2. 이 사건 처분의 적법 여부
2005. 말을 기준으로 이 사건 집합건물 구분소유자 2,444명 중 원고 조합 조합원 수는 315명 에 불과하나 달리 구분소유자들로부터 관리권을 위탁받을 적법한 기관이 없어 종전대로 원고 조합이 이 사건 집합건물을 관리하여 왔는데, 원고 조합은 이와 같이 조합원과 구분소유자들이 일치하지 아니하기에 지금까지 내부적으로 회계처리를 조합재산과 관리재산을 구분하여 계상하였고, 관리비 등은 관리주체가 변경되거나 구분 소유자들로부터 요구가 있으면 반환하여야할 것으로서 단지 관리를 위임 받아 징수, 보관 업무를 대행한 것에 불과하다 할 것이며, 실제로 2006.초 이 사건 집합건물 관리운영위원회에 상가 관리권을 이전하여 주었고 그 과정에서 누적 특별수선충당금 2,774,142,237원을 비롯한 관리재산 전부를 승계하여 주었다. 특별수선충당금은 조합원 상가의 구분소유자들이 추후 상가의 노후화 등으로 인하여 필연적으로 수반되는 주요 설비 등의 교체 및 보수나 대규모 수선비의 지출을 대비하여 원고 조합에 그 용도와 목적을 특정하여 보관 및 집행을 위탁한 적립금이라 할 것이지 원고 조합이 관리엽무의 대가로 받은 수익으로서 그 소유권이 조합에 귀속되는 소득이 될 수 없다 할 것이어서, 이와 같은 성격의 적립금을 원고 조합에 귀속되는 소득으로 보아 법인세 과세대상으로 삼아 이루어진 이 사건 처분은 법인세법 등에 적시 된 과세대상범위에 관한 규정을 위반한 것으로서 위법하다.
- 나. 판단 법인세법 제4조 제1항 은 “자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다”라고 규정함으로써 귀속에 관한 실질주의를 취하고 있다. 원고 조합이 이 사건 집합건물 구분소유자들로부터 징수한 관리비, 구분소유자들의 공유재산인 휴게실) 하적장의 임대료 및 그 임대차보증금에 대한 이자(간주임대료) 등인 이 사건 관리비 등이 원고 조합 수익으로서 원고 조합이 그 귀속 주체가 되는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 든 각 증거 및 갑제3호증, 갑제4호증의 1, 2, 갑제5 내지 9호증, 갑제10호증의 1 내지 5의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여, 원고 조합은 1985. 1. 17. 중소기업협동조합법에 의하여 조합설립 허가를 받은 후, 부품전문 상가인 이 사건 집합건물을 신축하여 1996. 12. 30.경 준공하면서 조합원 분양과 함께 일부를 일반 분양한 사실, 그 후 원고 조합은 이 사건 집합건물의 분양 과정에서 수분양자인 구분소유자들로부터 사실상 관리권을 위임 받아 이 사건 집합건물을 관리하여 왔던 사실, 원고 조합은 관리비 등을 징수 받아 이를 별도 계좌에 보관하다가 그 계좌에서 관리비용을 지출하는 등 이 사건 집합건물 관리 과정에서 발생한 재산을 원고 조합원의 고유재산과는 별도로 관리하여 온 사실, 조합원 분양 상가 소유권이 점차 비조합원 앞으로 이전되면서 이 사건 집합건물의 구분소유자 중 원고 조합원이 아닌 자가 조합원보다 많아지게 되었고, 이 사건 집합건물 구분소유자 5분의 4 이상의 동의에 의 하여 2005.말 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률(이하 ‘집합건물법’이라 한다)에 따른 관리단인 이 사건 집합건물 관리운영위원회(이하 ‘이 사건 관리운영위원회’라 한다) 가 구성되었으며, 위 관리운영위원회는 2006. 1. 23.경 원고 조합에게 이 사건 집합건물 관리권의 이관을 요구한 사실, 원고 조합은 2006. 2. 2. 이사회를 개최하여 이 사건 집합건물 관리권을 이 사건 관리운영위원회에 이관하기로 결의하고 그 무렵부터 위 관리운영위원회가 이 사건 집합건물을 관리한 사실, 원고 조합과 이 사건 관리운영위원회는 적립된 특별수선충당금, 시설개체충당금은 세무 문제로 인수인계를 보류하다가 2007.에 이르러 위 2004-2006사업연도 적립 특별수선충당금을 포함한 누적 특별수선 충당금 2,839,622,761원 및 시설개체충당금 840,950,931원을 인수인계한 사실을 각 인정할 수 있는 바, 이와 같은 원고 조합이 관리비 등을 징수ㆍ관리하다가 관리단에게 승계하여 준 제반사정에 비추어보면, 원고 조합은 사실상 이 사건 집합건물의 구분소유자 내지 관리단(집합건물의 분양이 개시되고 입주가 이루어져 공동관리의 필요성이 생긴 경우, 집합건물법 제23조 제1항 이 정한 관리단이 당연히 설립된다할 것이다)으로 부터 관리비 등 징수업무를 비롯하여 관리업무를 위임 받아 처리하는 과정에서, 구분 소유자, 임차인 등으로부터 관리비 등을 징수한 후 추후 구분소유자들에게 반환하거나, 집합건물법에 따라 구성된 관리단에게 승계하여주기 위하여 원고 조합의 고유재산과는 별도로 보관ㆍ지출함으로써 관리하여왔다 할 것이어서, 비록 원고 조합이 관리비 등을 징수한 후 이를 회계처리함에 있어서 이를 수익으로 계상하였다 할지라도, 원고 조합이 이 사건 관리비 등의 실질적인 귀속주체라고는 볼 수 없다(원고 조합으로서는 이 사건 관리비 등을 회계처리함에 있어서 이를 자산으로 계상하면서 동시에 그에 상응하는 가액을 부채로 계상하는 방식으로 회계처리 하였어야할 것이다). 그러므로 이 사건 관리비 등 및 그 중 건물공사에 사용한 비용은 원고 조합의 2004 - 2006사업연도 법인세 과세표준을 산정함에 있어서 익금 및 손금으로 산입되지 아니함이 상당하다 할 것이고, 따라서 이 사건 관리비 등이 원고 조합에 귀속됨을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다할 것이다 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.