출자자와 벤처기업 사이에 특수관계가 있다고 볼 수 있는지 여부

1. 피고 GG세무서장이 2008. 11. 10. 원고 서AA에 대하여 한, 피고 HH세무서장이 2008. 11. 14. 원고 이BB에 대하여 한 각 양도소득세경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고들은 1999. 10. 29 벤처기업인 주식회사 FFFF(이하 '소외 회사'라 한다)를 투자하여 설립하고 각각 주식 15,440주를 취득하였다. 이후 원고들은 무상증자와 액면분할을 통하여 각각 소외 회사 주식 1,981,536주를 보유하게 되었다.
• 나. 원고들은 2008. 3. 24. 각각 소외 회사의 주식 210.000주(이하 '이 사건 주식'이 라 한다)를 2,520,000,000원에 제3자에게 양도하고, 2008. 5. 23. 피고들에게 각각 양도 소득세 219,634,200원을 자진신고 납부하였다.
• 다. 이후 원고들은 2008. 9. 18. 이 사건 주식은 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식으로 구 조세특례제한법(2010. 1. 1 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항 제4호에 의해 소득세법상의 양도소득의 범위에 해당하지 않는다는 이유 로 위와 같이 자진신고납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
• 라. 피고들은, 원고들은 소외 회사의 셜랩 당시의 대표자 및 최대주주(38%)로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 에서 정하는 소외 회사와 특수관계에 있는 자에 해당하므로 구 조세특례제한법 시행령 (2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제2호에 의해 구 조세특례제한법 제14조 제l항 제4호의 과세특례(이하 '이 사건 과세특례'라 한다)가 적용되지 않는다는 이유로, 원고 서AA에 대하여는 2008. 11. 10.에, 원고 이BB에 대 하여는 2008. 11. 14.에 각각 위 경정청구를 거부하는 이 사건 각 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장과 이 사건의 쟁점

(1) 원고들은, 이 사건 주식 중 136,600주는 소외 회사 설립시에 취득한 것이고(설립 시에 취득한 15,440주가 액면 분할된 것), 73,400주는 무상증자(주식발행초과금의 자본전입)에 의하여 취득한 것(2000년 무상증자로 취득한 157,488주 중 7,340주가 2004 년 액면분할된 것)이고, 소외 회사와 원고들 사이에는 특수관계가 없으며, 이 사건 주식은 출자일로부터 5년이 지난 후에 양도된 것이므로 이 사건 과세특례가 적용되어야 한다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 피고들은, 원고들은 소외 회사의 설립 당시 대표자(원고 서AA) 또는 이사(원고 이BB) 및 최대주주(38%)로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사 하고 있어 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 에서 정하는 소외 회사와 특수관계에 있는 자에 해당하므로 이 사건 과세특례가 적용되지 않는다고 주장한다.

(3) 따라서 이 사건의 쟁점은 원고들이 소외 회사와 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 에 의한 특수관계가 있어 이 사건 과세특례가 적용될 수 없는지 여부라 할 것이다. 구체적으로 출자하여 벤처기업을 설립한 경우 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 를 적용하여 출자자와 벤처기업 사이에 특수관계에 있다고 볼 수 있는지 여부이다.

• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 구 조세특례제한법 제13조 제2항, 제14조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제12조 제1항에 의하면, 벤처기업 출자주식에 대한 이 사건 과세특례의 적용을 받으려면, ① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업으로서 출자자와 법인세법 시행령 제87조 에서 정하는 특수관계가 없는 벤처기업일 것, ②주식은 설립 시 자본금으로 납입하거나 당해 기업의 설립 후 7년 이내에 유상증자, 잉여금의 자본전입, 채무의 자본전환에 의하여 취득할 것, ③ 주식은 출자일로부터 5년이 경과한 후에 양도하였을 것이라는 요건이 충족되어야 한다.

(2) 이 사건 과세특례의 적용요건 중 위 ②,③의 요건에 대하여는 당사자들 사이에 다툼이 없다. 따라서 위 ①요건과 관련하여 이 사건의 쟁점인 벤처기업을 출자하여 설립한 경우에도 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 를 적용하여 출자자와 벤처기업 사이에 특수관계에 있다고 볼 수 있는지에 관하여 보기로 한다. 살피건대, ① 구 조세특례제한법 제13조 제2항 은 벤처기업 주식의 취득방법으로 '설립시의 자본금 납입'을 들고 있고(제1호), 나아가 제14조 제1항은 이 사건 과세특례의 적용은 위 제13조 제2항에서 규정하는 취득방법에 한정시키고 있는 점, ② 벤처기업에 출자한 경우 과세특례를 인정하는 취지가 벤처기업을 지원하고 육성하고자 함에 있다고 할 것인데, 이미 설립된 벤처기업의 주식을 취득한 경우에는 과세특례를 인정하고 새로운 벤처기엽을 설립한 경우에는 과세특례를 인정하지 않는 것은 벤처기업 출자에 대한 과세특례를 인정하는 취지에 맞지 않는 점, ③ 벤처기업의 설립은 일반적으로 대규모의 공모방식에 의하는 것이 아니라 소수의 출자자에 의하여 이루어지는바, 그렇다면 벤처기업을 새로이 설립할 경우 항상 출자자는 당해 법인과 특수관계자일 가능성이 많아 이 사건 과세특례의 혜택을 누릴 수 없을 수가 있는 점, ④ 구 조세특례 제한법 제13조 제2항 제3호 (영여금의 자본전입에 의한 경우)에 의해 주식을 취득할 수 있는 자는 법률상 당연히 주주에 한정되고, 소액주주를 제외한 주주는 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호 에 의해 특수관계자에 해당하게 되는데, 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 의 '출자'의 의미를 기존에 이마 설립된 벤처기업의 주식을 취득하는 경우만을 의미(피고들은 이렇게 해석하여야 한다고 주장한다)하는 것으로 해석한다면, 영여금의 자본전업에 의하여 취득한 주식의 경우에도 이 사건 과세특례를 적용하려는 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호, 제13조 제2항 제3호의 입법취지를 몰각시킬 우려가 있다는 점, ⑤ 임원의 임명권의 행사나 사업방침의 결정은 문언적 의미나 회사 설립절차(주금납입 후 창립총회에서 임원 선임)를 고려해 보면 이미 설립된 법인을 전제로 한 개념으로 보이는 점, ⑥ 특수관계라는 개념은 원래 부당행위계산부인과 관련된 것이고(법인세법 제52조), 부당행위계산은 이마 설립된 법인과 특수관계자 사이에 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 행위를 말하는바, 그렇다면 법인을 새로이 설립할 경우에는 특수관계라는 개념이 논리적으로 성립할 여지가 없는 점 등에 비추어 보면, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 는 이미 설립된 법인과 출자자 사이의 관계에 적용될 수 있는 것으로 제한하여 해석함이 상당하다.

(3) 따라서 원고들이 출자하여 벤처기업인 소외 회사를 설립한 이 사건에서 비록 설립 시에 원고들이 대표자 또는 이사이고 출자지분이 38%였다고 하더라도 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 에 의한 특수관계에 있다고 볼 수 없다. 그러므로 원고들의 주장은 이유 있고, 피고들의 이 사건 각 처분은 위법하다.

그렇다면, 원고들의 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.