거래순이익률방법을 적용할 때 다년간의 자료를 사용하지 않았다하여 위법하다고 할 수 없음

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 1. 1. 원고에 대하여 한 2003사업연도 법인세 612,919,330원의 부과처분 및 2004사업연도 법인세 390,110,350원의 부과처분 중 121,113,350원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 신부전증 관련 의료기기를 판매하는 독일회사가 100% 출자하여 한국에 설립된 법인으로서 혈액투석기기 등과 이에 관련한 소모품을 국외특수관계자(독일회사, 일본회사, 홍콩회사)로부터 수입하여 국내의 의약품 도매상 및 병 ․ 의원에 판매하고 있다.
• 나. ○○지방국세청장은 2007. 8. 20.부터 같은 해 10. 5.까지 사이에 원고에 대하여 세무조사를 한 결과를 근거로 2002년부터 2006년까지의 각 사업연도에 관하여 접대비 관련 부분을 손금불산입하고, 원고와 국외특수관계자 간의 거래가격을 거래순이익률 방법에 따라 산정한 정상가격과 비교하여 정상가격에 미달하여 신고한 2003사업연도의 이전소득금액 2,311,754,544원을 당해 사업연도에 익금산입하여 과세표준과 세액을 경정하도록 하는 내용을 담은 법인세경정내역을 피고에게 통보하였다.
• 다. ○○지방국세청장은 구 국제조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제5조 제1항 제4호, 동법 시행령(구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22040호로 개정되기 전의 것. 이 하 ‘법 시행령’이라 한다) 제4조 제2호에 의한 거래순이익률방법에 따라 별지 소득조정 명세표 기재와 같이 의료기기를 수입 ․ 판매하는 7개의 비교가능회사를 선정한 다음, 각 사업연도의 7개 회사의 거래순이익률을 기준으로 하되, 비교가능회사 사이에 존재할 수 있는 차이를 조정하기 위해 자산차이에 대한 조정 및 환율변동에 대한 조정을 거쳐 정한 정상이익율의 범위를 기초로 산출하였고, 원고의 이익률도 각 사업연도의 거래순이익률만을 기초로 산출하였다.
• 라. 이에 피고는 2008. 1. 1. 원고에 대하여 아래 표와 같이 2002사업연도부터 2006 사업연도까지의 법인세를 부과하는 처분을 하였다(이하 ’당초 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 2008. 4. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 이에 대하여 조세심판원은 접대비와 관련한 부분 중 일부는 접대비에서 제외하고, 이전소득 과 관련한 부분 중 정상가격을 초과하는 2004사업연도의 591,920,150원과 2005사업연도의 2,051,366,094원은 그 사업연도에 증액고지된 세액을 한도로 각 익금불산입하여 과세표준과 세액을 경정하라는 결정을 하였다.
• 바. 이에 피고는 원고에 대하여 아래 표의 ’감액세액’란 기재와 같이 감액경정처분을 하였고, 그 결과 같은 표 ’잔존세액’란 기재와 같이 법인세가 남게 되었다(이하 당초 처분 중 2003사업연도와 2004사업연도 부분에서 위와 같이 감액되고 남은 세액을 ’이 사건 처분’이라 한다) [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 11호증의 각 기재, 이 법원의 기획재정부장관에 대한 사실조회회신결과, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. OECD 이전가격 지침서, 미국세법 시행령, 국세청지침 등에 의하면, 거래순이익률을 적용할 때 제품수명주기와 단기 경제여건이 이익에 마치는 영향을 고려하기 위해 순이익이 비교되는 범위 내에서 독립기업과 특수관계 기업들에 대한 다년간 자료가 검토되어야 하는바, 피고가 거래순이익률을 적용할 때 원고와 비교가능회사의 다년간 자료를 검토하지 않은 점, 원고의 이익률이 정상이익률의 범위에 미달한 2003사업연도에 뿐만 아니라 원고의 이익률이 정상이익률의 범위를 초과한 2004사업연도와 2005사업 연도를 함께 고려하지 않은 점에서 이 사건 처분은 위법하다.

2. 국세청에서 배포한 ’이전가격 과세제도 해설’ 및 ’우리나라의 이전가격 과세제도와 그 집행방향’의 내용을 신뢰한 원고에 대하여 위 책자들의 내용과 달리 다년간 자료를 고려함이 없이 과세한 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다.

• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 첫 번째 주장에 대하여 법인세는 과세기간인 사업연도 개시와 더불어 과세요건이 생성되어 사업연도 종료시에 완성하고, 그 때 납세의무가 성립하며 과세표준이 되는 소득금액의 계산도 그 기간을 단위로 하기 때문에 이전소득을 계산하기 위한 정상가격도 사업연도별로 산출하는 것이 원칙인 점, 법 제5조 제1항, 법 시행령 제4조 제2호 등 관련 규정에는 거래순이익률방법을 적용할 때 거주자 등의 영업이익률에 관한 다년간의 자료를 반영하여야 한다는 규정은 없는 점, 사업연도별로 국내외 경제상황, 당해 상품시장의 상황, 거래당사국의 환율 변동 등 당사자의 거래조건에 영향을 미치는 여러 사정은 변하기 마련이고, 이에 따라 영업이익률도 달리질 수밖에 없으므로, 다년간의 자료를 고려하는 것이 반드시 당해 사업연도의 자료를 고려하는 것보다 정상가격을 더 합리적으로 산출할 수 있다고 볼 수 있을지 의문이고, 어떤 방법으로 이를 참작하는 것이 바람직한지도 판단하기 쉽지 않은 점 등에 비추어 보면, 피고가 거래순이익률방법을 적용하면서 원고와 비교가능회사의 당해 사업연도에 관한 자료만을 고려하고 다년간의 자료를 사용하지 않았다고 하여 이를 합리적인 방법이 아니라고 할 수 없으므로, 이 부분 원고의 주장은 받아들이지 아니한다{또한 피고가 당초에는 고가매입에 해당한다고 본 2003사업연도의 이전소득(2,530,821,000원)에 대하여만 이를 익금산입하여 증액경정처분을 하였으나, 이후 조세심판원의 결정에 따라 저가매입에 해당한다고 본 2004사업연도 (591,920,150원)와 2005사업연도(2,051,366,094원)의 각 이전소득에 대하여도 이를 익금불산입하여 감액경정처분을 하였고, 위 익금산입한 금액과 익금불산입한 금액을 더하여 보면 익금불산입한 금액이 더 많으므로, 피고의 계산방식이 원고에게 불이익한 방법이라고도 볼 수도 없다}. 2)두 번째 주장에 대하여 OECD 이전가격 지침서, 국세청에서 배포한 ’이전가격 과세제도 해설’ 및 ’우리나라의 이전가격 과세제도와 그 집행방향’ 등에 거래순이익률방법을 적용할 때 반드시 다년간의 자료를 사용하도록 정하고 있지 아니하고, 일부 다년간 자료를 검토할 필요성에 관하여 언급하고 있기는 하나 이를 두고 피고가 거래순이익률방법을 적용할 때 다년간의 자료를 사용할 것이라는 내용의 공적인 견해를 표명하였다거나 그에 대한 원고의 신뢰가 형성되었다고는 할 수 없으므로, 다년간 자료를 고려하지 아니하였다고 하여 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수는 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.