선교원이 부가가치세법에 정해진 면세대상인지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 1. 2. 원고에 대하여 한 부가가치세 111,318,787원, 종합소득세 43,440,915원의 부과처분을 취소한다.

아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 을 제1-8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 서울 영등포구 CC동2가 27-1 지상 BBB교회(이하 ‘이 사건 교회’라 한다) 건물 2층에서 ‘BBB교회영어선교원’(이하 ‘이 사건 선교원’이라 한다)이라는 명칭의 교육시설을 열어 2006. 3.경부터 4-7세 어린이를 상대로 영어교육을 하였다.
• 나. 피고는 원고가 사업자등록이나 관계기관의 인가절차 없이 이 사건 교회와 독립적으로 이 사건 선교원을 운영하면서 원생들로부터 받은 수강료에 대하여 세무신고를 하지 않았다는 이유로 세무조사를 한 후, 2009. 1. 2. 원고에 대하여 부가가치세로 2006년 제l기 3,985,933원, 2006년 제2기 11,757,800원, 2007년 제1기 30,839,889원, 2007년 제2기 31,794,423원 합계 111,318,787원을, 종합소득세로 2006년도 2,708,112원, 2007년도 40,732,803원 합계 43,440,915원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 원고의 주장 D 이 사건 선교원의 운영 주체는 이 사건 교회이다 이 사건 선교원은 이 사건 교회가 예배와 기도를 통한 어 린이 선교와 학부모 모임과 교제를 통한 교회 홍보, 복음 전파 등을 목적으로 설립한 것으로서, 이 사건 교회의 운영자는 이 사건 교회이고, 원고는 이 사건 교회의 담임목사인 안AA의 지시에 의하여 이 사건 선교원을 관리한 자에 불과하며, 이 사건 선교원을 운영하면서 어떤 이익을 취한 바도 없으므로, 이 사건 선교원의 운영 주체가 원고임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 이 사건 선교원은 선교를 목적으로 한 종교시설로서 부가가치세 면세 대상이다. 이 사건 선교원의 설립 목적에 맞추어 수업시간의 반 이상이 영어를 통한 성경 교육에 할애되었고, 교육비도 어린이를 대상으로 한 다른 영어학원 또는 영어선교원보다 훨씬 낮은 수준으로서 거의 실비수준에 불과한 금액만을 받아왔는바, 이러한 점들을 종합해 보면, 이 사건 선교원의 수엽은 종교단체가 공급하는 용역으로서 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호의 규정에 정해진 부가가치세 연세대상에 해당한다고 할 것이므로, 원고에게 부가가치세를 부과한 것은 위법하다.

3. 종합소득세 산정에 참작될 필요경비가 누락되어 있다. 원고가 이 사건 선교원을 운영한 자에 해당하다고 할지라도, 이 사건 선교원의 수입 대부분이 인건비, 교재비, 식재료비, 차량유지비, 일반관리비, 감가상각비 등으로 사용되었고, 원고가 이 사건 선교원을 운영하면서 얻은 소득이 전혀 없으므로, 원고에 대하여 종합소득세를 부과한 것은 위법하고, 가사 원고의 소득이 인정된다 하더라도, 최소한 원고가 위와 같은 비용으로 지출한 2006년 27,135,519원 및 2007년 29,305,600원은 필요경비로서 공제하여 종합소득세를 재산정해야 한다.

• 나. 관련법령 별지 관련법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실 아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2, 4, 10호증, 갑 제6, 7 호증의 각 1-4, 갑 제8호증의 1-3, 을 제8-15, 17, 18호증, 을 제16호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

1. 이 사건 교회의 담임목사인 안AA은 2008. 10. 2. 원고에 대한 세무조사 과정에서 원고가 이 사건 교회 건물 2층에서 영어선교원을 운영하도록 위 건물을 2006. 3.부터 보증금 3,000만원에 월 임료 200만원으로 정하여 원고에게 임대하였다가, 2008. 3.부터는 월 임료를 350만원으로 증액하였고, 이 사건 선교원은 원고가 운영한 것이지 이 사건 교회와는 관련이 없다는 취지로 진술하였는데, 실제로 원고가 이 사건 교회로부터 이 사건 교회 건물 2층을 보증금 3,000만원, 월 임료 350만원으로 정하여 임차하는 내용의 2008. 3. 1.자 임대차계약서가 작성되어 있다.

2. 원고가 2008. 11. 10. 청와대에 접수한 민원의 내용에 의하면, 이 사건 교회가 CC동에 위치한 이 사건 교회 건물로 확장ㆍ이전하면서 부채가 36억에 이르는 등 극심한 재정난에 빠지게 되었는데, 안AA 목사가 유아교육을 전공한 자신에게 이 사건 교회 건물 2층에서 선교원을 운영하라고 하여, 그곳에서 선교원을 비롯하여 어린이집, 유치원, 학원 등의 운영이 가능한지 알아본 결과 이 사건 건물이 과도한 부채로 인해 불법건축물로 낙인 찍혀 위와 같은 시설을 운영하는 것이 불가능하다고 하는 바람에, 어쩔 수 없이 관할관청의 인허가 없이 이 사건 선교원을 운영하게 되었다는 것이다.

3. 이 사건 선교원의 운영을 위한 은행계화는 원고 명의로 되어 있다.

4. 이 사건 선교원의 정관에는 이 사건 선교원의 설립목적이 영ㆍ유아 예배와 기도를 통한 영ㆍ유아 선교이고{정관 제1장 제3조(목적)}, 선교원의 운영은 세금성교회의 이상과 목회 방침에 따르며{정관 제2장 제5조(정신)}, 선교원의 운영으로 발생하는 수익 은 미래의 원의 발전과 선교를 위해 쓰여야 한다{정관 제6장(수익)}고 되어 있다

5. 원고는 세무조사가 종결된 이후인 2008. 12. 29. 이 사건 선교원의 명칭을 ‘DDD영어학원’으로 정하여 사업자등록을 하였다.

