 저축은행의 법인등기부에 2002. 4. 30. ’발행주식의 총수와 그 종류 및 각각의 수’란에 ’보통주식 0주’로 등기되었다가 다시 ’보통주식 600,000주’로 등기되었고, ’자본의 총액’란도 ’금 0원’으로 등기되었다가 다시 ’금 3,000,000,000원’으로 등기된 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의할 때 이 사건 소각 전 주식의 소각 이후에 원고가 이 사건 주식을 취득한 것으로 추단되므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 다음으로, 일부 감자의 경우와 마찬가지로 주식이 전부 소각된 이 사건의 경우에도 이 사건 주식의 취득가액에 이 사건 소각 전 주식 450,151주의 취득가액 2,250,755,000원을 전부 포함시켜야 한다는 주장에 대하여 살펴본다. 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 의 다목, 제97조 제1항 제1호의 나목, 구 소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항 제1호, 제163조 제1항의 각 규정에 의할 때, 이 사건 주식의 양도에 있어서 양도가액에서 필요경비로 공제할 취득가액은 이 사 건 주식의 취득에 소요된 실지거래가액이라 할 것인데, 앞서 인정한 사실에 의할 때 이 사건 주식은 원고가 5억 원의 증자대금을 납부하고 취득한 것이므로, 이 사건 부동산의 취득가액은 위 5억 원에 증권거래세를 가산한 금액이라 할 것이고, 이 사건 소각 전 주식은 이 사건 주식과는 별개의 주식으로 이 사건 주식의 취득 이전에 이미 모두 소각된 것이므로, 특별한 규정이 없는 한 그 취득에 소요된 금액을 이 사건 주식 자체 의 취득에 소요된 금액이라고 볼 수는 없다. 원고는 이 사건 △△은행의 운영 및 양도와 관련하여 전체적으로 손실을 보았음에도 금융감독원의 반강제적인 요청에 따라 원고의 주식이 전부 소각되었다는 이유로 양도소득세를 부담하는 것은 원고에게 너무 가혹한 것이고, 소득세의 과세원칙에도 반하는 것이라고 주장한다. 그러나, 갑 제7 내지 14호증의 기재에 의하면, 이 사건 △△은행은 2001. 10월 말 기준으로 부채가 자산을 82억 원이나 초과하여 구 금융산업의 구조개선에 관한 법률(2002. 12. 26. 법률 제6807호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3호 가목 소정의 부실금융기관으로 결정되었고, 같은 법 저1110조의 규정에 의한 금융감독원장의 권고 또는 요구에 따라 주주총회의 결의에 의하여 주식을 전부 소각하게 된 사실을 인정할 수 있는 바, 이에 의할 때 원고가 이 사건 저축은행에 대하여 가지고 있던 소각 전의 주식은 그 경제적인 가치가 남아 있는 상태에서 금융감독원장의 반강제적 요청에 따라 소각된 것이 아니라, 소각 당시 이미 경제적인 가치를 완전히 상실한 상태에서 이를 그대로 두거나 일부만 감자할 경우 추가적인 자본의 확충이 어렵게 되어 건전한 신용질서나 예금자의 권익을 해할 우려가 현저하다고 인정한 금융감독원장의 요구 또는 권고를 받아들인 주주총회의 결의에 의하여 소각되었다 할 것이고, 그렇다면 이 사건 소각 전의 주식에 대하여는 위 주식소각으로 인하여 이미 원고의 손실이 확정되었고, 그 후 원고가 이 사건 저축은행의 증자에 참여하고 이 사건 저축은행의 경영이 호전되어 원고가 납입한 금액 이상의 가격으로 증자한 주식을 처분하게 되었다 하여도 이는 별개의 양도소득으로, 소각 전의 주식으로 인한 손실을 그 양도소득에서 공제하여야 한다고 볼 수는 없다(피고가 소각 전의 주식의 취득가액 중 양도 당시 원고의 지분율에 상응하는 금액을 이 사건 주식의 취득가액에 포함시킨 것은 합리적인 근거가 없는 것으로 보인다). 따라서 원고의 위 부분 주장 역시 이유 없다.

(3) 2005. 8. 19. 이후의 기간에 대한 납부불성실가산세가 위법하다는 주장에 대하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 피고가 원고의 양도가액 중 일부를 곽AA로부터 증여 받은 것으로 보아 2005. 8. 18. 원고에게 양도소득세와 증여세를 부과하였다가, 그 중 양도소득세에 대하여는 국세심판원에서 이를 경정하도록 하는 결정이 있었고, 증여세 부과처분은 행정소송에서 취소되었으며, 그 이후에 피고가 행정소송의 판결 및 국세심판원의 결정 취지에 따라 이 사건 처분을 다시 하였는데, 위와 같이 피고가 증여세를 잘못 부과하였고, 양도소득세도 국세심판원에서 경정하도록 하는 결정이 있었던 점(이 사건 주식의 양도가액 및 취득가액을 모두 국세심판원에서 인정한 방식대로 계산할 경 우 원고의 양도소득은 0원이 된다) 등에 비추어 보면, 2005. 8. 19. 이후의 기간에 대 하여는 원고가 이 사건 주식의 양도로 인한 납세의무를 이행하지 않은 것에 대하여 정 당한 사유가 있다고 판단되고, 위 부분 원고의 주장은 이유 있다.

(4) 이 사건 처분 중 2005. 8. 19.자 이후의 납부불성실가산세를 제외하고 정당한 세액을 다시 계산하면 별지 세금계산표 기재와 같이 68,227,692원이 되고, 따라서 이 사건 처분 중 68,227,692원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구 는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.