서버시스템 구입관련 실물거래 없는 가공세금계산서에 해당하는지 여부

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 12. 1. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 법인세 15,132,030원, 2003년 제2기 귀속 부가가치세 10,937,440원의 각 과세처분을 각 취소한다.

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제7호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 2000. 8. 2. 설립되어 백업소프트웨어 유통판매 등 컴퓨터 및 주변기기의 제조, 도매업 등을 영위하는 주식회사이다.
• 나. 원고는 피고에게 2003년 제2기 귀속 부가가치세, 2003년 귀속 법인세를 신고하면서 2003. 7. 4.부터 같은 달 29.까지 사이에 주식회사 ☆☆☆☆템(이하 ’☆☆☆☆템’ 이라 한다)으로부터 교부받은 공급가액 합계 62,020,000원 상당의 세금계산서 3매(이하 ’이 사건 각 세금계산서’라 한다)에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 매입가액을 손금에 산입하였다.
• 다. 그 후 □□세무서장은 ☆☆☆☆템을 조사하여 자료상으로 검찰에 고발하면서, ☆☆☆☆템이 실물거래 없이 원고에게 이 사건 각 세금계산서를 교부하였다고 피고에게 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 2008. 12. 1. 원고에 대하여, 가공거래에 의한 세금계산서라는 이유로 이 사건 각 세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하고, 매입가액을 손금불산입하여 2003년 제2기 귀속 부가가치세 10,937,440원, 2003년 귀속 법인세 15,132,030원을 각 경정 ․ 고지하였다(이하 ’이 사건 각 처분’이라 한다).
• 마. 이에 불복하여 원고는 2009. 2. 9. 조세심판원에 이 사건 각 처분에 대하여 심판 청구를 하였으나, 위 청구가 2009. 6. 15. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 원고는 2003년 7월경 ☆☆☆☆템의 영업이사인 이AA을 통하여 세 차례에 걸쳐 62,020,000원(부가가치세 별도) 상당의 서버시스템 등 물품을 외상 구입하면서 이 사건 각 세금계산서를 교부받은 다음, 2003. 8. 29. ☆☆☆☆템의 예금계좌로 68,200,000원을 송금하는 등 위 물품대금을 정상적으로 지급하였으므로, 위 거래는 실물거래이다. 그럼에도 위 거래를 가공거래로 보고 한 이 사건 각 처분은 위법하다.
• 나. 판단 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정 되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되 지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 을 제3, 4, 5호증, 을 제6호증의 1, 2, 을 제7, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 2003. 8. 29. ☆☆☆☆템 명의의 예금계좌로 송금한 68,200,000원이 같은 날 위 계좌에서 전부 현금으로 출금된 점,② ☆☆☆☆템의 법인등기부에 이AA 이사가 등재되어 있지 않고, ☆☆☆☆템에 이AA이 근무하였다는 점에 대한 객관적인 자료가 없는 점,

③ 통상 물품의 인수확인서는 물품을 공급한 자가 물품을 공급받는 자로부터 서명을 받는 것임에도, 원고가 위 거래의 증빙자료로 제출한 인수확인서는 원고가 사용하는 양식의 문서인데다가 수령자 란에 원고가 거래의 상대방이라고 주장하는 이AA의 서 명이 되어 있어 매우 이례적인 점,④ 원고는 업무미숙으로 인하여 인수확인서가 위와 같이 작성되었다고 주장하나, 원고가 2000. 8. 2. 설립되었고 세금계산서상 2003년 제2기 매출액이 45억 원 가까이 되는 규모의 회사라는 점에서 위 주장을 선뜻 믿기 어려운 점,⑤ 원고와 ☆☆☆☆템 사이에 이 사건 각 세금계산서와 관련된 거래 외에 아무런 거래가 없는 점,⑥ ☆☆☆☆템이 2003년 제2기 부가가치세 과세기간에 발행한 721,777,000원 상당의 세금계산서 가운데 이 사건 각 세금계산서를 비롯하여 77.4%에 해당하는 558,678,000원 상당의 세금계산서가 가공의 세금계산서로 확정되어 검찰에 고발되었고, ☆☆☆☆템의 대표이사들이 현재까지 계속 도피 중인 점 등에 비추어 보면, 과세관청은 일응 원고가 실물거래 없이 이 사건 각 세금계산서를 교부받았다는 추정이 가능할 정도로 입증하였다 할 것이므로, 이제는 원고가 실물거래를 통하여 이 사건 각 세금계산서를 교부받았다는 점에 대하여 입증하여야 할 것인바, 갑 제3호증의 1, 2, 3, 갑 제5호증의 1, 2, 3, 갑 제6, 8호증의 각 기재만으로는 원고가 실물거래를 통하여 이 사건 각 세금계산서를 교부받았다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 각 처분은 적법하고, 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.