부동산매매업자에 대한 장기보유특별공제

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 7. 25. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 769,287,187원 및 2005년 귀속 종합소득세 166,730,447원의 각 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1995. 1. 23.부터 서울 ★★★구 ☆☆☆동 492-4에서 골프연습장업을 영위하여 오다가, 2002. 6. 1. 그 업종을 부동산매매업으로 변경하고 위 지상에 오피스텔을 신축하여 2004년 및 2005년에 위 오피스텔을 분양하였다.
• 나. 원고는 위 오피스텔의 분양과 관련하여 피고에 대하여, 매매차익 예정신고를 하 면서 소득세법 제69조 (2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다), 제107조 제1항, 같은 법 시행령 제128조 제1항의 각 규정에 따라 장기보유특별공제액 2,464,676,317원을 공제하였으나, 종합소득세 확정신고를 하면서는 위 장기보유특별공제액을 공제하지 않았다.
• 다. 원고는 2007. 5. 28. 피고에 대하여 "부동산매매업자의 경우 매매차익 예정신고 시에는 장기보유특별공제를 적용하면서 종합소득세 확정신고시에는 장기보유특별공제를 적용하지 않는 것은 부당하다"고 주장하며 청구취지 기재와 같은 2004년 및 2005 년 귀속 종합소득세의 각 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2007. 7. 25. 원고에 대하여 "세법상 종합소득세 확정신고시에는 장기보유특별공제 규정이 없으므로 이를 적용할 수 없다"는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부 처분’). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 16, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 각 기재

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 부동산매매업자의 경우 매매차익 예정신고시 적용하였던 장기보유특별공제를 종합소득세 확정신고시 배제하는 것은 부당함에도 불구하고, 피고는 장기보유특별공제에 관한 법리를 오해하여 원고의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 거부처분을 하였다. 따라서 피고의 이 사건 거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관계 법령의 각 규정에다가 갑 제4호증의 기재와 변론 전체의 취지를 보태어 살펴볼 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 종합소득세 확정신고시에 부동산매매업자인 원고에 대하여 장기보유특별공제가 적용되지 않는다고 보고한 이 사건 거부처분은 관계 법령에 따른 것으로서 적법하다 할 것이다. 가) 소득세법 제69조 에 규정된 부동산매매업자의 매매차익 예정신고 및 자진납부 제도는 조세채권을 조기에 확보함과 아울러 세부담의 누적을 방지하기 위하여 마련된 것으로서 종합소득세의 중간예납제도와 유사한 제도인 점, 부동산매매업자는 위와 같은 매매차익 예정신고를 이행한 경우에도 반드시 종합소득세 확정신고를 하여야 하는 점 등에 비추어 보면, 비록 소득세법 제69조, 제107조 제1항, 같은 법 시행령 제128조 제1항이 부동산매매업자의 매매차익 예정신고시에 장기보유특별공제를 적용하도록 규정하고 있다 하더라도 위와 같은 매매차익 예정신고에 의하여 곧바로 과세표준 과세액이 구체적으로 확정된다고 볼 수는 없다.

• 나) 종합소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간 중에 발생한 종합소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고하여야 구체적 납세의무가 확정되는데, 세법상 종합소득세 확정신고시에 장기보유특별공제를 적용 하도록 하는 규정은 존재하지 않는다.

2. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.