1. 처분의 경위
다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1 내지 6, 갑제2호증의 1, 2, 갑제3호증, 을제1 내지 8호증의 각 1, 2, 을제9 내지 12, 16호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
- 가. 원고는 석유화학제품 도매업 등을 영위하는 회사이다.
- 나. 피고 서울지방국세청장은 부산지방국세청장으로부터 주식회사 □□캠(이하 ’□□캠’이라 한다)에 대한 세무조사 과정에서 원고가 □□캠으로부터 용제류를 매입하여 주식회사 △△화학(이하 ’△△화학’이라 한다) 등에게 판매하였음에도 세금계산서를 발행 교부하지 아니하고 □□캠이 직접 △△화학 등에게 세금계산서를 발행 교부함으로써 매출 매입을 누락하였다는 과세자료 통보를 받은 후, 2006. 3. 14.부터 2006. 6. 7.까지 원고에 대하여 조사대상기간을 2004. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지로 하여 세무조사를 실시하였다.
- 다. 피고 서울지방국세청장은 위 세무조사 과정에서 원고 및 당시 원고 대표이사 김AA 등에 대한 금융계좌 추적 등을 실시한 결과, 솔벤트 등 용제 판매대금 97억 5,695만 원 상당이 △△화학 등 거래처로부터 김AA 개인통장 등으로 입금되고 그 중 55억 4,352만 원 상당이 □□캠 등 5개 거래처로 송금되었으며(매입거래처로 송금된 금원 중 □□캠으로 송금된 금원은 다음과 같다), 주식회사 ▲▲산업에 대한 매출 3억 7,299만 원 상당이 위장매출임을 확인하고, 위 97억 5,695만 원 상당에서 3억 7,299만 원을 차감한 93억 8,396만 원 상당이 매출누락 되고 동시에 55억 4,352만 원 상당이 매출원가에 미계상된 것으로 결론을 내라고, 피고 영등포세무서장에게 이에 관한 과세자료 통보를 하였다.
- 라. 피고 영등포세무서장은 위 과세자료 통보에 따라 매출누락금액 93억 8,396만 원 상당을 각 사업연도 소득금액 익금에 산업하고 매입누락금액 55억 4,352만 원 상당을 그 대응원가로 손금에 산입하는 한편 매출누락금액 93억 8,396만 원 상당을 부가가치 세 과세표준에 산입하여, 2006. 8. 1. 원고에게 다음 표 기재와 같이 각 법인세 및 부가가치세를 결정·고지하였으며, 또한 피고 서울지방국세청장은 원고가 신고누락한 매출분 공급대가(공급가액에 부가가치세를 더한 금액)의 귀속이 불분명하다는 이유로 그 금액(10,323,457,100)을 원고의 대표이사인 김AA에 대하여 상여로 소득처분하여 같은 날 원고에게 다음 표 기재와 같이 각 소득금액변동통지를 하였다(그 구체적인 과세표준 및 세액 경정 내용은 별지 표와 같다).
- 마. 원고는 위 법인세, 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지에 불복하여 2006. 10. 27. 이의신청을 하였고, 이의신청심의위원회가 2007. 5. 28. 재조사 결정을 함에 따라 피고 서울지방국세청장은 2007. 6. 12.부터 2007. 9. 5.까지 원고에 대하여 재조사를 실시하였다.
- 바. 피고 서울지방국세청장은 재조사 결과, 추가로 원고가 주식회사 ○○, ▽▽역에 대한 16억 5,105만 원 상당을 매입누락하는 한편, 휘런산업 등에 대한 매출 20억 3,011만 원 상당이 위장매출임을 확인하였으며, 추가 확인된 위 위장매출액에 대한 공급대가(공급가액에 부가가치세를 더한 금액) 22억 3,313만 원 상당을 소득금액변동통지 금액에서 차감하고, 매출누락 대응원가인 매입누락 금액 71억 9,457만 원 상당을 유보 처분하기로 하였다.
