사실과 다른 세금계산서 해당여부에 대한 입증책임은 과세관청에 있음

사 건 2009구합7172 부가가치세등부과처분취소 원 고

○○전자상거래협동조합 피 고 성동세무서장 변 론 종 결 2009.6.26. 판 결 선 고 2009.8.28.

1. 피고가 원고에 대하여 한 2008. 3. 20.자 2001년 제1기분 부가가치세 34,271,120원의 부과처분 및 2008. 3. 3.자 2004년 법인세 369,230원과 2006년 법인세 2,019,720원의 각 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고 조합은 2001. 1. 19. 설립되어 도소매업 및 전자상거래 등 영업을 하다가 2006. 9. 30. 직권폐업 된 조합이다.
• 나. 원고 조합은 2001년 3. 5.부터 같은 해 6. 15.까지 사이에 ○○시엔시기술 주식회사(이하 ’○○시엔시’라 한다)로부터 합계 136,729,916원 상당의 매출세금계산서 9매 (이하 ’이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 교부받아 이를 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고·납부하고, 위 금액을 손금으로 계상하여 법인세를 신고 ․ 납부하였다.
• 다. 피고는 ○○시엔시에 대한 자료상 혐의자 조사결과 이 사건 각 세금계산서를 허위의 세금계산서로 보아 원고 조합에 대해서는 ① 원고가 신고한 관련 매입세액을 불공제하여 2008. 3. 3. 주문 기재 부가가치세를 경정·고지하였고,② 같은 달 20. 위 금액을 손금불산입 하여 주문 기재 법인세를 경정·고지하였으며(이하 위 부가가치세와 함께 ’이 사건 각 처분’이라고 한다), 원고 조합의 이사장 정AA에 대해서는 위 금액을 상여처분 하여 2001년 귀속 종합소득세 112,677,564원을 경정·고지하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2008. 6. 10. 피고에게 이의신청을 하였으나 같은 해 7. 10. 기각되었고, 다시 2008. 9. 2. 국세청장에게 심사청구를 하였다(이하 ’이 사건 심사 청구’라 한다). 국세청장은 같은 해 11. 24. ① 정AA에 대한 위 종합소득세 부과처분에 대해서는 이 사건 각 세금계산서상 거래가 가공거래로 보이지 않는다는 이유로 원고 조합으로부터 발생한 인정상여 150,401,900원을 종합소득에서 차감하여 과세표준과 세액을 경정하도록 하였으나,② 이 사건 각 처분에 대하여는 청구인이 원고 조합이 아닌 정AA 개인이라고 보아 이에 대한 심사청구를 각하하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 3, 을 제1호증, 을 제2 호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제5호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고의 본안 전 항변 원고는 이 사건 각 처분에 관하여 전심절차인 이 사건 심사청구 결정에서 당사자부적격으로 각하결정을 받았으므로, 이 사건 소는 행정소송 제기 전 심사청구 또는 심판 청구를 거치도록 한 국세기본법 제56조 제2항 의 규정을 위반하여 부적법하여 각하되어야한다.
• 나. 판단 을 제3호증의 기재에 의하면 원고 조합은 이 사건 심사청구를 하면서 청구인란에 ’정AA’라고 기재하였고, 그 옆에 정AA가 서명하기는 하였으나 청구인란의 주민등록 번호(사업자등록번호)란에 정AA의 주민등록번호가 아닌 원고 조합의 사업자등록번호를 기재하였고, 상호란에도 원고 조합의 명칭을 기재한 사실, ‘불복의 이유’란의 기재 중에서도 ”당 조합 회계에서는 상계처리를 하였으므로”와 같이 원고 조합이 청구인임을 전제로 하는 표현이 포함되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원고 조합 또한 이 사건 심사청구의 청구인이라고 봄이 상당하므로 원고 조합의 이 사건 심사청구는 적법하다고 할 것이고, 따라서 위와 같이 적법한 심사청구를 거친 이 사건 소 역시 적법하다고 할 것이다. 따라서 피고의 본안 전 항변은 이유 없다.

• 가. 원고의 주장 원고는 ○○시엔시로부터 각종 용역 등을 실제로 제공받고 매입세금계산서를 수취하였으므로 이를 가공 거래로 보아 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 이 사건 각 세금계산서의 내역은 다음과 같다. (도표 생략)

2. 원고 조합은 2001. 3. 5. ○○시엔시와 사이에, 원고 조합은 ○○시엔시의 서버 2대를 2001. 3. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 이용하되 대금은 매월 23일 지급하기로 하되, 상호 합의하에 결제일을 일시적으로 조정할 수 있고, 원고가 1년분 사용료를 일시에 선납하는 경우 2개월 사용료를 공제하기로 하는 내용의 서버 호스팅 이용 계약을 체결하고, 같은 날 위 계약금액 전액에 관한 세금계산서를 ○○시엔시로부터 교부 받았다.

