‘일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서’를 신고기한 경과 후에 신고한 자에 대하여도 재고매입세액공제를 인정하여야 함
‘일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서’를 신고기한 경과 후에 신고한 자에 대하여도 재고매입세액공제를 인정하여야 함
사 건 2009구합4197 부가가치세환급거부처분취소 원 고 민□□ 피 고
○○세무서장 변 론 종 결
2009. 4. 21. 판 결 선 고
2009. 5. 28.
1. 피고가 2008. 9. 29. 원고에 대하여 한 2008년 제1기분 부가가치세 17,382,017원의 환급거부처분 중 5,521,854원을 초과하는 부분 및 1,738,201원의 가산세 부과처분 중 552,185원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다{원고는 2008년 제1기분 부가가치세 13,046,179원의 환급거부처분의 취소를 구하고 있으나, 위 13,046,179원은 원고가 신고한 매입세액 17,382,017원 중 공제가 인정되지 아니한 11,860,163원 및 이에 대한 신고불성실 가산세 1,186,016원을 합산한 금액으로서 원고의 청구취지는 결국 17,382,017원의 환급거부처분 총 5,521,854원을 초과하는 부분(11,860,163원) 및 1,738,201원의 가산세 부과처분 중 552,185원을 초과하는 부분(1,186,016원)의 취소를 구하는 것으로 볼 것이다}
다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제2호증(을제1호증과 같다), 갑제4, 5,7호증, 을제2호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다,
(1) 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(납부세액)은 당해 과세기간 내에 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 등에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 하되 이 경우 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(환급세액)으로 하는 것이므로, 납부세액의 계산시 매입세액은 실제의 거래시기와 과세기간을 달리하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없음이 원칙이다. 그런데 부가가치세법(이하 ‘법’이라 한다) 제17조의3은 이러한 예외의 하나로서, ‘재고매입세액공제’라는 표제하에 제1항은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령이 정하는 바에 따라 계산 한 금액을 매입세액(재고매입세액)으로서 공제할 수 있고, 제2항은 제1항의 재고매입세액의 공제에 관하여 재고품의 범위, 그 적용시기 기타 필요한 사항을 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 법 시행령 제63조의3 제1항은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 상품, 제품, 재료, 감가상각자산율 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하도록 하고, 제3항용 제1항의 규정에 의하여 신고한 자에 대하여는 각 호 방법에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제한다고 규정하며, 제6항은 제1항의 규정에 의한 신고를 받은 관할세무서장은 재고 매입세액으로서 공제할 수 있는 재고금액을 조사·승인하고 제1항에 규정하는 기한 경 과 후 1월 이내에 당해 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지하여야 하며 이 경우 그 기한 내에 통지하지 아니하는 때에는 당해 사업자가 신고한 재고금액을 승인한 것으로 보고, 제7항은 채6항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 그 승인을 얻은 날 이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제한다고 각 규정하고 있다.
(2) 살피건대, 법 제17조의3 제1항이 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우 변경 당시의 재고품 등에 대하여 매입세액공제를 인정하는 취지는, 법 제17조 제1항의 규정에 의하여 그 성질상 당연히 매입세액 공제대상이 되는 것이지만 간이과세자에 대한 부가가치세 납부세액의 산정에 관한 특례규정에 따라 공제받지 못하는 매입세액에 대하여 그가 일반과세자로 전환되었을 때 이를 공제받도록 함으로써 중복과세를 배제하여 조세의 형평을 기하기 위한 것이라 할 것이고, 한편 법 17조는 제1항에서 사업자 가 납부하여야할 부가가치세액을 규정하면서 제2항에서 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액의 내용을 구체적으로 규정하고 있고 이는 제한적·열거적으로 규정하고 있는 것으로 보아야 할 것인데(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체판결 참조), 재고매입세액의 공제와 관련하여서는 그 공제를 부인하는 규정이 없는 점, 법 제17조 의3 제1항은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우의 매입세액 공제를 규정하고, 제2항은 재고매입세액의 공제에 관한 재고품의 범위, 그 적용시기 등을 대통령령에 위임하고 있을 뿐 신고기한을 한정하는 등으로 재고매입세액공제 자체를 제한할 수 있도록 위임하고 있다고 보기 어렵고 법 시행령 제63조의3의 규정의 형식에 비추어 보더라도 신고기한 내에 신고하는 경우에 한하여 재고매입세액공제를 인정하는 취지로 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 법 시행령 제63조의3 제1항이 재고품 및 감가상각자산에 대한 신고기한을 규정하고 있는 것은 법 제17조의3의 규정이 실체의 거래시기와 과세기간을 달리하여 매출세액에서 재고매입세액을 공제하도록 예외를 인정하고 있다 는 점에서 그 세액을 조속히 확정시키려는 조세행정의 편의를 위한 규정에 불과하고 그 신고기한 내에 신고한 자에 한하여 재고매입세액공제를 인정한다는 취지는 아니라 할 것이다. 피고는 일반적으로 사업자가 사업을 영위하면서 보유하는 재고품 등의 종류 및 그 수량은 계속해서 변화·증감하는 것이어서 일반과세 전환 즉시 조사가 이루어지지 않는다면 조사 당시 사업자가 보유하고 있는 재고품 등이 위 장부, 세금계산서상 물품인지 여부에 대한 확인이 사실상 불가능하고 따라서 일반과세 전환 사업자가 재고매입세액을 공제받기 위해서는 전환 시점부터 일정 기한 이내에 재고품 등에 대하여 과세관청에 신고하도록 하고, 그 경우에만 재고매입세액 공제를 인정하여야 한다는 것이나, 법 시행령 제63조의3 제6항에 따라 관할세무서장이 재고금액을 조사·승인함에 있어서 그 신고가 지연됨에 따른 자료의 산입 등으로 이를 확인할 수 없는 경우가 생길 수 있으나 그 부담은 이를 신고자가 지는 것이므로 그러한 사정만으로 신고기한 내에 신고하지 아니한 재고매입세액의 공제 자체를 부인할 수는 없다. 피고의 주장은 받아들일 수 없다.
(3) 앞서 본 바와 갈이 원고는 2008. 4. 23. 2008년 제1기분 부가가치세 예정신고시 17,382,017원을 재고매입세액으로 신고하고, 2008. 7. 23. 2008년 제1기분 부가가치세 확정신고시 재고매입세액 17,382,017원을 포함한 23,454,128원의 부가가치세 환급을 신청하였다는 것이므로, 피고로서는 이를 법 시행령 제1항에 따른 신고로 보아 재고금액을 조사·승인하고 1개월 이내(법 시행령 제63조의3 제6항은 신고기한 경과 후 1월 이내로 되어 있으나 그 기한 경과 후 신고가 있는 경우에는 그 신고 후 1월 이내로 봄이 상당하다)에 공제될 재고매입세액을 통지하여야 하는 것임에도 이러한 절차를 취한 바가 없다는 것이므로, 법 시행령 제63조의3 제6항 후단 규정에 따라 원고가 신고한 재고매입세액을 승인한 것으로 볼 것이다.
(4) 소결론 따라서 원고에 대하여 2008년 제1기분 부가가치세액울 산정함에 있어 원고가 신고한 재고매입세액(앞서 본 바와 같이 원고는 이를 정정하였다)을 인정하지 아니하고 한 이 사건 환급거부처분 충 5,521,854원을 초과하는 부분(11,860,163원) 및 이 사건 가산 세 부과처분 중 552,185원을 초과한 부분(1,186,016원)은 위법하다할 것이다.
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이률 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.