사업자 등록한 이후의 매입세액만 매출세액에서 공제함

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 1. 8. 원고에 대하여 한, 2006년 제1기분 부가가치세 및 가산세 합계 195,986,510원의 부과처분 중 14,434,122원을 초과하는 부분과 2007년 제1기분 부가가 치세 및 가산세 합계 32,716,750원의 부과처분 중 2,113,075원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2005. 2. 5. 피고에 대하여 서울 성○구 정○동 788-22, 28, 30을 사업장으로, ‘국○주택 신축판매업’을 업종으로 하여 부가가치세 면세사업자등록(등록번호: 209-90-63506)을 하고, 위 지상에 다세대주택 2동 16세대(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 신축한 후, 2006년 제1기 및 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 이를 판매하였다.
• 나. 피고는 원고에 대하여 세무조사를 한 후, 이 사건 주택의 각 구분소유부분의 전용 면적이 96.68㎡로 국민주택규모를 초과한 사실을 적발하고, 원고를 부가가치세 과세사업자로 직권등록(등록번호: 209-09-82806)한 다음, 이 사건 주택의 판매가액을 토지와 건물로 안분계산하여, 2008. 1. 8. 원고에 대하여 2006년 제1기분 부가가치세 195,986,510원(가산세 포함)과 2007년 제1기분 부가가치세 32,716,750원(가산세 포함)의 각 부과처분을 하였다가, 그 중 2006년 제171분 가산세 중 14,434,122원과 2007년 제l기분 가산세 중 2,113,075원의 각 부과처분을 취소하여 이를 환급하였다(이하 환급하고 남은 부가가치세 부과처분을 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 2008. 5. 7. 이의신청절차를 거쳐, 2008. 8. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 11. 11. 기각결정을 받았다. 【인정 근거】 갑 1, 4, 5, 6, 7호증, 을 1,2호증(이상 가지번호 포함), 변론 전체의 취지.

• 가. 원고의 주장 원고가 스스로 부가가치세 면세사업자로 착각하고 있던 점, 공사업자와의 오랜 소송으로 인하여 신고에 소홀한 점을 참작하면, 이 사건 주택을 신축함에 있어 원○종합건설 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)로부터 교부받은 매입세금계산서상의 금액은 매입세액으로 공제되어야 한다.
• 나. 판단 1) 부가가치세법 제4조, 제1항, 제17조 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제60조 제8항, 제9항을 종합하면, 사업자는 부가가치세를 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 하도록 규정하고 있고, 원칙적으로 사업자 등록한 이후의 매입세액만 매출세액에서 공제하되, 사업자 등록신청일 기준으로 역산하여 20일 이내의 매입세액의 경우 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있다.

2. 갑3호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 주택을 신축함에 있어 소외 회사로부터, 사업장을 ‘서울 마○구 용○동 121-1’로, 업종을 ‘부동산임대업’으로, 사업자등록번호를 ‘105-10-05634’로 하여, 2004. 6. 25. 공급가액 9,700만 원, 1,827,500,000원,5,000만 원, 900만 원, 1억 200만 원인 매입세금계산서 5장과 2004. 8. 31. 공급가액 25,186,079원인 매입세금계산서 1장을 각 교부받은 사실이 인정된다. 위 인정 사실에 의하면, 원고가 소외 회사로부터 교부받은 매입세금계산서는 부동산 임대업에 관하여 서울 마○구 용○동 121-1 소재 사업장 앞으로 교부받은 세금계산서로서 이 사건 주택의 신축판매업에 관련된 서울 성○구 정○동 788-22, 28, 30을 사업장으로 교부받은 것이 아닐 뿐만 아니라, 위 매입세액은 이 사건 주택에 관한 사업자등록일인 2005. 2. 5.로부터 역산하여 20일 이내의 매입세액이라 할 수 없으므로, 원고가 주장하는 위 매입세액은 이 사건 각 처분의 과세표준에서 공제할 수 없다.

3. 따라서 원고 주장의 매입세액을 공제하지 않은 이 사건 각 처분은 적법하고, 이와 반대의 견해를 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이를 기각한다.