토지 건물이 일괄양도되고 그 중 비과세부분과 과세부분이 혼합된 경우 구분계산

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 1. 2. 원고에 대하여 한 양도소득세 31,828,830원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 3. 9. 서울 마포구 AA동 378의 7 대지 274.4㎡(이하, ‘이 사건 토지’라 한다) 및 건물 687.04㎡(주택 191.83㎡, 상가 495.21㎡이고, 이하 '이 사건 건물’ 이라 한다)를 대금 1,460,000,000원에 취득하여 보유하고 있다가 2008. 2. 29. 이 사건 토지 및 건물을 대금 1,580,000,000원에 제3자에게 양도하였고 이 사건 토지와 건물 중 주택 부분은 1세대 1주택에 해당하여 비과세 대상이라는 이유로 그 부분을 제외한 후 양도가액을 1,130,486,403원, 취득가액을 1,052,335,792원으로 본 후 피고에게 양도 소득세 4,490,250원을 자진 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 이후 피고는, 이 사건 토지 및 건물에 대한 실지거래가액을 조사한 후 비과세 대 상인 주택 부분을 제외한 상가분 토지 및 건물의 양도가액은 1,188,499,846원, 취득가액은 917,261,167원으로 하여 2009. 1. 2. 원고에게 양도소득세 70,521,680원을 추가로 부과ㆍ고지하는 처분을 하였다가 2009. 1. 23. 위 양도가액이 1,083,601,886원으로 변경 되어야 하는 등 계산에 오류가 있다는 이유로 38,692,850원을 감액 경정하는 처분을 하였다(이하, 위 감액 경정되고 남은 31,828,830원의 양도소득세 부과처분을 이 사건 처분이라 한다). [인정 근거] 갑 제1호증의 1 내지 5, 갑 제2, 3, 5호증, 을 제I, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 토지 및 건물이 일괄 양도됨에 따라 비과세 대상인 주택(부수토지가 포함되었고, 이하 같다)과 과세 대상인 상가 건물 및 토지의 양도가액 구분이 불분명하다는 이유로 상가 토지에 대하여는 개별공시지가를, 상가건물에 대하여는 국세청장의 건물고시가격을, 주택에 대하여는 개별주택가격을 각 적용하여 위 양도가액 및 취득가액을 안분 계산하였으나, 토지와 건물을 일괄 양도한 경우 기준시가 등의 비율로 따라 안분할 수 있다고 규정한 소득세법 제100조 제2항 의 규정은 토지와 건물이 모두 과세 대상이 되는 경우에 한정하여 적용되어야 하는 것이므로, 피고가 비과세 대상과 과세 대상의 취득 및 양도가액 구분을 확정하기 위하여 위 소득세법 제100조 제2항 이 정한 방법을 사용한 것은 부당하고, 위 조항을 적용한 결과 상가 건물과 토지의 양도차익이 166,340,719원으로 계산되어 이 사건 건물 빛 토지의 전체 양도차익인 120,000,000원 을 초과하고 있는바, 이는 현저하게 불합리한 결과로서 실질적 조세법률주의나 과잉금지의 원칙에 반하는 것이므로, 이러할 경우에는 비과세 부분인 주택에서 발생한 양도 차손을 통산하여 계산하거나 주택에 대하여 적용된 개별주택가격 대신 상가 건물 및 토지의 기준시가를 적용하여 산정하는 등 불합리를 제거하는 방법을 취하여야 함에도 불구하고 피고가 그러하지 않았으니, 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 살피건대, 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항, 제99조 제1항, 소득세법시행령(2008.2.22.대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) 제166조 제6항, 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 단서에 의하면, 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도하여 그 가액 구분이 불분명한 때에는 토지는 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목에 의한 개별공시지가, 건물은 소득세법 제99조 제1항 제1호 나목에 의한 건물고시가격, 주택은 소득세법 제99조 제1항 제1호 라목에 의한 개별주택가격을 기준으로 안분하여 계산하도록 규정하고 있고, 토지와 건물이 일괄 양도되었고 그 중에 비과세 부분과 과세 부분이 혼합되어 있을 경우 과세관청은 이를 구분하여 계산하여야 하며, 이 경우 구분 계산의 방법을 과세 대상인 건물 및 토지의 구분 계산 방법과 특별히 달리할 이유가 없다고 보이므로, 구분 계산의 방법을 규정한 위 법령들은 비과세 대상과 과세 대상을 구분하는 경우에도 적용될 수 있다고 봄이 상당하다. 갑 제1호증의 3 내지 5, 갑 제3호증, 을 제2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 토지 및 건물은 대지 274.4㎡, 주택 191.83㎡, 상가 495.21㎡로서 지하 1층에서 지상 3층까지는 소매점, 체육도장 등 상가로 사용되고, 지상 3, 4층(3 층은 상가와 주택 겸용)은 주택으로 사용되던 곳이고, 원고는 이 사건 토지와 건물을 일괄하여 취득 및 양도하여 각 부분의 가액은 알 수 없는 상태인 사실, 이에 따라 피고는 이 사건 양도소득세를 계산하면서 위에서 살펴 본 구분 계산 방법을 규정한 법령의 내용에 따라 상가분 토지에 대하여는 개별공시지가를, 상가건물에 대하여는 건물고시가격을, 주택에 대하여는 개별주택가격을 적용하여 주택 및 상가분 토지와 건물의 취득가격 및 양도가액을 안분 계산한 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같은 구분 계산 방법은 위 관련 법령에 따른 것으로 적법하다. 원고 주장과 같이 이와 같이 계산한 결과 상가 부분 토지 및 건물의 양도차익 166,340,719원이 이 사건 토지 및 건물의 총 양도차익 120,000,000원보다 더 많다 하더라도 이는 비과세된 주택 부분에서 난 손실로 말미암은 것이고, 상가 부분 토지 및 건물의 양도차익을 잘못 산정하여 생긴 결과는 아니라고 보이므로, 이 결과만을 들어 위 구분 계산의 결과가 현저하게 불합리하다거나 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙에 반한다고 할 수 없고, 이를 이유로 위 구분 계산의 방법과 달리 주택에 대하여 적용된 개별주택가격 대신 상가 건물 및 토지에 적용된 위 가격들을 기준으로 하여 안분 계산하는 등 다른 방법을 사용할 수는 없다. 그리고, 비과세는 과세 물건에 손실이나 혹은 이익이 있는가 여부를 묻지 아니하고 과세대상으로 삼지 아니하겠다는 것이어서, 양도소득금액 산정시 결손금 통산을 규정한 소득세법 제102조 제2항 등에 의하여 비과세 대상인 위 주택 부분에 대하여 생긴 손실을 통산할 수는 없다 할 것이고, 이는 같은 결과는 원고의 주장과 같은 사유가 있다고 달리 볼 것은 아니다. 따라서 위 판단과 다른 취지인 원고의 주장은 모두 이유 없다.

그렇다면, 이 사건 처분은 적법하고 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.