6. 이 사건 선교원은 4-7세 아이들을 대상으로 영어 교육을 위주로 한 수업을 진행하였는데, 그 수업시간표(2007년도 기준)에 의하면, 1주 30시간의 교육시간 중 선교와 관련된 수엽이 예배찬송 4시간, B11) 교육 5시간, 성경 7시간 등 전체 53%에 이르나, 그 외에도 영어 4시간, 몬테소리 2시간, 산수 3시간, 태권도ㆍ발레 등 기타 수업 5 시간이 포함되어 있다.

7. 이 사건 선교원의 수업료는 1인당 2006년 월 34만원에서 시작하여 2009년 56만원으로 순차 증액되었고, 총수입금액도 2006년 1억 3,446만원에서 2007년 4억 5,261만원으로 증액되었으며, 선교원을 개설한 이후로 원생이 늘어나 2008년경에는 원생이 100여명에 이르렀다.

8. 한편, 피고는 2008. 9.경 이 사건 선교원에 관하여 이루어진 세무조사 당시 누락된 수입금액에 대응하는 필요경비로, 신용카드 매출전표 등으로 확인된 교재비 및 이 사건 선교원 내의 컴퓨터에 저장된 교사 월급 자동이체 또는 현금지급 내역 등으로 확인된 인건비, 임대차계약에 따른 월 임대료 등의 합계액인 2006년분 170,469,110원, 2007년분 299,944,248원을 추인하였다.

• 라. 판단

1. 이 사건 선교원의 운영주체 살피건대, 위 인정사실에서 본 바와 같이, 이 사건 교회의 담임목사인 안AA의 진술에 의하더라도 이 사건 선교원은 이 사건 교회와 관련이 없다는 것이고, 실제로 원고와 이 사건 교회 사이에 이 사건 교회 건물 2층에 관한 임대차계약이 이루어진 점, 이 사건 선교원의 은행계좌가 원고 명의로 되어 있는 점, 비록 이 사건 선교원의 정관에는 이 사건 선교원의 운영이 목회 방침에 따른다고 되어 있으나 그 정관 규정은 이 사건 선교원의 기본 정신에 관한 것이어서 그 정관 규정의 내용에 의하더라도 이 사건 교회가 이 사건 선교원을 운영하는 것으로 볼 수 없고, 실제로 이 사건 교회가 원고에게 이 사건 선교원의 운영에 관한 지시 내지 감독을 하였다는 점을 입증할 자료가 없는 점, 그 후 이 사건 선교원에 관하여 원고 명의의 사업자등록이 이루어진 점 등 제반 사정을 종합해 보면, 이 사건 선교원은 원고가 운영한 것으로 봄이 상당하다.

2. 이 사건 선교원이 부가가치세법에 정해진 면세대상인지 여부 위 인정사실에 의하면, 최초 이 사건 선교원의 주된 설립 목적은 이 사건 선교원을 통한 선교활동이라기보다는 수업료 정수를 통한 수익창출에 있었던 것으로 보이는 점, 이 사건 선교원의 수엽내용 중 산수, 발레, 태권도 등 선교활동과 직접적인 관련이 없는 과목이 다수 있고, 그것이 차지하는 비중도 작지 아니한 점, 이 사건 선교원의 수업비가 비록 다른 영어교육시설에 비해 적은 금액이라 하더라도 1인당 월 수업료가 56만원에 이르는 고액인 점 등의 제반 사정을 종합해 보면, 이 사건 선교원은 부가 가치세법의 면세대상인 종교의 보급 기타 교화에 필요한 사업을 하는 종교 단체에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 필요경비의 참작 가부 실지조사에 의하여 수입누락분을 발견한 경우, 그 누락부분에 대응하는 필요경비의 존재에 대한 입증책임은 납세의무자가 진다고 할 것인데(대법원 2003. 3. 11. 선고 2001두4399 판결 참조), 원고가 이마 필요경비로 추인된 금액 외의 필요경비로서 2006년 27,135,519원 및 2007년 29,305,600원을 각 지출하였음을 입증할 증거로 제출 한 갑 제14, 17, 18호증, 갑 제19호증의 1-108, 갑 제20호증의 1-13, 갑 제21호증의 1-137호증은 모두 이 사건 선교원에 대한 세무조사 과정이나 국세청장의 국세심사 과정에서도 제출된 바가 없었던 것인 점, 이 사건 선교원의 장부 내지 차량일지 등과 같이 위 증거들에 나타난 사용내역이 이 사건 선교원에서 사용된 것인지를 분명히 해줄 다른 자료들이 현출되지 아니하여 그 사용내역이 이 사건 선교원에 관한 것인지조차 불분명한 점, 소득세법 제160조의2 및 같은 법 시행령 제208조의2의 규정에 의하면, 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자로부터 공급받은 재화 또는 용역의 거래 건당금액(부가가치세를 포함한다)이 5만 원 이상인 경우에는 정규증빙서류를 수취하도 록 되어 있으나, 소모품 구업에 관한 간이영수증인 갑 제20호증의 1-13에 기재된 금액 이 모두 5만 원 이상임에도 아무런 정규증빙서류를 갖추지 않은 점 등의 제반 사정을 종합하여 보면, 위 증거들만으로는 피고가 이마 필요경비로 추인한 금액 이외에 원고 주장과 같은 필요경비가 존재한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4. 소결 그러므로, 원고의 주장은 모두 이유 없고, 이 사건 처분은 적볍하다.

따라서, 원고의 청구는 이유 없어 주문과 같이 판결한다.