폐업한 소기업에 해당하여 단순경비율로 소득금액을 결정하여야 하는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 11. 16.(소장 기재 ‘2006. 11. 30.’은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 554,820,850원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2002 사업연도 법인세 정기신고 당시 수입금액 및 소득금액(모두 토지매매업에 따른 것이었다)을 각각 2,200,000,000원 및 419,000,000원으로 신고하였다.
• 나. 피고는 2005. 10. 13.부터 같은 해 11. 30.까지 원고의 2002 사업연도에 대하여 법인세 통합조사를 실시한 결과, “소득금액의 계산에 필요한 장부 및 기타 증빙서류가 없다”는 이유로 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 에 따라 원고의 소득금액을 추계하여, 이를 기초로 2006. 11. 16. 원고에 대하여 2002 사업연도 법인세 554,820,850원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 2007. 2. 5. 이 사건 처분에 관하여 피고에게 이의를 신청하였고, 위 이의신청이 기각되자 2007. 7. 2. 국세심판원에 심판을 청구하였던바, 국세심판원은 2007. 11. 20. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 1 내지 9, 을 제2호증의 각 기재

• 가. 원고의 주장 요지 원고는 실질적으로 폐업한 소기업에 해당하므로, 피고는 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에 따라 원고의 소득금액을 추계하여야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 가 아닌 같은 항 제1호에 따라 원고의 소득금액을 추계하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 법인세법 제66조 (결정 및 경정) 법인세법 시행령 제104조 (추계결정 및 경정) 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)
• 다. 인정사실

1. 원고는 1970. 11. 6. 택지조성 및 부동산매매업, 유통업, 조경사업 등을 사업목적으로 하여 설립된 뒤 1993. 11. 5. 법인등기상 사업목적에서 택지조성 및 부동산매매업을 삭제하였다.

2. 원고는 설립 이후 현재가지 관할관청에 휴업이나 폐업을 신고하지 아니하면서 2001 사업연도부터 2006 사업연도까지 모든 수입금액을 부동산매매업에 따른 것으로 하여 법인세를 신고하여 왔다. 한편 정○목은 1998. 1. 13. 원고의 이사로 취임한 뒤 2001. 1. 13. 2004. 3. 31. 2007. 3. 31. 각 중임하였다.

3. 피고는 2002. 4. 4. 원고가 더 이상 사업을 영위하지 않는다는 이유로 2000. 12. 31.로 소급하여 원고를 직권폐업하였다가 2005. 11. 1. 이를 취소하였다. [인정근거] 을 제3 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 과세관청은 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 경우 장부 기타 증빙서류를 근거로 하되, 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없는 경우 등에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있고(법인세법 제66조 제3항, 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호), 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 경우에는 “수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법” 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법으로 추계한다(법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호, 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 의2), 그런데 “ 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업”이란 “ 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 에 따른 중소기업” 중 상시 사용하는 종업원수가 일정한 수 미만인 기업을 의미하고(조세특례제한법 제6조 제5항), 다시 이러한 중소기업은 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 에서 정한 각종 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업이어야만 한다.

2. 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 자신이 2002 사업연도에 “ 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 경우”에 해당하였다는 취지로 주장하나, 원고의 법인등기상 목적사업 중 일부가 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 에서 정한 사업에 해당한다는 점만 가지고는 원고가 위 규정에서 정한 각종 사업을 주된 사업으로 영위하여 왔다고 보기 어렵고 달리 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고는 “ 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업”에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 또한, 앞에서 본 바와 같이 원고가 설립 이후 현재까지 관할관청에 휴업이나 폐업을 신고하지 아니하면서 2001 내지 2006 사업연도에 계속하여 부동산매매업에 따른 수입금액을 신고하여 온 점에 비추어 보면, 원고 주장의 다른 사정들(㉠ 원고가 그 주된 사업인 택지조성사업을 위하여 취득한 토지 대부분이 1973년경 개발제한구역 내에 편입되어 사실상 택지조성사업을 영위하지 못하게 된 점, ㉡ 이에 따라 원고가 1975년경 이후에는 부동산을 전혀 취득하지 아니하는 한편 부동산매매업의 일환으로가 아니라 오직 청산을 목적으로 보유 부동산을 처분하여 온 점, ㉢ 원고에게는 상근직원이 없고 2000년경 이후로는 부동산 매각 외의 영업행위를 하지 아니한 점, ㉣ 피고가 2002. 4. 4. 원고를 직권폐업하였던 점 등)을 모두 고려하더라도, 원고가 실질적으로 2002 사업연도 이전에 폐업하였다고 볼 수는 없다.

4. 따라서 원고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없고, 이 사건 처분에는 원고의 주장과 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.