3. 원고 조합은 2001. 2. 9. ○○시엔시와 사이에, ○○시엔시는 원고 조합에게 IT 자격증 온라인 원서접수 프로그램을 개발하여주고, 원고 조합은 ○○사에 그 대금으로 42,000,000원(부가가치세 제외)을 지급하는 내용의 계약을 체결하고, 이에 관한 세금계산서를 2001. 3. 16. 교부받았다. ○○시엔시는 위 프로그램 개발에 2명의 인원을 기준으로 분석 30일, 설계 30일, 제작 60일, 검토 20일이 소요된다는 내용의 표준견적서를 작성하였다.

4. 원고 조합은 2001. 5. 31.자 세금계산서상 거래인 회원사 D/B 구축 등에 관하여 지급한 대금 중 10,534,045원은 자산(홈페이지) 계정으로 대체하였으나, 나머지 29,465,955원은 판매비와 관리비 계정으로 대체하였다.

5. 이 사건 각 세금계산서에 관한 채권 ․ 채무관계에 관하여 원고 조합은 외상매입금 계정을, ○○시엔시는 외상매출금계정을 설정하여 장부에 정리하였는데, 각 공급시기와 공급금액에 관한 기재는 서로 일치하는 반면, 그 정산에 관한 기재 중에는 서로 일치하는 부분도 있으나 서로 일치하지 않는 부분{원고 조합의 ○○시엔시에 대한 임대차보증금 반환채권으로 상계한 내용에 관한 장부기재일의 차이(원고 조합은 2001. 6. 26., ○○시엔시는 같은 해 12. 31.), ○○시엔시의 외상매출금 채권을 원고 조합에 대 한 자본금으로 대체하는 내용에 관한 장부 기재 여부의 차이(원고는 이를 장부에 기재 하였으나, ○○시엔시는 기재하지 않았다)}도 존재한다. 또한, 원고 조합은 위 자본금 대체에 관한 내용을 2001년 말 작성한 주식등변동상황명세서에 반영하지 않았다.

6. 원고는 2001년도 매출액으로 6,771,000원을 신고하였으나, 2001년 제1기부터 2003년 제2기까지의 부가가치세 신고를 통산하면, 총 318,861,000원의 매입세금계산서를, 총 104,043,000원의 매출세금계산서를 각 신고하였다.

7. 원고 조합의 대표이사 정AA는 주식회사 △△크 등과 관련하여 가공세금계산서를 교부하거나 교부받은 행위에 관하여 적발된 바 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제4호증, 을 제5호증의 1 내지 5, 을 제6 호증의 1, 2, 을 제8호증의 1, 2, 을 제9호증의 1, 2, 을 제10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 1) 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사 실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득 ․ 수익·계산 ․ 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고, 부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나 과세표준인 공급가액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세청에 있다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결, 대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조).

2. 위 인정사실에 의하면 ① 원고 조합의 자금 결제가 용역의 공급 초기 또는 용역 공급 도중에 이루어졌고, ② 원고 조합의 외상매입금 계정과 ○○시엔시의 외상매출금 계정의 정산에 관한 기재 중 차이가 나는 부분이 있으며, 원고 조합이 작성한 주식 등 변동상황명세서와도 일치하지 않는 점, ③ 프로그램 개발 등에 관하여 지출한 돈 중 일부만을 자산 계정으로 대체한 점, ④ 2001년의 매출액이 매입액에 비하여 상당히 적은 점, ⑤ 원고 조합의 이사장 정AA가 가공세금계산서의 교부·수취로 적발된 점 등이 사건 각 세금계산서상의 거래가 허위라고 의심할 만한 사정이 일부 존재한다고 할 것이나 한편, ㉠ 현실적으로 세금계산서의 교부시기가 용역 공급 완료일과 반드시 일치하여 이루어지는 것은 아닌 점, ㉡ 원고 조합과 ○○시엔시의 장부 기재상의 차이는 이 사건 각 세금계산서에 관한 용역 제공 자체에 관한 것이 아니라 단지 그 대금정산에 관한 사항에 관하여 존재하며, 그와 같은 장부 기재상 차이의 정도가 기장상의 오기로 볼 수 없을 만큼 크다고는 보이지 않는 점, ㉢ 컴퓨터 프로그램 등에 지출한 돈은 그 프로그램의 시장가격이나 그로 인한 수익을 확정적으로 예상할 수 있는 것이 아니어서 이를 무형자산으로 계상할 경우의 액수를 획일적으로 정하기 어려운 점, ㉣ 프로그램과 같은 무형자산에 대한 투자는 그와 같은 프로그램 제공업체에 대한 수요 등 매출에 영향을 미치는 변수가 고정되어 있지 아니하여 그 수익 또한 가변적인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 세금계산서에 관한 거래가 실체가 없는 가공의 거래라고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3. 그렇다면, 이 사건 각 세금계산서상의 거래가 가공의 거래임을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

원고의 청구는 이유 있어 인용한다.