위법한 중복조사에 해당되는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 5. 4. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 종합소득세 372,437,590원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1987. 9. 1.경부터 '@@종합건설'이라는 상호로 건설업 등을 영위하는 사업자로서, 2002. 2. 28. # ○포메 지역주택조합(이하 '이 사건 조합'이라 한다)에 원고 소유인 고양시 일산구 일산동 557-3 대지 159m 2 외 2필지 토지(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)를 3,132,500,000원에 매도하고, 2002. 7. 19. 이 사건 조합과 그 연대 보증인인 주식회사 국○개발(이하 '국○개발'이라 한다)이 이 사건 부동산의 양도와 관련하여 원고에게 부과될 양도소득세 및 주민세 등의 비용을 부담하기로 합의함에 따라 2003. 11. 11. 이 사건 조합으로부터 595,120,394원(이하 '이 사건 소득'이라 한다)을 지급받았으나, 이 사건 부동산에 관한 양도소득세를 신고할 당시 이 사건 소득은 양도 가액에 포함시켜 신고하지 않았다.
• 나. 그 후 서울지방국세청 조사○은 2004. 8. 31.부터 같은 해 11. 11.까지 원고의 2001년부터 2003년까지의 사업연도 귀속분에 관한 개인제세(소득세, 부가가치세 등) 통합조사를 실시하였으나(이하 '1차 세무조사'라 한다), 이 사건 소득이 누락된 사실을 발견하지는 못하였다.
• 다. 한편, 서울지방국세청 조사○국은 2006. 10. 24.부터 2006. 12. 18.까지 국○개발에 대한 법인세를 조사하는 과정에서 이 사건 소득이 원고의 수입금액에서 누락된 사실이 확인됨에 따라 2007. 1. 2.자로 이에 관한 과세자료(이하 '이 사건 과세자료'라 한 다)를 파생하여 누적자료로 보관하였다.
• 라. 서울지방국세청 조사2국이 2007. 2. 26.부터 같은 해 5. 21.까지 원고의 2004년 부터 2006년까지의 사업연도 귀속분에 관한 개인제세 통합조사(이하 '2차 세무조사'라 한다)를 실시하는 과정에서 2007. 3. 6.자로 이 사건 과세자료를 인수한 후 2007. 9. 12. 피고에게 이를 공문으로 통보하였다.
• 마. 피고는 이 사건 과세자료에 터잡아 이 사건 소득이 원고의 총 수입금액에서 누락된 사실을 확인하고, 2008. 5. 16. 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 372,437,590원을 결정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다). 【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제7호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 서울지방국세청이 원고에 대하여 실시한 1차 세무조사와 2차 세무조사는 각기 예정하고 있는 과세연도가 다르지만 적어도 이 사건 소득에 관하여는 사실상 세무조사가 중복하여 이루어진 것인바, 이 사건 부과처분은 국세기본법 제81조의4 가 규정하는 중 복조사금지의 원칙에 반하여 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 국세기본법 제81조의4 는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등을 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다. 그런데, 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 원고의 2001년부터 2003년까지의 사업연도 귀속 소득에 관하여 실시된 l차 세무조사과정에서는 원고가 당초 신고에서 누락한 이 사건 소득의 존재가 발견되지 않았으나, 그 후 서울지방국세청 조사2국이 국○개발에 대하여 별도로 세무조사를 실시하는 과정에서 이 사건 소득이 원고의 수입금액에서 누락된 사실이 발각됨에 따라 이 사건 자료가 파생, 누적되었고, 그 후 서울지방국세청 조사○이 원고의 2004년부터 2006년까지의 사업연도 귀속분에 관한 2차 세무조사를 실시하는 과정에서 이 사건 자료를 인수하였다가 이를 피고에게 통보하는 등의 경과를 거쳐 이 사건 부과처분이 이루어지게 된 것인바, 이와 같이 이 사건 부과처분의 계기가 된 이 사건 자료는 원고가 아닌 국○개발에 대한 별도의 세무조사과정에서 이미 국세청 자료로 파생, 누적되었던 것으로, 그 후 원고에 대하여 2차 세무조사를 벌이던 서울지방국세청 조사○에 인수되어 피고에게 통보되기는 하였으나 이는 단순 한 경유 내지 전달과정에 불과할 뿐 이 사건 자료 자체는 2차 세무조사 결과와 무관하다고 할 것이다. 나아가 가사 원고의 주장과 같이 피고가 2차 세무조사에 기초하여 이 사건 부과처분을 한 것으로 볼 여지가 있다고 하더라도 원래 서울지방국세청 조사2국 에서 실시한 2차 세무조사는 2004년부터 2006년까지의 사업연도 귀속분에 관한 것으로서, 2001년부터 2003년까지의 사업연도 귀속분에 관한 1차 세무조사와는 조사대상인 과세기간을 달리하므로 처음부터 중복 세무조사였던 것은 아니고, 다만 서울지방국세청 조사2국이 이 사건 자료를 인수한 후 이 사건 부과처분에 관한 2002년 사업연도 귀속분에 대하여 실질적으로 조사에 착수함으로써 그 무렵부터 1차 세무조사와의 관계 에 있어서 중복 세무조사에 해당한다는 것일텐데, 앞서 본 바와 같이 2차 세무조사 이 전에 이미 원고의 조세탈루 혐의를 인정할 명백한 자료인 이 사건 자료가 파생된 것이 지 2차 세무조사를 통하여 비로소 이와 같은 자료가 나오게 된 것이 아닌 이상, 이는 중복조사금지의 예외사유로서 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 에 규정된 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우', 즉 중복된 세무조사를 정당화시킬 정도로 조세탈루에 관한 명백한 자료가 중복된 세무조사의 실시 전에 이미 과세관청에 존재하고 있는 경우에 해당한다 할 것이므로, 이 사건 과세자료에 기초한 이 사건 부과처분을 두고 위법한 중복 세무조사에 터잡은 것이라고 할 수 없다. 따라서 이와 다른 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.