교회의 고유목적사업준비금 손금산입

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 8. 8. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 138,999,530원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 주무관청의 허가를 받아 설립된 사단 법인 한국기독교총연합회의 산하 교단인 대한예수교장로회(합신)총회에 소속된 교회로 서, 2007 사업연도 법인세를 신고하면서 고정자산처분이익 등에 대하여 고유목적사업 준비금 490,797,683원(이하 ‘이 사건 쟁점금액’)을 손금에 산입하여 신고하였다.
• 나. 피고는 “원고 교회가 고유목적사엽준비금을 손금에 산입할 수 있는 법인으로 보 는 단체에 해당하지 않는다”는 이유로 이 사건 쟁점금액을 손금불산입하여, 2008. 8. 8. 원고 교회에 대하여 2007 사업연도 법인세 138,999,530원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’).
• 다. 원고 교회는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2009. 2. 11. 조세심판원 에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2009. 5. 26 원고 교회의 위 심판청구를 기각 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 각 기재

가 원고 교회의 주장 고유목적사업준비금의 입법취지가 공익사업을 증진하고자 하는 데에 있는 점, 종교단체에 관한 주무관청인 문화체육관광부가 종교단체에 대하여 등록제가 아닌 허가제를 운용하고 있고, 대부분의 종교단체가 그 소속 총회와 별도로 재산을 관리하고 있는 점, 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목이 2009. 2. 4 주무관청에 등록된 단체뿐만 아니라 그 소속 단체도 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 법인으로 보는 단체에 포함되는 것으로 개정되었고, 위와 같이 시행령 조항이 개정되기 전에도 국세청에서 예규를 통해 종교단체가 소속된 총회가 주무관청에 등록되어 있으면 그 종교단체도 주무관청에 등록된 단체로 보아온 점 등에 비추어 보면, 원고 교회는 법인세 법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 법인세법 시행 령’) 제36조 제1항 제1호 마목에 규정된 “주무관청에 등록된 단체”로서 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 법인으로 보는 단체에 해당하는 것으로 보아야 함에도 불구하고, 피고는 이와 달리 보고 원고 교회에 대하여 이 사건 처분을 하였다. 따라서 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 나 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.

• 다. 판단

1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2002. 7. 26 선고 2001두5521 판결 등 참조).

2. 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 관계 법령의 각 규정 취지 및 내용에다가 갑 제1호증, 갑 제2호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 보태어 살펴볼 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고 교회는 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목에 규정된 “주무관청에 등록된 단체”로서 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없다

• 가) 법인세법(2008.12.26법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항은 비영리내국법인의 역할 확대를 위한 조세유인 정책의 하나로서 비영리 내국법인이 수익사업소득을 고유목적사업준비금으로 적립하여 고유목적사업에 사용하는 것을 전제로 손금산입 방법에 의한 조세 감면을 규정하면서, 다만 비영리 내국법인 중 법인으로 보는 단체의 경우에는 수익사업소득을 고유목적사업에 사용하는 것에 관하여 관리ㆍ감독할 수 있는 대통령령이 정하는 단체에 한하여만 위 규정을 적용하도록 하고 있고, 이에 따라 법인세법 시행령 제56조 제1항 제l호, 제36조 제l항 제l호 마목은 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”를 위와 같이 고유목적 사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 법인으로 보는 단체의 하나로 규정하고 있는데, 원고 교회가 소속된 사단법인 한국기독교총연합회와 재단법인 대한예수교장로회합신총회유지재단은 주무관청에 각 등록되어 있으나, 원고 교회는 주무관청에 등록되어 있지 않다.
• 나) 비록 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목이 2009. 2. 4. 주무관청에 등록된 단체뿐만 아니라 그 소속 단체도 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 법인으로 보는 단체에 포함되는 것으로 개정되기는 하였으나, 위와 같은 개정규정은 그 부칙 제2조에 의하여 2009. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용되도록 되어 있어 이 사건에서 문제되는 2007 사업연도에는 적용되지 않는다.
• 다) 또한 원고 교회는 위와 같이 법인세법 시행령 제36조 제l항 제l호 마목이 2009. 2. 4. 개정되기 전에도 국세청에서 예규를 통해 종교단체가 소속된 총회가 주무관청에 등록되어 있으면 그 종교단체도 주무관청에 등록된 단체로 보아왔다고 주장하나, 위 예규(소득 22601-316, 1999. 3. 7.)도 법인세법 시행령 제56조 제1항 제2호 가 2001. 12. 31 개정되어 삭제되기 전에 “종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 단체”를 주무관청에의 등록 여부와 관계없이 고유목적사엽준비금을 손금에 산입할 수 있는 법인으로 보는 단체로 규정하고 있을 당시에 시행되던 것이어서 이 사건에서 문제되는 2007 사업연도에는 적용되지 않는다.
• 라) 원고 교회에게는 종교단체에 관한 주무관청인 문화체육관광부로부터 법인 설립허가를 받아 주무관청에 등록할 수 있는 방법이 있다.

3. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고 교회의 위 주장은 이유 없다.

원고 교회의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.