1. 처분의 경위
- 가. 원고 ◆◆◆◆코리아 주식회사, 원고 ◆◆◆◆코리아제조 주식회사, 원고 ●●●이는 각 외국법인인 ◆◆◆◆C.가 100% 출자하여 설립한 국내외 자회사이고, 원고 한국◇◇◇스 주식회사는 외국법인인 ◇◇◇ World Trade Inc와 ◇◇◇ Europe B.V.가 각 44.11%와 55.89%를 출자하여 설립한 국내 자회사이며, 원고 ☆☆☆피 유한회사는 외국법인인 ☆☆☆ International L. T. D.가 100% 출자하여 설립한 국내 자회사이다(이하, ◆◆◆◆c., ◇◇◇ World Trade Inc와 ◇◇◇ Europe B.V., ☆☆☆ International L.T.D.를 통틀어 ’이 사건 해외 모회사들’이라 한다).
- 나. 원고들은 그 임직원들에게 외국 증권시장에 상장된 이 사건 해외 모회사들의 주 식을 기초로 한 주식매수선택권 또는 이와 유사한 권리(이하 ’주식매수선택권 등’이라 한다)를 부여하였고, 이 사건 해외 모회사들은 외국 증권시장에서 주식을 매수하여 놓는 등의 방법으로 원고들의 임직원들이 주식매수선택권을 행사할 때에 주식을 양도해 줄 준비를 하였으며, 이후 원고들의 임직원들이 2005. - 2008.에 걸쳐 주식매수선택권 등을 행사함에 따라 원고들은 이 사건 해외 모회사들이 주식을 매입하는 등에 소요된 비용(이하 ’이 사건 주식매수선택권 등 비용’이라 한다)을 각 자신의 이 사건 해외 모 회사들에게 아래 [표1]과 같이 지급하였으며(다만, 원고 ☆☆☆피 유한회사는 주식매수선택권 행사 비용을 부담한 해외 관계회사인 ☆☆☆ International L.T.D. Bermuda에 지급하였다), 해당 사업연도 손익계산서상 비용으로 회계처리한 후, 법인세 신고시에는 손금불산입하였다.
- 다. 이후 원고들은 이 사건 주식매수선택권 등 비용을 손금산입하여야 한다는 취지로 피고들에게 별지 경정청구거부처분 내역서 경정청구란 기재와 같이 각 경정청구 하였으나, 피고들은 이 사건 주식매수선택권 등 비용이 법인세법상 손금에 해당하지 않는다는 이유로 별지 경정청구거부처분 내역서 기재와 같이 원고들의 각 경정청구를 거부하였다(이하 ’이 사건 각 경정청구거부처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4호증, 을 제1 내지 14호증(각 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 경청청구거부처분의 적법 여부
1. 원고들의 주장 이 사건 주식매수선택권 등 비용은, 원고들이 그 임직원들로 하여금 장래의 주식 취득으로 인한 이득을 유인동기로 삼아 근무에 충실할 수 있도록 유도하기 위해 임직원들에게 근로제공에 대한 대가로서, 일종의 현물(주식) 상여를 지급하기 위해 소요된 비용이므로 법인세법시행령 제19조 제19호 에 예시된 바와 같이 법인세법상 손금에 해당함에도 불구하고 피고들이 이와 달리 손금에 해당하지 않는다는 이유로 원고들에게 한 이 사건 각 경정청구거부처분은 위법하다.
2. 피고들의 주장 원고들의 임직원들이 이 사건 해외 모회사들로부터 각 해당 해외 모회사의 주식에 대한 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사하여 생긴 이익은 을종근로소득으로서 주식 매수선택권 등 비용은 해외 모회사들의 비용이고, 원고들이 주식매수선택권 등 비용을 이 사건 해외 모회사들에게 보전한 것은 특수관계에 있는 자를 대신하여 그 비용을 부담한 것으로 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에서 규정한 부당행위계산 부인 대상이 되며, 법인세법시행령 제19조 제19호 의 규정은 2009. 2. 4. 이후 해외 모회사에 발생한 주식매수선택권 행사비용을 국내 자회사가 보전하는 경우에 적용되는 것이므로 2008 사업연도 이전에 발생한 이 사건 주식 매수선택권 등 비용은 법인세법상 손금에 해당하지 않는다.
- 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
- 다. 판단 법인세법 제19조 는 제1, 2항에서 손금을 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로, 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 하면서, 제3항에서 그 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 이에 근거한 법인세법시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제19조는 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다고 하면서, 제3호에서 ’인건비’를, 제18호에서 ’그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’을 들고 있다. 이 사건에 관하여 보건대,① 주식매수선택권은 회사 경영과 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사 임직원들에게 미리 정한 가액으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있도록 부여한 권리로서, 장래의 주식매수로 인한 이득을 유인 동기로 삼아 근무에 충실하도록 유도하기 위한 제도인 점,② 소득세법시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항 제17호는 "법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과 법인세법시행령 제87조 의 규정에 의한 특수 관계에 있는 법인으로부터 부여 받은 주식매수선택권을 당해 법인 등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익"을 근로소득의 하나로 규정하고 있는바, 주식매수선택권 등은 그 임직원들에게 근로 제공에 대한 대가로 지급하는 것으로 보이는 점,③ 원고들의 임직원들은 이 사건 해외 모회사들로부터 주식매수선택권 등을 부여받고 이를 행사하였으며, 원고들은 그 임직원들이 원고들을 위해 제공한 근로의 대가로 주식매수 선택권 등 비용을 이 사건 해외 모회사들에게 보전하여 주었는바, 당해 주식매수선택권 등 비용의 부담은 최종적으로 원고들에게 귀속된 점,④ 기업회계기준(기업회계기준서 제22호 주식기준보상 부록 B. 적용보충기준)에서도 이 사건 주식매수선택권 등 비용을 기업회계상 비용으로 처리하도록 하고 있는 점,⑤ 원고들 임직원들의 주식매수 선택권 등 행사이익이 을종근로소득에 해당한다고 하더라도 이는 근로소득세에 대한 징수방법 차이의 문제일 뿐이고 그 과정에서 해외 모회사에 지급하는 주식매수선택권 보전비용을 최종적으로 그 임직원들을 고용하고 있는 원고들이 부담한다는 점에는 아무런 변화가 없는 점 등을 종합하면, 원고들의 임직원들이 이 사건 해외 모회사들로부터 부여받은 주식매수선택권 등을 행사함에 따라 부담하게 된 주식매수선택권 등 비용은 원고들이 사업상 수익활동을 하기 위하여 업무와 관련하여 지출한 인건비로 볼 수 있으므로(그렇지 않더라도 최소한 법인세법시행령 제19조 제18호 의 ’그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’으로 볼 수 있다), 이는 법인세법상 손금에 해당한다고 할 것이고, 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전에는 현행 법인세법 시행령 제19조 (손비의 범위) 제19호와 같이 " 상법 제542조의3 에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사 비용으로서 보전하는 금액"을 손금으로 보는 명문의 규정이 없었다고 하여 이를 달리해석할 것은 아니다. 따라서, 피고들이 이와 달리 법인세법상 손금에 해당하지 않는다는 것을 전제로 한 이 사건 각 경정청구거부처분은 위법하다고 할 것이다.