소외 회사들이 원고에게 실제 용역을 공급하고 세금계산서를 발행하였는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 6. 26. 원고에 대하여 한 2006년 제2기분 부가가치세 102,648,734원의 부과처분 중 31,808,414원을 초과하는 부분을 취소한다(원고의 소장 기재 청구취지, 즉 ‘피고가 2007. 6. 22. 원고에 대하여 한 부가가치세 70,840,320원의 부과처분을 취소한다.’를 이와 같이 선해한다).

• 가. 원고는 2005. 8. 8.부터 ○○ ○○구 ○○1가 116 ○○타워 20층에서 ○○권 복합화물터미널 및 내륙컨테이너 기지(이하 ‘이 사건 터미널’이라 한다)의 건설 및 일반, 복합화물터미널 사업 등을 하는 법인으로서. 2006년 제2기분 부가가치세 신고를 함에 있어, 2006. 7. 3. ○○○○물류 주식회사로부터, 2006. 7. 25. ○○건설 주식회사(위 두 회사를 합하여 이하 ‘소외 회사들’이라 한다)로부터 각 수취한 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)의 공급가액 합계 708,400,000원(○○○○물류 주식회사 696,150,000원, ○○건설 주식회사 12,250,000원)에 관한 매입세액 70,840,000원(= 708,400,000원 × 10%)을 환급세액으로 하여 부가가치세 신고(2006. 10. 24. 예정신고, 2007. 1. 24. 확정신고)를 하였다. (단위: 원) 매출액 매출세액 매입액 매입세액 환급세액

2006. 10. 24. (예정신고) 0 0 920,011,000 92,001,100 -92,001,100

2007. 01. 24. (확정신고) 0 0 511,376,000 51,137,600 -51,147600 계 -143,148,700 ※ 매입액 511,376,000원 = 세금계산서 수취분 및 기타 매입액 합계 754,875,000원 - 토지취득관련 공제받지 못할 매입액 243,500,000원, 확정신고 환급세액에서 10,000원이 증가된 것은 전자신고세액공제부분임.

• 나. 피고는 2007. 2. 20.부터 2007. 2. 23.까지 원고에 대하여 현지조사를 실시한 후, 이 사건 세금계산서는 소외 회사들이 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 원고에게 어떠한 용역을 제공한 사실이 없음에도 소외 회사들이 원고에게 70,840,000원 상당의 용역을 공급한 것처럼 기재하여 발행된, 사실과 다른 세금계산서라고 보아, 2007. 6. 26. 원고에 대하여 별지 목록 기재와 같이 합계 102,648,734원{= (이 사건 세금계산서 관련 매입세액 70,840,000원 + 가산세 합계 14,168,000원) + (토지취득관련 공제받지 못할 매입세액 16,037,031원 + 가산세 1,603,703원)}을 매입세액으로 공제하지 아니하겠다는 과세예고통지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 하였고, 그 후 2007. 3. 6. 원고에게 2006년 제2기분 부가가치세 환급세액이 40,499,960원(= 환급세액 신고금액 합계 143,148,700원 - 102,648,734원)이라는 국세환급금 통지를 하였다.
• 다. 이 사건 처분에 관하여, 원고는 2007. 3. 30. 국세청장에게 이 사건 처분에 관하여 과세전적부심사청구를 하였으나, 국세청장은 2007. 6. 20. 위 심사청구를 기각하였고, 이에 원고는 2007. 8. 8. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2007. 11. 6. 기각결정을 하였다. 【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2, 3호증, 변론 전체의 취지.

• 가. 원고의 주장 소외 회사들은 민간투자사업(SOC사업)인 이 사건 터미널 건설사업을 위하여 주식회사

○○엔지니어링 등(이하 ‘이 사건 용역업체들’이라 한다)을 통하여 사업계획서 작성ㆍ환경영향평가ㆍ컨소시엄 구성ㆍ주무관청과 협상 등의 용역을 수행하고 주무관청으로부터 실시협약을 받아 원고 법인을 설립하였다. 소외 회사들은 위 비용을 이 사건 용역업체들에 먼저 지급하고 원고 법인이 설립된 후 원고 법인으로부터 정산받기로 약정하였다. 이에 원고는 소외 회사들로부터 수행한 사업시행자 지정 및 원고 법인의 설립 및 원고 법인의 사업시행여건 조성이라는 역무를 제공받고 소외 회사들에게 이를 정산한 것이다. 따라서 이 사건 세금계산서는 소외 회사들이 원고에게 이 사건 터미널 건설사업의 기본설계ㆍ예비 타당성 조사ㆍ사업계획서 작성 등 용역을 수행하고 그 대가를 지급받은 후 발행, 교부한 세금계산서로서 사실에 부합하는 세금계산서이다. 따라서 이 사건 세금계산서를 사실과 다르게 기재된 것으로 보아 70,840,000원을 매입세액 공제하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 소외 회사들은 2003. 12. 15. 민간투자사업으로 진행되는 이 사건 터미널 건설사업에 민간사업투자법인인 원고를 설립하여 참여하기로 하고 이에 관한 기본합의서를 체결하였다.