- 사. 그에 따라 피고 영등포세무서장은 2007. 10. 16. 원고에게 다음 표 기재와 같이 각 법인세 및 부가가치세를 재경정하여 결정 고지하였으며, 또한 피고 서울지방국세청장은 당초 김AA에 대하여 상여로 소득처분한 금액에서 차감 및 유보처분하기로 한 금액 1,053,308,100원을 차감하기로 하여 같은 날 원고에게 다음 표 기재와 같이 각 소득금액변동통지를 하였다(그 구체적인 과세표준 및 세액 경정 내용은 별지 표와 같다. 이하 위와 같은 재경정을 거쳐 최종적으로 결정된 원고에 대한 법인세, 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지 중 2004년 제1기 부가가치세 부과처분을 제외한 나머지 각 부과처분 및 소득금액변동통지만을 통틀어 ’이 사건 각 처분’이라 한다).
- 아. 원고는 이 사건 각 처분에 대하여 2008. 1. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 10. 31. 기각되었다.
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
- 가. 원고의 주장 피고들은 이 사건 솔벤트 거래에서 △△화학 등 실거래처에 솔벤트를 공급한 자를 □□캠이 아닌 원고로 보고 이 사건 각 처분을 하였으나, 이 사건 솔벤트 거래의 공급자는 원고가 아닌 □□캠이고, 당시 원고 대표이사 김AA이 위 거래의 중개 주체라 할 것이므로, 김AA이 □□캠으로부터 중개수수료 명목으로 받은 금액만을 김AA에 대한 부가가치세 과세대상으로 삼아야 할 것이고, 위 중개수수료는 원고에 대한 법인세가 아닌 김AA 개인에 대한 종합소득세로 과세되어야 할 것이다(원고는 □□캠과 관련된 부분에 대해서만 이 사건 각 처분의 위법을 주장하고 있다). 따라서 이와 다른 전체에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.
- 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
- 다. 인정사실 앞서 든 각 증거와 갑제4호증, 갑제5호증의 1, 을제13호증의 1, 2, 을제14호증의 1, 을제15호증의 3, 4, 5의 각 기재 및 증인 박BB의 증언을 종합하면, 다음 각 사실을 인정할 수 있다.
(1) 원고는 2004. 10. 22. 석유 및 대체연료사업법(이하 ’석유사업법’이라 한다) 개정 전에는 ■■스 용제류 판매대리점인 □□캠으로부터 탱크로리(Bulk) 상태로 솔벤트를 매입하여 거래처에 직접 판매하는 영업을 하였다(원고 운송수단을 통하여 □□캠으로부터 솔벤트를 공급받아 직접 거래처에 공급하였던 것으로 보인다).
(2) □□캠은 2004. 10. 22. 석유사업법이 개정되면서 2차 대리점에서는 탱크로리 판매가 금지되고 소분판매만이 허용되어 종전과 같은 방식으로 원고에게 솔벤트를 판매하는 것이 불가능해지자, 원고가 솔벤트를 공급하던 △△화학 등 기존 거래처를 통하여 계속해서 매출을 올리기 위하여 2004. 10.경 당시 원고 대표이사 김AA과 구두로 □□캠은 김AA으로 하여금 영업이사 직책을 가지고 □□캠과 원고 기존 거래처 사이에서 솔벤트 매매를 중개하도록 하며 그 대가로 솔벤트 매매대금의 0.3% 상당을 김AA에게 지급하기로 합의하였다.
(3) 그 후 위 합의에 따라 2005년 말까지 이루어진 솔벤트 거래에서, 대금 지급방식 은 일반적으로 솔벤트 거래처가 김AA을 통해 □□캠에 솔벤트를 주문하고 김AA의 개인계좌로 솔벤트 대금을 입금하며, 김AA은 거래처로부터 지급받은 대금에서 0.3% 상당의 금원을 공제한 나머지를 다시 □□캠 법인계좌로 해당 거래처를 표시하여 입금하였다. 김AA은 □□캠에게 거래처별 구매주문 내역을 전달하고, □□캠은 김AA으로부터 전달받은 주문대로 거래처가 요구하는 장소로 솔벤트를 운송하여 주었으며, 거래처에 솔벤트 판매대금을 공급가액, 당해 거래처를 공급받는 자로 하는 세금계산서를 발행·교부하였다.
