법인등기부상 대표자에게 인정상여 처분한 과세의 정당 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 2. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 459,971,220원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 7. 11.부터 2005. 5. 10.까지 서울 ○○구 ○○동 ○○○○-2 ○○빌오피스텔 701호에서 도ㆍ소매 식품유통업 등을 하는 주식회사 ○○○○티(이하 ‘소외 법인’이라 한다)의 법인등기부상 대표이사로 기재되어 있는데, 서초세무서장은 소외 법인에 대한 세무조사 결과, 소외 법인이 2004 사업연도에 자료상 등으로부터 실물거래 없이 862,254,000원의 세금계산서를 수취한 사실을 확인한 후, 2006. 7. 1. 소외 법인에 대하여 부가가치세 86,225,400원을 매입세액에서 불공제하여 부가가치세를 경정하고, 소외 법인의 소득금액 991,156,833원을 추계하여 이를 익금에 산입하여 법인세를 경정하는 한편, 소외 법인의 대표이사로 기재되어 있는 원고에게 위 금액을 인정상여로 소득처분하여 원고에게 소득금액 변동통지를 하였다.
• 나. 피고는 서초세무서장으로부터 위와 같은 내용의 과세자료를 통보받은 후 원고로부터 종합소득세 추가신고 및 납부를 받지 못하자, 2007. 2. 1. 원고에 대하여 2004년 귀속 종합소득세 459,971,220원을 경정ㆍ고지하는 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 다. 이에 원고는 2007. 3. 14. 피고에게 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 제기한 후, 2007. 7. 11. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2007. 10. 30. 위 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 9호증, 을 제1 내지 6호증(이상 가지번호 있는것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지.

• 가. 원고의 주장 원고는 김○택에게 명의를 대여하여 법인등기부상 소외 법인의 대표이사로 등재되어 있었을 뿐, 소외 법인의 실질적인 운영자이자 대표자는 김○택이므로, 이 사건 처분은 소외 법인의 명목상 대표이사인 원고에게 부과된 것으로 실질과세의 원칙에 반하여 위법하다.
• 나. 관계 법령 법인세법 제67조 (소득처분) 법인세법 시행령 제87조 (특수관계자의 범위) 법인세법 시행령 제106조 (소득처분)
• 다. 판단 1) 법인세법 시행령 제106조 제1항 이 규정하고 있는 대표자에 대한 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 제도가 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있는 것이므로, 위 법 시행령에서 말하는 ‘대표자’는 실질적으로 그 회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 한다고 할 것이어서, 비록 회사의 대표이사로 법인등기부상 등재되어 있었다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 일이 없다면 그와 같은 인정소득을 그 대표자에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다 할 것이다. 그러나 법인등기부상 대표이사로 등재된 자는 사회통념상 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 인정되므로, 법인등기부상 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 사람이 입증하여야 한다.

2. 이 사건에서, 원고가 2003. 7. 11.부터 2005. 5. 10.까지 법인등기부상 소외 법인의 대표이사로 등재되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같다. 한편, 갑 제3호증의 1 내지 8, 을 제6호증의 1, 2,을 제7호증의 1, 2, 3, 을 제8호증의 1의 각 기재 및 증언 김○택의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 ○○그룹의 연구소인 고등기술연구원에서 근무하다가 퇴직한 후 자신이 하고 있던 프로젝트와 관련하여 김○택과 만나 소외 법인을 설립하였는데, 원고는 자신의 ○○동 아파트를 담보로 하여 김○택에게 초기 소외 법인의 설립 및 운영의 자금을 지급하여 소외 법인을 운영하게 하였고, 자신은 김포에 있던 소외 법인의 공장에서 소외 법인이 향후 추진하려는 프로젝트에 관한 업무를 수행한 사실, 김○택은 원고가 독립적으로 소외 법인을 운영할 수 있도록 이끌어 주기 위하여 자신이 소외 법인의 업무를 주도적으로 수행하면서 원고를 보조하고 지도하는 소위 ‘인큐베이팅’을 한 사실, 원고는 소외 법인의 대표이사로 등재되어 있을 동안 소외 법인의 자금지출결의서 등 결재서류에 소외 법인의 사장으로서 결재하였고, 또한 소외 법인으로부터 2003년 800만 원, 2004년 4,800만 원의 급여를 수령한 사실, 원고가 2003 사업연도부터 2005 사업연도까지 소외 법인의 총 발행주식 10,000주 중 4,000주를 보유하고 있었던 사실이 인정되고, 갑 제8호증의 1 내지 4의 각 기재만으로 이를 뒤집기에 부족하고, 이를 달리할 증거가 없다. 위 인정 사실에 의하면, 원고는 단독으로 또는 적어도 김○택과 공동으로 소이 법인을 대표하여 실질적으로 운영한 소외 법인의 대표자라는 사실을 넉넉히 추인할 수 있다고 할 것이다. 갑 제2 내지 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 갑 제11호증의 2, 갑 제14호증의 2의 각 기재 및 증인 김○택의 일부 증언에 의하면, 김○택이 직원명세서에 소외 법인의 회장으로 기재되어 있고, 소외 법인의 자금지출결의서 등 결재서류에 소외 법인의 회장으로서 결재한 사실, 김○택이 소외 법인의 국민은행 및 외환은행 계좌를 통하여 입ㆍ출금을 한 사실, 소외 법인의 거래처인 조○선, 소외 법인의 과장 이○환, 경리직원 이○정의 직원들이 소외 법인의 실질적인 업무는 김○택에 의하여 수행되었다고 확인하고 있는 사실, 김○택이 2005. 4. 26. 원고에게 소외 법인의 운영으로 인한 모든 책임을 부담하겠다고 약정한 사실, 소외 법인의 말레이시아 지사로 파견되어 근무를 수행하던 중 해고된 신○식이 소외 법인을 상대로 서울지방노동위원회에 부당해고구제신청을 함에 있어 김○택이 소외 법인을 실질적으로 운영하였다고 진술하고 있는 사실이 인정되나, 위 인정 사실만으로 위 추인 사실을 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없다. 3)따라서 원고가 소외 법인의 명목상의 대표이사에 불과하다는 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.