양도한 토지의 필지별로 양도가액이 불분명한지 여부

1. 피고가 2009. 5. 13. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 422,582,900원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2008. 7. 31. 그 소유의 서울 서대문구 DDD3가 91 대 95.9㎡ 및 지상 건물(이하 ‘제1부동산’이라 한다), 같은 구 DDD3가 96 대 531㎡ 및 지상 건물(이하 ‘제2부동산’이라 한다), 같은 구 DDD3가 96-3 대 129.9㎡ 및 지상 건물(이하 ‘제3부동산’이라 한다), 같은 구 DDD3가 107-6 대 79.3㎡ 및 지상 건물(이하 ‘제4부동산’이라 한다)을 EEEE산업개발 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)에게 양도하고, 2008. 9. 30.경 피고에게 제2부동산의 양도가액을 78억 5000만원으로 하는 등 이 사건 각 부동산에 관하여 필지별로 각각 작성된 매매계약서상의 양도가액을 근거로 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 2008년 귀속 양도소득세로 545,698,410원을 예정신고납부하였다.
• 나. 그런데 피고는 2009. 5. 13. 원고에 대하여, 이 사건 각 부동산은 필지 구별 없이 전체 양도가액 95억 원에 일괄 양도되었음에도 제2부동산에 관한 양도소득세를 줄일 목적으로 매매계약서를 필지별로 각각 작성한 것으로서 이 사건 각 부동산의 양도가액 구분이 불분명하다는 이유로, 양도가액 95억 원을 양도 당시의 이 사건 각 토지의 기준 시가에 따라 안분계산하여 이 사건 각 부동산의 필지별 실지거래가액을 산정한 후 이 사건 각 부동산의 양도에 따른 총 결정세액을 980,370,332원으로 경정하면서 위 금액에서 기납부세액 545,698,410원 등을 차감한 422,582,900원을 원고의 2008년도 귀속 양도소득세로 경정ㆍ고지하는 이 사건 처분을 하였다.
• 다. 원고는 2009. 8. 4. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2009. 10. 12. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 갑 제18호증의 10, 14, 15, 19, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 각 부동산의 필지별 양도가액은 부동산의 위치와 면적, 이용현황 및 이용 상의 제약 등을 감안하여 각각 결정된 것으로 이 사건 각 부동산의 양도가액 구분이 분명함에도, 피고가 이 사건 각 부동산의 양도가액 구분이 불분명함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 양도소득세를 부과함에 있어 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액에 따르고(소득세법 제96조 제1항), 한편, 양도소득세 납세의무자가 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서와 계약상대방의 거래확인서, 인감증명서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 위 각 매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 위 각 매매계약서상의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 이 경우 그러한 특별한 사정이 있다는 점은 어디까지나 과세관청이 이를 입증하여야 한다(대법원 1996. 6. 25. 선고 95누3183 판결 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제6호증의 1 내지 4, 갑 제7호증의 1 내지 3, 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1 내지 3의 각 기재와 증인 김BB의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2008. 3. 14. 서울 강남구 AA동 157-27 CC빌딩 11층 소재 선명 법무법인 사무실에서 소외 회사와 사이에 이 사건 각 부동산에 관한 매매계약을 체결하면서 각 매매대금을 제1부동산은 6억 900만원, 제2부동산은 78억 5000만원, 제3부 동산은 5억 8500만원, 제4부동산은 4억 5600만원으로 정하력 매매계약서 4부를 각각 작성하고 소외 회사의 인감증명서를 각 첨부하였으며, 소외 회사는 이 사건 각 부동산 별로 2008. 3. 14. 각 계약금을, 2008. 7. 31. 각 잔금을 원고에게 각 지급한 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 각 부동산은 필지별로 양도가액 구분이 분명하다고 보여지고, 이와 달리 그 양도가액 구분이 불분명하다는 점에 부합하는 듯한 갑 제10호증의 기재는 갑 제11, 12호증의 각 기재 및 증인 김BB의 증언에 비추어 믿기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 따라서 이 사건 각 부동산의 양도가액 구분이 불분명함을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 위 주장은 이유 있다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용한다.