부동산 취득원가 과대계상분을 사실과 다른 세금계산서로 본 처분의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 4. 18. 원고에 대하여 한 2007년 제2기분 부가가치세 62,116,630원의 부과처분을 취소한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1, 6호증의 각 기재 및 변론 전체 의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 주식회사 ☆☆☆시스템코리아(이하 ‘☆☆☆시스템코리아’라 한다)로부터 매매대금 22억 원으로 하여 인천 서구 ●●동 223-38 인천○○○피아 아파트형공장 가동 101호-117호(총 14개, 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득한 후, 2007. 10. 16. ☆☆☆시스템코리아로부터 공급가액 1,234,550,647원(부가가치세 123,455,065원 별도)의 매입세금계산서를 교부받아 위 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 2007년 제2기분 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 피고는 2008. 3. 17.부터 2008. 3. 28.까지 원고에 대하여 부가가치세 부당환급 혐의에 대한 조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 이 사건 부동산 매매대금 22억 원 중 12억 원은 대금결재 사실이 없어 실제 매매대금은 10억 원이므로, 이 사건 세금계산서는 허위계약에 따른 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 해당 매입세액을 불공제하기로 하여, 2008. 4. 18. 원고에게 2007년 제271분 부가가치 세 62,116,630원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이에 불복하여 2008. 7. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 12.

31. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 원고는 2007. 9. 10. ☆☆☆시스템코리아와 사이에, 이 사건 부동산을 22억 원에 매입하기로 하는 매매계약을 체결하고, 계약 당일 계약금 및 중도금 12억 원을 지급하고 잔금 10억 원은 2007. 10. 15. 지급하기로 하였으며, 위 12억 원은 다시 원고가 ☆☆☆시스템코리아로부터 차용하고 잔금 10억 원을 ◎◎은행으로부터 대출받아 지급하였다. 따라서 이 사건 부동산에 관한 매매계약은 허위계약으로 볼 수 없다 할 것이므로, 위 계약이 허위계약임을 전제로 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 본 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판단 살피건대, 원고와 ☆☆☆시스템코리아 사이에 2007. 9. 1.자로 원고가 ☆☆☆시스템코리아로부터 이 사건 부동산을 22억 원에 매수하고 계약금 및 중도금 12억 원은 2007. 9. 10., 잔금 10억 원은 2007. 10. 15. 각 지급하기로 하는 매매계약서(갑제3호 증, 이하 ‘이 사건 매매계약서’라 한다)가 작성된 사실은 인정되나, 갑제7, 8호증, 을제1 내지 5호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 부동산을 취득하면서 이 사건 부동산을 담보로 ◎◎은행으로부터 10억 원을 대출받아 이 사건 부동산에 설정되어 있던 피담보채무인 하나은행 대출금을 대신 변제하였을 뿐, 현실적으로 ☆☆☆시스템코리아에 대금을 지급한 바는 없는 것으로 보이는 점, ② 원고 주장과 같이 12억 원을 계약금 및 중도금으로 지급하고 그 금액을 다시 차용함으로써 지급에 갈음하기로 하였다는 것은 상거래상 이례적일뿐만 아니라, 이러한 내용이 계약서상에 전혀 표시되어 있지도 않은 점, ③ 통상 건물은 부가가치세가 과세되고, 토지는 부가가치세가 과세되지 않는 면세물품으로서 매매계약시 그 가액을 구분 표시하는 것이 통상적이라 할 것임에도 이 사건 매매계약서에는 건물과 토지분 매매대금이 구분하지 않고 총액으로 기재되었으며, 이 사건 매매계약서상의 원고 인감과 이 사건 세금계산서상의 원고 인감이 일치하지 아니하는 점, ④ 원고는 이 사건 세무조사 당시 까지 장부(대차대조표)상에 이 사건 부동산을 자산으로 계상하지 아니하고, 원고가 ☆☆☆시스템코리아로부터 차용하였다고 주장하는 12억 원과 ◎◎은행 대출금 10억 원 또한 부채로 계상하지 아니하는 등 원고 규모에 비추어 중대한 거래인 이 사건 부동산 거래와 관련된 사항 일체를 장부상에 기재하지 않은 점, ⑤ 원고는 위 매매계약 당시 대차대조표상 순자산가액이 1억여 원에 불과한 영세한 법인으로서 이 사건 부동산을 담보로 차용한 ◎◎은행 대출금 10억 원을 제외한다 하더라도, 나머지 매매대금 12억 원을 현실적으로 지급할만한 능력이 없었던 것으로 보이는 점, ⑥ 이 사건 세무조사 과정에서 위 매매계약 당시 원고 대표이사였던 유형수는 ‘대출금 10억 원은 ☆☆☆시스템코리아의 대출금 상환을 위하여 실질적으로 ☆☆☆시스템코리아가 차용한 금액으로 부동산 취득 관련 비용은 절대 아니다’, ‘이 사건 매매계약서는 이 사건 부동산을 원고 명의로 소유권을 변경시키고자 작성된 허위계약서로서, ◎◎은행에 대출서류로 제출하기 위하여 작성된 것에 불과하며, 원고와 ☆☆☆시스템코리아 사이에 금전거래 는 전혀 없었다’라는 취지의 확인서를 작성 제출하였으며, 원고의 2007년 2기분 부가 가치세 신고 업무를 담당한 원고 기획팀장 박용은 ’이 사건 세금계산서(공급받는자 보관용)는 원고가 교부받아 보관하고 있어야 하나, ☆☆☆시스템코리아 회장이라고 불리 는 성★★이 세금계산서를 보관하고 있었고, 위 성★★으로부터 원본이 아닌 사본을 건네받아 부가가치세 신고를 하였다’고 진술한 바 있는 점 등을 종합하여 보면, 위 2007. 9. 1.자 매매계약은 이 사건 부동산에 대한 강제집행 등을 피할 목적 등으로 그 소유 명의를 원고 앞으로 이전하기 위하여 이루어진 것으로서, 이 사건 매매계약서는 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하고 은행 대출을 받기 위하여 거래의 외관을 작출할 목적 하에 형식적으로 작성된 것이어서, 위 매매계약서상 매매대금은 사실과 일치하지 않는다고 봄이 상당하다. 따라서 위 매매계약에 따라 발행된 이 사건 세금계산서는 그 공급가액이 사실과 일치하지 아니하는 것으로서 사실과 다른 세금계산서라 할 것이므로, 피고가 위 세금계산서상 매입세액을 불공제하여 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.