법인세 결손금소급공제 가산금이 정당한지 여부

1. 피고가 2006. 12. 4. 원고에 대하여 한, ① 2001 사업연도 귀속 법인세 658,143,160원의 부과처분 중 545,905,080원을 초과하는 부분과 ② 2002 사업연도 귀속 법인세 12,022,560원의 부과처분 중 10,416,360원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다(청구취지 기재 처분일자 2006. 12. 18.은 오기로 보인다).

• 가. 원고의 법인세 신고

1. 원고는 건설업을 목적사업으로 하는 중소기업으로 1998. 6. 13.부터 용인시 BB동 84 등 지상에 강남AA아파트(이하, ‘이 사건 아파트’라고 한다) 신축공사를 시작하여 2001. 2. 21. 이를 완공하였다.

2. 원고는 피고에게 1998-2001 사업연도 귀속 법인세를 신고함에 있어 분양면적을 기준으로 예약매출에 따른 사업연도별 손익을 산정하였고, 이에 따른 과세표준과 산출세액은 별지 원고의 법인세 신고 등 내역 당초 신고란 기재와 같다.

• 나. 피고의 2005. 4. 21. 경정처분 피고는 법인세법 시행령 제69조 제2항 에 따라 이 사건 아파트의 연도별 분양수입금액 및 분양원가를 분양면적이 아닌 위 아파트의 건설을 완료한 정도(이하, ‘작업진행률’이라고 한다)를 기준으로 재계산하면서 원고가 1998 사업연도에 발생한 비용을 전부 당기비용으로 계상하여 기말재공품으로 계상된 미완성공사와 미분양토지가 없으므로 1999 사업연도에는 기초재공품인 미완성공사와 미분양토지가 없었던 것으로 보아 그 이후의 손익을 재계산한 후 이를 토대로 2005. 4. 21. 원고에 대하여 1999-2001 사 업연도 귀속 법인세를 경정ㆍ고지하였고, 그 과세표준과 산출세액은 별지 원고의 법인 세 신고 등 내역 경정처분란 기재와 같다.
• 다. 법인세 결손금소급공제 원고는 2005. 5. 21. 피고의 위와 같은 경정으로 변경된 2000 사업연도 과세표준 및 세액을 기준으로 2001, 2002 사업연도 귀속 법인세 결손금소급공제를 신청하였고, 이에 피고는 2005. 7. 8. 원고에게 2001 사업연도 귀속 법인세 545,905,080원과 2002 사업연도 귀속 법인세 31,006,360원을 각 환급하였다.
• 라. 2006. 8. 31. 국세심판원 결정 원고는 2005. 7. 14. 위 경정처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2006. 8. 31. 법인세법 시행령 제69조 제2항, 기업회계기준(2001. 3. 30. 개정되기 전의 것) 제79조 및 부과제척기간의 취지를 고려할 때 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 작업진행률을 기준으로 이 사건 아파트의 예약매출에 따른 1998-2001 사업연도의 손익을 산정한 다음 부과제척기간이 경과한 1998 사업연도는 그 과세표준과 세액을 변경하지 아니하고 부과제척기간이 경과하지 아니한 1999-2001 사업연도는 위와 같이 산정한 손익을 기준으로 과세표준과 세액을 경정하여야 한다는 내용의 결정을 하였다.
• 마. 피고의 2006. 12. 4. 재경정 처분 피고는 위 결정의 취지에 따라 1999-2001 사업연도 법인세를 별지 원고의 법인세 신고 등 내역 재경정처분란 기재와 같이 재경정하고, 원고의 법인세 결손금 소급공제분을 추정하면서 법인세법 제72조 제5항, 같은 법 시행령 제110조 제5항에 따라 위 환급 통지일 다음날인 2005. 7. 9.부터 재경정 처분일인 2006. 12. 4.까지의 이자상당액으로 2001 사업연도의 경우 112,238,080원, 2002 사업연도의 경우 1,606,200원을 가산하였다(이하, 위 이자상당액 부과처분 부분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 바. 조세심판원의 기각결정 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009. 5. 7. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지]

• 가. 원고의 청구원인의 요지 원고가 2005. 7.경 2001, 2002 사업연도 귀속 법인세 결손금소급공제를 받은 것은 피고가 당초 국세기본법의 해석을 잘못하였기 때문이므로 이를 추정함에 있어 귀책사유 없는 원고에게 법인세법 제72조 제5항 을 적용하는 것은 부당하고 정당한 사유가 있다고 보아 면제되어야 한다.
• 나. 관련법령 별지 관련법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 1995. 11. 14. 선고 95누10181 판결 등 참조).

2. 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 1998~2001 사업연도 귀속 법인세를 신고함에 있어 법인세법 시행령 제69조 제2항 소정의 작업진행률이 아닌 분양면적을 기준으로 예약매출에 따른 사업연도별 손익을 산정한 것은 잘못이라고 할 것이나, 이 사건 처분은 피고가 원고에게 2001 사업연도 귀속 법인세 545,905,080원과 2002 사업연도 귀속 법인세 31,006,360원을 환급한 후 2006. 12. 4. 2000 사업연도의 과세표준과 세액을 재경정함으로써 결손금이 감소되었음을 그 사유로 하는바, 피고의 위 재경정처분은 원고의 잘못된 신고 때문이라기 보다는 피고가 2005. 4. 21. 경정처분을 함에 있어 원고가 신고한 1998 사업연도 손익상의 오류를 수정하지 아니한 채 이를 1999 사업연도 이후의 손익계산에 반영하였기 때문이므로(별지 원고의 법인세 신고 등 내역과 같이 2000 사업연도의 경우 피고가 국세심판원 결정에 따라 2006. 12. 4. 재경정처분한 과세표준 및 세액은 피고가 2005. 4. 21. 경정처분한 과세표준 및 세액보다 원고가 당초 신고한 과세표준 및 세액과 근사하다), 원고가 피고의 2005. 4. 21. 경정처분의 효력을 신뢰하고 위 경정처분에 따른 2000 사업연도 과세표준 및 세액을 기준으로 2001, 2002 사업연도 귀속 법인세 결손금소급공제를 신청하였다고 하더라도 이는 정당 한 사유가 있는 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

그렇다면, 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 모두 이유 있어 이를 각 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.