2. 이에 소외 회사들은 이 사건 터미널 건설사업의 사업시행자로 지정받아 사업시행을 하기 위한 실시계획 등을 작성하기 위하여 2003. 8.경부터 2005. 6.경까지 아래표 기재와 같이 이 사건 용역업체들과 사이에 용역계약을 체결하고 용역을 제공받은 후 그 용역대금을 지급하였는데, 소외 회사들은 관할세무서에 각 사업연도별 부가가치세를 신고함에 있어 위 용역대금을 매입세액공제 대상으로 신고하여, 위 관할세무서로부터 매입세액공제를 받았다. 공급한 자 공급받은 자 공급일 공급가액 (백만원) 비고 주식회사

○○엔지니어링

○○○○물류 주식회사

2003. 9. ~ 2005. 4. 295 기본설계작성 용역비

○○건축 〃

2003. 10. ~ 2005. 4. 40 건축기본설계

○○회계법인 〃

2003. 12. 6. ~ 2005. 4. 14. 50 사업계획서 관련 재무분석 주식회사

○○연구원 〃

2003. 12. 24.

2004. 2. 5. 15 경제성분석 법무법인

○○ 〃

2004. 7. ~ 2005. 4. 35 법률자문 주식회사

○○○○○ 〃

2003. 8. 13.

2003. 11. 13. 20 컨설팅비 주식회사

○○건설기술공사 〃

2005. 4. 1. 128.4 환경ㆍ교통ㆍ○○ 평가비용

○○ 〃

2004. 1. 5. 12.75 인쇄비용 카드 등 영수증 〃

2004. 3. ~ 2005. 6. 100 사업계획인쇄비

○○공사

○○건설 주식회사

2004. 1. 12.25 합 계 708.4

3. 소외 회사들은 2005. 3. 28. 주무관청으로부터 이 사건 터미널 건설사업에 관하여 사업시행자로 지정받고 실시협약을 체결하였고, 소외 회사들은 2005. 8. 2. ○○산업 주식회사, 주식회사 ○○은행, ○○○○증권 주식회사와 사이에, 이 사건 터미널의 건설, 관리 및 운영에 관한 사업을 하기 위하여 출자하기로 하는 아래와 같은 주주협약서를 체결하였다.

• 아 래 - 제2조(각 당사자의 기본적인 의무)

① 각 당사자는 본 협약, 회사의 정관을 준수하고 회사가 결정하는 바에 따라 본 협약 부록1(당사자들의 최초지분비율)에 명시된 회사설립일 현재의 각 출자비율대로 회사설립시 회사에 대한 출자를 이행한다. 제6조(주식인수)

① 각 당사자는 부록2(당사자들의 예정출자일정 및 최종출자지분)에 기재된 출자금액과 출자일정에 따라 서면으로 인수하여야 하며, 인수한 주식에 대한 인수가액 전액을 현금으로 발기인들 또는 이사회에서 정하는 납입기일까지 납입하여야 한다. 제49조(법인 설립 전 비용 정산)

① 회사 설립 전 소요되는 비용은 당사자간 합의한 바에 따라 아래의 표에 명시된 금액으로 한다. 단, 법인이 2005년 6월 이전이나 이후에 진행될 경우 그 기간은 법인설립시까지로 하고 해당 기간에 따라 ○○복합물류 주식회사의 청구(부가가치세 별도)에 의하여 정산하기로 한다.

② 회사 설립 전 사업계획서 제출에 소요된 비용은 법인 설립 후 자본금으로 전환하기로 합의하여, 아래의 금액을 법인 설립 후 ○○복합물류 주식회사의 청구(부가가치세 별도)에 의하여 회사가 지급하기로 한다. 구분 계약사 금액(천원) 비고 토목기본설계 및 사업계획서 작성

○○엔지니어링 295 건축기본설계

○○건축 80 재무분석

○○회계법인 50 경제성분석

○○연구원 15 법률자문(실시협약) 법무법인 ○○ 35 수요조사

○○로지스 20 인쇄비용

○○ 25

○○ (12.25) 합계 520

③ 법인 설립 전 사업의 원활한 후행을 위하여 본조 제1항 내지 제2항 이외에 당사자 간 합의에 따라 지출된 사업비에 대하여는 부담한 당사자의 청구(부가가치세 별도)에 의하여 법인 설립 후 회사가 지급하기로 한다.

