정부의 허가 또는 인가를 받은 학교.학원.강습소 기타 비영리단체에 해당하는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 12. 4. 원고에 대하여 한 2007년 1기분 부가가치세 24,358,694원에 관한 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2000. 6. 17. 서울 강서구 ☆☆3동 801 체육용지 4,985.5㎡ 지상에 지상 5층, 지하 2층의 건물(이하 ‘이 사건 국제청소년센터’라 한다)을 신축하여 그 중 3층 내지 5층은 유스호스텔 2층은 원고 및 회원단체의 사무실, 1층 및 지하 1, 2층은 수영장, 에어로빅장, 헬스장, 유아교육장 등으로 이용하고 있고, 이 사건 국제청소년센터에 관하여 2005. 10. 26. 구 청소년활동진흥법(2007. 4. 11. 법률 제8349호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘청소년활동진흥법’이라 한다) 제13조 제1항에 따라 서울특별시 강서구청장에게 청소년수련시설 변경등록을 했다.
• 나. 원고는 당초 2007년도 제1기분 부가가치세를 신고하면서 이 사건 국제청소년센터 내의 수영장, 에어로빅장, 헬스장, 요가장(이하 ‘이 사건 체육시설’이라 한다)을 이용하는 청소년이 아닌 수강생으로부터 받는 수강료(이하 ‘이 사건 수강료’라 한다)를 신고하지 아니하였다가, 2008. 6. 16. 이를 포함하여 과세표준을 810,245,312원에서 1,164,294,038원으로 상향하는 수정신고를 했다.
• 다. 원고는 2008. 10. 28. 위 수정신고시 포함된 이 사건 수강료 부분은 부가가치세 면세 대상이라고 주장하며, 이 사건 수강료 부분에 대한 부가가치세 24,358,694원을 환급하여 달라는 부가가치세 경정청구를 했으나, 피고는 2008. 12. 4. 이를 거부하는 이 사건 처분을 했다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 2호증, 을 1호증, 을 2호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지]

• 가. 원고의 주장 청소년활동진흥법 제33조 에 의하면, 같은 법 13조 제1항에 의해 등록한 청소년수련 시설의 경우 구 체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률(2007. 4. 11. 법률 제8349호로 전 부개정되기 전의 것, 이하 ‘체육시설법’이라 한다) 제22조의 규정에 의한 체육시설업 신고를 한 것으로 의제되므로, 원고는 체육시설법이 정한 체육시설업자에 해당한다. 따라서 원고는 부가가치세법 시행령 제30조 에서 정한 ‘기타 비영리단체’에 해당되고, 원고가 청소년이 아닌 수강생에게 제공하는 교육용역 역시 부가가치세법 시행령 제30조 에서 정한 ’기타 비영리단체’가 제공하는 교육용역으로서 부가가치세 면세대상에 해당된다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단 부가가치세법 제12조 제1항 제5호, 부가가치세법 시행령 제30조 에서 면세대상 교육 용역의 요건으로 ’정부의 허가나 인가’를 요구하고 있는 이유는 정부가 당해 학교나 학 원 등의 교육기관을 지도ㆍ감독하겠다는 것인 점, 부가가치세법 시행령 제30조 가 ’기타 비영리단체’를 학원ㆍ강습소ㆍ훈련원ㆍ교습소와 병렬적으로 나열하고 있는 점 등을 종합하면, 위 시행령 제30조에서 말하는 ’기타 비영리단체’라 함은 정부의 허가나 인가를 받아 설립된 모든 비영리단체를 의미하는 것이 아니라, 초ㆍ중등교육법, 고등교육법, 영유아보육법, 유아교육법, 학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률, 체육시설법, 평생교육법 등과 같이 학교나 학원 등에 대한 구체적 시설 및 설비의 기준을 정한 법률에 따른 허가나 인가를 받아 설립된 비영리단체를 의미한다(대법원 2008. 6. 12. 선 고 2007두23255 판결 참조). 이러한 법리에 따라, 원고가 부가가치세법 제12조 제1항 제5호, 부가가치세법 시행 령 제30조에 따라 부가가치세를 면제받을 수 있는, 체육시설법에 따른 체육시설업자에 해당하는지 여부에 관하여 본다. 주된 인ㆍ허가에 관한 사항을 규정하고 있는 법률에서 주된 인ㆍ허가가 있으면 다른 법률에 의한 인ㆍ허가를 받은 것으로 의제한다는 규정을 둔 경우에는, 주된 인ㆍ허가가 있으면 다른 법률에 의한 인ㆍ허가가 있는 것으로 보는데 그치는 것이고, 그에서 더 나아가 다른 법률에 의하여 인ㆍ허가를 받았음을 전제로 한 다른 법률의 모든 규정들까지 적용되는 것은 아니다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2004다19715 판결). 청소년활동진흥법에서는 청소년수련시설에 관한 시설기준ㆍ안전기준 등을 따로 정하 고 있으며, 청소년수련시설의 허가 및 등록시 당해 시설이 위 기준에 적합한지 여부를 심사하도록 되어 있다. 그 과정에서 해당 청소년수련시설에 설치된 체육시설이 체육시 설법에서 정한 기준을 충족시키고 있는지가 실질적으로 함께 심사될 수 있고, 이에 청 소년활동진흥법은 행정절차를 간소화하기 위해 청소년수련시설 등록시 체육시설법에 의한 신고가 의제된다는 규정을 둔 것이다. 따라서 원고가 이 사건 국제체육센터를 청소년수련시설로 등록하면서 체육시설법에 따른 신고를 한 것으로 의제된다 하더라도, 그로 인해 원고가 체육시설법이 정한 체육 시설업자의 지위까지 취득하게 되는 것은 아니다. 그렇다면 원고가 체육시설법이 정한 체육시설업자로서 부가가치세법 시행령 제30조 에서 정한 ’정부의 허가 또는 인가를 받은 학교ㆍ학원ㆍ강습소ㆍ훈련원ㆍ교습소 기타 비영리단체’에 해당된다고 할 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.