- 라. 판단 살피건대, 이 사건 각 처분 대상 중 □□캠이 2004년 석유사업법 개정 이후 2005년 말까지 원고 대표이사 김AA을 통하여 솔벤트를 판매함에 있어 원고 주장과 같이 김AA이 △△화학 등 거래처에 □□캠을 대리하여 솔벤트를 공급하거나 또는 □□캠과 거래처 사이의 솔벤트 거래를 중개하였다고 볼 수 있는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 본 바에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 □□캠은 유류 운반차량을 이용하여 □□캠 저유소로부터 솔벤트를 반출한 후 △△화학 등 거래처에 직접 공급한 것으로 보이는 점, 김AA은 □□캠과 합의된 가격으로 거래처에 솔벤트를 판매하였고, 비록 △△화학 등 거래처로부터 곧바로 □□캠에 대금이 지급되지는 않았지만, 김AA은 자신의 개인계좌로 거래처로부터 솔벤트 대금을 입금 받은 뒤 □□캠 법인계좌로 0.3% 상당액을 공제한 나머지 전액을 각 거래처별 명의로 입금한 점, 김AA은 거래처에 솔벤트를 판매함에 있어 서면화된 계약서를 작성하지는 않았지만 자신의 □□캠 명함을 보여주는 등 매도주체자 □□캠임을 표시하였던 것으로 보 이는 점, 김AA은 자신의 명의와 계산 하에 솔벤트를 구입하여 재판매함으로써 매매 차익을 도모하거나 손해를 감수한 것이 아니라, □□캠으로부터 수수료(보수)를 받았으며“□□캠과 거래처 중간에서 솔벤트 소유권 이전에 따른 위험(상품의 가격 등락 에 따른 손익, 멸실 훼손 등의 위험)을 전혀 부담하지 않은 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 각 처분의 대상 중 □□캠 관련 부분은 □□캠으로부터 공급된 솔벤트가 □□캠, 원고, △△화학 등 거래처에게 순차로 공급되었다기보다는, 김AA이 □□캠을 대리하였거나 또는 □□캠과 △△화학 등 거래처 사이의 거래를 중개한 것으로 봄이 상당하다 할 것이고, 원고 전 대표이사 김AA이 세무조사 과정에서 원고가 □□캠 관련 거래를 포함하여 모두 △△화학 등에 분산하여 실제 매출하였다는 내용의 확인서(을제11호증)에 날인하였다 할지라도 확인서상 ’매출’이 부가가치세법상 의미의 ’매출’로만 한정하여 해석되지 않는다 할 것이어서 그러한 사정만으로 위 인정을 뒤집기에 부족하다. 따라서 원고가 □□캠으로부터 솔벤트를 공급받은 다음 거래처에 직접 솔벤트를 공급한 것으로 보아 이루어진 이 사건 각 처분 중 □□캠 관련 부분은 위법하다.
- 라. 취소범위 과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 하는 것이지만, 당사자가 제출한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 이와 같은 경우에 법원이 직권에 의하여 적극적으로 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다. 이 사건의 경우, 원·피고가 제출한 증거나 법원의 증거조사에 의하여 나타난 모든 증거자료에 의하더라도, □□캠 관련 부분 중 매입누락 부분은 특정할 수 있으나, 그에 대응하는 매출누락 부분을 특정할 수 없다 할 것이어서(을제16호증 참조), □□캠 관련 부분을 제외하고 원고에 대한 각 정당한 법인세액, 부가가치세액 및 소득금액변동통지액을 산출할 수 없으므로, 이 법원으로서는 이 사건 각 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.