4. 그 후 원고는 2006. 7.경 소외 회사들에게 위 주주협약서 제49조에 따라 정산금 708,400,000원을 지급하면서 70,840,000원을 위 정산금의 부가가치세 명목으로 지급하고, 소외 회사들로부터 이 사건 세금계산서를 발행, 교부받았다. 【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제2, 5, 8호증, 을 제7호증의 1, 2, 변론 전체의 취지.

• 라. 판단

1. 이 사건의 쟁점은 이 사건 세금계산서에 기재된 바와 같이 부가가치세 과세기간인 2006년 제2기에 원고가 소외 회사들로부터 부가가치세 과세거래인 용역을 공급받았는지 여부라 할 것이다.

2. 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 소외 회사들은 원고 법인을 설립하여 이 사건 터미널 건설사업을 원고 법인을 설립하여 수행하기로 하되, 원고 법인이 설립되기 전까지 이 사건 터미널 건설사업을 위하여 지출된 비용을 원고 법인이 설립된 후 자본금으로 전환받거나 또는 원고 법인으로 정산받기로 약정하였는바, 위와 같은 약정은 소외 회사들이 이 사건 용역업체들로부터 공급받은 용역을 소외 회사들이 아닌 원고 법인이 공급받은 것으로 간주하여 이 사건 용역업체들에게 지급한 용역대금에 관하여는 소외 회사들이 관할세무서에 매입세액공제를 받지 아니하고 원고 법인으로 하여금 매입세액공제를 받도록 하되 소외 회사들 자신들은 원고 법인으로부터 매입세액공제대상인 부가가치세 부분을 별도로 정산받기로 하는 약정이라고 할 것이다. 위와 같이 소외 회사들이 주주협약서로써 이 사건 용역업체들로부터 공급받은 용역을 원고가 공급받은 것으로 회계처리하기로 정산약정한 점, 소외 회사들이 발행, 교부한 이 사건 세금계산서에 기재된 공급가액이 이 사건 용역업체들이 소외 회사들에게 공급한 공급가액과 동일한 점, 이 사건 용역업체들이 공급한 용역들은 1회성으로 끝나는 역무로서 소외 회사들이 이를 원고에게 귀속시키는 별도의 행위가 필요한 성격의 업무가 아닌 점 등을 종합하면, 이 사건 세금계산서에 기재된 공급가액은 바로 소외 회사들이 이 사건 용역업체들로부터 공급받은 용역에 대한 대가라고 할 것이고, 따라서 소외 회사들은 2006년 제2기에 원고로부터 이 사건 용역업체들에 대하여 지급한 용역대금을 정산받으면서 이 사건 세금계산서를 발행하여 주었을 뿐 원고에 대하여 어떠한 용역을 공급하였다고 보기 어렵다. 소외 회사들이 이 사건 용역업체들에게 지급한 부가가치세를 원고 법인으로부터 정산받기 전 위 주 주협약서의 정산약정을 위반하여 별도로 매입세액공제를 받은 후 원고로부터 부가가치세를 별도로 지급받은 사실은 앞서 인정한 바와 같으나, 원고가 소외 회사들에게 민사상 부당이득 또는 손해배상으로 청구할 수 있음은 변론으로 하고, 위와 같은 사정만으로 소외 회사들이 2006년 제2기에 원고에게 용역을 공급하였다고 볼 수는 없다.

3. 따라서 이 사건 세금계산서는 소외 회사들이 2006년 제2기에 원고에 대하여 어떠한 용역을 공급하지 않았음에도 이를 공급한 것처럼 사실과 다르게 기재된 세금계산서라 할 것이므로, 이 사건 세금계산서에 기하여 매입세액을 공제하지 아니한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 목록 (단위: 원) 신고일 신고액(ㄱ) 불공제대상매입액(ㄴ) 불공제 매입세액(ㄷ)(=ㄱ*10%) 가산세(ㄹ) 불공제 세액 합계(ㅁ) (=ㄷ+ㄹ) 환급세액(ㅂ) (=ㄱ-ㅁ) 세금계산서합게표미제출등 신고불성실 2006.10.24 (예정신고) 92,001,100 708,400,000 70,840,000 7,084,000 7,084,000 102,648,734 40,499,966 2007.01.24. (확정신고) 51,147,600 160,370,310 16,037031 1,603,703 계 143,148,700 868,770,310 86,877,031 15,771,703 ※ 굵은 테두리 부분에 해당하는 금원(원고는 70,840,320원으로 주장)이 원고가 취소를 구하는 부분임. 관계 법령

○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화‧시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.

④ 제1항에 규정하는 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제9조 【 거래시기 】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 또는 용역에 대한 대가와 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하“세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

3, 공급가액과 부가가치세액

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하“납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액 (이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처벌세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다 르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. 1, 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계 표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금 계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르 게 기재된 때

○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급‧중간지급‧장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구분할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】 ⓖ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다. 끝,